发育系统树与遗传距离的算法

1、如何建系统发育树和计算遗传距离：1、先在NCBI上找到要比较的序列，并且把序列复制到写字板中，格式如下所示:（>Fu$coporia gilv3（HM5&4Sll）a tg ttttg tagaa tgita tcgcc tttagg 匚 qkbq tc taiaa tzicaac tttcaacaacg ga tctcttg g ttetegca 忙 gp tgaa ga aegca gcgaaa tgcga taag taa tg tgaa ttgcagaa ttcag t gaa tea tega a tctttgaacgcaccttgcgccctttgg tattccga

2、agg g 匚已 tgcctgtttgag tg teatta ta tteteaac 忙 忙阳白 tttEttttggaccgctggiagttgga tttggiaeg tge tggee gttaggg a-tegcctec tc ttaa ataagcttttacttg a tggca tgtg tag taa ttatcttcacca g tg 由尊亡也亡 tt环白 ttega 色忙g ta tee tg teggg ageataigaa 白总吉事ggcaacctttctc 匚 ttg 首匚 t匚 t匚 ttgsKzcttaa 匚包曰 gtagg 吕匸 Etc: >P.lint

3、*U£（AF534070） tegag tttttggagcg a ggcttgc tgc tgg tgegg aaaegegea tg tgeaegge tttege getea aa tccac teaacccctgtg tgeace tt 忙由 忙 ttg tcgiaagegag tag tttgagaecg tccccca tg ggggg g aegg ttageegg tagaaaggg a>g gg taaca gctcca ttegaaag gcgggg gggagagcecc ta aetetegagegaa age tttggcttgta ttta taaa

4、 tea cag ttga tg tc ttgtga a tgtga tgc teettg tgggcgaaaa tgaaa taca a>c tttca ac aacggatetctljg g tte bzgea tega tgaagaacgcagcgaaatgcga taag taa tgiljga a ttgcag aattca g tgaa tea tegaa tctttgaacgcacc ttgcgccccttgg 加 tteeg aggggca tgcetgtttgag tg teatg ttaatctcaaa teactcg tcttttttaa bzgaaa ggcttg

5、 tgg tttgg a c ttggagg tttttgctggctccg g tcggctec tea tgea tt2、打开Clustal X2软件，界面如下 GlustalX 2, 1匚回因E.iletdjt AlignmerLt Irees Qplors Quality 匪Ipad SeoucinciEsCtrllOAppend SeQucncesSave Sequences as. ，-CtrltSLoad Profile 1Load Profile 2Save F*rafile 1 as.-Save Profile 2 as,Write AliEnncnt as Postscri

6、pt Ctrl+Pfcite Profile! 1 as PosWrite Profile 2 as PostweriptQuitCtrl*Q点击File选择Load Sequences,选择刚才编辑好的写字板,注意写字板必须存放在英文字母的文件夹中。3、点击Alignment中的第一项，进行各序列比对， 比对结束之后，点击Output Format Option 选择保存格式，点击确定。最后的格式会保存写字板所在的地方。 ClustalX 2. 1fnirxDd Complete AligruirentCtrliLlodjfe： MultirlDo Guide Tree （kilyCtrl+

7、GIxees CdLots Quality HelpEile EditDo Alignment from Guide Tree Realign Sele'Cted Sequenc-es Realign Selected Residue Rang.eProfile 2 to Profile 1 Profiles from Guide Trees SequerKts to Profi 1 e 1SequerK-es to Frofile 1 firm TreeLili丄冲丄Alignment ParametersIterationOutput Farmat OptionsSet All P

8、ararcters to defaultagThh 呵tec 啊wt 口补糊琴胛时nuLT1* 列iTTfigrtwriaR 啲rrCGCGCTaiXTCUCTCJlJkCCCCT'xITlhfCrTTCTll.TCrrTCULrEamiGrrTGlUCC'n'CCCCCA Tui;CuGiTiTTTrrGCi;CIBGf-JfllWG.jCCTTC.tTflUULTt»*&r&rGUUkCCCCCTii；Clk.CCTT fiiMTslBTTTTiX'lfT'rT'MXCTTCiCTCmTCIMercrCCCCCeTi

9、lTiTfflflCTT £CCTTG|iTGn'GGC>3CG>»>»£'ICG>»£'xT'ICIh£'ICCCTTTCCtCU.T I：口IXTTdXr匸匸UGTGDLEG'TJk丁右GG Qtttt 血w; E go CT u * 5 G 沁彌 XH 乂 沁 U trr 吒 U Cr 业六 Utt 沁就 C加讯氏SaMfiOTffT"咼CTCKftTgTCTTRW："B7T HfcHT备5:bTTI近1冊即辱叶叩柯苛耐冷 UA

10、TCCZTCTTTiZIUULCClLCTGT'Jk£TTTkkTThAAA.<'»TC£»li»UiL£>CCCmrTTaSGIiTrUi：CTl>：nGT iu KrmG a? oUMr g C Gftikr i 冈月业r t itiwT u n; t t Ihx 削& g El g Er im Nn; GkTJduUr grnCQmijniinijiicOTCiEiikHiHiHM'TCW «tcKT«£rcnttECT9ri>clErvlnijTi>iiEFuscopozr i a gilva. slI这个软件，点击3、Ain格式转换成mega格式：打开已经保存好的上面黄色标志的第二个标志，出现如下界面：接着点击Utilities，在其下拉菜单中点击第一个选项,W4-