IDI微生物鉴定(脂肪酸分析)系统PLFA应用案例及其它

MIDI微生物鉴定（脂肪酸分析）系统PLFA应用案例及其它,颜淑玮2011.1.4,PLFA分析原理,PLFA定义PLFA是磷脂脂肪酸(phospholipidfattyacid)的英文缩写。PLFA是构成活体细胞膜的重要组分群落分析基本原理部分PLFA总是出现在同一类群的微生物中,而在其它类群的微生物中很少出现PLFA混合样本分析根据不同类群微生物的指示性PLFA不同,通过提取和分析指示性PLFA,测定其含量,可定量反映活体微生物中不同类群的生物量及总生物量。,应用范围,指示环境因素变化对微生物群落变化的影响（包含菌根共生，植物与微生物相互作用）领域细分环境与资源科学农林牧渔科学植物与土壤科学海洋、水文/水利、河流/湖泊科学生态与环境保护科学,其他群落分析方法,DNA测序（STS-PCR（sequence-taggedsite）+T-RFLP/DGGE/TGGE；二代测序仪，100万条序列/次）Boilog法（碳源代谢差异）PLFA分析优势：灵敏度、准确性（SD小）；取样便利，保真性；工作量；成本（二代测序10万RMB/次）,MIDI在PLFA中的优势,MIDI提取及分析方法由于低成本、其简单性、可同时处理大量样品而被广泛应用于土壤微生物群落研究GC-MS进行PLFA分析微生物指示性PLFA的特异性文库工作量,MIDIPLFA方法研发中！（预计3月底完成第一步）,PLFA特征性脂肪酸文库(C9-C30)标准化提取方法（2天2小时）GC分析时间：15minPLFA专用标准品$2000,PLFA研究案例分析,文献标题：Theeffectsofmineralfertilizerandorganicmanureonsoilmicrobialcommunityanddiversity研究单位：南京师范大学化学与环境学院及生命科学学院杂志名称：PlantSoil接收日期：2009-3-25,分析方法及结果,脂肪酸分组：细菌（革兰氏阳性/阴性、嗜氧/好氧）、真菌、放线菌含量小于1%及单一样本中检出的PLFA被剔除分析，检出29种显著PLFAs。用PLFA总量（19:0FAME内标法定量）表征微生物总量，主要含量组成为cy17:0,16:0,2-and3-OH-FAs,18:19,18:26,9及a17:0，占总量约40%。,分析结论,1细菌及放线菌PLFA含量在OM+NPK样本中最高，N样本中最低OM+NPK施肥方式显著刺激土壤原核生物生长，单纯N肥施肥方式则有抑制作用（导致酸化降低微生物群落丰度及多样性）2土壤中细菌特别是革兰氏阴性菌含量最高，对土壤施肥方式更敏感，相对于真菌及放线菌指示性更强。3革兰氏阳性及厌氧菌PLFA含量在OM样本中最高，而真菌PLFA在NPK样本中最高革兰氏阳性菌对有机肥敏感而真菌对无机肥敏感4真菌PLFA含量在NPK样本中最高，P样本中最低NPK均衡施肥对土壤真菌生长重要4与1不一致细菌、真菌对有机肥和无机肥应答不同,PCA（PrincipalComponentAnalysis）原理,多样本多维分析（以脂肪酸为维）二维界面显示（ex.PC1vs.PC2）最大程度展示系统变异（PC1PC2)当累计方差贡献率大于80%，可全面反映系统变异样本固有性质在反映变异情况的二维主成分界面上得以展现，由其本身性质决定丛集或分离。,PCA案例一,PCA案例二,主成分的组成因素：第一主成分主要综合微生物PLFA总量和细菌PLFA第二主成分主要综合“真菌/细菌”及真菌PLFA,微生物鉴定应用注意点,优势一步鉴定到株型(菌库中已有菌株），亲缘性分析可分型弱势肠道菌（遗传高度相关）鉴定准确性为属级，推荐使用碳源利用鉴定法,关于配置,2011年MIDI发布最新GC配置，已转发大家，请注意更新安捷伦提供电脑默认为WIN7系统，与MIDI不兼容。建议自购电脑或提前告知安捷伦销售更改发货电脑系统。,谢谢！,有问题吗？欢迎讨论,小测试：,MIDI相