2.4-Charmm标准安装文档.doc

Charmm标准安装文档曙光，解决方案部，李斌2010.07.221. 软件介绍CHARMM（Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics）是一种常用的分子立场，CHARMm是相应的分子动力学软件。CHARMm常用于生物大分子的模拟，包括能量最小化，分子动力学和蒙特卡罗模拟等。官方网站：/2. 软件版本我们使用的版本为charmm_c35a13. 安装前要求3.1. 需要C/Fortran编译器我们推荐使用Intel C/Fortran 编译器 11.1Intel C/Fortra 编译器安装参见 曙光HPC调试手册3.2. 需要安装标准MPI我们推荐使用Intel编译器版openmpi 来编译运行软件安装Intel编译器版OpenMPI 参见曙光HPC调试手册4. 软件编译安装4.1. 上传文件上传源码包安装charmm_c35a1.tar.gz到 /public/sourcecode。4.2. 编译Charmmi. tar zxvf charmm_c35a1.tar.gzii. cd c35a1iii. 载入使用的mpi环境变量source /public/software/mpi/openmpi1.3.4-intel.shiv. 修改tool/preflx文件vim tool/preflx第48行中，prefx改为dirname $0/prefxv. 修改Makefile模版，vim build/UNX/Makefile_em64t第2628行改为：CC = icc -Dnographics DgnuFC = $(FCOMPILER) -132 -w95 -cm -align all -integer-size 64LD = mpif90MSGLIB =第3435行改为：FC2 = $(FC) -c -O2 -mp1 -xHostFC3 = $(FC) -c -O3 -mp1 -xHostvi. 编译./ em64t large M keepf keepo其中，em64t对应build/UNX/Makefile_em64t模板large 为charmm-size, 即模拟体系的大小，可选项：huge, xxlarge, xlarge, large, medium, small, xsmall, reduceM 代表 用MPI并行keepf keepo 表示在build/em64t/下保留.f和.o文件，便于检查编译过程中的错误根据提示输入 mpi 的 include 和 lib 目录，如下Enter the absolute path to the mpi include files (mpi.h, etc.) /public/software/mpi/openmpi1.3.4-intel/includeEnter the absolute path to the mpi lib files (e.g., libmpi.a(so) /public/software/mpi/openmpi1.3.4-intel/lib输入mpi路径后，开始编译过程，编译完成后，生成可执行文件 exec/em64t/charmm.exevii. 拷贝生成的可执行文件mkdir /public/software/charmm-c35a1cp exec/em64t/charmm.exe /public/software/charmm-c35a1/5. 手动运行Charmmi. 准备算例,使用普通用户test运行算例su - testmkdir charmm_testcd charmm_testcp /public/sourcecode/c35a1/test/c35test/adin.inp ./charmm.inpcp /public/sourcecode/c35a1/test/datadir.def ./修改charmm.inp文件，改变模拟步数vim charmm.inp第15行改为set ndyn 10000ii. 载入使用的mpi的环境变量source /public/software/mpi/openmpi1.3.4-intel.shiii. 手动运行CHARMMmpirun -np 2 /public/software/charmm-c35a1/charmm.exe run.logopenmpi 程序运行方式参见曙光HPC调试手册6. 使用pbs运行Charmmi. su - testii. cd charmm_testiii. 建立提交脚本 charmm.pbs 内容如下 #PBS -N charmm#PBS -l nodes=2:ppn=8#PBS -j oe#PBS -l walltime=10:00:00cd $PBS_O_WORKDIRNP=cat $PBS_NODEFILE|wc -lmpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /public/software/charmm-c35a1/charmm.exe run.logiv. 提交作业，并查看是否正确运行qsub charmm.pbsqstat曙光信息