乳腺癌耐药研究思路

乳腺癌化疗中蒽环类化疗药耐药监测新指标,基于 GCBI 挖掘新成果,基于文献内容的梳理,脱离开文献，只关注数据看看能挖掘到什么新知识,梳理文献内容,/gclib/html/pubmed/detail/21422418,蒽环类化疗药作用点,抑制拓扑异构酶IITOP2A通过嵌入 DNA 双链之间，形成稳定复合物，抑制DNA 与RNA合成，从而阻碍快速生长的癌细胞的分裂。,蒽环类化疗药及乳腺癌化疗方案组合,AC 方案： 多柔比星+环磷酰胺,TAC 方案：多柔比星+环磷酰胺+多西他赛,柔红霉素多柔比星阿柔比星表柔比星伊达比星,研究目的,试验设计,样本分组,文中分析过程,文中分析结果,GCBI 衍生分析策略,GCBI 衍生分析结果,1,2,3,4,5,6,7,发现与 pCR 密切相关的基因表达标志物,pCR,pathologic complete response 病理完全缓解,能使用蒽环类化疗药的病人？,Top2A是已确认为预测蒽环类化疗药的 Marker,distant metastasis-free survival (DMFS) 无远处转移生存时间,DMFS,Overall Survival总生存时间,OS,标准为：化疗全部结束时，无乳腺和腋窝淋巴结转移；原位无转移肿瘤也被定义为,试验设计,ER 阴性病人、无论 HER2是否扩增,时间周期：2003年1月至2008年6月,治疗方案：,表柔比星每三周重复一个周期，共4个周期,验证队列,Biomarker (p53 Gene) Analysis and Combination Chemotherapy Followed by Radiation Therapy and Surgery in Treating Women With Large Operable or Locally Advanced or Inflammatory Breast Cancer,Randomized Clinical Trial to Evaluate the Predictive Accuracy of a Gene Expression for Stage I-II Breast Cancer,组织者：M.D. Anderson Cancer Center,组织者：European Organisation for Research and Treatment of Cancer - EORTC,评估方法,FISH 法评估 TOP2A 的 DNA 扩增和缺失,免疫组织化学法评估 TOP2A 的 蛋白表达量,基因表达谱芯片评估 TOP2A 的 mRNA,基因表达谱芯片评估 TOP2A 共表达基因表达量,ROC 的 AUC判断诊断能力,TOP2A基因群+基质基因群+免疫基因群构成了 A-score的成分,-33,-23,-25,148,-9,148,-9,148,-9,106,113,114,FEC氟尿嘧啶、表柔比星、环磷酰胺,TET多西他赛 - 表柔比星 - 多西他赛,FAC氟尿嘧啶、多柔比星、环磷酰胺,T/FAC紫杉醇、氟尿嘧啶、多柔比星、环磷酰胺,两个临床试验项目的Validation,没有任何一种临床指标与 pCR 显著相关HER2阳性虽与 pCR 相关，但是没有显著性意义,TOP2A DNA扩增与TOP2A 蛋白表达量无显著相关,TOP2A DNA扩增与pCR显著相关,TOP2A DNA扩增检测的重现性不好,需要多基因特征图谱发现蒽环类化疗药耐药患者,TOP2A 共表达基因群,为什么会想到TOP2A基因群,TOP2A 上下游1M 区域基因的 DNA 特征FISH,TOP2A 上下游1M 区域基因的mRNA表达特征基因芯片,HER2+ 样本，TOP2A 共表达基因群显然与 pCR显著相关,top2a mRNA水平,top2a共表达基因群mRNA水平,ER-/HER2-,ER+/HER2-,ER+/HER2-,HER2+,ER-/HER2-,ER+/HER2-,ER+/HER2-,HER2+,ER-/HER2+ 表柔多星,TOP2A 共表达基因群,ER-/HER2+ 表柔多星+紫杉醇,与 pCR 显著关联,免疫类基因标志物,基质转移类基因标志物,Tumor- associated lymphocytes as an independent predic- tor of response to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer. J Clin Oncol 28:105-113, 2010,A stroma-related gene signature predicts resistance to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer. Nat Med 15:68-74, 2009,与 pCR 关联的其他标志物,A-Score 整合了TOP2A共表达基因群基质转移类标志物免疫反应类标志物的所有优点对蒽环类化疗的样本预后判断效果优于紫杉醇化疗样本,A-score 的计算方法,A-Score = Pr(ER-/HER2-) * (PLAU+ STAT1) + Pr(ER-/HER2+) * (TOP2A signature + PLAU+ STAT1),Pr(ER-/HER2-),肿瘤样本，根据 ER 和 HER 的 mRNA 表达量计算出的ER-/HER2-、ER-/HER2+概率,Pr(ER-/HER2+),STAT1代表了 ER-/HER2-和 HER2+情况下免疫反应模块的标志,PLAU代表了 HER2+情况下肿瘤侵袭的分子标志物,A fuzzy gene expression-based computational approach for improving breast cancer prognostication. Genome Biol 11:R18, 2010,A-Score= -0.024,两组临床试验中，非常高的真阴性率并且不区分 HER2是否阳性,脱离文献，挖掘数据,所有样本分类