博士学位论文答辩评阅意见书

1、博士学位论文答辩评阅意见书0脩大f博士学位论文答辩评阅意见书论文题目：变量选择和变换的新方法研究博士生： 唐凯临学号：0410104002院（系、所）：化学系专业：无机化学指导教师：李通化教授年 月日教授：鉴于您在本学科的造诣和学术声望，特聘请您对我校化学系无机化学 专业博士生 唐凯临的学位论文进行评阅。现呈上该生论文，请您在百忙中抽时间给予审阅（请重点审阅论文的创新性、学术性）。并将评阅意见于年 月日前邮寄或送达博士生所在学院 收地址：上海市四平路1239号邮政编码：200092谢谢您的支持！同济大学研究生院（学院代章）申请人姓名唐凯临专业无机化学入学年月2004.3论文题目变量选择和变换的

2、新方法研究申请人对学位论文的自评主要创新点（每点不超过100字）对于多变量少样本的超大规模数据先将其利用函数映射至特征空间， 经转换之后的变量以样本之间的关系代替了原先的变量之间的关系。这样 许多在原样本空间用线性方法难以解决的问题，在特征空间中可以轻而易 举地完成。将质谱数据分为若干区间，计算每个区间的多阶统计量，以这些反映 了波形特点的多阶统计量作为新的变量进行分类计算。不仅大大减少了变 量还使用了数据的局部信息，分类效果也得到进一步提高。提出了 一种将连续变量转换成离散变量从而寻找特异模式的方法。首先将连续变化的谱转为离散变量。然后经过模式生成，模式比较，模式精 化，找到月中瘤和正常两类

3、各自特有的模式，得到有意义的生物标记物申请人对学位论文的自评不足之处（含原因及改进方法）1、核函数在本文的分类和回归问题中起着非常重要的作用。不同的核函数往往 对拟合结果有很大影啊。对于核函数类型，本文中还是凭经验选择，目前还没有系统 的理论指导方法，这一方面需要进一步的理论研究。2、模式变量选择中对于区间的划分、多种模式选择的方法还需要进一步的研究。 对于多种蛋白白共同作用，biomarker的确定还需要生物化学实验的确认。3、分子对接结果用于QSAR研究还需要进一步的尝试。导师对预审后论文修改情况的意见：对多阶统计量和模式变量的计算结果做了进一步的探讨 合并了部分相关章节的内容，突出了工作

4、重点。加强了实际体系应用的理论指导。导师签名：年 月 日攻读博士学位期间已经发表（包括已接受待发表）的论文、 或已通过鉴定的项目、或已申请到的专利填入下表序号作（4 作整 按北 排歹!者F体页序1）发表论文题目 /获奖成果名称名部别 物奖级、 刊称授门发表 / 获奖 时间一4位文节 对学论章与学位论 文关联度 （此栏由 论文评阅 人填写， 请打 V ）大软大:中小儿1临, 通4李 匕Application of Kernel Method to Classify SELDI-TOF Proteomics Data机用 算应学 计与化20073V/2临, 通4李 匕卵巢癌SELDI-TOF 数据

5、分类方法 初探2006 年 全国博 士生学 术论坛20063V/3Tang kailin ) Li tonghuClassification of proteomics data by kernel methodsAbstrac ts of Papers, 233rd ACS Nationa20064V/al Meeting4Tang kailin) Li tonghu aPattern vectors for feature extraction in large scale datasetsAbstrac ts of Papers, 234rd ACS Nationa l Meeting已

6、接 收5V/5李，临 微，化凯 姚佳通唐用于癌症诊断 的基因芯片数 据降维和分类 方法中国计 算机大 会20056V/6李_ 凯，化开 唐临通陈多肽保留时间 预测的研究计算机 与应用 化学已排 版7V/Proceed ings of Comput7Tang kailin ) Li tonghu aQuantitative structure retention relationship studies of PCDD/Fs on diverse stationary Gasational Method s in Toxicolo gy & Pharma cology Integrat ing

7、Internet20058V/8Tang kailin) Li tonghu a, Chen kaiQSAR Study on PCDD/Fs by Using Kernel PLSChemic al Researc h in Chinese Universi修 已回8V/tiesProceed ings of Internat9Tang kailin ) Yu hongxia ,Li tonghu aMolecular Docking and QSAR Studies on Cyclin-Depen dent Kinase 2 Inhibitorsional Confere nce on C

8、hemo metrics and Bioinfor matics in Asia20049V/（可加页）注：关联度栏必须由论文评阅人填写评阅人签名：博士学位论文定量评价表评审 项目权重评分标准分百d?l) 得制一、论文选题（A ）10%90分以上选题有重要的理论意义或实用价值7589分选题有较大的理论意义或实用价值6074分选题有一定的理论意义或实用价值60分以下选题缺乏理论意义或实用价值二、文献综述（B）10%90分以上阅读广泛、综述全面、掌握国内外动态7589分阅读较广泛、综述较全面、基本掌握国内外动态6074分阅读广泛、综述一般、了解国内外动态60分以下阅读量不够、综述一般、基本了解国内

9、外动态三、理论基 础和专门知识（C）20%90分以上掌握坚实宽广的理论基础和系统知识7589分较好地掌握理论基础和系统知识6074分基本掌握理论基础和系统知识60分以下掌握理论基础和系统知识较差四、科研能力与业务水平（D）20%90分以上有很强的科研工作能力和业务水平7589分有较强的科研工作能力和业务水平6074分有一定的科研工作能力和业务水平60分以下科研工作能力差，缺乏业务水平五、研究成果的创新性（E）30%90分以上研究成果具有很强的创新性7589分研究成果具有较强的创新性6074分研究成果创新性不明显60分以下研究成果不具有创新性六、写作能力（F）10%90分以上条理清晰，分析严谨，

10、文笔流畅7589分条理较好，层次分明，文笔顺通6074分写作能力尚可60分以下写作能力较差总分总分=0.1A+0.1B+0.2C+0.2D+0.3E+0.1F备注：每位专家对六项指标按百分制评分评阅人对学位论文的学术评语：（包括选题意义；文献资料的掌握；所用资料、 实验结果和计算数学可靠性；论文创新成果内容 及写作规范化和逻辑性。注意对论文中可能存在 的剽窃、论据作假等把好关，如果发现请详细说 明）随着生命科学研究热潮的到来和现代仪器分析的飞速发展，积累了大量的生物数据。这类数据最大的特点是变量往往比样本多出2-3个数量级，因此称为海量数据或者超大规模数据。如何从这类数据中挖掘更多有价值的信息

11、是对 生物信息学和化学信息学的巨大挑战。而对于这类数据的处理，有许多困难要 解决，比如如何从大量数据中剔除无用和冗余的数据信息、适当的选择变量、 解决“维数灾难”等问题等。这一系列问题的解决，就有必要尝试新的数据处 理的思路和方法。唐凯临论文变量选择和变换的新方法研究，针对变量选择和变换，做 了一系列有意义的尝试性、探索性工作。论文的创新体现在以下几个方面：.对于多变量少样本的超大规模数据，提出先将其利用函 数映射至特征空间，经转换之后的变量以样本之间的关系代替了 原先的变量之间的关系。通过这种变换，在原样本空间用线性方 法难以解决的问题，在特征空间中就可以解决了。文中涉及的KPLS 方法，为

12、多变量少样本问题的解决提供了一个新途径。.对大量的生物样品测得的质谱数据，提出多阶统计量变 换的方法。就是将质谱数据分为若干区问，计算每个区间的多阶 统计量（即均值、方差等统计量），以这些反映了波形特点的多阶 统计量作为新的变量进行分类计算。完成了降维，同时研究也表 明该方法可以使分类效果也得到进一步提高。.为了反映出特征变量的具体贡献，论文提出了一种对连 续变量进行转换从而寻找特异模式的方法。这样进一步减少了了 变量数，并由模式组合构成模式变量。论文中提出的方法，已经用于解决复杂疾病的诊断 （卵巢癌等）、计算蛋白 质组学、dioxins等环境污染物性质预测和药物辅助设计等研究。这表明该工作 不仅具有理论意义，也有较好的应用前景。作者对预审中提出的意见作了很好的反馈，论文的格式也更加规范。作者查阅了大量国内外有关文献，且大多数为国际学术刊物的相关工作，文 调研较为系统全面。从论文内容可看出作者已较好地掌握了专业基础知识