计算化学在化学中的应用

1 计算化学在化学方面的应用计算化学在化学方面的应用 摘要 计算化学在最近十年中是发展最快的化学研究领域之一 通过对具 体的分子系统进行理论分析和计算 能比较准确地回答有关稳定性 反应机理 等基本化学问题 如今计算化学已被广泛用于材料 催化和生物化学等研究领 域 本文主要就计算化学的背景 计算化学常用的方法及其在化学化工中的应 用等几个方面作一简单介绍 关键词 计算化学 材料 催化 应用 Abstract Computational chemistry is one of the fastest growing areas of chemical research in the last decade Through theoretical analysis and calculations to a specific molecular system one can accurately answer the basic chemical problems for example the stability and the reaction mechanism etc Today computational chemistry has been widely used in materials catalysis and biochemistry research In this paper the background of computational chemistry the commonly used methods in computational chemistry and its application in chemistry and chemical industry have been briefed respectively Key words Computational chemistry Materials Catalysis Application 1 1 计算化学的背景介绍 计算化学的背景介绍 计算化学 Computational Chemistry 在最近 10 年是发展最快的化学研 究领域之一 它是根据基本的物理化学理论 通常是量子化学 以大量的数值 运算方式来探讨化学系统的性质 最常见的例子是以量子化学计算来解释实验 上的各种化学现象 帮助化学家以较具体的概念来了解 分析观察到的结果 除此之外 对于未知或不易观测的化学系统 计算化学还常扮演着预测的角色 2 提供进一步研究的方向 另外 计算化学也常被用来验证 测试 修正或发展 较高层次的化学理论 同时 更为准确或高效的计算方法的开发创新也是计算 化学领域中非常重要的一部分 量子化学 作为量子力学的一个分支 是将量子力学的基本原理和方法 应用于研究化学问题的一门基础科学 其核心问题就是通过一系列近似 求解 薛定谔方程 常用的 Hartree Fock 模型建立在四个近似基础上 即非相对论 近似 核固定近似 单电子近似以及原子轨道线性组合成分子轨道近似 在这 些近似的基础上 分子体系的薛定谔方程演变为 Roothaan 方程 求解该方程 时 如果不再引入新的简化或近似 严格进行数学积分来求解 这种计算方法 称为从头算方法 Ab initioMethods 从头算方法在理论和方法上都比较严格 是目前最精确的量子化学计算方法 如果在求解 Roothaan 方程过程中引入经验 参数来简化复杂的数学积分 称为半经验方法 Semi empirical Methods 20 世纪 80 年代是量子化学计算飞速发展的时期 出现了 Gaussian 软件 1 是进行从头算的鼻祖 目前已经成为计算化学研究的重要工具 Gaussian 量子化学计算程序包是美国 Gaussian 公司开发的一个功能强大的量子化学综 合软件包 可执行各类不同精度的分子轨道计算 包括 Hartree Fock 水平从 头算 HF Post HF 从头算 密度泛函理论 DFT 以及多种半经验量子化学 方法 进行分子和化学反应性质的理论预测 目前已成为国际公认的最优秀的 化学计算软件 2 2 计算化学常用的方法及其介绍 计算化学常用的方法及其介绍 下面对计算化学中常用的几种理论计算方法作一个简单的介绍 2 12 1 从头算方法从头算方法 从头算方法仅使用一些最基本的物理常数 如光速 普朗克常数等 作为 已知参数 完全利用数学工具来求解薛定锷方程 而不引入任何经验性质的化 学参数 由于绝大多数化学体系的薛定锷方程没有严格的解析解 只能在求解 的过程中引入各种数学近似 使用数值解法得到结果 因此 从头算方法并不 是 100 的从头算 给出的结果并不是薛定锷方程的严格解 使用不同的从头算 3 方法得到的解的精度也各不相同 为了解决多电子体系薛定谔方程近似求解的问题 D R Hartree 在 1928 年提出了 Hartree 假设 将每个电子看成是在其他所有电子构成的平均势场中 运动的粒子 同时提出了迭代法的思路 根据这个假设 将体系电子哈密顿算 子分解为若干个单电子哈密顿算子的简单加和 每个单电子哈密顿算子中只包 含一个电子的坐标 因而体系多电子波函数可以表示为单电子波函数的简单乘 积 这就是 Hartree 方程 由于 Hartree 没有考虑电子波函数的反对称因素 Hartree 方程实际上是不成功的 1930 年 Hartree 的学生 B A Fock 和 J C Slater 分别提出了考虑泡利原理的自洽场迭代方程和单行列式多电子体系 波函数 这就是 Hartree Fock HF 方程 不同的从头算法考虑了不同的相关能项 如 HF 方法只考虑了同电子自旋 的相关 交换相关 问题 而没有考虑相反自旋的电子相关问题和瞬时电子相 关的问题 MPn 方法给体系考虑了微扰项 而更为精确的计算应包含更多的相 关能相 如组态相互作用方法 CIS tCISD 和耦合簇方法 CASSCF 等 在 理论和方法上从头算方法都是比较严格的 迄今 小分子体系到大分子体系 从静态性质到动态性质 从分子内相互作用到分子间相互作用 各方面都有从 头算法的应用 对过渡金属配合物 金属原子簇合物等大分子化合物的研究也 迅速增加 但基于计算精度和计算资源的矛盾考虑 从头算法主要应用于小分 子体系的高精度计算 对中等大的小体系进行定量计算 对大分子体系的定性 计算三个方面 2 22 2 半经验方法半经验方法 从头算法虽然有严谨的理论支持 能得到较好的计算结果 但是当遇到诸 如酶 聚合物 蛋白质等大分子体系时 计算很耗时 其计算代价无法承受 为了在计算时间和计算精度上找到一个平衡点 科学家们以从头算法为基础 忽略一些计算量极大但是对结果影响极小的积分 或者引用一些来自实验的参 数 从而近似求解薛定谔方程 就诞生了半经验算法 如 AM1 PM3 MNDO CNDO ZDO 等 半经验方法理论上没有从头算法那么严谨 因而在处理复杂体系的中间体 过渡态时会遇到一定的困难 其计算的结果只 4 带有定性和半定量的特性 主要用于非常大的体系计算或处理大体系的第一步 或为了得到一些分子的初步研究结果 2 32 3 密度泛函方法 密度泛函方法 DFTDFT 密度泛函方法也要求解薛定锷方程 但与从头算法和半经验法不同的是 密度泛函方法不使用波函数 而使用电子的空间分布 即电子密度函数 通常 情况 密度泛函方法在计算速度上优于从头算方法 而在精度上可与较高级别 的从头算法相媲美 上世纪 90 年代以来 DFT 方法发展迅速 已经在理论计算的很多方面如 计算键能 预测化合物结构和反应机理等方面 取得了巨大成功 它的突出优 点就是运算快速 同时能很好地处理电子相关 3 3 计算化学在化学化工中的应用 计算化学在化学化工中的应用 计算化学在化学领域中有着广泛的应用 通过对具体的分子系统进行理论 分析和计算 从而能比较准确地回答有关稳定性 反应机理等基本化学问题 如今计算化学已被广泛应用于材料 催化和生物制药等研究领域 2 5 其方法 和结果都显示出了其他研究手段无法比拟的优越性 下面就计算化学在化学化 工中的应用做一个简单的介绍 主要包括催化化学 材料与能源科学 生物化 学等几个领域 煤是重要的能源之一 近年来随着量子化学理论的发展和量子化学计算方 法以及计算技术的进步 使得对于深入探索煤的结构和反应性之间的关系成为 可能 6 首先对于煤裂解机理的研究 Hou 7 等使用 Gaussian 程序 利用模型 化合物从量子化学的角度证明了煤热解的自由基机理的合理性 同时指出了化 合物中弱键的裂解能与化合物的裂解率有直接的关系 Cody 8 等用量子化学密 度泛函方法结合 NMR 化学位移数据的测量研究了煤的主要成分木质素衍生物中 的醚键 芳基 O 烷基 及其在褐煤到次烟煤成煤过程中的变化 发现木质 素衍生物的一级结构即使在相当温和的热变质条件下也不能保持 水泥是重要的建筑材料之一 1993 年 计算量子化学开始广泛地应用于 5 许多水泥熟料矿物和水化产物体系的研究中 解决了很多实际问题 9 钙矾石 相是许多水泥品种的主要水化产物相之一 它对水泥石的强度起着关键作用 Cheng 10 等根据 Moore 和 Taylor 合成的钙矾石结构进行量子化学研究 通过 计算发现含锶 钡钙矾石的宏观强度高于钙矾石 这与实验值很好地一致 同 时还预测了含 Fe Mg Mn 和 Zn 钙矾石的形成强度 发现含 Mg 钙矾石中氧 的键级出现了负值 净电荷出现了正值 这说明含 Mg 钙矾石是不存在的 对于生物分子 由于其分子量一般比较大 因此生物大分子体系的量子化 学计算一直是一个具有挑战性的研究领域 11 计算化学在生物化学领域的应用 包括运用量子化学来模拟生物分子的结构 例如 Lei 12 等采用 PM3 半经验方 法对生物活性物质大豆苷元进行了量子化学计算 得出了它的分子轨道及其能 级 电荷密度 键长 二面角参数等 计算结果表明 大豆苷元分子中苯并吡 喃环带较强的正电荷 易与受体的负电荷中心结合 在催化化学领域 计算化学的作用也越来越受到重视 例如 分子在分子 筛骨架中的吸附是影响分子筛催化活性和选择性以及分离效率的重要步骤 因 此研究分子筛骨架与探针分子的相互作用对研究其催化性能至关重要 并有助 于设计更高效的催化剂 Jiang 13 等采用量子化学方法研究了锂型丝光沸石 LiMOR 的结构及其对胺类分子的吸附性能 结果表明 胺分子与分子筛之间 的主要作用力为氮上的孤对电子和锂离子之间的静电作用力 胺分子与分子筛 骨架氧之间的弱氢键作用对其吸附有一定的稳定作用 再比如 苯和甲苯与在 电极或过渡金属表面的催化加氢有许多实验研究 然而 苯分子在铂电极上究 竟以何种方式吸附 吸附过程如何进行是很值得探讨的问题 Yu 14 等采用密度 泛函方法计算了考虑水溶剂效应下苯与铂化学吸附作用的位能曲线 表明苯与 铂的吸附是自发过程 有水溶剂作用时吸附作用能被降低 展示出明显的水溶 剂效应 且铂在苯环上发生吸附转移 4 4 结束语 结束语 综上所述 可以看出在材料 能源 催化以及生物大分子体系研究中 量 子化学发挥了重要的作用 近十几年来 由于电子计算机的飞速发展和普及 6 量子化学计算变得更加迅速和方便 可以预言 在不久的将来 计算化学将在 更广泛的领域发挥更加重要的作用 参考文献参考文献 1 Frisch M J Trucks G W Schlegel H B et al Gaus sian 03 M Pittsburgh PA Revision C 02 Gaussian Inc 2003 2 Lu X H Wang Y X Reaction between Dichlorovinyli dene and Formaldehyde Concerted and Stepwise J J Phys Chem A 2003 107 39 7 885 7 890 3 史福强 徐志成 安静仪 等 呋喃 乙酸分子间相互作用的量子化学研究 J 化 学学报 2005 63 4 283 288 4 刘朋军 常鹰飞 孙昊 等 HCCO 与 CH 2 双自由基反应微观动力学的理论研究 J 高等学校化学学报 2005 26 4 723 726 5 徐开来 谢代前 鄢国森 SnCl4 和 DMF 作用下 1 三氯锡烷基 2 3 丁二烯与甲醛 反应机理的理论研究 J 化学学报 2004 62 20 2 003 2 006 6 王宝俊 张玉贵 秦育红 等 量子化学计算方法在煤反应性研究中的应用 J 煤 炭转化 2003 26 1 1 7 7 侯新娟 杨建丽 李永旺 煤大分子的量子化学研究 J 燃料化学学报 增刊 1999 27 142 148 8 Cody G D Saghi Szabo G Calculation of the C 13NMR Chemical Shift of Ether Linkages in Lignin De rived Geopolymers Constraints on the Preservation of Lignin Primary Structure With Diagenesis J Geochim ica Et Cosmochimica Acta 1999 63 2 193 205 9 于京华 程新 刘福田 等 量子化学在水泥化学领域的研究进展 J 硅酸盐通报 1999 1 40 44 10