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文档简介

SWISS MODEL同源建模的方法 SWISS MODEL同源建模简介 SWISS MODEL是一个自动化的蛋白质比较建模服务器 该服务器提供用户三种模式可选择 Automaticmode 简捷模式 用于建模的氨基酸序列或是Swiss Prot TrEMBL http www expasy org sprot 编目号 accession 可以直接通过web界面提交 服务器会完全自动地为目标序列建立模型 用户可以选择指定模板结构 模板可以来自由PDB数据库 http www pdb org 抽取得到的内建模板库 也可以上传PDB格式的坐标文件 Alignmentmode 联配模式 这个模式需要多序列联配的结果 序列中至少包括目标序列和模板 最多可输入5条序列 服务器会基于比对结果建模 用户需要指明哪一条序列作为目标序列 哪一条又作为模板 Projectmode 项目模式 这种模式允许用户提交经过手工优化的请求给服务器 DeepView被用来建立一个项目文件 它包含了模板结构 以及目标序列与模板的联配结果 这个结果也要上传到服务器 这种方式提供对建模过程中细 SWISS MODEL网页界面 我们选择简捷模式 填写正确的邮箱 会有邮件 输入蛋白质序列 提交以后会出现 在线显示的有的时候速度有点慢 耐心等待 Ps 珍惜劳动成果 这可是等了一个小时的成果 反馈的结果也可以在myWorkspace中查看 自己的邮箱是用户名 邮件里边有password 可以把结果保存下来 预测的三维结构 SWISS MODEL网页界面 我们再选择联配模式 接着会出现下面的界面
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