chromas使用说明.doc

关于Chromas使用说明:Chromas应用程序可以用来查看和编辑DNA的峰形图,图谱文件一般为SCF格式(*.scf)，您一般所收到的email和测序报告的磁盘中的图谱文件一般都是SCF格式的，此软件的主要使用方法如下：打开email后，把附件中的所有文件保存到硬盘，先阅读使用说明，然后运行Chromas补丁文件，接着双击打开Chromas应用程序，图1为打开Chromas后的程序界面。图11. 点击菜单栏上的“File”中的“Open”或点击工具栏上的“Open”按钮,打开文件。如图 2，找到您存放email结果的目录，选中一个图谱文件（在此以图谱A为例）。图22. 打开了图谱文件以后，窗口内显示的是测序结果的峰形图.如图3。由于测序仪器或其它一些原因测序结果会有一些误差。双脱氧终止法测序是从引物3端之后第一个碱基开始测序.没有测序的引物序列.测序时，由于荧光染料的干扰，测序结果在引物3端后面的10至30个，严重时可能达到70个以上碱基不一定能够准确判读，需你根据自己的已知序列信息及测序彩图作出判断如图在第一个位置处漏读了一个A，在第五和第六个碱基中间，测序仪漏读了一个A碱基，第二个碱基测序仪把C和A两个碱基误读为一个N值等。由于染料单体的干扰和迁移率的原因，这些问题较多的发生在序列的起始的部分。这些机器造成的错误可以人为的把其校正修改过来。图4为修改后的序列图谱。但并不是所有的N值都可以校正，在此以PCR样品的B序列图谱为例，如图5，此序列在79bp后许多地方有N值，由于样品突变的原因，该序列中明显包含两种模板，因此有两套峰，这些N值是不能正确校正的，只能将该样品进行克隆后进行测序。由于测序胶体迁移率的原因，一般的样品在500bp后峰形会有所变差，这样只能根据峰形作适当的修改，随着往后的峰形越差，能辨别的程度也就越低，若要确切的知道后面的序列，建议根据情况加测反应。要提醒的是，校正碱基一定要根据峰形来作适当的校正，一个峰对应一个碱基，不可盲目修改。图3图4图53. 可以选取菜单栏上的“Edit”中的“Copy Sequence”下的命令来复制整个序列，“Plain Text”可把序列复制为纯文本形式，“FASTA Format”可把序列复制为FASTA格式，然后把内容粘贴到文本编辑器中，如记事本，如图6。图64. 可选取菜单栏上的“Edit”中的“Reverse Complement”来给序列做反向互补，如图7。图7另外,还可以选取“File”中的“Export”或直接单击工具栏上的“Export”按钮来导出文件，导出文件时可以选三种不同的格式：“Line”、“Formatted Text”、“FASTA”。如图8。导出后的文件SEQ格式，即我们email给您的结果中的序列文件。图81. 首先把测序后的序列和你目的基因的序列都拿到2.到这个网页/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq3. 在上面的大空格放入测序得到的