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分子模拟实验20160928分子模拟实验报告一、 甲酸/水氢键络合物几何结构优化（HF/6-31G*）名称结构能量/ Hartrees氢键长度E/HartreesH2O-76.01075-HCOOH-188.76231-HCOOH+H2O-1-264.77867RH(1)-O(3)=2.512 RH(5)-O(6)=2.321 -0.00561HCOOH+H2O -2-264.79021RH(8)-O(2)=2.139 RH(5)-O(6)=1.918 -0.01715HCOOH+H2O -3-264.78172RH(7)-O(2)=2.161 RH(4)-O(6)=2.654 -0.00866HCOOH+H2O -4-340.80306RH(5)-O(6)=2.128 RH(11)-O(3)=1.981 RH(1)-O(9)=2.336 -0.01925二、 尿素/水氢键络合物几何结构优化（PM3）名称结构能量/ Kcal/mol氢键长度E/Kcal/molH2O-53.43-Urea-40.93-Urea+H2O-98.56RH(11)-O(4)=1.815 RH(7)-O(9)=1.849 -4.20三、 甘氨酸/水氢键络合物几何结构优化（PM3）名称结构能量/ Kcal/mol氢键长度E/Kcal/molH2O-53.43-Gly-93.47-Gly+H2O-1-149.79RH(11)-O(4)=1.815 RH(7)-O(9)=1.849 -2.89Gly+H2O-2-148.79RH(13)-O(4)=1.827 RH(10)-O(11)=1.848 -1.89Gly+H2O-3-152.82RH(12)-O(3)=1.821 RH(7)-O(11)=1.781 -5.92四、 尿素/甘氨酸氢键络合物几何结构优化（PM3）名称结构能量/ Kcal/mol氢键长度E/Kcal/molUrea-40.93-Gly-93.47-Urea+Gly-1-143.40RH(12)-O(7)=1.916 RH(15)-O(4)=1.793 -9.00Urea+Gly-2-151.49RH(15)-O(3)=1.807 RH(8)-O(11)=1.760 -17.09Urea+Gly-3-147.70RH(15)-O(3)=1.818 RH(7)-O(11)=1.822 -13.30五、 自我测评本次实验构建了多种氢键络合物，优化其结构记录氢键长度并计算氢键能量。对于甲酸/水氢键络合物在HF/6-31G*理论水平优化结构。对于尿素/水、甘氨酸/水和尿素/甘氨酸络合物使用PM3方法优化结构。由结果可以看出不同种类的氢键相互作用能量差异很大。总体来看，O（N）HO(N)氢键强度远高于CHO(N)氢键，因此HCOOH+H2O-2与HCOOH+H
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