神威3000A高性能计算机系统常用命令.doc

神威3000A高性能计算机系统用户手册 国家海洋环境预报中心 神威3000A高性能计算机系统常用命令1. 常用命令速查1.1 列出目录的内容清单ls命令列出某个目录中的内容。它在功能上类似于DOS的dir命令。1.2 切换目录路径cd命令切换目录路径，有两种使用cd命令的不同方法：一个方法是全目录路径；另外一个是相对目录路径。1.3 确定自己所在的位置pwd命令将显示用户所在位置的完整路径。1.4 改变文件和目录的所有者修改某个项目的所有者是一个很简单的操作，使用chown命令的格式“chown owner item”即可。使用通配符，你可以一次对多个项目进行修改。1.5 给文件和目录改名Linux操作系统可以接受的文件或者目录名的长度最多为2 5 6个字符，除了字母和数字之外，可以用在文件名中又不引起问题的字符还有句号（.）、下划线（_）和连字号（-）。1.6 建立目录建立目录是一个很简单的操作，在DOS中，建立目录的命令是md。Linux操作系统中的对应命令是mkdir。输入“mkdir testbed”命令就可以建立一个名为“testbed”的目录。1.7 删除目录有两种方法可以删除目录。一种是使用rmdir命令，它只能删除那些空目录，如果想使用rmdir命令来删除某个目录，这个目录中就不能包含有任何文件或目录。一个更有效，但是也更潜在着危险的命令,就是“ rm -r”，这个命令将删除目录和其中全部的内容，包括下一级的目录。举例来说，输入“ rm -r /testbed”命令就可以删除/testbed目录和它的全部内容。1.8 拷贝文件和目录使用cp命令拷贝文件。cp命令的格式是“cp original destination”；或者如果用户需要拷贝多个文件到同一个目的地，其命令格式为“ cp original1 original2 original3destination”。1.9 移动文件和目录格式为“mv original destination”。mv命令与cp命令很相似，也可以接受表3.2中的通配符，也允许一次性把多个文件移动到某个目录中去。1.10 删除文件请使用“rm file”格式删除文件。这个命令接受cp和mv 命令使用的同样的通配符，还有“-r”参数。1.11 使用vi文件编辑程序vi编辑器是一个小巧但功能强大的程序。许多人在最初的时候认为它很难用，因为它的编辑命令都是用一两个字母来表示的，但是只要你习惯了使用vi ，使用它进行编辑工作也会十分迅速。其原因在于这个编辑器只是一个非常短小的程序，因此它只需要使用很少的内存，同时其编辑命令很简短，又都可以通过键盘快速输入，所以基本上用不着在键盘和鼠标之间来回切换。输入“vi filename”就可以编辑或者建立一个文件了。vi编辑器有三种基本的模式：l 插入模式这个模式是通过在命令模式按下“i”键进入的；也可以通过表3中的命令经过一定的步骤之后进入到插入模式。l 命令模式这是用户输入单键命令的模式。在其他模式中按下ESC键就可以进入到命令模式。表3.3 常见的能够进入编辑模式的vi命令命令结果a在当前光标位置后面处直接进入插入模式A在当前文本行之后进入插入模式i在当前光标位置前面处直接进入插入模式I在当前文本行之前进入插入模式o在光标下面插入一个新行并移动到其上，进入插入模式O在光标上面插入一个新行并移动到其上，进入插入模式l 冒号模式从命令模式输入一个冒号（:）就可以进入这个模式，在这里用户可以输入更加复杂的命令，通常是一些文件操作命令。在表3.4中列出了一些常见的冒号模式命令。1.12 查看文本文件，不使用文本编辑器程序在需要对文本文件的内容进行编辑的情况下，文本编辑器程序即使不是必需的，也是有用的。但是，如果只是为了看看文本文件的内容，文本编辑器程序就有点大材小用了。1. more命令输入“more filename”,如果文件的长度超过了一个屏幕，文本会停下来等待用户按下相应的键，然后再滚动显示一屏幕内容。2. cat命令cat命令的简单格式在Linux操作系统中的作用与type命令在DOS中的作用是一样的。输入“cat filename”命令会把文件的内容全部显示在屏幕上。虽然在阅读短文件内容时很有用，但是对长文件还是使用more命令更好一些。1.13 把命令结果输出到文本文件中请使用 “command file”格式把某个命令的输出重定向到某个文件中去，比如：“lslisting”。1.14 在path语句说明的路径中查找文件whereis命令对某些任务来说是最快的查找工具。使用这个命令的格式是：“whereis file”，whereis命令的局限性是它只在用户现有的path语句说明的路径中进行查找。如果某个文件没有存在于这些路径中，它就没有办法找到。请输入“echo $PATH”命令查看现有路径。1.15 寻求帮助获得帮助最快的方法是使用man（英文manual的缩写）命令。输入“man command”打开一个使用手册页，按下q键从中退出。1.16 清除屏幕使用clear命令就可以清除屏幕。1.17 使用SecureCRT登陆计算机节点IP：128.5.6.92，用户名：group110。1.18 退出登录使用logout命令就可以从某个帐户中退出登录。82. 编译命令2.1 ifort命令Intel的Frotran编译命令，用于串行或OpenMP并行程序，常用选项：-c仅仅编译文件，不做链接，生成目标（object）文件，.o文件；-o输出文件，当使用-c选项时，输出目标（object）文件，否则输出可执行文件（executable），缺省是a.out；-On优化级别，n为03，0是不优化，13分别为不同级别的优化；例子：（1）ifort -c O1 ax.f90 bx.f90 cx.f90生成ax.o，bx.o，cx.o等目标文件（2）ifort -o main.exe -O0 main.f90 ax.o bx.o cx.o生成可执行文件main.exe详细选项可用：man ifort命令查看。2.2 mpif90命令编译和链接MPI程序的Fortran90编译命令，常用选项：使用ifort同样的选项。例子：（1）mpif90 -c foo.f生成目标文件foo.o（2）mpif90 -o foo foo.o生成可执行文件foo（3）mpif90 -o foo foo.f直接生成可执行文件foo3. 作业提交命令3.1资源查询（sinfo）功能描述系统或用户资源查询命令名sinfo参数格式sinfo -drlV -i seconds -t states -p partition -n nodes参数说明Usage: sinfo OPTIONS -l：显示详细信息 -d, -dead：只显示不响应的节点 -h, -noheader：不显示标题行 -i, -iterate=seconds：查询周期（秒） -n, -nodes=NODES：指定节点 -p, -partition=PARTITION：指定分区 -r, -responding：只显示活动的节点 -t, -states=node_state：指定节点状态 -V, -version：版本信息使用范例1） 查询状态为idle的节点sinfo -t idle2） 查询分区part1中的资源状态sinfo p part13.2交互作业提交（srun）功能描述交互作业提交命令名srun参数格式srun -p partition -N nnodes -n ntasks -i in -o out -e err -t minutes -D path -O -overcommit -l -label -J jobname -P -dependency=jobid-checkpoint=time-restart=JOBID executable args.参数说明-p partition：分区-n ntasks：作业任务数-N nodes：节点数-i infile：标准输入文件-o outfile：标准输出文件-e errfile：错误输出文件-t time_in_minutes：作业时间限制（以分钟为单位），作业到期不能完成时，将自动被系统终止-D path：改变计算节点作业执行时的工作目录，绝对路径-O -overcommit：指定每个CPU上可以运行多个进程-l -label：在任务输出中增加任务编号-J jobname:指定作业名-P ：描述作业依赖关系，指定的作业完成后才运行本作业-checkpoint=time：指定周期性保留的周期，单位为分钟；最小值为1小时-restart=JOBID：指定作业从JOBID恢复运行，只是在作业保留之后的作业恢复时使用executable args 可执行程序、脚本与参数等使用范例1） 提交需要8个CPU的作业srun n 8 ./a.out2） 提交需要4个节点的作业srun N 4 ./a.out3.3批作业提交（sbatch）功能描述批作业提交命令名sbatch参数格式sbatch -p partition -N nnodes -n ntasks -i in -o out -e err -t minutes -D path -O -overcommit -J jobname -P -dependency=jobidexecutable args.参数说明-p partition：分区-n ntasks：作业任务数-N nodes：节点数-i infile：标准输入文件-o outfile：标准输出文件-e errfile：错误输出文件-t time_in_minutes：作业时间限制（以分钟为单位），作业到期不能完成时，将自动被系统终止-D path：计算节点作业执行时的工作目录，绝对路径-O -overcommit：指定每个CPU上可以运行多个进程-J jobname:指定作业名-P ：描述作业依赖关系，指定的作业完成后才运行本作业executable args 可执行脚本与参数等使用范例1）提交一个需要4个节点的批作业脚本sbatch -N 4 myscript其中脚本myscript的内容需要按照下列格式书写：#！/bin/shsrun N 4 ./a.out注意事项1） 只能用户使用2） 脚本必须按照使用范例中的格式编写。第一行必须以#!/bin/sh开头3.4作业状态查询 （squeue）功能描述作业与状态查询命令名squeue参数格式squeue -i seconds -S fields -t states -p partitions -n node -o format -u user_name -usage -ahjlsv参数说明-a 显示所有在隐藏分区中的作业-hide不显示在隐藏分区中的作业-i :周期性输出的时间参数，单位为秒-j以逗号分隔的多个作业ID，缺省表示所有作业-l以长格式输出-n指定单个节点，缺省为所有节点-o指定输出格式-t 作业状态，以逗号分隔。合法值包括：PENDING (PD), RUNNING (R), SUSPENDED (S), COMPLETING (CG), COMPLETED (CD), CANCELLED (CA), FAILED (F), TIMEOUT (TO), and NODE_FAIL (NF)，关键字all表示全部，缺省时，只显示PENDING (PD), RUNNING (R), SUSPENDED (S), COMPLETING (CG)状态的作业。-u 用户名-V显示版本使用范例1）缺省查询 squeues l JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 140 pdebug s1 yll R 9:26:21 1 cn013.5作业终止（scancel）功能描述作业终止命令名scancel参数格式scancel -n job_name -u user -p partition -q -s name | integer-t PEN