免疫共沉淀(CoIP)详细步骤教程

1、免疫共沉淀（Co-IP）详细步骤教程一、原理：免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。其原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X,那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下来。目前多用精制的proteinA预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的proreinA就能吸附抗原达到精制的目的。这种方法常用于测定两种目标蛋白

2、质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。其优点为：（1）相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态；（2）蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响；（3）可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。缺点为：（1）可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质蛋白质相互作用；（2）两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；（3）必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。二、准备工作：预冷PBS,RIPABuffer，细胞刮子（用保鲜膜包好后，埋冰下），离心机用预冷的PBS洗涤细

3、胞两次，最后一次吸干PBS；加入预冷的RIPABuffer（lml/107个细胞、10cm培养皿或150cm2培养瓶，0.5ml/5X106个细胞、6cm培养皿、75cm2培养瓶）用预冷的细胞刮子将细胞从培养皿或培养瓶上刮下，把悬液转到1.5EP管中，4C,缓慢晃动15min（EP管插冰上，置水平摇床上）4C，14000g离心15min，立即将上清转移到一个新的离心管中准备ProteinAagarose，用PBS洗两遍珠子，然后用PBS配制成50%浓度，建议减掉枪尖部分，避免在涉及琼脂糖珠的操作中破坏琼脂糖珠每1ml总蛋白中加入100ulProteinA琼脂糖珠（50%）,4C摇晃10min（

4、EP管插冰上，置水平摇床上），以去除非特异性杂蛋白，降低背景4C，14000g离心15min，将上清转移到一个新的离心管中，去除ProteinA珠子（Bradford法）做蛋白标准曲线，测定蛋白浓度，测前将总蛋白至少稀释1：10倍以上，以减少细胞裂解液中去垢剂的影响（定量，分装后，可以在-20C保存一个月）用PBS将总蛋白稀释到约1ug/ul，以降低裂解液中去垢剂的浓度，如果兴趣蛋白在细胞中含量较低，则总蛋白浓度应该稍高（如10ug/ul）加入一定体积的兔抗到500ul总蛋白中，抗体的稀释比例因兴趣蛋白在不同细胞系中的多少而异4C缓慢摇动抗原抗体混合物过夜或室温2h,激酶或磷酸酯酶活性分析建议

5、用2h室温孵育加入100ulProteinA琼脂糖珠来捕捉抗原抗体复合物，4C缓慢摇动抗原抗体混合物过夜或室温lh,如果所用抗体为鼠抗或鸡抗，建议加2卩1过渡抗体（兔抗鼠IgG,兔抗鸡IgG）14000rpm瞬时离心5s,收集琼脂糖珠-抗原抗体复合物，去上清，用预冷的RIPAbuffer洗3遍，800卩1/遍，RIPAbuffer有时候会破坏琼脂糖珠-抗原抗体复合物内部的结合，可以使用PBS用60卩l2X上样缓冲液将琼脂糖珠-抗原抗体复合物悬起，轻轻混匀，缓冲液的量依据上样多少的需要而定（60ul足够上三道）将上样样品煮5min,以游离抗原，抗体，珠子，离心，将上清电泳，收集剩余琼脂糖珠，上清

6、也可以暂时冻-20，留待以后电泳，电泳前应再次煮5min变性。RIPABuffer配制：基础成分：Tris-HCl（缓冲液成分，防止蛋白变性）NaCl（盐份，防止非特异蛋白聚集）NP-40（非离子去污剂，提取蛋白；用H2O配制成10%储存液）去氧胆酸钠（离子去污剂，提取蛋白；用H2O配制成10%储存液；避光保存）注意：准备激酶（致活酶）实验时，不要加去氧胆酸钠，因为离子型去污剂能够使酶变性，导致活性丧失。RIPA蛋白酶抑制剂苯甲基磺酰氟（PMSF）（用异丙醇配制成200mM的储存液，室温保存）EDTA（钙螯合剂；用H2O配制成100mM的储存液，PH7.4）亮抑酶肽（Leupeptin）（用H

7、2O配制成1mg/ml的储存液，分装，-20C保存）抑蛋白酶肽（Aprotinin）（用H2O配制成1mg/ml的储存液，分装，-20C保存）胃蛋白酶抑制剂（Pepstatin）（用甲醇配制成1mg/ml的储存液，分装，-20C保存）RIPA磷酸（酯）酶抑制剂激活的Na3VO4（用H2O配制成200mM的储存液，见SodiumOrthovanadateActivationProtoco）NaF（200mM的储存液，室温保存）注意：在准备做磷酸（酯）酶实验的时候，不加磷酸酯酶抑制剂工作液配制：配制100ml的modifiedRIPAbuffe：称取790mg的Tris-Base，加到75ml去离

8、子水中，加入900mg的NaCl，搅拌，直到全部溶解，用HCl调节PH值到7.4力口10ml10%的NP-40加2.5ml10%的去氧胆酸钠，搅拌，直到溶液澄清力口1ml100mM的EDTA,用量筒定容到100ml,2-8C保存理论上，蛋白酶和磷酸酯酶抑制剂应该在使用当天同时加入（抑蛋白酶肽，亮抑酶肽,胃蛋白酶抑制剂各100ul;PMSF,Na3VO4,NaF各500ul）,但是PMSF在水溶液中很不稳定，30分钟就会降解一半，所以PMSF应该在使用前现加，其他抑制剂成分可以在水溶液中稳定5天。各种成分在工作液中的终浓度：*Tris-HCl:50mM,pH7.4*NP-40:1%*去氧胆酸钠：

9、0.25%*NaCl:150mM*EDTA:1mM*PMSF:1mM*抑蛋白酶肽，亮抑酶肽，胃蛋白酶抑制剂：各1ug/mlNa3VO4:1mMNaF：1mM三、实验流程为：转染后24-48h可收获细胞，加入适量细胞裂解缓冲液(含蛋白酶抑制剂)，冰上裂解30min,细胞裂解液于4C,最大转速离心30min后取上清；取少量裂解液以备Westernblot分析，剩余裂解液加lug相应的抗体加入到细胞裂解液，4C缓慢摇晃孵育过夜；取10ulproteinA琼脂糖珠,用适量裂解缓冲液洗3次,每次3,000rpm离心3min；将预处理过的10ulproteinA琼脂糖珠加入到和抗体孵育过夜的细胞裂解液中4

10、C缓慢摇晃孵育2-4h，使抗体与proteinA琼脂糖珠偶连；免疫沉淀反应后，在4C以3,000rpm速度离心3min，将琼脂糖珠离心至管底;将上清小心吸去，琼脂糖珠用1ml裂解缓冲液洗34次；最后加入15ul的2XSDS上样缓冲液，沸水煮5分钟；SDS,Westernblotting或质谱仪分析。通过免疫共沉淀确定结合蛋白用磷酸盐缓冲液洗30块10cm培养板上的适宜细胞。刮去每块板上的细胞到1ml冰冷的EBC裂解缓冲液中。将每毫升细胞悬液转移到微量离心管中，在微量离心机上4C以最大速度离心15min。收集上清(约30ml)并加入30ug的适当抗体，4C摇动免疫沉淀物1h。加入0.9ml的蛋白

11、质A-Sepharose悬液，4C摇动免疫沉淀物30min。5.用含900mmol/LNaCl的NETN洗蛋白A-Sepharose混合物，再重复洗5次。最后，用NETN洗一次。吸出混合物的液体部分。加入800ul的1XSDS胶加样缓冲液到球珠中，煮沸4min。将样品加入到大孔的不连续SDS梯度胶中，在10mA的恒定电流下电泳过夜。通过考马斯蓝染色观察蛋白质泳带。从胶上切下目标带，将其放到微量离心管中，用1ml50%乙腈洗两次，每次3min。用胰蛋白酶消化胶中的蛋白质，再将肽电洗脱。通过窄孔高效液相色谱分离肽。将收集的肽在ABI477A或494A机器上进行自动Edman降解测序。四、注意的问题：细胞裂解采用温和的裂解条件，不能破坏细胞内存在的所有蛋白质蛋白质相互作用，多采用非离子变性剂(NP40或TritonX-100)。每种细胞的裂解条件是不一样的，通过经验确定。不能用高浓度的变性剂(0.2%SDS)，细胞裂解液中要加各种酶抑制剂，如商品化的cocktailer。使用明确的抗体，可以将几种抗体共同使用使用对照抗体：单克隆抗体：正常小鼠的IgG或