实验二双序列比对

1、实验二双序列比对实验目的：练习使用动态规划算法进行双序列比对；理解打分矩阵和参数对双序列比对结果 的影响；理解动态规划算法的原理。实验要求：动态规划算法是序列比对最基本的算法，可以确保找到最优比对。分为全局比对 和局部比对算法。通过本实验的练习，更好的理解动态规划算法。实验内容提要：对如下的两条序列进行双序列比对分析：Drosophila Sex-lethal proteinASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSYGYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNGMouse Huc RBDMDSKTNLIVNYLPQNMTQDEFKSLFGSIGDI

2、ESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYSDPNDADKAINTLNGL这些蛋白质包含一个RNA识别模体。该模体包含两个高度保守的两个功能区RNP1和RNP2。通过ebi网站的在线工具完成练习( HYPERLINK http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/ http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/)RNP1和RNP2是否得到比对？选择至少三个(差别大的)空位罚分和延伸值 来进行比对。2a.算法是否找到RNP1和RNP2的正确比对？2b.当空位开启罚分高时，结果发生什么变化？2c.当空位延伸罚分高

3、时，结果发生什么变化？2d.为什么k个连续的空位罚分要小于k个间隔的空位罚分？使用PAM250矩阵重复上述过程。3.比对结果是否发生变化？继续进行这两条序列的局部比对，通过ebi网站的在线工具完成练习，网址：( HYPERLINK http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/ http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/)4a. RNP1和RNP2是否在局部比对中得到比对？4b.局部比对的生物学意义是什么？4c.为什么在这种比对中我们选择局部比对而不是全局比对？采用不同的打分参数和其它打分矩阵。5.比对结果发生

4、了什么变化？实验结果：1.全局比对1.1EBLOSUM62 矩阵a.空位罚分10,延伸值0.5： b.空位罚分10,延伸值10 c.空位罚分5,延伸值为10：1.2使用PAM250打分矩阵:a.空位罚分10,延伸值0.5：b.空位罚分10,延伸值10 c.空位罚分5,延伸值为10：Pr4za*! needleMas 19 Ju 231S a2i37iDCMadlioe: scedle-jtdout-uequenx estas_ae4Le-X201fr3LL9-02T(-470-44S*：423-M.4Jiiuencc t -teequeooe etoo9923eedle-U01WllS-0iS

5、TS-fl7S0-4a4JM23-pg.bs0 t -gpetena C.9 t -vndcpea )0*0 t -andaataad . -aicaMtS pan -spxaceiaZatdcucPragria! Mtdle kuxtetei Mca IS Jan 3011 OliUit?CaMMdliM： needle-vtaoot-5qu*c *oaa_n(Wpq.aa9Dnc-Mquabca aaeoaa nMdXa!201Mll!Ml.SOW-pg.bMqnaaca-4atafll EflM2S0-acepen 10.0t -9(pxtad 10.0viprvcilI Uioa_re

6、zMti pairMstnProgrw oeedleRundate： Mom 0 Dec 2014 10:45:54Ccinill imt iwedla-aaeqiMncc Mql| -hwqmnn!) aecp-datafUe UJODMt-outflie pasti-gapaxUmd 10Allgn.ronMt: repairReport_nie! fI Al ；9ned_Be7a!Kce; 3t 1： 9rvopla2t i: Ncis，Mauia: UMQ*： 9y_pnaKy; 10.0 t : 4*Juulazity:Sooxi 190.09S/M iSO.ni54,69 |7t.

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10、i35/46 Sinslarityi4咨“m.x， Gapa:0X5 Scerei 1B3.0Ii ，t M. 1 gned_9e(iuenoe91 2,l; Dreactma,2： N3SMHat：U： EBL09t*2, 6ap_peMKw taO，Caevna_pnaLcy: 1Q.QLenoth: 4a Identity:M/C4 IM.M)suuiarityii/M(7i.2ti, Sops;9/M I 0.M)，Scos; 1S3.0StcaaptulaDxoaophxl*2 SNSKUVMYLFQDMrDUXXXLnAXarxmCimADROySYamrrD91l.lllllll

11、llllll.l.lll.lll.l.lltllll.ll.l.ll.lliM0US3 SK7KL：VNYLKUiMrQDE?RSLFGSIGDIESCKl.VRDKZ70QSLGXGr7X32Sccaopkula3:oaopinla2.2采用PAM250打分矩阵：a.空位罚分10,延伸值0.5：b.空位罚分10,延伸值10 c.空位罚分5,延伸值为10：回答问题：1. RNP1和RNP2得到比对。2a.算法找到了 RNP1和RNP2的正确比对.2b/2c.理论上，当空位开启罚分高时，两条序列的比对中间隔空位数变多，当空位延 伸罚分高时，两条序列的中出现的连续空位数变多。但是从我得到的数据来看，他们的最后 得分都一样。可能是由于序列相似度比较高吧。2d.k个连续的空位可能是由于一次插入或删除事件，而k个间隔的空位则可能 代表了 k各事件，所以相比之下k个连续空位更