Gblocks使用说明书byflorawz1

1、Gblocks使用说明书(byflorawz)首先打开软件，进入主页面leaEMZjpDteinLligfimentinNBB：FZPIRo-rFASTAFoMato於aipathfiFIc直1芒Hame=.此时将比对好的（.fas）文件拖入对话框。对话框即出现该文件的路径（如图）YourChoice:oPleaseenteraDNAopproteinalignmentinNBRF/PIRorFASTAformatorapathsfileFileName：E：温州医学院稱洋科学系FlorawzXby-floIawz.fas按回车，即导入该序列。对话框上部出现下列信息GBLOCKS0_91bSE

2、LECTIONOFCONSERUEDBLOCKSFROMMULTIPLEALIGNMENTSFORTHEIRUSEINPHYLOGENETICANALVSISCURRENTFILE：E:simJHlorawaby-FlorawE-Fast-TypeOFSequence：Piotein快速比对：输入G,然后回车。在原比对文件所在文件夹内即可出现Gblocks已经处理好的文件florawz.fasylor=eliWz.tas-gb.fas-gb文件可用Bioedit和DNAMAN打开。打开.htm文件，可查看可视化的处理结果（如图）1OOO10101020EEEEE4.主菜单：t.指定的序列类型（

3、可以是蛋白质,DNA或者密码子）。输入一个t,回车。序列类型改为CondonsCURRENTFILE：E：、温州医学院苗彳羊科学系Ioewn“昨-st_TypeOfSequence:Codons再输入一个t,回车。序列类型改为DNA（如此循环修改）CURRENTFILE：E：、温州医学院嚼$羊科学系-Ez.Type0Sequence:DNAo.打开一个文件。必须为NBRF/PIR或FASTA格式，序列长度不限。打开NBRF/PIR-格式的序列时，在序列备注第一行要注明序列类型如：P1;byflorawzMEYLLQEYLPILVFLGMASALAIVLILAAAVIAVRN-PDPEKVSAY

4、ECGFNAFD-DARMKFDVRFYLVSILFIIFDLEVAFLFPWAVSFASLS-DVAFWGLMVFLAVLTVGFAYEWKKGALEWA*（fas格式则不需要，第一行直接为byflorawz即可）注意：在使用Glocks分析前，序列缺口必须先消除。在将比对文件拖进改软件时，要去路径掉末尾的空格more_aligrunentsGblockE.ESEEnad3.pirpaths二rla打开多个文件：必须建立一个path文件。输入各个相关文件的路径，在安装好的文件包内可以看到一个paths范例，用word打开此文件，即可看到各个文件的所在路径（如图）more_alignmaits

5、jc.o-x2.pirmore_alignmentsjclb.pirmore_alignmaitsna.d3.pirmore_alignmaitsna.d5.pir多条比对序列的处理：如果所有的比对文件的路径都在一个paths文件，且各个比对文件的序列条数，以及物种的顺序都是相同的，那么这些比对文件在最后的结果中可以连接起来。如果各个比对文件的序列条数不同，那么也可以一起处理,但是最后不能连接。b.显示Block限制性参数（详情见下页）.s.显示保存菜单（详情见下页）.g.处理计算q.退出5.限定性参数菜单BLOCKPARAMETERSMinmunMinmunMaximum4-Minmun5.

6、A1lowedNunbeiNunbeiNunbeiLengthSeLLencesForAConservedPositIon:SequencesForAFlankPosition:-.ContiguoLisNonconseruedPositions:ABlocJb:GapPdsitions:DeFaul七DeFanIt810Nonei-RestoieDefaultsGetBlockszExtendedBlock0卫tionsn.GoToMainMenu1.设置保守区域内的保守序列的至少数量,必须大于序列个数一半，数值越大，所挑选的保守位点越少7个序列设置参数为57个序列设置参数为iQlgliQl

7、flll典工匸匸匸匸TI-JIT.性7工匸匸匸匸工KA工典工匸匸匸匸TI-JIT.h疋二二:Tl-TVTEVIZZBZTITGASZFFgCIYL?ZGGgYYG：GAS匚FFMCIYLHIGGLYYG!gelsJffciylhigrglyyg:GAS匸FFMCIYLHIGRG1YYG：gasJffmciylhigrgSyyg!GasLFFHciYLHIGRGgYYG：GAS11EET4C：工空二ZGG1YYG：7个序列设置参数为设置保守区域两侧位置的保守序列的最少数量，必须大于或等于1所设置的值，这个值越大，所选择的保守位点越少3.保守区内一段非保守区的最大范围，数值越大，选择的保守位点越多

8、。AILMAIL5SMPI5SNSI5AIrzirgissasierPgiSTHRLPFSIHPLKTORLPF5ZHPLKTORLFF5ZHPLKTORLPF5:PLKfeniWFiSgUHFFFFFFFFFFFFFF|DFAILFAIL35DIFZCIALLL：IALLLIIAJLLLCIALLLZZHIF-BoNSZoAI皆i二e|书aaazFzHFAIL设置为4时（5-6-4-10）IALLIIALLIIALLIIALLIIALLIIALLI设置为5时（5-5-5-10）-PFSIFFLIE：IALLI_PFSIFFL|ZALLI_PFSIFFL33HFZZZRF-：IALLI-PFS

9、I网rzgtTP-FFLFFL_PFSIFFLFIlZZfJlR33H3ZFtBEMIALLIALLI：IALLIPFSIFFL5-5-6-10)设置清除空隙后的模块的最小长度。在去除间隙后，保守模块的长度不能小于这个值，值越大，挑选的保守模块越少MAIL5SMPI5SNSI5AIP7AZLF|l|r._：LrflL|D|DISKIIAJLLLlatftlwW5-6-4-3)SSNSISAIVAILVAILSSMPTSSHSIPTL二VAILLElAlElAlElAlZAIElAlElAl5-6-4-10)ElAl3种处理缺口的方式None:最后的比对中不能有缺口.一条序列中出现缺口即被淘汰,

10、相邻的非保守区也会被消除WithHalf:50%或者以上的序列个数有缺口的，会被淘汰。All:所有的缺口都会被保留下来r.恢复默认设置g.进行数据处理z.显示其他选项菜单m.回到主菜单选择Z,显示其他选项菜单S.UseSinilaiit_yMatrix=Vese.GeneiicFileExtension:._gb处理数据时是否使用相似模型e.设置文件保存位置,最多5个。保存菜单SAUINGOPTIONSg.SelectedBlocks:.Saueu.ResultsAndParametevsFile：.Saue*GenericFileExtension:.mConcatenatedBlocksF

11、romfilicfnmentsInBatch:.Don*tSauec.ConcatenatedInputAlig-nnentsInBatch:.Don*tSaueConcatenatedUnmappedAlignmentsInBatch：.Don*tSauez.ExtendedSavingOptionsGdToMainMenus.是否保存选择模块，反复输入s来选择保存，不保存p.是否输出结果，反复输入P来选择输出，不输出e.输入自定义的保存路径，最多5个z.显示其他选项m.回主菜单输入Z，显示其他选项.CliaractersPerLineInResuits：AndPaianetersFile:

12、60n.NonconseruedBlocks:-.Don*t=Saueli.UngappedA1j_gniTient=:.-.Don*t=Saue.M-askFileWithTheSelectedBlochs=Don*tSaued.PostscriptFileWithTheSelectedBloclts:Don*t=Sauev.设置输出结果中每一行的字符数n.在输出的NBRF/PIR或FASTA是否保存为挑选的非保守区.当有一个序列有缺口时，在输出文件中是否保留此缺口.是否保存SeqPup软件格式的文件d.是否保存具有图表形式说明的输出文件.、如果输入的是一个paths路径，包含有多个比对文件的数据包，则会出现另外的几个选项DonJtDonJtDonJtSaveSaveSavea.ConeatenatedELocksFromAlignmentsInBatch.：c.ConeatenatedInputAlignmentsInEatch：丽.ConeatenatedUngappedAlignmentsInBatcha.是否保存各个比