野生稻OrufipogonW1943cDNA克隆资源的.ppt

野生稻O.rufipogonW19431888个全长cDNA序列的数据分析，NCGR2008-09-03，背景下，野生稻O.rufipogon(AAgenome)是最接近栽培稻的祖先水稻品种1，2。比抗旱、耐盐等栽培大米有很多优秀的农艺性状。3，4；公共数据库中有很多栽培水稻的基因组序列信息5，6，还有很多cDNA资源7，8；少数野生稻的序列和克隆资源与oyzaminuta(bbcc genome)5，211个叶片ests9进行比较。现状和目的NCGR野生水稻资源：复制并精确排序了1888个unique O.rufipogonW1943cDNA克隆。W1943cDNA序列与籼稻、粳稻的cDNA序列比较：总结了一些新的水稻基因、潜在野生稻特有的基因、W1943特有的剪切方式基因、组织特异性高表达基因和microRNA相关基因；提供一些线索，让感兴趣的人做进一步的研究。1888 w 1943 cdnasblast against cultivaterdricegenomicsequisecesandcdnas，1888 w 1943 cdnassrcompanarisonwithdindcandjaponicacdnas但是，它与indica rice 93-11基因组序列有同源关系，与rice ESTs序列有同源关系，或与其他gramineous ESTs序列有同源关系。消除细菌和同族基因解释。粳稻的基因组测序差距或籼稻特有的基因，野生稻特有的基因。第二，新大米基因，定义：栽培大米基因组序列的同源，但不存在已知大米表达序列的同源。与RiceMPSS搜索相比，几乎没有匹配的片段。说明：大米的新基因。或者栽培大米中表达量太少，难以复制，或者野生大米特有的。第三，W1943独特剪切方法基因，定义：与栽培稻粳基因组序列(100%identity)完全一致，与栽培稻表达顺序同系化，但切割方法独特(独特AS剪切方法)。说明：或AS表示法尚未复制。或对野生稻的独特。soew 1943 cdnasuniquesplingpattern，3360 theexpressionlevelfeverygeneshouldexceed 100t time permillion(pm)ofatlasstoon: ifthegeneexpressedinseveraldiversetiues，Thenthepercentageofthehighestexpressionlevelshouldbemorethan 75% amoongallethan: theratioofthefirsttwohighestexpressionlevelshouldbeover 10。41 putative tissue-specific genes 10，/rice/，intro n出现在exon传单上；在Intro中，将显示exon，exon将剪切intro。在intergenic地区出现exon，两个exon结合在一起，形成单个exon，4个组织特异性高表达基因，5个潜在的miRNA和miRNA目标基因，microRNA s: 21-23nt小分子RNA，具有发夹结构的70-99具有种间保守性。作用方式：在目标对象mRNA(大部分3UTR区域)上结合不完全互补，诱导蛋白质翻译抑制，不影响转录本的稳定性。少数miRNA能够以类似于siRNA的方式诱导目标mRNA的分解。根据互补性的完成情况起不同的作用。判断过程和标准11:潜在野生稻mirna、Cu 406292 pre-mirna、Cu 40943 pre-mirna、reference、1.wang、z.y .second、g .章，x .章，x .章，s .赋，y .su，z .Wang，x .and sun，C. 2006，identification iflories)、plantmol.biol .62，247-59.4.tian、f .Zhu、z .章、b .et al.2006、finemappingofaquitlocusfoons)，theor.appl.genet .113，619-29.5。internationricegenomesequency cing project。(2005)，themap-basedssequencofthericegenome，nature，436，793-800.6。Yu，j .Hu，s .Wang，j .et al.2002，adraftsequencofthericegenomeoryzasatival . ssp . indica，science，2002therice full-lengthcdnacoonsortium。(2003)，collection，mapping，Andannotationaofover 28，000 cdnaclonesfromjaponicaric，science，301，376-379.CHO，s.k .ok，s.h .jeung，j.u .et al. (2004)，comparatveanaly