生物信息学软件.docx

DDBJ序列数据库http:/www.ddbj.nig.ac.jp所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目EMBL序列数据库http:/www.ebi.ac.uk/embl.html所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目GenBank序列数据库所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目STACKhttp:/www.sanbi.ac.za/Dbases.html非冗余的基因簇TIGR基因索引/tdb/index.shtml 非冗余的基因簇UniGene/UniGene/非冗余的基因簇比较基因组学(comparative genomics)名称地址说明COG数据库/COG/基于43个已完成基因组测序的微生物的蛋白质的进化分析的同源基因蔟XREFdb/XREFdb/模式生物(model organism)遗传学和哺乳类表型之间的交叉索引ASDBhttp:/C/asdb具有不同剪接形式基因的蛋白质产物和表达模式基因表达名称地址说明Axeldbhttp:/www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.htm爪蟾的基因表达BodyMaphttp:/Bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp人和小鼠基因表达数据EpoDB/EpoDB/脊椎动物(vertebrates)红细胞基因表达FlyViewhttp:/Pbio07.uni-muenster.de果蝇的发育和遗传GXD基因表达数据库/mgihome/GXD/aboutGXD.shtml 小鼠的基因表达和遗传肾脏发育数据库(KDD)http:/golgi.ana.ed.ac.uk/kidhome.html 肾脏发育和基因表达MAGESThttp:/www.genome.ad.jp/magest/welcome.html海鞘基因表达模式MethDBhttp:/www.methdb.deDNA甲基化数据、模式和轮廓小鼠基因表达数据库(MAGED)http:/Genex.hgu.mrc.ac.uk与组织相关的基因表达数据PEDB/正常和异常的前列腺基因表达RECODEhttp:/R表达过程中采用程序化翻译编码的基因斯坦福微阵列数据库(SMD)url=/microarrayhttp:/Genome-www.S/microarray/url来自微阵列实验的原始和均一化了的数据TRIPLEShttp:/Y/triples/triples.htm酵母中转座子插入表型、定位和表达牙齿发育数据库(TDD)http:/Bite-it.Helsinki.fi牙组织发育中的基因表达基因特征和结构名称地 址说 明AllGenes人和小鼠基因索引、整合基因、转录和蛋白注释Ares Lab Intron Site/research/compbio/yeast_introns.html酵母剪接体和内含子COMPELhttp:/compel.bionet.nsc.ru/复合调控元件（Composite regulatory elements）CUTGhttp:/www.kazusa.or.jp/codon/遗传密码使用表DBTBShttp:/dbtbs.hgc.jp/枯草杆菌反式作用因子和启动子EID/gilbert/EID/内含子、外显子数据库EPDhttp:/www.epd.isb-sib.ch/通过实验获得的真核生物POL II启动子非冗余数据库ExInt.sg/exint/exint.html 真核生物外显子和内含子结构HUNThttp:/www.hri.co.jp/HUNT注释了的人类全长cDNA序列IDB/IEdb/intron/index.html内含子序列和进化PLACEhttp:/www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE植物顺式调控元件遗传学和物理图谱名称地址说明DRESHhttp:/www.tigem.it/LOCAL/drosophila/dros.html果蝇突变基因同源的人cDNA克隆G3-RH/RH/斯坦福G3和TNG辐射杂交图谱GB4-RHhttp:/www.Sanger.ac.uk/Software/RHserver/RHserver.shtml人辐射杂交图谱Genebridge4 (GB4)GDB/人类基因和基因组图谱GenAtlashttp:/www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/ 人类基因、标记和表型GenMapdb/genmapdb已经定位的人BAC克隆GenMap99/genemap/国际辐射图谱合作项目下的人类基因图谱HugeMapbiogen.fr/services/Hugemap人类基因组遗传和物理图谱数据IXDBhttp:/ixdb.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/人类x染色体物理图谱RHdbhttp:/www.ebi.ac.uk/RHdb辐射杂交图谱数据基因组数据库名称地址说明AceDBhttp:/www.sanger.ac.uk/Software/Acedb/线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息AmmtDBr.it/mitochondriome/寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列ArkDB/sites.html农业相关和其他动物的基因组数据库综合的微生物资源(CMR)/tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl已完成测序的微生物基因组CropNet/农作物基因组图谱CyanoBasehttp:/www.kazusa.or.jp/cyano/Synechocystis sp.基因组EMGlibhttp:/pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html已完成基因组测序的细菌、古细菌、酵母EcoGene/EcoGene/EcoWeb/大肠杆菌(Escherichia coli)(E.coli)K-12的序列FlyBase/果蝇基因序列和基因组信息Full-Malariahttp:/fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp/红细胞期恶性疟原虫的全长cDNA文库GOBASEhttp:/megasun.bch.umontreal.ca/gobase/gobase.html细胞器基因组数据库GOLD/GOLD/已完成和正在进行测序项目的信息HIV序列数据库/HIV的RNA序列Human BAC Ends Database/tdb/humgen/bac_end_search/bac_end_intro.html非冗余的人类BAC末端序列ICBhttp:/www.mbio.co.jp/icb采用蛋白编码进行细菌的分类和鉴定INEhttp:/rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html水稻(Rice)的遗传学、物理图谱和序列数据MITOMAP/ 人类线粒体基因组MITOPhttp:/mips.gsf.de/proj/medgen/mitop/线粒体蛋白、基因和疾病苜蓿属基因组数据库(MGI)/medicago/模式苜蓿属荚果(1egumeMedicago)的ESTs、基因表达和蛋白质组数据Mendel数据库/利用基因家族信息注释的植物EST和STS序列数据库MitoDat/mitoDat/线粒体蛋白(以人类为主)小鼠基因组数据库(MGD)/小鼠遗传学和基因组慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)http:/www.mips.biochem.mpg.de/蛋白质和基因组序列NRSubhttp:/pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)基因组PlasmoDB/疟原虫属(Plasmodium)基因组酵母基因组数据库(SGD)url=/Saccharomyces/Saccharomyces/url酿酒酵母基因组TIGR微生物数据库/tdb/mdb/mdbcomplete.html微生物基因组和染色体拟南芥(Arabidopsis thaliana)信息资源(TAIR)/拟南芥(Arabidopsis thaliana)基因组ZFIN/斑马鱼遗传学、基因组和发育数据ZmDB/玉米基因组数据库分子间相互作用名称地址说明生物分子交互作用网络数据库(BIND)/分子间相互作用、复合物和通路DIP/蛋白质之间相互作用目录DPInteract/dpinteract/大肠杆菌(Escherichia coli)DNA结合蛋白的结合位点核糖体交叉链接数据库(DRC)http:/www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/ag_ribo/ag_brimacombe/drc/名称地址说明ENZYMEhttp:/www.expasy.ch/enzyme/酶命名EcoCyc/ecocyc/大肠杆菌(Escherichia coli)(K-12)基因组、基因产物和代谢通路EpoDB/EpoDB/人红细胞生成过程中的基因表达京都基因和基因组百科全书(KEGG)http:/www.genome.ad.jp/kegg/代谢和调节通路LIGANDhttp:/www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html酶的配体、底物和反应RegulonDBhttp:/kinich.cifn.unam.mx:8850/db/regulondb_intro.frameset大肠杆菌(Escherichia coli)转录调节和操纵子结构UM-BBD/umbbd/微生物生物催化反应和生物降解通路WIT2/WIT2/功能治疗和代谢模型发育的集成系统突变数据库名称地址说明ALFRED/alfred/index.asp等位基因频率和DNA多态性雄激素受体基因的突变(ARGMD) 哮喘基因数据库(AGD)http:/www.mcgill.ca/androgendb/雄激素受体基因的突变哮喘和变态反应数据库http:/cooke.gsf.de/asthmagen/main.cfm哮喘和变态反应中的连锁和突变研究肿瘤学和血液学中的遗传学和细胞传学信息库biogen.fr/services/chromcancer/癌症(cancer)中染色体异常BTKbasehttp:/www.uta.fi/laitokset/imt/bioinfo/BTKbase/X-连锁血丙种球蛋白缺乏中的突变CASRDBhttp:/www.casrdb.mcgill.ca/引起FHH，NSHPT和ADH的CASR突变GRAP突变数据库http:/tinygrap.uit.no/GRAP/G蛋白偶联受体的突变(GRAP)HGBASEeractiva.de/基因内部序列多态性HIV-RT/hiv/HIV反转录酶和蛋白酶序列变异嗜血菌B突变数据库http:/www.kcl.ac.uk/ip/petergreen/haemBdatabase.htmlFactor IX基因中的点突变、短插入和短缺失人类基因突变数据库 (HGMD)http:/archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html已知发表的人类遗传性疾病的基因损伤人类PAX2等位基因变异数据库http:/pax2.hgu.mrc.ac.uk/人类PAX2基因突变人类PAX6等位基因变异数据库http:/pax6.hgu.mrc.ac.uk/人类PAX6基因突变人类I型和III型胶原基因突变数据库http:/www.le.ac.uk/genetics/collagen/人类I型和型胶原基因突变HvrBase/灵长类线粒体DNA控制区域序列KMDB.au/KMDB/ 人类眼睛疾病基因的突变KinMutBasehttp:/www.uta.fi/imt/bioinfo/KinMutBase/致病的蛋白激酶突变Mutation Spectra Database/mutbase/病毒、细菌、酵母和哺乳类基因的突变NCL Mutationshttp:/www.ucl.ac.uk/ncl/神经元蜡样质脂褐质沉积症基因突变和多态性在线式人类孟德尔遗传数据库(OMIM)/Omim/人类遗传学和基因组紊乱目录PAHdbhttp:/www.pahdb.mcgill.ca/苯丙氨酸羟化酶基因突变PHEXdbhttp:/data.mch.mcgill.ca/phexdb导致X-连锁低磷酸血症的PHEX基因突变PMDhttp:/www.phexdb.mcgill.ca蛋白质突变数据集PTCH1突变数据库http:/www.cybergene.se/PTCH/ptchbase.htmlPTCHl中的突变和SNPRB1基因突变数据库http:/www.d-lohmann.de/Rb/人类视网膜母细胞瘤基因(RB1)的突变dbSNP/SNP/单核苷酸多态性iARC p53数据库http:/www.iarc.fr/p53/文献报告的人类p53基因错义突变和小片段缺失p53数据库/dnam/mainpage.html人类p53和hprt基因突变、啮齿类转基因lacI和lacZ突变病理学名称地址说明小鼠肿瘤生物学数据库(MT/ 小鼠肿瘤名称、分类、发病串、病理学、遗传因素口腔癌基因数据库(OCGD)/Oral/oral.html 口腔癌相关基因的细胞、分子和生物学数据PEDBhttp:/chroma_/PEDB/前列腺组织和细胞类型特异的cDNA文库的序列肿瘤基因家族数据库(TGDBs)/tgdf.html多种癌症(cancer)相关基因的细胞、分子和生物学数据蛋白质数据库名称地址说明AARSDBhttp:/rose.man.poznan.pl/aars/index.html氨酰tRNA合成酶序列DatA/group/arabprotein/拟南芥(Arabidopsis thaliana)中注释了的编码序列ESTHERhttp:/www.ensam.inra.fr/cholinesterase/酯酶和/水解酶及相关分子内源性GPCR列表/GPCR.html细胞系中表达的G蛋白偶联受体GPCRDB/7tm/G蛋白偶联受体HIV分子免疫学数据库/immunology/HIV的抗原决定簇HUGEhttp:/www.kazusa.or.jp/huge/较大的(50kDa)人类蛋白质和cDNA序列组蛋白数据库/histones/组蛋白、组蛋白折叠序列和结构IMGThttp:/imgt.cines.fr:8104/人类和其他脊椎动物(vertebrates)的免疫球蛋白、T细胞受体和MHC序列IMGT/HLAhttp:/www.ebi.ac.uk/imgt/hla/人类主要组织相容性复合体InBase/neb/inteins.html插入蛋白质序列和基序(motif)LGICdbhttp:/www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html配体门控离子通道(ion channel)亚基序列MHCPEP.au/mhcpep/MHC结合肽MetaFam/集成的蛋白质家族信息核受体资源/nrr/nrr.html核受体超家族PKR/蛋白激酶序列、酶学、遗传学、分子和结构特性PPMdbhttp:/sphinx.rug.ac.be:8080/ppmdb/index.html拟南芥(Arabidopsis thaliana)质膜蛋白序列和表达数据Peptaibolhttp:/www.cryst.bbk.ac.uk/peptaibol/welcome.html抗生素(antibiotic)肽序列PhosphoBasehttp:/www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/蛋白质磷酸化位点PlantsP/植物蛋白激酶和蛋白磷酸化Prolysishttp:/delphi.phys.univ-tours.fr/Prolysis/蛋白酶、天然和合成的蛋白酶抑制剂(protease inhibitor)蛋白质信息资源(PIR)/综合的、注释的、非冗余的蛋白质序列数据库核糖核酸酶P数据库/RNaseP/home.htmlRNaseP序列、对齐和结构SWISS-PROT/TrEMBLhttp:/www.expasy.ch/sprot蛋白质序列TIGRFAMs/TIGRFAMs功能明确蛋白质家族的资源TRANSFAChttp:/transfac.gbf.de/TRANSFAC/index.html转录因子和结合位点OoTFD/转录因子和基因表达TrEST、trGEN和Hitshttp:/hits.isb-sib.ch/预测的蛋白质序列蛋白质序列Motif名称地址说明BLOCKS/蛋白质家族的序列保守区域CluSTrhttp:/www.ebi.ac.uk/clustr/将SWISS-PROT+TrEMBL蛋白自动归类InterProhttp:/www.ebi.ac.uk/interpro/蛋白质家族、结构域和位点的集成信息资源PIR-ALN/pirwww/dbinfo/piraln.html蛋白质序列联配PRINTShttp:/www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/分层的基因家族指纹PROSITEhttp:/www.expasy.ch/prosite/具有生物学意义的蛋白模式和轮廓ProtoMap/对SWISS-PROT蛋白质进行自动分类SBASEhttp:/hydra.icgeb.trieste.it/kristian/SBASE/注释了的蛋白质结构域序列SMARThttp:/smart.embl-heidelberg.de/结构域序列SYSTERShttp:/systers.molgen.mpg.de/基于多种资源对蛋白质序列进行分类Emotif/emotif蛋白质序列模体查询Iproclass/iproclass/注释了的蛋白质分类数据库蛋白质组资源名称地址说明Aaindexhttp:/www.genome.ad.jp/dbget/肽的物理化学属性Proteome Analysis Databasehttp:/www.ebi.ac.uk/proteome/应用interpro和clustr在线式进行全基因组中蛋白质的功能分类SWISS-2DPAGEhttp:/www.expasy.ch/ch2d/注释了的2D-PAGE数据库酿酒酵母蛋白质数据库(YPD)/databases/index.html酿酒酵母蛋白质组数据库RNA序列名称地址说明ARED.sa/富含AU元件的mRNAsCollection of mRNA-like Noncoding RNAshttp:/biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/非编码蛋白的RNA转录欧洲人小亚基核糖体RNA数据库http:/rrna.uia.ac.be/ssu/index.html利用二级结构信息对核糖体RNA小亚基序列进行联配HyPaLibhttp:/bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/HyPa/RNA分类的结构元件特征Intronerator/kent/intronerator/Celegans的RNA剪接和基因结构；Cbriggsae和Celegans基因组联配RNA中非标准作用/bp_type/已知RNA结构中非标准的碱基碱基相互作用RISSChttp:/ulises.umh.es/RISSC核糖体16S-23S RNA基因间隔区域RNA修饰数据库/RNAmods/RNA中天然修饰的核苷核糖体数据库项目(RDP)/rRNA序列，联配和系统发生SRPDB/dbs/SRPDB/SRPDB.html信号识别颗粒RNA、蛋白质和受体信息小RNA数据库/smallRNA原核生物和真核生物小RNA序列的直接测序数据TmRNA网站/tmrnaTmRNA序列、折叠和联配tRNA序列http:/www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/tRNA和tRNA的基因序列tmRDB/dbs/tmRDB/tmRDB.htmltmRNA(10SaRNA)序列结构名称地址说明ASTRAL/已知结构、选择亚群和序列相关的结构域序列BioMagResBank/蛋白质、肽和核酸的核磁共振数据CE/ce.html计算和观察3维结构对齐CKAAPsDB/perl/browser.pl序列不同而结构相似的蛋白质CSDhttp:/www.ccdc.cam.ac.uk/prods/csd/csd.html有机物和金属有机物复合体的晶体结构信息大分子运动数据库/MolMovDB/蛋白质和大分子运动的描述HIC-Uphttp:/alpha2.bmc.uu.se/hicup/小分子(异源复合物)的结构HSSPhttp:/www.sander.ebi.ac.uk/hssp/结构家族和对齐，结