Ensembl-useage-and-databasePPT优秀课件

1、Ensembl的使用和数据库Ensembl useage通过查找物种，DNA，转录物，蛋白质找到entry。有5个tag，分别表示genome，chromosome region，gene，transcript，variation。左侧有配置工具。genomeInterpro：在domian上的蛋白功能预测和注释Karytype：染色体组信息Location：某一染色体片段上的基因Chromosome regionAlignment：不同物种间的序列比较用于比较的物种选择区间选择放大、缩小比例尺Synteny：相似片段在不同物种染色体上的位置Resequencing：重新测序数据Linkage

2、 data：连锁数据第三方网站：UCSC，NCBI，Vegavariation上、下游序列SNPPhenotype：与之有关的疾病等。Genomic context：已知的variation。Linkage disequilibrium：单体型的概率高于平均值Population genetic：不同种群中的情况GeneSplice variation：同一个基因表达出不同的蛋白Gene序列Regulation：影响基因表达的因素transcript5 、3两侧的序列内含子5UTR3UTRmRNA与mRNA向对应 的蛋白序列Core database Ensembl API允许通过对象来操纵数

3、据，如基因、外显子对象。 对象的存储和提取通过对象的adaptor来实现。对象adaptor知道数据库的结构和提取、修改、删除数据的方法。负责维护数据，建立连接，建立其他的adaptors对象。 数据库连接：use Bio:EnsEMBL:Registry;my $registry = Bio:EnsEMBL:Registry;$registry-load_registry_from_db( -host = , -user = anonymous, -pass=., -port=); 取得adaptor：my db_adaptors = $regist

4、ry-get_all_DBAdaptors() ;foreach my $db_adaptor (db_adaptors) my $db_connection = $db_adaptor-dbc(); printf( species/groupt%s/%sndatabaset%snhost:portt%s:%snn, $db_adaptor-species(), $db_adaptor-group(), $db_connection-dbname(), $db_connection-host(), $db_connection-port() );Ensembl databases Core:

5、DNA，转录物，蛋白质，外显子的查找，在染色体上的坐标。 Fungen：从实验得到的有关表达调控的数据。 Compara：genome alignment，同源物和蛋白质聚类（家族）。 Variation：变种，等位基因及他们的侧翼序列，相关的注释，结构变异。Core relationship 1Stable_id_eventMapping_sessionGene_archivePeptide_archiveCore relationship 2Core relationship 3Fungen database 1fgdfsFungen database 2 根据实验数据建立的，有关表达调控的数据库。 Enwsembl查询条件：名称，编号，得到seq_region_id。 用seq_region_id作为查询表达调控数据的条件。Variation database 1Variation database 2Variation database 3The protein part is rel