MS晶体建模基本方法

1、【分享】MS晶体建模基本方法（团簇模型）作者：guolianshun （站内联系 TA）收录：2010-10-11发布：2010-09-28第一种情况：从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞打开 MS,由 fileimportstructuresmetalspure-metalsFe导入 Fe 的晶胞。由 buildSurfacescleave Surfaces 打开对话框.在对话框中输入要建立的晶面（hkl）,选择position，其中depth控制晶面层数。进入buildSupercell,输入A、B、C的值，得到想要的超晶胞。到该步骤，我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周

2、期性计算，则应选择buildCrystalsbuild vaccum slab,其中真空层通常选择10埃以上。如果建立团簇模型则选 择buildSymmetryNon-periodic Structure,去掉模型的周期性，并跟据自己的实际需要删 除部分原子，得到想要的团簇模型。在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。第二种情况：手动建模，优点是可控制晶格常数。首先从文献中查到晶体的晶格常数的实验值。打开 buildCrystalsbuild crystals,可见到对话框。在对话框中选择空间群与点群，然后在Lattice Parameter中设置晶胞基矢的长度及夹 角。然后打开bu

3、ildAdd atom，从对话框中输入坐标。这里只需输入几个有代表性的原子 的坐标，不必全部输入。在坐标输入前首先在option页面中选择coordinate system，或者 分数坐标或者卡迪尔坐标。以下步骤重复2-5步。需要注意的是，采取什么样的团簇并不是任意的。原因是很多模型构造出来后在优化过程中往往不收敛。要避免这个问题的办法是查阅文献，参考文献上模型进行选取，因为它 们的模型通常是经过试验证实收敛的。几点说明与高斯相比，dmol3能够计算的体系更大。如果要研究表面的吸附，而模拟表面的团簇 模型又比较大，建议采用dmol3。如果计算的是局部化学反应，而体系也不是很大，则可以 使用高斯

4、。关于是否考虑周期性条件的问题研究金属表面时，团簇计算方法在前些年由于计算量小曾经被广泛的应用过，直到现在也被 很多人在使用着，主要被用来计算吸附和多个分子的共吸附等，即不考虑化学键的断裂。近 年来由于国际上计算能力的提升，人们开始考虑周期性条件，这点从JPCA，JPCB，PRL，PRB，JACS等杂志上刊出的文章里也可以看出，但是计算量要大很多。需要注意的是，由于团簇计算方法没有考虑周期性，即在k空间里只计算了r点，采用该 方法计算表面的化学键的断裂（即表面扩散问题等）时有可能受到质疑。在研究表面时，通常把团簇固定，只优化吸附在表面的分子，这一点可以通过菜单栏上 的ModifyConstra

5、int实现。首先选定团簇中需要固定的原子，然后在下面的对话框中打勾。 同时也可以在Measurement里固定部分键长和键角。关于计算参数设置主要有几个参数需要注意1对于Electronic页面，需要注意的是Core treatment,对于过渡金属原子通常需要考虑相 对论效应，因此一般不使用All Electron方法。其他几种方法任选。Basis set应为DNP, Setup下的Quality 一般选fine。为了提高计算速度，一个较好的 办法是先用粗糙的Basis set和Quality进行优化，然后再提高精度。2 还有一个非常重要的选项是ElectronicMoreSCF里的Use

6、smearing。这个关键字有 助于加快收敛，但是设的多大往往会产生错误的结果，它也相当于允许的误差范围。具体设 置办法可参考help。其他的关键字可酌情设置。chpzmm（站内联系TA）好贴啊，对于初学者来说可以少走很多弯路，摸着石头过河了。谢谢！liuchan1023（站内联系 TA）嗯，不错，是好东西。awmc2008（站内联系TA）D:D学习学习，谢谢楼主。jphuang_63（站内联系 TA）我正需要计算不同密勒指数方向上的磁性，感谢分享！avast2009（站内联系 TA）主要建模方法提到了，不错lgxyz（站内联系TA）请问用dmol算团簇和用vasp算团簇的区别：dmol里只有

7、一个，vasp里每个团簇在一个格子里，也是有周期性的。请教二者的区别？hooge（站内联系TA）实实在在的好东西，可是你这里的团簇是怎么定义的，周期性和团簇的关系是什么，为什么 要切个表面开始呢。xiaoqian830606（站内联系 TA）如何去除模型中的周期性呢？具体的操作是什么呢？guolianshun （站内联系 TA）Originally posted by xiaoqian830606 at 2010-10-18 2250:如何去除模型中的周期性呢？具体的操作是什么呢？把例子摆上来，方法不一。可以直接P1也可以超胞等等，多试试，或者加专业群lidaoyong（站内联系 TA）“对于过渡金属原子通常需要考虑相对论效应，因此一般不使用All Electron方法”，请问有没有相关参考文献？cuimingshan（站内联系 TA）Originally posted by guolianshun at 2010-09-28 1014:第一种情况：从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞1. 打开 MS，由 fileimportstructuresmetalspure-m