pubmed生物医学信息资源及其检索

1、医学信息检索医学信息检索 PubMed主要内容 qPubMedPubMed概况 qPubMed数据来源 qPubMed检索机制 qPubMed检索运算符 qPubMed检索方法 q结果的显示、保存 q其他辅助功能 PubMed概况 p创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国 生物技术信息中心(NCBI) n1997年6月开始向全球开放 p特色：具有收录范围广、内容全、检索途径 多、检索体系完备等特点，部分文献还可在 网上直接免费获得全文。 p与Medline光盘数据库的区别：检索机制、检 索界面、检索方法以及收录文献数量不同。 PubMed数据来源 pMEDLINE： pubmed-indexe

2、d for medline pIn Process Citations：每天收录，尚 未经规范处理的数据。pubmed-in process pPublisher-Supplied Citations：由出 版商提供的电子文献，每条记录标有 PubMed-as supplied by Publisher。 n自动转换匹配功能自动转换匹配功能(Automatic Term Mapping) n对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行 对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是： MeSH表(MeSH Translation Table)、期刊刊名表 (Journal Transl

3、ation Table)、短语表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4个表 中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单 词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间 是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个 词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。 PubMed检索机制 n短语检索短语检索(Phrase Searching) n也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语 作为一个词组进行检索，可用双引号“ ” 将其引起来。如：“drug therapy”作为词 组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配， 也不进行MeSH词的扩检。

4、 PubMed检索机制 PubMed检索运算符 n逻辑运算符： n逻辑与：AND，逻辑或：OR，逻辑非：NOT。 n当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序 从左至右，括号可以改变运算顺序。 n截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上 一个截词符，chem*表示用词根进行检索。 n双引号：“ ”，表示对引号中的短语进行检索。 n检索字段标识符：tag，tag为字段名称。 ti，au，ta， la，pt。 常用字段组成 标识符标识符 字段名称字段名称 中文释义中文释义 TI Title 题目 AU Author 作者 AD Affiliation 作者单位 AB Abstract 文

5、摘 DP Publication Date 出版日期 TA Journal Title Abbreviation 刊名缩写 MH MeSH Terms 主题词 PT Publication Type 出版类型 /pubmed/ PubMed 网址 高级检索 主题检索 期刊检索 文献匹配 临床咨询 特 定 主 题咨询 PubMed检索方法 n基本检索 n高级检索 n主题检索 n辅助检索 基本检索 默认检索字段 为主题、作者、 期刊 关键词、词(词组)或短语： 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer； 带有双引号” ”作

6、为短语检索：”cancer therapy”； 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6 。 限制检索字段：如liver cancerti 作者：Smith J 、 Smithau 2002年以后的文献如果作者有全称，可用全称 基本检索 期刊刊名： 可用期刊全称：GENE THERAPYTA； 可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association) 刊名中含有特殊字符，如、&等，要去掉： 如J HAND SURGAM 输入时要写成J HAND SURG AM 截词：chemo* 复杂表达式：liver

7、cancer AND therapy 带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND hasabstract 基本检索 n分析该检索课题，包含两个方面： n肝癌：liver cancer； n治疗：therapy n两个主题之间的逻辑关系是AND，即 nliver cancer AND therapy 基本检索举例1：肝癌的治疗 n分析该检索课题，包含两个方面： n作者为：马大龙（ma dl）； n作者单位为： 北京大学（peking universityad）。 基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献 n得到了两个检索结果： n作者为：马大龙（ma dl）的检索结果 n作

8、者单位为：北京大学（peking universityad）的检索结果 n利用检索史把这两个检索结果用AND组合起 来 基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献 高级检索 p限制检索或条件检索：Limit (1) 全文、摘要 (2)动物、人类 (3)文献类型 (4)语种 (5)数据库子集的限定 (6)年龄组 n分析该课题： n主题为肝癌治疗，即liver cancer and therapy n限制条件有两个： n语种为英文（English）； n文献类型为综述（Review） 高级检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献 主题检索 nmedline数据主题标引规范， 用主题词检

9、索，可以提高查全 率、查准率 点击MeSH Database打开主 题检索界面 主题检索 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 n该检索课题有两个概念：长春新碱 （Vincristine ） 、白血病（leukemia） n长春新碱治疗疾病，组配副主题词治疗应用 （therapeutic use） n白血病药物治疗，组配副主题词药物疗法 （drug therapy） n这两个概念之间是AND的关系 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第1步：检索长春新碱/治疗应用 主题检索举例： 长春新碱

10、（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第1步：检索长春新碱/治疗应用 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第1步：检索长春新碱/治疗应用 副主题词 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第1步：检索长春新碱/治疗应用 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第1步：检索长春新碱/治疗应用 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第1步：检索长春新碱/治疗应用 主题

11、检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第2步：检索白血病/药物疗法 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第2步：检索白血病/药物疗法 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第2步：检索白血病/药物疗法 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第2步：检索白血病/药物疗法 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第2步：检索白血病/药物疗法 主题

12、检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 第2步：检索白血病/药物疗法 n通过两个主题检索得到： n“长春新碱/治疗应用” 的检索结果 n“白血病/药物疗法” 的检索结果 n两个检索结果用AND组合起来，需要用 到检索史 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献 n文献匹配器 n临床咨询和系统评价 辅助检索 文献匹配器 n系统提供有两种用来查找特定文献的方式：单篇文献匹配器 （Single Citation Matcher）和多篇文献匹配器（Batch Citation Matcher）。 n如果要查找

13、某一篇文献，点击单篇引文匹配器，输入刊名、日期、 卷、期、页码、作者、题目中的一项或多项内容进行检索，系统 返回文献记录结果。如果要同时查找多篇文献，则点击多篇引文 匹配器，然后在输入框内分行输入每篇文献的查询项目。其中刊 名为必需项，其他项目没有时可省略。 单篇文献匹配器（Single Citation Matcher） 多篇文献匹配器（Batch Citation Matcher） 输入格式 临床咨询和系统评价 n用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病 的诊断、治疗、病因和预后等； n检索临床实践过程中的问题，如系统综述、多元分析、临 床试验、循证医学、实践指导、遗传学方面。

14、临床咨询和系统评价 临床咨询 临床咨询和系统评价 系统评价 PubMed Clinical Queries 临床咨询临床咨询 Directory of Topic-Specific PubMed Queries PUBMED学科、专题数据库学科、专题数据库 /bsd/special_queries.html Clinical Queries using Research Methodology Filters 临床研究方法临床研究方法 Clinical Queries using Research Methodology Filters 临床研究方法的

15、检索临床研究方法的检索 /entrez/query/static/clinicaltable.html Summary of Enhancements for Clinical Queries for MEDLINE for Studies MEDLINE数据库如何强化临床信息检索功能？数据库如何强化临床信息检索功能？ /pubs/techbull/jf04/cq_info.html NLM Resources for Informing Comparative Effectiveness 医学科研信

16、息检索医学科研信息检索 /nichsr/cer/cerqueries.html#pubmed /sites/myncbi/recen tactivity/ PUBMED上检索当天全球医学科研活动 科学网许培扬博客 http:/ 80034&do=blog&view=me&from=space PUBMED数据库高效科研信息的检索方法数据库高效科研信息的检索方法 http:/ 034&do=blog&quickforward=1&id=417271 医学语义智能检索平台 http:/www.quertl

17、/v2/search?s=r&query= Genome-sequencing&so_a=&so_j= 全球语言翻译支持 全文链接 BioMed Central PubMed Pubget 结果的显示、保存 n显示 n保存 结果的显示 n显示格式：系统提供的显示格式很多， 一般较常用的有以下3种： n（1）Summary：为默认显示格式。显 示的信息包括文献的标题、著者、出 处、PMID、综述出版类型、非英文文 献的原文语种等。 n（2）Abstract：显示信息除了文献标 题、著者、出处等基本信息外，还包 括摘要信息，以便用户了解文献详细 内容。 n（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格 式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、 题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版 类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。 结果的显示 结果的显示 n保