基因芯片应用关键点ppt课件

1、基因芯片在生物医药运用中的新价值李奇研发部经理基因芯片与生物信息领域从业9年.什么是基因芯片.为什么需求基因芯片丧失的钥匙不一定在灯下.处理的目的.基因表达研讨的目的.发现疾病构成的全局信号通路 .上调基因下调基因.基因芯片扫描图.“传统表达谱芯片探针的设计8月促销，买3送1，买6送2，买9送3单价7300元，买的越多，送的越多.3 IVT60,000 probe sets11 probes/gene53Exon1,400,000 probe sets 4 probes/exon, 40 probes/gene (10 exons)Tiling46,000,000 probes 1 probe

2、/35 nt, 1000 probes/gene (35 kb)新一代表达谱芯片Exon芯片，8月促销，买3送1，买6送2，买9送3单价7900元，买的越多，送的越多.疾病构成的全局信号通路Genome-Wide Copy Number Analyses Identified Novel Cancer Genes in Hepatocellular CarcinomaHepatology 2021.长链非编码RNA的全局信号网络.基因表达谱芯片/miRNA芯片挑选诊断标志物Hepatolgy 2021 癌组织正常重症肝炎恶化进程中的特征基因BMC Genomics 2021, 11:240.发

3、现药物治疗的靶点导致细胞体积增大的表达调控网络. 转录前调控 Affymetrix Promoter Array Affymetrix Tiling Array 转录后调控Affymetrix miRNA芯片基因表达调控芯片.Affymetrix miRNA 2.0 Array.miRNA与靶基因作用方式.全物种miRNA 2.0芯片FeatureV1V2miRNA Version1115Organisms71131Mature miRNA Probe Sets6,70315,644Pre-miRNA Probe Sets-2,202snoRNA & scaRNA Probe Sets922

4、2,334单价4700元.基因调控预测microRNA芯片.转录前基因表达调控方式.转录调控的检测以ER转录因子为例35 bp resolution.杂交探针的设计战略基因表达调控芯片基因组DNATiling 芯片启动子全Promoter芯片启动子区域10kb覆盖碱基之间全基因组拷贝数变异分析全基因组甲基化分析全基因组转录因子结合位点分析全基因组非编码RNA检测全基因组可变剪切分析.Affymetrix 启动子芯片35 bp resolution6500元，检测全基因甲基化；6500元，检测转录因子调控；全基因组转录因子结合基因挑选全基因甲基化检测. 运用MeDIP/MBD抗体甲基化 芯片检测

5、.发现基因表达调控方式高甲基化低甲基化甲基化芯片.DNA构造变异情况LOH.SNP突变对蛋白3级构造的变化.Affymetrix SNP芯片特征.拷贝数变异特征以拷贝数扩增为例. SNP + 拷贝数变异芯片发现疾病遗传特征肿瘤组高频扩增区Hepatolgy 2021 . 与基因表达无关 不知道目的基因序列目的基因明确，且检测数量较少 快速检测当日获得检测结果何时不需求基因芯片. 基因注释查询方法NCBI-Gene数据库基因功能综合注释数据库 KEGG数据库信号通路数据库 Gene Ontology数据库基因功能分类数据库 dbSNP数据库SNP数据库 UCSC基因组阅读器基因、基因调控元件定位

6、阅读器 根本统计术语 t-test两类样本间差别基因分析 方差分析单要素多类样本间差别基因分析 相关系数样本间、基因间类似程度分析运用基因芯片的知识根底.运用基因芯片的关键点防止实验失败.样本. 样本采集须严厉遵守低温原那么快速原那么清洁原那么样本信息登记问题 纸质样本单填写潦草，样本管标潦草，两者无法对应 整个工程样本对应错乱，全部失败前后送样的样本管反复标志 未标志样本类型样本采集问题. 无样本反复 节约费用 仅挑选基因，不能发表论文结果随机性强，验证失败率高 两次样本反复性价比最差 35次样本反复 普遍采用 组内样本一致性较好时最正确 510次样本反复差别基因验证准确率较高 10次以上样

7、本反复 组内样本不断性较好时，可用于挑选疾病诊断标志物样本反复问题(表达谱/甲基化检测). 9个样本每3个混合为一组，每组检测一张芯片，共检测3张芯片生物学反复 9个样本，每个样本检测一张芯片，共检测9张芯片生物学反复 9个样本混合为一组，等量分为3份，分别检测一张芯片，共检测3张芯片技术反复 9个样本混合为一组，检测一张芯片，共检测1张芯片样本混合反复战略. SNP检测 家系：需求患病双亲均入组 疾病对照研讨：须经过流行病样本量估计的方法预测 拷贝数变异分析 等同于表达谱检测的样本量估计样本反复问题(SNP与拷贝数分析). 错误思想 对照组数量可以少于实验组 正确设计：对照组与实验组样本平衡 值得参考的方法运用公开的基因芯片数据 他人对照组样本背景与本课题一致样本对照组问题.从NCBI下载公开数据GEO.基因芯片质量控制.检出率芯片检测的性价比如何每张芯片检出率.样本反复性评价2芯片间相关系数实验组对照组. 其明信息公司实验室主管 罗燕青 其明信息公司北方区经理 李林 其明信息公司效力部工程管理工程师 孙之翰 其明信息公司开发部开发工程师 张永强致