install gaussian in linuxGaussian 03 Opteron系统安装指南.doc

Gaussian03Opteron系统安装指南一、 系统需求Gaussian 03 C.02 源文件版PGI Fortran编译器 pgf77 5.1 (注：使用pgf90或者PGI 6.0都可能存在兼容问题无法编译)双核四路Opteron处理器Linux系统。注：Gaussian官方说明仅支持SuSE Linux 9.0，但本安装说明在 HP XC Linux 3.0 和 TurboLinux 上测试通过(部分系统可能需要进行细微修改，请参见“修改源码”部分)。二、安装前的设置1) 切换至C Shell，并设置g03root环境变量 $ /bin/csh % setenv g03root /usr/pkg # 设置 G03 安装路径，这里将安装至 /usr/pkg/g03/ 目录。 % cd $g03root2) 解压，并设置访问权限 % tar xvfz wkssrc.tar.gz % chgrp -R g03 g03 # 设置 G03 访问权限，这里只有 g03 组的用户才可以使用 G03。 % cd g03 % ./bsd/install三、修改源码Gaussian 03 C.02对某些Opteron系统可能出现不兼容的现象，若安装失败，可以尝试下列方法：1) 修改bsd目录下 cachesize 文件运行 $g03root/g03/bsd/cachesize 如果输出的不是一个整数，编译过程将出现错误而无法完成此时可以打开该文件，将grep cache /proc/cpuinfo | uniq | tr -d :alpha:punct:改为grep cache size /proc/cpuinfo | uniq | tr -d :alpha:punct:或者grep cache /proc/cpuinfo | uniq | tr -d :alpha:punct: | head -12) 到zixia BBS量化版或者量子化学网论坛 (/bbs/)量化类软件版发文求助四、开始安装 % source $g03root/g03/bsd/g03.login % bsd/bldg03 &make.log五、检查安装是否成功完成编译完成后，检查make.log文件结尾是否有编译错误终止的提示。运行 % ls $g03root/g03/*.exe应该有80个文件。六、修改登入批处理文件 .login # .login commands setenv g03root /usr/pkg # 这里设置G03安装目录为 /usr/pkg/g03 setenv GAUSS_SCRDIR /scratch/ # 这里设置G03临时文件目录(rwf文件等)为 /scratch/ source $g03root/g03/bsd/g03.login 注：Gaussian 03 D.01支持PGI 6.0 以及 SuSE Linux 9.0, 9.1, 9.2, 9.3; SuSE Linux Enter. Server 9 SP3; RedHat Enterprise Linux 4 Update 2等多种Linux系统。G03其他版本升级至D.01需要100美元工本费（报价）。注2：感谢zixia BBS qchem和defoe关于G03安装问题的讨论。Gaussian03Linux下的设置获得已编译好的g03软件包:g03.tgz.假设解压至/home/g03, 即 tar xzf g03.tgz。然后在.bashrc(假设系统的shell默认是bash shell)加入如下环境变量export GAUSS_EXEDIR=/home/g03/g03export g03root=/home/g03export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/g03/g03export PATH=/home/g03/g03/:$PATHexport GAUSS_SCRDIR=/tmp 最后source .bashrc 或 . .bashrc即可。g98在单机linux下编译及修改link详细完成版首先感谢在bbs上发文章的朋友(主要是zixia量化计算和厦大理论化学中心论坛)及身边的朋友，我的工作是在他们的基础上完成的。有了大家的帮助，我才从未接触过linux 和量化计算到能够完成这件事，用了不是很长的时间。虽然是班门弄斧，但能够写出点东西让大家少走弯路，我很高兴。 对于只是使用g98来说，使用执行程序就可以了。以下情况需要编译： 1 需要修改和添加g98源程序。 2 需要针对电脑对g98优化，以便使计算更快。 3 练习。 Linux下编译linux 源代码，windows下编译windows源代码（我从来没见过windows源代码。也可将linux 源代码转换成windows源代码，不过太费时间了也没有必要。） 下面开始介绍如何编译修改： 一、首先有一台电脑，我的配置是athlon 1400, L2 cach 256k, RAM 256M, HDD 40G。 二、操作系统是red hat 9.0 linux, 2.4.20-8。（窍门，在root根用户下操作和图形界面下解压和拷贝粘贴非常方便。） 三、编译器g98默认是pgf77, 既pgi workstation 里的，对包括intel,amd 的cpu进行了优化。也可使用其他编译器，但须修改包括i386.make在内的一些文件。找到的pgi3.2 3.1 破解， 在我的环境下会出错，另外功能不如5。使用5.0以上的应没问题。我用的是pgi 5.2 试用15天版， 可从免费下载, 如需长期使用，可修改系统时间，或装个时间不变的软件，我想网上应该有。 Pgi正式版按如下网页安装。注意: 修改set path = ($PGI/linux86/bin $path)为set path = ($PGI/linux86/5.2/bin $path)。试用版将 setenv LM_LICENSE_FILE $PGI/license.dat lmgrd.rc start 这两行去掉。 Portland Group F77 Installation Instructions for Linux come from /support/index.html 1. Obtain Portland Group Fortran 77 compiler The Portland Group Fortran compiler is a commercial software product and must be purchased from The Portland Group. Currently PGI offers a free 15-day trial of their compiler products. 2. Install Portland Group Fortran compiler A. Setup installation directories % su # /bin/csh # cd /usr/local # mkdir pgi # setenv PGI /usr/local/pgi B. Uncompress archive # cd /tmp # mkdir pgi # cd pgi # cp /download_dir/linux86-F77_tar.gz /tmp/pgi # gunzip linux86-F77_tar.gz # tar xpf linux86-F77_tar C. Install pgf77 # /tmp/pgi/install Read and accept the terms of the license agreement Install package 2 (F77 only) Select y and change the installation location to /usr/local/pgi Create an evaluation license if you have not yet purchased pgf77 Read and accept the terms of the license agreement Enter your name, username as root, and email address Select y to make the files in the installation directory read only # chmod -R 755 /usr/local/pgi # chown -R root:root /usr/local/pgi # exit 3. Obtain a permenant license key for the compiler Without a permenant license the compiler and all derived executables will cease to function after 15 days. A. Purchase Portland Group Fortran 77 compiler from from The Portland Group. B. Follow the instructions given in PGIs email to obtain a FlexLM license key C. Using your favorite text editor, paste the resulting license key into the /usr/local/pgi/license.dat file 4. Setup the PGI environment % su # cd /usr/local/pgi # vi pgisetup I (to enter insert mode)setenv PGI /usr/local/pgiset path = ($PGI/linux86/bin $path)setenv LM_LICENSE_FILE $PGI/license.datlmgrd.rc start:wq (to quit and save) 5. # touch flexlm.log # chmod 666 flexlm.log # exit 6. Running pgf77 Using the FlexLM license, pgf77 can be run by any user so long as only a single copy of pgf77 is run at any given time. Before using pgf77, you must execute the following command to start the FlexLM daemon and correctly setup the environment: % /bin/csh $ source /usr/local/pgi/pgisetup After using pgf77, you may execute the following command to stop the FlexLM daemon: $ /usr/local/pgi/linux86/bin/lmgrd.rc stop Source 后可键入pgf77试一下。 四、安装库文件: 拷贝/usr/local/pgi /linux86/5.2/lib/libblas.a 到/usr/local/lib, 到atlas 的网页/atlas/archives/linux下载相应硬件的库，我的是 atlas3.4.1_Linux_ATHLON.tgz。将其中的libf77blas.a 解压至/usr/local/lib。 五、安装g98a11 linux 。 按如下网页安装。注意：第5项不用。在第7项前修改i386.make，方法见后面第六项：修改i386.make。我的机器编译用时20分钟。如果几次编译不成功后编译成功，会耗时至50分钟，是因为产生了一些文件的作用。 Gaussian 98 Installation Instructions for Linux come from /support/index.html 1. Obtain Gaussian 98 Gaussian 98 is a commercial software product and must be purchased from Gaussian, Inc. 2. Make sure that your version of Gaussian 98 is compatible with your operating system Gaussian 98 Rev A10 and lower is compatible with Red Hat Linux 6.X, but not Red Hat Linux 7.X. Gaussian 98 Rev A11 and higher is compatible with both Red Hat Linux 6.X and 7.X. If you are attempting to install an older version of Gaussian on a newer version of Red Hat Linux, contact Gaussian, Inc. to obtain an updated version of Gaussian 98. 3. If software is provided on a tape, create a tar file from the tape % su # cd /download_dir # tar xvof /dev/tape # tar cvf g98.tar g98 # exit 4. Obtain and install the Portland Group Fortran 77 compiler (required) See the separate instructions for this installation procedure. 5. Obtain and install optimized BLAS libraries Obtain the optimized Linux BLAS libraries from the Intel/Sandia ASCI project. Submit the registration form, go to the download page specified in the email message you receive, and download the Linux Single processor BLAS for Pentium II Xeon Version 1.2F made in March 2000 library (lsblaspii1.2f_03.00.a) Obtain updated blas-f2c library from Gaussian, Inc. For Red Hat Linux 6.X download blas-f2c_rh6.a, or for Red Hat Linux 7.X download blas-f2c_rh7.a. % su # cd /usr/local/lib # cp /download_dir/lsblaspii1.2f_03.00.a blas-opt.a # cp /download_dir/blas-f2c_rhX.a blas-f2c.a # chmod 755 blas-opt.a # chmod 755 blas-f2c.a 6. Extract g98 files # cd /usr/local # tar xvof /download_dir/g98.tar # chmod 755 g98 # chown -R root:root g98 7. Compile g98 # /bin/csh (if not already in csh or tcsh) # unset autologout # setenv g98root /usr/local # source /usr/local/pgi/pgisetup # cd $g98root/g98 # bsd/install & install.log # bsd/bldg98 & bldg98.log (takes up to an hour) 8. Change file permissions # cd /usr/local/g98 # chmod -R o+r * # chmod o+x bsd/set-mflags 9. Optionally, isolate version of g98 with a symbolic link (only if you have multiple versions of Gaussian 98 on your system) # cd /usr/local # mv g98 g98A7 (or appropriate version) # ln -s g98A7 g98 # exit 10. Setup a user to run g98 and do a test run % cd % mkdir g98 % cd g98 % vi g98setup I (to enter insert mode)setenv g98root /usr/localsetenv GAUSS_SCRDIR /tmpsource $g98root/g98/bsd/g98.login:wq (to quit and save) 11. % /bin/csh (if not already in csh or tcsh) % source g98setup % cp -p /usr/local/g98/tests/com/ % cp -p /usr/local/g98/tests/alpha-osf1/test001.log test001.log.alpha % g98 test001.log.linux % tail test001.log.alpha % tail test001.log.linux 12. Optionally, setup g98 system policies such as max disk space % su # cd /usr/local/g98 # vi Default.Route I (to enter insert mode)-#- MaxDisk=512MB:wq (to quit and save) 13. # exit 六、修改i386.make。 修改i386.make中的 p6 为我的 athlon, cachsize 为L2 cach 大小，我的是262144。其他cpu 可在 pgi 程序中查到。不改应也能通过，但最好优化。 其它按以下网页修改。注意：拷贝后要把前面8个空格变成Tab。如果库文件不能用，可把BLAS注释掉，但就没有数学优化了。 发信人: jarodpardon (Jarod), 信区: Gaussian 标 题: 成功编译FTP上的G98_A11.2的源码 发信站: BBS 大话西游站 (Sun Jun 6 20:32:38 2004), 转信 折腾了我很长时间，总是在编译l402.F时候出错。 今天使用Google大法加上亲身实践解决了这个问题，错误的原因是函数的多重声明 把FTP上的G98_A11.2_src源码解包后，需要改一个make 文件 如果你的机器是x86体系的(我的是Athlon)，修改./bsd/i386.make 首先改blas库的路径 比如我的是 BLAS = /usr/lib/libblas.a /usr/lib/libf77blas.a 然后是改 l402.exe 的make 指令 找到以 l402.exe: 开头的那一行(大概是第348行) 把这一段改为 l402.exe: $(EXTRAS) l402.a $(RUNFSP) -e m$* $(BSDDIR)/main.F $(RUNMAKE) $(MAKELOC) OPTFLAG=$(OPTFLAG) $(EXTRAS) $*.a m$*.o cp l402.a local402.a ar x l402.a bd0402.o ar d l402.a bd0402.o $(RUNF77) $(FFLAGS) -o $*.exe m$*.o $(EXTOBJ) $*.a bd0402.o $(EXTRAS) $(GAULIB) $(LIBS) rm -f m$*.* bd0402.o mv local402.a l402.a 另外，还要改 l609.exe 那一段， 否则也会出现类似 l402.exe 的错误 改为 l609.exe: $(EXTRAS) l609.a $(RUNFSP) -e m$* $(BSDDIR)/main.F $(RUNMAKE) $(MAKELOC) OPTFLAG=$(OPTFLAG) $(EXTRAS) $*.a m$*.o cp l609.a local609.a ar x l609.a bd0609.o ar d l609.a bd0609.o $(RUNF77) $(FFLAGS) -o $*.exe m$*.o $(EXTOBJ) $*.a bd0609.o $(EXTRAS) $(GAULIB) $(LIBS) rm -f m$*.* bd0609.o mv local609.a l609.a 改完了i386.make 后， 运行 ./bsd/bldg98 编译， 应该没问题了 发信人: jmbi (xiaoxin), 信区: Gaussian 标 题: Re: 成功编译FTP上的G98_A11.2的源码 发信站: BBS 大话西游站 (Tue Aug 31 08:59:38 2004), 站内 看明白是在PC机器上compile code 如果在workstation就没有这样的函数错误了 七、修改link 可先添加 write (6,*) modified link试一下。执行后会在结果里出现。 1、按以下方法修改 注意：先source pgisetup, g98setup。 How to recompile Gaussian links? From http:/iqc.udg.es/perico/howtomodify.html Once the links have been properly modified they have to be recompiled. G94 and G98 have a useful tool to do it. Well describe a procedure to carry out this operation from C shell First of all, its a good idea to keep the original executable and source code files for the links to be modified. For instance renaming them to l103.exe.old and l103.F.old. Mv l103.exe l103.exe.old cp l103.F l103.F.old mv l301.exe l310.exe.old cp l301.F l301.F.old Then perform the corresponding modifications over l103.F and l301.F files. Finally, as described in the Gaussian 98 manual, page 232, just type the following commands cd g98root/g98 source bsd/g98.login mg l103.exe mg l301.exe Note that the recompilation procedure has to be made from the g98root/g98 directory. In normal conditions new l103.exe and l301.exe files should have been created. A good option is to move this files to the CPDIR or to the users bin directory and restore the original l103.exe and l301.exe files. For instance mv l103.exe /bin mv l301.exe /bin mv l103.exe.old l103.exe mv l301.exe.old l310.exe 2或这样修改,可试一试： bsd/bldg98 linkrest l301.exe 完。Gaussian98的PBSscript下面是一个用来run Gaussian98的PBS script.具体用法：1)将此script存成一个文件，文件名可以为q982)将此文件赋予执行权。Chmod +x q983)q98 output#!/bin/tcsh#Usage:# q98 inputfile outputfile#echo # Interpret this job script using tsch ! $1:r.qsubecho #PBS -S /bin/tcsh $1:r.qsubecho $1:r.qsubecho # Send email to my account on this server when this job begins, ends, or aborts $1:r.qsubecho #PBS -m ae $1:r.qsubecho $1:r.qsubecho # Set the rerunnable property to no $1:r.qsubecho #PBS -r n $1:r.qsubecho $1:r.qsubif (grep -c nproc $1 = 1) thenset maxcpu=grep nproc $1 | awk -F= print $2| sort | tail -n1echo #Use a max of $maxcpu CPU $1:r.qsubecho #PBS -l ncpus=$maxcpu $1:r.qsub# if ( $maxcpu 16 ) then# echo #PBS -q q17t32 $1:r.qsub# echo 0# elseif ( $maxcpu 8 ) thenif ( $maxcpu 8 ) thenecho #PBS -q q9t16 $1:r.qsubelseecho #PBS -q q2t8 $1:r.qsubendifecho $1:r.qsubelseecho # Use a max of 1 CPU $1:r.qsubecho #PBS -l ncpus=1 $1:r.qsubecho #PBS -q q1 $1:r.qsubecho $1:r.qsubendifecho setenv g98root /usr/local/kjcho $1:r.qsubecho source /usr/local/kjcho/g98/bsd/g98.login $1:r.qsubecho $1:r.qsubif (! -d /b0/$USER ) mkdir -p /b0/$USERecho setenv GAUSS_SCRDIR /b0/$USER $1:r.qsubecho cd $PWD $1:r.qsubecho /usr/local/kjcho/g98/g98 $1 $2 $1:r.qsubif ($3 != nosub) thenqsub $1:r.qsubendifGaussian98安装使用说明针对G98版本(一).对系统管理者而言安装:（1） 每个节点必须安装有/usr/lib/libxlf.a（2） 安装空间800M（3） 创建gauss用户和gauss组。用户gauss的主目录为/public0/gauss，以后步骤用gauss身份进行安装。（4） 在服务节点的公共目录下安装，如/public0/g98；或在每个节点的相同目录都安装一份。（5） 将linda.tar.gz 和g98-power3.tar.gz（用于Power3-II CPU）拷贝到/public0目录下。（6） 进入/public0，展开文件g98-power3.tar.gz：gzip -d -c g98-power3.tar.gz | tar xvf -（7） 进入/public0/g98，展开文件linda.tar.gz：gzip -d -c linda.tar.gz | tar xvf -（8） 设置环境变量g98root：setenv g98root /public0（9） cd $g98root/g98/linda，执行命令：./common/bin/install-pkg $g98root/g98/linda（10） cd $g98root/g98；执行命令：bsd/linda-lnx（11） 检查/usr/ucb/rsh是否存在，若不存在，在每个节点做一个连接，即ln -s /usr/bin/rsh /usr/ucb/rsh（12） 建议在NFS的服务节点安装。如果在NFS的客户节点安装，会存在路径问题，即用户目录前面多了/tmp_mnt。要避免这个问题，那麽在执行第10条linda-lnx命令时，必须在安装节点上执行。运行:当在多节点上运行，且每个节点使用多CPU时，系统管理员需在文件$g98root/g98/bsd/g98l中增加一行：setenv GAUSS_LFLAGS -mp CPU个数。如在曙光3000上单节点的CPU个数为4，因此，所增加的一行应为：setenv GAUSS_LFLAGS -mp 4。备注：如果用户需要读写大于2GB的文件，和使用大于256MB的内存空间，必须修改系统配置以适应用户要求。具体做法如下： 1. 系统管理员依次登录到每个运行gauss程序的节点，修改节点上的文件/etc/security/limits。2. 找到/etc/security/limits中有关用户的段落，将其中的fsize, data, rss, stack字段都设为-1。如果没有找到相应用户的段落，就在文件末尾增加。3.在所有PowerPC平台上必须安装gauss的power1版本。所有Power3架构的平台必须安装gauss 的power3版本。在目前的曙光3000上，所有计算节点都安装了gauss程序，服务节点没有安装，所以用户不能使用服务节点运行gauss程序，否则会发生错误。（二）.对用户而言使用条件：1.) gauss用户的所属组必须是gauss ；2.) 用户应在自己的环境文件（.cshrc或ksh，做相应调整）中增加如下语句：setenv g98root /public0set path = ( $path $g98root/g98 $g98root/g98/bsd $g98root/linda/rs6k-3.2/bin )source $g98root/g98/bsd/g98.login3.) 在自己主目录下创建.tsnet.config文件，并在该文件中加入要运行的节点名。如 Tsnet.Appl.nodelist: suma0 suma1 suma2 suma3运行作业：1.) 在本地节点上运行gauss程序：% g98 *.txt2.) 在多个节点上运行gauss程序：% g98l New-Virtual Machine。Virtual machine configuration 选Custom。 Virtual machine format 选New - workstation5。 Guest operation system就是你要安装的操作系统的类型，选Linux Memory的设置要尽可能大些。一般可以指定自己机器一半的内存。 Network connection我选择的是bridged，这样你安装的操作系统就和你的网络上的机 器具有相同的网络环境，网络设置上也和你自己用的机器类似，就是IP地址不同。 注意最后设置Disk file时，一定要自己指定Disk file的路径到一个剩余空间最大的驱 动器，在本例中，disk file将达到2G多的大小