我考上交的生化笔记

1、第一章蛋白质的结构与功能1.氨基酸的分类非极性脂肪族氨基酸脯、然、异亮、亮、丙、甘谱写一两个丙肝患者极性中性氨基酸丝、半胱、甲硫、苏、天冬酰胺、谷氨酰胺必须氨基酸缴、异凫、凫、苯丙、蛋、色、苏、赖写一两本淡色书来酸性氨基酸天冬、谷氨酸碱性氨基酸赖、精、组捡来精读支链氨基酸异亮、亮、缴一两只鞋芳香族氨基酸苯丙、酪、色Ben丙是老色鬼一碳单位丝、色、组、甘施舍一根竹竿含硫氨基酸半胱、胱、蛋一希光蛋生酮氨基酸亮、赖同样来生酮兼生糖氨基酸异亮、苯、酪、色、苏一本落色书2.特殊氨基酸赖氨酸含有两个氨基谷氨酸、天冬氨酸含有两个竣基脯氨酸、羟脯氨酸、焦谷氨基酸亚基氨基酸脯氨酸容易使肽链走向形成折角的氨基酸同

2、型半胱氨酸天然蛋白质中不存在的氨基酸瓜氨酸不出现在蛋白质的氨基酸色氨酸、酪氨酸在280nm波长处有特征性吸收峰甘氨酸除甘氨酸外，都属于L-”氨基酸苯丙氨酸、异凫氨酸含有疏水侧链的氨基酸3.氨基酸的缩写甘氨酸Gly天冬氨酸、天冬酰胺Asp/Asn丙氨酸Ala谷氨酸、谷氨酰胺Glu/Gln缴氨酸Val苏氨酸Thr异亮氨酸、亮氨酸Leu/Ilu苯丙氨酸Phe脯氨酸Pro色氨酸Trp丝氨酸Ser酪氨酸Tyr半胱氨酸Cys赖氨酸Lys蛋氨酸Met精氨酸Arg组氨酸His4.氨基酸及蛋白质的理化性质氨基酸蛋白质若溶液Ph<pI,解离成阳离子；若溶解Ph>Pi,解离成阴离子若溶液Ph<pI

3、,蛋白质带正电荷；若溶解Ph>Pi,蛋白质带负电荷等电点：PI=(Pk1+Pk2)2PI=5.0色氨酸酪氨酸（含有共轲双建）的最大吸收峰在280nm处，用于测定蛋白质含量同左前二酮反应：紫监色化合物最大吸收峰在570nm处，用于氨基酸定量分析同左双缩月尿反应：无双缩月尿反应：阳，检测蛋白质水解程度胶体性质、变性沉淀凝固：无胶体性质、变性沉淀凝固：有Ps：核酸的喋吟环和喀咤环的最大吸收峰在260nm处5.蛋白质命名：50个氨基酸残基以下的为多肽：39个氨基酸残基一促肾上腺皮质激素一多肽50个氨基酸残基以上的为蛋白质：51个氨基酸残基一胰岛素一蛋白质6.蛋白质的分子结构一级结构二级结构三级结

4、构四级结构定义从N-C端氨基酸的排列顺序蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构整条肽链所有原子(氨基酸残基)在三维空间的排布位置蛋白质分子中各业基间的空间排布表现形式肽链A螺旋、3折叠、3转角、无规则卷曲结构域、分子伴侣皿基维系键肽键、硫键氢键氢键、离子键、疏水键、范德华力氢键、离子键特点及意义牛胰岛素有二个二硫键。空间构象的基础。模体：锌指结构、钙结合蛋白、亮氨酸拉链举例：肌红蛋白。分子伴侣：热休克蛋白(Hsp70)、伴侣蛋白、核质蛋白举例：血红蛋白。业基之间以费共价键结合7.蛋白质各级结构的特点二级结构1.肽键：6个原子(C.H.O.N.a1.“2);且肽键有一定双建性能，不能自由旋转：肽单

5、位：同一平面的6个原子组成肽单位2.a螺旋为右手螺旋，每3.6个氨基酸上隅，螺距为0.54nm,每周3.6个氨基酸残基；所后氨基酸均可参加a螺旋，以Ala、Glu、Leu、Met多见3.3转角以4个氨基酸残基组成，第二位残基为脯氨酸，其他有甘、色、天冬氨酸、天冬酰胺4.模体是具有特殊功能的超二级结构；锌指结构是特殊的模体：由1个a螺旋和2个反相平行的3折叠组成，Zn+稳定作用，含锌指结构的蛋白质都能与DNA或RNA结合三级结构1.结构域：分子量较大的蛋白质可折叠成多个结构紧密的区域，并各行功能2.分子伴侣：提供环境加速蛋白质折叠成天然构象或形成四级结构。许多分子伴侣是ATP酶，四级结构单独的亚

6、基没有生物学功能8蛋白质的结构与功能蛋白质一级结构：A.蛋白质变性后：蛋白质空间结构破坏而一级结构不变，可恢复其空间结构，恢复功能B一级结构相似具有相似功能：催产素和抗利尿激素。2/10C氨基酸序列提供生物进化的信息3亚基第6位谷氨酸-缴氨酸,导致镰刀形贫血D重要蛋白质氨基酸序列改变可引起分子病：血红蛋白A一级结构师空间构象的基础，如空间结构遭破坏的核糖核酸酶只要一级结构未被破坏，就能恢复原来的空间结构，恢复功能。B一级结构相似的蛋白质具有相似的高级结构与功能，如不同哺乳类动物的胰岛素都是由A和B两条链组成的，且二硫键的配对位置和空间构象也饿相似，一级结构中只有个别结构有差异，它们都执行相同的

7、调节糖代谢的生理功能。C一级结构氨基酸序列提供重要的生物进化信息，如人与冻猴的Cytc一级结构很相近，人与黑猩猩的Cytc完全相同，灰鲸是哺乳动物，由陆地动物演化，它与猪牛羊Cytc一级结构相近。D一级结构重要蛋白质的氨基酸序列改变可能引起疾病，如正常人血红蛋白3亚基的第6位氨基酸是谷氨酸，镰状红细胞贫血患者的血红蛋白中谷氨酸变成了缴氨酸，导致分子病。蛋白质高级结构：A.肌红蛋白和血红蛋白结构相似：都含有血红素为辅基。肌红蛋白为三级结构血红蛋白为四级结构：1分子Hb携带4分子氧气，胚胎期a2e2，胎儿期”2丫2,成人a2B28 .一级结构不变，蛋白质构象改变为构象病：疯牛病有肮病毒引起，a螺旋

8、一B折叠3折叠的蛋白对蛋白酶不敏感，水溶性差，热稳定性好，形成淀粉样纤维沉积而致病9 .蛋白质变性、沉淀和凝固A变性：蛋白质空间结构破坏，一级结构不变，二硫键和非共价键的破坏B复性：去除变性因素和恢复空间构象和功能C蛋白质变形后：黏度增力口、溶解度降低、结晶力消失、生物活性丧失、易被蛋白酶水解D蛋白质变性不一定凝固，但蛋白质凝固一定变性。9.蛋白质的分离和提纯透析大分子蛋白子大分子蛋白先分离超滤法大分子蛋白质浓缩蛋白质溶液内酮沉淀蛋白质含量很低0-4C,10倍丙酮沉淀蛋白质，立即分离，易变性盐析蛋白质水化膜破坏表面电荷被中和硫酸钱、硫酸钠、氯化钠破坏水化膜；PH=PI除具表面电荷，盐析效果越好

9、免疫沉淀蛋白质具有抗原性分离抗原蛋白电泳蛋白质带电荷薄膜电泳、琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳、双向电泳层析蛋白质颗粒大小、电荷多少、杀和力一相分配原理A凝胶过滤层析：分子量大的先洗脱卜来B阴离子层析：树脂颗粒带苴电，位电量小的重一质首先被洗脱，根据电荷不向，aa种类和数目不同超速离心蛋白质分子量大小即可分离纯化蛋白质，又可测定蛋白质分子含量各种鉴别蛋白质定量测定Folin酚试剂法、双缩月尿法、紫外线吸收法蛋白质分子量测定密度梯度离心、SDS聚丙烯凝胶酰胺电泳、凝胶过滤3/10第二章核酸的结构和功能1.核酸的组成核酸一核甘酸一磷酸J一核昔/脱氧核昔一碱基/戊糖2.各类键的区别精昔键戊糖+碱基

10、=核甘戊糖与碱基之间磷酯键磷酸+核甘=核甘酸磷酸与核甘酸之间3-5磷酸二酯键核甘酸核甘酸-核酸核甘酸之间氢键DNA变性是氢键断裂A三T、G=CDNA的非共价键3-5磷酸二酯键、3糖节键、磷酸脱氧核糖的5-OH的酯键3.核酸的空间结构一级结构二级结构三级结构定义:核甘酸的排列顺序DNA的双螺旋结构双螺旋基础扭曲超螺旋功能1 .DNA遗传信息，基因复制和转录的矍板2 .遗传的物质基础，生命活动的信息基础4 .Chargaff规则不同生物的DNA,其碱基不同同一个体不同器官组织DNA有相同的碱基特定组织的DNA,不随年龄、营养状态和环境改变A=T、G=C,暗示碱基互补配对5 .DNA双螺旋结构反向平

11、行；右手螺旋，直径2.37nm,螺距3.54nm（蛋白质a螺旋螺距0.54nm）Ps：A-DNA环境湿度相对降低后的右手螺旋，Z-DNA左手螺旋结构磷酸和核糖构成亲水骨架在外侧，碱基在内测碱基互补：A+T/G+C=1,每个螺旋有10.5个碱基对（蛋白质a螺旋每周3.6个残基），每对碱基之间相对旋转角度36,相邻两碱基平面垂直距离0.34nm碱基键双螺旋的稳定：疏水作用力（碱基堆积力）和氢键，碱基堆积力氢键6 .DNA的超螺旋结构以负超螺旋多见7 .DNA双链折叠盘绕形成致密染色体：第1次2次3次4次双链DNA一一一染色质细丝（核小体）一一染色质中控螺旋管一一染色质超螺旋纤维一一染色单体、组装成

12、染色体核小体：由DNA和H1、H2A、H2B、H3、H4组成一一一两分子H2A、H2B、H3、H4形成8聚体一组蛋白核心一DNA在核心组蛋白上盘绕形成核小体的核心颗粒-DNA+核心颗粒+H1=染色质细丝工第1次折叠产物）Ps：端粒和着丝粒位于染色体末端的功能区，由染色体末端DNA与DNA结合蛋白构成，端粒DNA重复序列是TTAGGG着丝粒是富含A、T的序列8 .RNA种类和功能mRNAtRNArRNA主要功能DNA合成的模板氨基酸的载体核糖体的组成成分分子量大小各异最小大小各异4/10比例2-5%15%>80%最多二级结构线形单练三叶草花环结构特点5'm7Gppp帽结构、3

13、9;poly-A尾结构、有遗传信息密码含有稀有碱基DHU环、TWC环、反密码子核糖体大、小业基大：35.8/28SrRNA+pro小：18SrRNA+pro主要分布胞核、胞质胞质0胞质9 .hnRNA是不成熟的mRNA,含有内含子和外显子。5'帽结构和3'polyA共同负责mRNA从核酸到胞质的转位，维系mRNA的稳定，和翻译起始调控。Ps：内含子是可以被转录但是不能被翻译的被切除的片段外显子是可以被转录也可以被翻译的被保留的片段10.tRNA的稀有碱基DHU、W、mG、mA,稀有碱基均是转录以后修饰而成的.tRNA的二级结构呈三叶草形，三级结构呈倒L形DHU识别酰基tRNA合

14、成酶反识密码子环识别遗传密码TWC环识别核蛋白体CCA-OH氨基酸接纳茎11.rRNA含量最多，与核糖体蛋白构成核糖体原核生物核糖体的组成真核生物核糖体的组成小业基大小30S,rRNA-16S,蛋白质21种大小40S,rRNA-18S,蛋白质33种大业基大小50S,rRNA5s23S,蛋白质31种大小60S,rRNA5S、5.8S、28S,蛋白质49种12.其他非编码RNA核内小RNAsnRNA细胞核参与真核hnRNA内含子的加工男接核仁小RNAsonRNA核仁参与rRNA的加工与修饰胞质小RNAscRNA细胞质参与形成信号识别颗粒核酶ribozyme细胞内具有催化功能的小RNA,RNA剪切小

15、干扰RNAsiRNA对外源入RNA基因的切割，参与转录后调节微RNAmiRNA细胞质通过结合mRNA而选择性调控基因表达13核酸的理化性质喋吟和喀咤含有共轲双建，在260nm处有最大吸收峰，用于测定DNA或RNA含量。核酸为多元酸，酸性强，溶液黏度极大14.DNA的变性双链的氢键断裂，双链解为单链，一级结构不变.DNA变性解链时，共轲双建暴露，在260nm处吸光度随之增加，称DNA的增色效应变性后黏度降低Tm值为在解链过程中，紫外吸光度的变化A260达到最大变化值的50%时的温度，定义为DNA的解链温度，与DNA链的长短和GC含量有关15.DNA的复性变性后迅速冷却至4C以下一增色一不复性变性

16、后缓慢冷却（称退火）一减色一复性5/1016 .核酸分子杂交：.DNA与单链之间，.DNA与RNA之间，RNA与RNA之间核酶：小分子RNA,具有催化特定RNA降解的活性，在RNA合成后的剪接修饰中有作用核酸酶：水解核酸的酶核酸外切酶：水解核酸分子链末端磷酸二酯键的核酸酶，3'-5和5'-3'核酸内切酶：在DNA和RNA分子内部切断磷酸二酯键的酶17 .DNA变性和RNA变性的比较.DNA变性蛋白质变性定义双链间的氢键断裂蛋白质特定空间构象破坏主要破坏氢键破坏，一级结构不破坏二硫键和非共价键破坏，不破坏一级结构变性因素加热、加酸、加碱加热、加酸、加碱、乙醇、重金属离子、

17、生物碱试剂变性后DNA变性后，增色效应，黏度降低黏度增加、溶解度降低、结晶能力消失、生物活性丧失，易被蛋白酶水解复性一定条件卜网.以复性一定条件卜可以复性第三章酶1.酶的基本概念核酶局效特异催化的核糖核酸，主要作用于核酸脱氧核酶局效特异催化脱氧核糖核酸单体酶单一业基构成的酶（一条多肽链构成的二级结构）牛胰核糖核酸酶A、溶菌酶、竣肽酶，肠道蛋白水解酶寡聚酶相同或不同的亚基以非共价键连接的酶，蛋白激酶A、磷酸果糖激酶-1多酶体系具扃小同催化功能的酶聚合而成多酶复合体，如内酮酸脱氢酶复合体多功能酶一条肽链上同时具有多种不同催化功能的酶单纯酶仅含有蛋白质的酶，月尿酶、蛋白酶、淀粉酶结合酶酶蛋白和辅助因

18、子组成的酶酶活性中心与底物特异性结合并催化底物转化成产物的具有特定结构的区域同工酶催化相同化学反应，但酶蛋白分子结构、理化性质、免疫学性质均不同变构酶与效应剂可逆结合，改变酶的构象影响酶的活性2 .结合酶：A酶蛋白：一种酶蛋白与一种辅助因子结合，催化一定化学反应，决定酶促反应特异性和催化机制B辅助因子：非蛋白，一种辅助因子与多种酶蛋白结合成不同的酶，催化不同的化学反应，决定酶促反应的性质和类型，辅助因子主要参与传递电子、质子、或起运载体作用3 .辅酶与酶蛋白结合疏松，将所携带的质子或基团转移出去，多为小分子化合物NAD+、NADP辅基与酶蛋白结合紧密，对热稳定，多为金属及小分子化合物FADFM

19、N,2/3的酶含有金属离子6/10Ps：记住缩写和所含维生素辅酶或辅基缩写转的移基团所含维生素烟酰胺腺喋吟二核甘酸，辅酶INAD+H+、电子烟酰胺（VitPP）烟酰胺腺喋吟二核甘酸磷酸，辅酶nNADP+H+、电子烟酰胺（VitPP）黄素腺喋吟二核甘酸FAD氢原子VitB1焦磷酸硫胺素TPPVitB2磷酸口比多醛氨基VitB6辅酶ACoA酰基泛酸四氢叶酸FH4一碳单位叶酸毓羊酸酰基毓羊酸4.过氧化氢酶Fe2+内酮酸激酶K+、Mg2+过氧化物酶Fe2+内酮酸羟化酶Mn2+、Zn2+核糖核甘酸还原酶Mn2+细胞色素氧化酶Cu2+碱性磷酸酶Mg2+磷脂酶C-2+Ca竣基肽酶Zn2+己糖激酶.2+Mg酶

20、的激活剂大多数为金属离子，如Mg2+、K+、Mn2+、Cl-（唾液淀粉酶的非激活剂）、有机化合物激活剂：胆汁酸盐5 .金属离子的作用a.作为催化基团参与催化反应，传递电子b.作为连接底物和酶的桥梁c.稳定酶的构象d.中和阴离子，降低反应中底物的静电斥力6 .酶的活性中心：执行催化功能的部位a.必须基团在一级结构上比较远，但在空间结构上较近，具有三级结构c.必须基团可以位于活性中心内，也可以外，每个酶都有必须基团d必须基团分催化基团识别和结合底物，形成酶-底物复合物结合基团影响底物化学键的稳定性，催化底物的化学反应，转变成产物e.酶的必须基团常见的有丝氨酸残基的羟基、组氨酸残基的咪陛基、半胱氨酸

21、残基的硫基、酸性氨基酸的较基7 .同工酶乳酸脱氢酶LDH1一心肌、LDH2一红细胞、LDH3一脾、LDH4/DH5一肝和骨骼肌肌酸激酶CK1脑、CK2心肌、CK3-骨骼肌CK2仅见于心肌，心肌梗死3-6小时升高，12-24小时高峰，3-4天恢复正常8 .酶与其他催化剂的不同点酶一般催化剂催化效率局催化效率比酶低绝对专一性和相对专一性专一性小局酶的反应条件温和，常温反应加热才反应酶的活性和酶量收代谢调节不受酶的化学本质蛋白质，不稳定稳定9呼与催化剂的相同点a.催化反应前后没有质和量的变化，结构也不变7/10b.都只催化热力学允许的反应c.只能加速反应进程，不能改变反应的平衡点d.在可逆反应中，既

22、催化正反应，也化逆反应e.酶和一般催化剂加速反应的机制是降低反应的活化能10.酶促反应动力学底物浓度其他因素不变，底物浓度对反应速度成矩形双曲线酶浓度底物浓度远远大于酶浓度时，酶对反应速度成直线温度酶促反应速度最快的温度为最适温度，不是特征常数PH酶促反应速度最大的PH值为最适PH,不是特征常数抑制剂是酶催化活性下降而不引起酶蛋白变性的物质激活剂是酶活性增加的物质Km值酶促反应速度达最大的50%时的底物浓度，特征常数，与酶的结构、底物、PH、温度、离子强度有美，与酶浓度无关11.米氏方程V=VmaxRS/Km+RS3a.当S远大于Km时，v=Vmax,零级反应b.当S远小于Km时，v=Vmax

23、/Km乘S,反应速度与底物浓度呈正比c.如有几种底物时，Km值最小的为天然底物d.Km表示亲和力，Km值越小，亲和力越大e.加热强酸等是酶发生不可逆破坏而失活，称酶的钝化，不是“抑制“f.酶最适PH为1.8,肝精氨酸酶PH为9.812.酶的抑制不口逆性抑制作用竞争性抑制作用非竞争性抑制作用反竞争性一直作用作用机制抑制剂与酶活性中心上的必须基团以共价键结合抑制剂与底物相似，与底物竞争结合酶的活性中心抑制剂与酶活性中心以的必须基团结合抑制剂与酶和底物形成的中间产物结合抑制剂的出去方法不用透析、超滤方法可透析、超滤方法可透析、超滤方法可透析、超滤方法常考例子磷抑制胆碱酯酶重金属抑制毓基酶跖勿气抑制硫基酶丙二酸抑制琥珀酸脱氢酶磺胺药抑制二氢叶酸还原酶-表观Km值增大不变减小最大速度Vmax不变降低Ps：竞K大，非V小1