引物设计保护碱基列表

1、引物设计保护碱基列表-CAL-FENGHAI-(2020YEAR-YICAI)JINGBIAN在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的I的基因片段两端加上特定的酶切位点， 用 于后续的酶切和连接反应。山于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切 酶 切开，因此在设计PCR引物时，人为的在酶切位点序列的 5 “端外侧添加额外的碱基序 列，即保护碱基，用来提咼将来酶切时的活性。添加保护碱基，需要考虑两个因素：一是碱基数 LL 一是碱基种类。添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数 LL而不是种类。什么样的酶切位点, 添加儿个保护碱基，是有数据可以参考的，见附表。添加什么保护碱基，如果严格

2、点，是根据两条引物的 Tm值和各引物的碱基分布及 GC 含量。如果某条引物Tm值偏小，GC%较低，添加时多加G或C,反之亦反。保护碱基列表En zymeOligo Seque neeChai n Len gth% Cleavage2 hr20 hrGGTCGACC800AcclCGGTCGACCG1000CCGGTCGACCGG1200CACATGTG800AfllllCCACATGTGG10>90>90CCCACATGTGGG12>90>90GGCGCGCC8>90>90AsciAGGCGCGCCT10>90>90TTGGCGCGCCAA12&

3、gt;90>90CCCCGGGG850>90AvalCCCCCGGGGG10>90>90TCCCCCGGGGGA12>90>90CGGATCCG81025BamHICGGGATCCCG10>90>90CGCGGATCCGCG12>90>90CAGATCTG800BglllGAAGATCTTC1075>90GGAAGATCTTCC1225>90GGCGCGCC800BssHIIAGGCGCGCCT1000TTGGCGCGCCAA1250>90BstEIIGGGT(A/T)ACCC9010AACTGCAGAACCAATG

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6、TCCC2275>90GGCTAGCC800NhelCGGCTAGCCG101025CTAGCTAGCTAG121050TTGCGGCCGCAA1200ATTTGCGGCCGCTTTA161010NotlAAATATGCGGCCGCTATAAA201010ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT242590AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA2825>90NsilTGCATGCATGCACCAATGCATTGGTTCTGCAGTT1210>9022>90>90TTAATTAA800PadGTTAATTAAC10025CCTTAATTAA

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8、GCGGC800saciiTCCCCGCGGGGA1250>90GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC2800SallGCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGGi301050ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA 321075SealGAGTACTC81025AAAAGTACTTTT127575CCCGGG6010CCCCGGGG8010smalCCCCCGGGGG101050TCCCCCGGGGGA12>90>90GACTAGTC810>90GGACTAGTCC1010>90spelCGGACTAGTCCG12050CTAGACTAGTCTAG14050GGCATGCC800SphlCATGCATGCATG12025ACATGCATGCATGT141050AAGGCCTT8>90>90StulGAAGGCCTTC10>90>90AAAAGGCCTTTT12>90>90CTCTAGAG8cwr-wr0c1 wr0XbolGCTCTAGAGC10>90>90XbalTGCTCTAGAGCA1275>90CTAGTCTAGACTAG1475&