生物信息学课堂测验

1、.1 武汉生物工程学院课程考试试题武汉生物工程学院课程考试试题 2012-2013学年第二学期课堂测验学年第二学期课堂测验 课程名称：生物信息学课程名称：生物信息学 使用班级：使用班级：10生工、生技钱班生工、生技钱班 考试方式：开卷考试方式：开卷 考试时间：考试时间：50分钟分钟 .2 一、填空题（每题1分，共30分） 1. 生物信息学三大核酸序列网站是生物信息学三大核酸序列网站是 、 和和 ， 基因组浏览器有基因组浏览器有 。 2. 数据库常用的数据检索工具有数据库常用的数据检索工具有 、 和和 。 3. 生物信息学常用的软件有生物信息学常用的软件有 、 和和 ；常用；常用 引物设计软件有

2、引物设计软件有 ；常用系统发育分析软件；常用系统发育分析软件 有有 ；常用多序列联配的软件有；常用多序列联配的软件有 。 .3 4. 引物设计最常用的软件有引物设计最常用的软件有 和和 。DNAMAN软软 件的主要作用有件的主要作用有 和和 。 5. 蛋白质三级结构预测的主要方法包括蛋白质三级结构预测的主要方法包括 、 和和 。 6. 系统发育树根据树的具体表达形式分为物种树和系统发育树根据树的具体表达形式分为物种树和 。 系统发育树的构建方法有系统发育树的构建方法有 、 。 .4 7. 蛋白质一级结构是指蛋白质一级结构是指 ，二级结构基本单元包，二级结构基本单元包 括括 、 。 8. 成熟的

3、成熟的microRNA长度约长度约 个碱基，其前体双链个碱基，其前体双链RNA通通 常具有常具有 结构，在细胞核内经结构，在细胞核内经 切割，抑止基因的切割，抑止基因的 表达。表达。 9. 多序列比对的工具有多序列比对的工具有 和和 。 .5 二、选择题（每题1分，共20分） 1 以下哪一个是以下哪一个是mRNA条目序列号：条目序列号： A. J01536 B. NM_15392 C. NP_52280 D. AAB134506 2 Refseq和和GenBank有什么区别：有什么区别： A. Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序序

4、列列 B. GenBank提供的是非冗余序列提供的是非冗余序列 C. Refseq源于源于GenBank，提供非冗余序列信息，提供非冗余序列信息 D. GenBank源于源于Refseq 3如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择：如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择： A. OMIM B. Entrez C. PubMedD. PROSITE .6 4直系同源定义为：直系同源定义为： A. 不同物种中具有共同祖先的同源序列不同物种中具有共同祖先的同源序列 B. 具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源 序列序

5、列 C. 同一物种中由基因复制产生的同源序列同一物种中由基因复制产生的同源序列 D. 同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列 5如果有一段如果有一段DNA序列，它可能编码多少种蛋白质序列：序列，它可能编码多少种蛋白质序列： A. 1B. 2C. 3D. 6 6要在数据库查询一段与某要在数据库查询一段与某DNA序列编码蛋白质最相似的序序列编码蛋白质最相似的序 列，应选择：列，应选择： A. blastn B. tblastn C. tblastp D. blastx .7 7系统发生树的两个特征是：系统发生树的两个特征是： A. 进化

6、分支和进化节点进化分支和进化节点B. 树的拓扑结构和分支长度树的拓扑结构和分支长度 C. 进化分支和树根进化分支和树根 D. 序列比对和引导检测方法序列比对和引导检测方法 8蛋白质编码区域占人类基因组百分比是：蛋白质编码区域占人类基因组百分比是： A. 1-5%B. 5-10% C. 10-20% D. 20-4-% 9第一个被完整测定的基因组序列是：第一个被完整测定的基因组序列是： A. 啤酒酵母的啤酒酵母的3号染色体号染色体 B. 流感病毒流感病毒 C. X174 D. 人类基因组人类基因组 .8 10构建进化树最直接的错误来源是：构建进化树最直接的错误来源是： A. 多序列比对错误多序列

7、比对错误 B. 采样的算法差异采样的算法差异 C. 假设进化分支是单一起源假设进化分支是单一起源 D. 尝试推测基因的进化关系尝试推测基因的进化关系 11下列哪一个是基于字母特征的系统发生分析的算法：下列哪一个是基于字母特征的系统发生分析的算法： A. 邻位连接法（邻位连接法（NJ法）法） B. Kimura算法算法 C. 最大似然法（最大似然法（ML） D. 非加权平均法（非加权平均法（UPGMA） 12下列不能用做系统发育分析的软件有（下列不能用做系统发育分析的软件有（ ） A. Clustal X B. Oligo 6 C. MEGA D. AMOVA .9 13从头预测真核基因的原因有

8、（从头预测真核基因的原因有（ ） A. 外显子外显子/内含子边界难以确定内含子边界难以确定 B. 内含子长度可能只有几内含子长度可能只有几 个碱基对个碱基对 C. 编码区域的编码区域的GC含量并不总是与非编码区相同含量并不总是与非编码区相同 D. 以上三以上三 个方面的原因个方面的原因 14下列不属于三大核酸序列数据库的是（下列不属于三大核酸序列数据库的是（ ） A. GenBank B. EMBL C. DDBJ D. Swiss- Prot 15向核酸数据库向核酸数据库GenBank提交数据，应使用下列哪个软件提交数据，应使用下列哪个软件 （ ） A. BLAST B. Sequin C.

9、 SRS D. TreeBASE .10 16 NCBI使用的搜索引擎是（使用的搜索引擎是（ ） A. SRS B. Entrez C. getentry D. google 17 GBFF的数据格式中结尾标识是（的数据格式中结尾标识是（ ） A. / B. ! C. * D. 18SnRNA的功能是的功能是 A. 参与参与RNA的剪接的剪接 B.激活激活RNA聚合酶聚合酶 C. 形成核糖体形成核糖体 D.是是rRNA的前体的前体 .11 19AtPTR1-AtPTR6氨基酸序列相似度非常高，在构建进化氨基酸序列相似度非常高，在构建进化 树时，应该优先选择什么方法？树时，应该优先选择什么方法？

10、 A. FM 法法 B. N/J法法 C. MP 法法 D. ML法法 20 miRNA的主要作用是（的主要作用是（ ） A.蛋白质的合成蛋白质的合成 B.参与参与rRNA的修饰的修饰 C. 参与参与mRNA的特异降解的特异降解 D.参与小体参与小体RNA的拼接的拼接 .12 二、选择题（每题1分，共20分） 1 以下哪一个是mRNA条目序列号： A. J01536 . NM_15392 C. NP_52280 D. AAB134506 2 Refseq和GenBank有什么区别： A. Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序 列 B. GenBank提供的是非冗余序列 .

11、 Refseq源于GenBank，提供非冗余序列信息 D. GenBank源于Refseq 3如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择： A. OMIM B. Entrez . PubMedD. PROSITE .13 4直系同源定义为： . 不同物种中具有共同祖先的同源序列 B. 具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源 序列 C. 同一物种中由基因复制产生的同源序列 D. 同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列 5如果有一段DNA序列，它可能编码多少种蛋白质序列： A. 1B. 2C. 3. 6 6要在数据库查询一段与某DNA序列编码蛋白质最相似的序 列，应

12、选择： A. blastn B. tblastn C. tblastp . blastx .14 7系统发生树的两个特征是： A. 进化分支和进化节点. 树的拓扑结构和分支长度 C. 进化分支和树根 D. 序列比对和引导检测方法 8蛋白质编码区域占人类基因组百分比是： . 1-5%B. 5-10% C. 10-20%D. 20-4-% 9第一个被完整测定的基因组序列是： A. 啤酒酵母的3号染色体 B. 流感病毒 . X174 D. 人类基因组 .15 10构建进化树最直接的错误来源是： . 多序列比对错误 B. 采样的算法差异 C. 假设进化分支是单一起源 D. 尝试推测基因的进化关系 11

13、下列哪一个是基于字母特征的系统发生分析的算法： A. 邻位连接法（NJ法） B. Kimura算法 . 最大似然法（ML） D. 非加权平均法（UPGMA） 12下列不能用做系统发育分析的软件有（ ） A. Clustal X . Oligo 6 C. MEGA D. AMOVA .16 13从头预测真核基因的原因有（ ） A. 外显子/内含子边界难以确定 B. 内含子长度可能只有几 个碱基对 C. 编码区域的GC含量并不总是与非编码区相同 . 以上三 个方面的原因 14下列不属于三大核酸序列数据库的是（ ） A. GenBank B. EMBL C. DDBJ . Swiss-Prot 15向核酸数据库GenBank提交数据，应使用下列哪个软件 （ ） A. BLAST . Sequin C. SRS D. TreeBASE .17 16 NCBI使用的搜索引擎是（ ） A. SRS . Entrez C. getentry D. google 17 GBFF的数据格式中结尾标识是（ A） . / B.