如何进行质粒查找

1、经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。今天又看到几个求质粒图谱的帖子，因此决定就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子，希望对虫子们有些帮助。这些方法，大部分是自己学习的过程中 积累的，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。方法一：安装软件 Vector NT做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，in vitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。后面的很多方法都是基于在

2、这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱（不是有虫子求 pRS系列质粒吗？帖子链接 ， 如下图，数据库中本身就有很多）。这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。（这款软件的下载和使用说明书站内很多）5726OrcubrEaseNCB1 Entre!NC01 atra?5849CircularE舐NCBI Ente;NCBI Eit話5616OrcularEaseNCBI EntrezNCBI EntrezilpRS42

3、35797OrcularEaseNCBI EntrezNC01 Entrez4970bnearBastUNKNOWNUNKNOWNHPRS31648&7CircularBasicNCBI EntezhCBI Entrez圏曲5315&oi aCrtularEaazNCBI BrtrezNCBI EntrezHDRS31447E3Qrtutar印尢NCBI EntrezNCBI EitrezU3RS3134967OrcularEaseNCBI EntrezhCBI s»tr盟E1&RS30G4373LinearBastUNKJJO 训 NUtlKHCWIJZ13

4、R.S2U04791Grcuter园stNCBI EntrezhCBI Entrez方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下1.Vector Database地址：https:/www .1 /g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入 pRS可以看到，之类质粒一共有三十多个。OaadgeneVector Database.'ecfor

5、Data匕廿亡 i$ 3 list cjf p a"T d bcktjnes from puo <s7i（jni ?tnc sese-ai cjirMrie?：i-Winj UQr】弓 mjinma i$n 云）匚写E$icn Mctera eypsslori and lertiu ral anc retrovfBl p asnuls. The database is comp ie4 by Addgene and hosiec on LabUte. LabLite floes not sell dt dismtMil vny ! Jhe pl啓rr ids Hsfeu n i

6、tus caidii>jSe=nc - Ytc忙r DHatms*3rce 3 ?nat>ej：a!?丄 4£AHGDEEfltly y ahV*«t Tw/o-HytindIcrtanSLaie-o4-irie-Art 'frchnologies Pr«-b u.f EQ-xlt c Quality n leraciorzwrr-ffir- k mkPCR PrQljUGts Topia ry less cmt 2X HrtSlrl PCR P<TJh - hv* ?f%Pfv 1 1 1z釦沁1NameTypeSourcePR3413

7、ATCCDR&4OBYeast ejpressioriAfl egene Plasmia HepositonRS4?nYeasi创獅用sionAdttaene Plasmid AeposnooPRSIIOYeasi 十的tssionAdcgene Plasmid RepM.ro*>DRS414straflagerieDRSiiaYftaei p-fwessioriAclejfW PISmB Rppxit眄DRS42BYb3JsI wprsioriAil陶曰先口1逓mid RepjyF;町pHSioaATCCEJQSX04StratcneJi items maun ng pFts

8、Clean找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了2 a d dge n e %&仙 口汛曲皿Vector Datatasc i$ a lt of pia&Tid backbones from publications and seveoj companies including dcrung mar expression.启rd lentwral and retroviral plasmics Tne database asconpiled Dy 恥巒愿 and ncsied or LabLin any of ih? plasmds listel in this

9、 catalogPlcfr i.l k-ii pRS4l3> 1； ； - i '.-i k ATCCPasmid Siae-5C0Plasmid Sequenc3 SoQuenw "必k_L賞啊213'CMh WP詞Sm«1恥非w 2- J M- 1 1 0-19 *fc a*# -w IL 4 i拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关 系，看见view sequenee 了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了。'RS413 - Vecfar SeStquefiCtMap ana Featu

10、resBLASTAliqnuest I TranslateSequenceCurrent sequence 1070 base pairs.FindVlF'Fr | FAST'ASequence;1 tcyuyL：g 111 zggLg tgac 5】catgt口匕i°i tc&gggcgcg tggugcgtg 1 HI ijggcat-MffS2D1 cjget:ggtg agcgcteigga "1 t taigtcag'g siagtcctasQ HD1 t tactet tgg cctcctctsg tgat tbt111 ttt

11、Leg旳*叭亠中tttggcgggtggtcacgc亡也ttcogtcct 11tecactctattetgd-日utcgggcctggtEgt 匕 ggtatcgttt 匚;GGyGO&t t b atttttttRtatgactictt L二Click io HeightGEX 3d.© 5仁29A巧el cuts be-fore 214PJcel. cuts before 69EFisc, cuts 応fereHIS3ORFJtarr 负丹 1163BsiWL cuts ter(xe A17 Nhai. artt baton 1000 Bmtl tuts before

12、1013Bdl. cuts D&ftre 1J53acdyctcccgcttaaicatg ©cesttttee gaacacggcs tettt t t-cto gcctcggt.A t ttrt t tC t tl&如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到Gen eBa nk 了吗？对，熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。WCUSDEFINITION ACCESSION KEYWORDS SOUR

13、CEORGANISMFEATURES sourceothermise featuregeneCDSrep_originmisc_featuremisc f eat uremisc feature因为这个网站我经常用, 因此讲解比较啰嗦。497C bpDN召S¥H20-Apr-2011sequen匚曰s; artificial sequences; vectorsLocaticn-Qualif iers1. 4970Morgan i am = " pI?S 413 "yiao 1_ t ype =" o ther DNA"complement(2

14、? . . 51)/label =" pGEX_ 3_pr i neru504. 1160Zgene=,iHIS3,'504. 1153 ylabelHISS" /口 已 neEHE：T Znote=d,ORF Crams 3" ztrfinsltiQn="MTEQKAL7KEITNETKIQ.IAISLKF,LALEKSIFFEKEAEAVA EQATQSQVIHVHTGIGFLDHMIHALAKHSGWSLIVECIGDLHIDDHHTTEIKGIALGQ AFKEALLARGVKRFGSCFAPIDEALSRAVVDLSNRPVAWELGl

15、jQREKVGDilSCEM IP HF1ESFAEASPITIMVDCIRGKNDIIHRSESAEKAIAVAIPEATGPNGTND7PGTKGVL M*-ecMpiement(15S5.1861)/label"fl_crigin"coupLement(1894. 2037)labEl="lacZ 詁200S. 2030-lahei- nMl3_pUC_f wd_pj?ine3?"2023. 2039 /label-MM13_fQrward20_primer"并且和NCBI网站的运用方式一样,以及和Vector软件的配合使用,2.Vect

16、or DB网址：http:/ge no me-www.sta /vectordb/vector.html这个网站我也用得比较多，总结和分类都比较完整。基本包括了所有表达系统的质粒信息。tafiy vectors cotmonh' usedtnwtd脈MarVectors ftich are alo inGenSatbc have dinct links to that database v:VectorDB is unsupported. Use this site as is.The VectorsOrnism Subsets * Phage Rectors Phs

17、mki Pctafs PhaMemid Hcton Phasmid Vectors CoanidVectors ykt5_Vfctors 节AC 丫亡ctorsSectors for 珈osophiiG Vectoi吕 for C 哎Zeganj Vectois for YeEi5t不过唯一有一点不爽的就是，这个网站竟然没有搜索栏啊，太不人性化了。那如何在那么多质粒信息中查找到我们所需要的质粒的信息呢？没关系，我们有网页字符查找功能，见红色标记部分。方法是：网页工具栏 编辑 在此页上查找，然后输入你的质粒名称，就可以了。比如： 我们输入pRS是不是就和搜索栏一样出现有用信息了？点击我们需要的质

18、粒进入下以页面，以质粒pRS303为例，如下图。有用信息除了对该质粒进行的一些描述性语言外，最重要的要算是红色标记部分了，sequenee link进入是该质粒的序列。NCBI link,点击直接进入了 NCBI,如何在NCBI中得到质粒图谱，下面将进行详细解 释。pRS3(>3 "* ! ctiot S«l«ct-ioEi : O <Tojir TVi.irrili«fcr : :炸 f di HR 1 D 1'XSaLf NwcrrvyybH rmr1 -pRSSu ctiL 弓蚀1tphvaiud! jAlzlIlII site

19、s butrwuuHi t>lzi uid £11ofiritegratitig vectors ATUU 771 3S-771 4 1 > diflerii for £n vitrojsTnEhesis pritiTLinsj; sites utsrfiil fo±- pg X I F11 ori - 4A- JLe-strMZ-tio-ii digc st s- of tiiu czloxic 、ot*>e*= Thoiro is eicpriEiaiiEEKaLace (restric> tfirsioxi o£51 J-O

20、ui- kil> t tlm auxtu 111cl fCj<eEibaEil4 emtr> is |>rop«*rl I*至秆毛HZ s OOSililiri : <jiRS 30305>(pRS 3O6> Oscndnits OE-utkrm 2 Vuciloj H：口 1：口eu blkd3. NCBI网址：http:/www. ncbi. nl m. /真不好意思，这么重要的网站，留到这时候才介绍，NCBI功能很广泛，其他功能我就不介绍了，重点介绍如何用 NCBI查找质粒图谱信息。如下图，search下拉框中选中Nucl

21、eotide，搜索栏输入质粒名称，拿pRS303举例：search后，得到搜索结果，如下图，点击右边的send to，选中file，genebank等选项，点击Create File选项，得到一个gb格式的文件，导入 vector软件中，就得到了我们需要的质粒 图谱了。% NCBI Re soireesHew T oNucleotideAlphabet of LrfeYeast integrative vector pRS303 with HIS3 marker, complete sequenceGenDenk UJ3435 1fasta GrantsGO 10. lyLOCUS DEFIN

22、ITIOMACCESSION TRSIONP3S3O3A443 br DNA circular 5YN 14-5EP-1995Yeast inteaiative ve=tsr pRS3O3 with HI53 marker. ccnxl«eU333SU333S.lGI:4163044 其他查找质粒图谱的网站：寒梅砺剑阁（不是很全） bioaskAddGene （西瓜版主提供，真的是个非常不错的网址）这两个网站其实也很不错的，使用方法都是大同小异， 就不特别介绍了， 希望就放收藏夹就可以了。方法三：一些重要试剂公司网页其实也是一些网站，因为这些

23、网站除了得到质粒图谱等信息，还可以得到关于质粒使用方面的信息，因此单独拿出来做一个分类。做分子的虫子都知道，现在很多质粒，特别是应用比较广泛的质粒都一些公司商业化的质粒，基本是由一个质粒你就会联想到一个公司的名字。比如简单的，克隆载体 pMD18-T, TaKaRa有木有；pGM-T，天根，有木有； 一些表达载体，使用最广泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有双 MCS的Duet系列载体，Novagen的；毕赤酵母表达质粒pPIC3.5k, pPIC9k, pPICZA pPICZaA等等，都是invitrogen的；另外一些 pYES酿酒酵母表达系统，也是invitrogen的，

24、因此知道常见的质粒是哪个公司的，去他们公司网站上肯定可以找到该质粒的相关信息。比如：这个虫子求 pGM-T载体序列，见帖子 如下图，他们公司主页有吧。tfC TIANGEN天根生化科技（北京）有限公司TIANGEN BIOTECH （B匚IJING CO . LTD.首页 关于我们 信息资讯 产品展岳 核术支持产品擾案关健字；I分类7全部基事分类二范圉暈 夬品目录二产品分養U樓酸提取与纯化.关庐品n RTCRD荧光走FCRn各类協H師肺憶b pGH-r连篠试别盍（含载体连建画目录错VT202-0120ul天;产品扬介PEHT连榷试訓盒适用于PCR产韧钠克隆冋PCR产规 曲骤为了提高達摄皴率，范

25、试制憧握俱了顔种逹握Buffer 巅卷违播效果匚2«LijatjonSufferII速连播创花口 ；棵存兼件:感竟恵纱胞要严楷的在订c冰存，socii另外：invitrogen 公司：Novagen 公司：在他们公司主页搜索栏直接搜索质粒名称，得到质粒序列，图谱什么的都不成问题，而且可以下到表达系统操作手册，原核表达看完pET表达系统操作手册，真核系统看完毕赤酵母表达系统，一些表达方面的的知识你就是半个专家了，扯远了。方法四：如何查找经过改造过的质粒的质粒图谱有些质粒是经过改造的，所以通过上述方法不能查询到相应信息。这时，可以在googlescholar中输入质粒名称，可以直观地看哪

26、些学者在何文章中使用了该质粒，从而可了解到 质粒的来源；或者籍此向作者咨询或索取。另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息，Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). " Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs." Nucleic Acids Res 38(6): e92.这篇文献，介绍了一种大肠杆菌染色体整合的方法，文中介绍了三个质粒，是由作者自己改造了，如何查找到这三个质粒图谱了呢？ 首先在PubMed中搜索到该文献，如下图。创附时Ij

27、Wfnr屜桝i拿* iiH|即*iCBiiEtr.Ers；"科肿林肝口已5 EG宿暑UM 骗站电# 庄而：1)易咅屯栖 也1 由越心*斟 总 旳借” 41 i 鼻MAfiruna, pWHIWkg ffl !Fi«Eul ：皿5口却iLfl Tht E托如刘uses l-imb-Hed mrfsied recnmHiEBrna icconpantd Srtw nkr茂ucinn M dDLZdE-stmndnu biulQ n tie -hra-n&s-ie and：亠 dan m 匚Isnud beuinc != dEsrsi ns-ntitrhtacnien O

28、vmf护g n cpntMl 13 fMSQnO (TcOnCihHilli di DtLBgHtMfl UMIWI AfMM MWQrW IMtnMVHtnmi IffiV "ttMlfl ItCftlM tHMMF WMUltfl Wl«C|fcHf4UTi4i AHVMQ 轲了巾砂 liM 曲賊 A 呼问* 刪 OMIMPir 砂*坤帥A*S4Z »iMW |R» M z"曲井“聲$ 3UMHI 亦删即址 2I he ctinnKswne,Kmc anstnle- 9h- untsrz abkrefifJlaM h jlttit rti:

29、 d b- &吃芒：dle inaerln the ac rspiresDr ;-nE zrd Tie IzzZ tarprt irta !e clr-3ic：Mr-js 丘 sepslf2：鼻“匹-i fluni? HB rr-.i nDKffl« 理WK BC即广汕 N fflf MA dn-ul -udafl s-s£am Hi ctrOTicc« IW外冰p耀怪"li deniil cftiT-masnme-.曰忙=rii;r-,-.|., | Re nJ man Effing: jsnfltic-sa F'hGl ' !'"L k « rnm -心亠巾 ia hkviYi Xue