VASP并行参数优化PPT课件

1、VASP 并行参数优化张文帅张文帅网络信息中心超级计算中心 VASP运行时优运行时优化背景化背景 运行时间轴运行时间轴T K-Point: No. 1CPU: No. 1 CPU: No. NCOREBAND: No. 1CPU: No. 1 CPU: No. NCOREBAND: No. NPARCPU: No. 1 CPU: No. NCOREBAND: No. NPAR+1 K-Point: No. KAPRCPU: No. 1 CPU: No. NCOREBAND: No. 1CPU: No. 1 CPU: No. NCOREBAND: No. NPARCPU: No. 1 CPU:

2、No. NCOREBAND: No. NPAR+1 K-Point: No. KAPR+1CPU: No. 1 CPU: No. NCOREBAND: No. 1CPU: No. 1 CPU: No. NCOREBAND: No. NPARCPU: No. 1 CPU: No. NCOREBAND: No. NPAR+1* 总并行核心数总并行核心数 = KPAR x NPAR x NCORE= KPAR x NPAR x NCORE* 三层并行：多K-Point、多Band、 Band内部并行* 各层的并行效率与负载均衡，均依赖具体计算体系，几乎无法有预先的确定性规则，需要运行时优化。* 此类

3、优化工作在超算平台还较少见，多见于IT后台 VASP运行时优运行时优化：效果化：效果当当前于独占节点部前于独占节点部署一套实时监控优署一套实时监控优化系统化系统效果：优化耗时少，效果：优化耗时少，可节省可节省20% VASP作业机时作业机时超超算平台算平台机时分布机时分布实时监控优化结果实时监控优化结果测试仅使用空闲机时，且可以被用户作业抢断杀掉，依据耗时每个尝试最少仅迭代测试仅使用空闲机时，且可以被用户作业抢断杀掉，依据耗时每个尝试最少仅迭代2个电子步。个电子步。以以下详细结果中下详细结果中， NP0表示用户作业的申请核心数，表示用户作业的申请核心数，NP表示建议使用核心数，表示建议使用核心

4、数，KPAR、NPAR、NCORE为最重要的并行参为最重要的并行参数建议，数建议，SpeedUp代表速度倍数，代表速度倍数，Ecost代表消耗机时倍数，代表消耗机时倍数，Tc、Tr代表计算时间。代表计算时间。每每个个New字段代表一次试跑测试，字段代表一次试跑测试，BestP代代表最后的最表最后的最优结果，优结果，OK表表示示中间中间过过程无异程无异常常。实时监控优化结果实时监控优化结果用户在登陆系统后可以查到自己可用的实时优化结果，尤其可选择在作业没有运行前，修改程序，切实减少计用户在登陆系统后可以查到自己可用的实时优化结果，尤其可选择在作业没有运行前，修改程序，切实减少计算时算时间或使间或

5、使用机用机时。时。例如例如当前监控优化当前监控优化仅仅部署部署于于独占队列，因为独占作业的空闲机时较多，同时排队作业的节点核心数大多与独独占队列，因为独占作业的空闲机时较多，同时排队作业的节点核心数大多与独占节点不同，无法直接使用独占队列空闲机时进行测试占节点不同，无法直接使用独占队列空闲机时进行测试。用用户可以使用户可以使用 watch -n 50 /opt/bin/motd.sh 命令实时监控自己的最新提交作业有无优化结果可用。命令实时监控自己的最新提交作业有无优化结果可用。未来将为用户提供自己在作业内进行优化测试的脚本与方法，但是，如在作业运行时测试优化，仍会由未来将为用户提供自己在作业内进行优化测试的脚本与方法，但是，如在作业运行时测试优化，仍会由于作业核心数已固定而导致即便降低了核心数需求，但是依然会有部分核心空载并浪费。于作业核心数已固定而导致即便降低了核心数需求，但是依然会有部分核心空载并浪费。为获为获得确定得确定性的优化设置办法，性的优化设置办法，过过去也尝试了一些探索去也尝试了一些探索, ,相关结果请相关结果请参见中心资参见中心资料：料：VASPVASP并行效率测试（并行效率测试