beast系列软件使用

1、个人初步总结第一步beauti软件设置nexw文件的参数最宕文件的格式是.xml 第二步mn bems嗽件最后的格式有og帆tee第三步trsica软件run设置第一步的参数的合理性第2MTreeAnnotatorun最后文件的格武是XX_MCC.tree 第五步FigTree playXXMCC4reer表现构建的结闵个人详细使用：BEAUti1、File- Import Data 打开NEXUS（beauti软件的NEXUS文件与 PAUP软件的有不同）文件打开后显示为2、选择Taxon Sets通过建立一套定义子集分类，这个窗口允许你建立分类单元内的子集序列数据。这也允许你去记录每个分类

2、tMRCA子集最近的共同祖先，设置分布在相应分歧时间的分歧倍。最后tMRCAs在日志文件中应按单位相同规定你的DNA序列。这些分类单元可以代表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是，建立一个分类3、选择 substitution model这里主要是模型的选择substitution model中主要为三个模型 HKY GTR TN9根据模型构建来选择Base frequencies 中 Estimated/Emirical/All equal 三种 估计，经验，设备 可根据不同的获得方式来选择。Site Heterogeneity Model 中 None/Gamm

3、a/Invariant sites/Gamma+ Invariant sites,None（假定物种的进化保持相同的速率）Gamma物种的进化不是相同的速 率）Invariant sites（数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变，其进化速率是相同的）Partition into codon positions中 off/2 partitions:positions（1+2）,3/3partitions:positions1,2,3off ：分析不能转录成 RNA 的 DNA2 partitions:positions（1+2）,3:1,2段转录比较慢， 3 段转录比较快3 partitio

4、ns:positions1,2,3 ：3 段都有自己的转录翻译速度有些（ name 下有两个以上）这时需要选择 Data Partitions 的 Unlink Subst Models”4、选择 clock model很多选择 the relaxed molecular clock models 数据来自一个潜在的指数函数或对数正态分布。 数据都是用到 the relaxed molecular clock models选择合适的分子钟模型来估计速率的变化。5、 tressTree priors :我们比较多的希望使用Yule模型，这是一个简单的模型通常是更适用于考虑序列不同的种类。6、Pr

5、iors在有数据的情况下，改变设置 trmc （）的 Priors ，其他的参数设置大概估计不 出现红色即可。7、MCMCLength of chain ：取决于数据大小和质量，系统默认为10 ， 000， 000Echo state to screen every 和 log parameters every ：多少的马尔科夫链的参数显示在屏幕上和 记录在日志文件中。前一个系统默认为10， 000 这个数值不要低于 10,000 ，不然会有一大堆没用的数据出现在屏幕上，拖累了速度8 输出创建 XML 文件Running BEASTRun BEAST 加入文件为新建好的 XML 文件Run 完

6、以后出现两个文件 XX.log.txt 和 XX.Tree Analyzing the results 使用 Tracer 软件 打开 XX.log.txt 查看结果Select meanRate 去查看 95%HPD1*1 细.TreeAnnotatorObtaining an estimate of thephyloge netic tree输出 XX_MCC.treeBurnin 数据得到为前面 BEAUti 软件中 a chain length/sampling(800,000/200)400 的 1%为 40Posterior probability limit将这个值设置为 0诠释了所有的节