蓝塘猪SIRT6基因SNP分析课件

1、蓝塘猪SIRT6基因SNP分析姓 名：曾检华导 师：李加琪 教授2010-10-23蓝塘猪SIRT6基因SNP分析姓 名：曾检华2010-背景材料与方法结果讨论背景影响母猪利用年限因素初情期年龄和首次分娩营养后备母猪培育遗传泌乳期长度繁殖障碍与疾病一、背景影响母猪利用年限因素初情期年龄和首次分娩营养后备母猪培育遗传WTKO SIRT6 基因敲除小鼠骨密度下降而出现脊椎弯曲，皮下脂肪减少而造成皮肤变薄。以淋巴细胞明显减少为特征的免疫功能下降和血糖严重降低的代谢功能障碍等使其体积明显减小。 SIRT6 基因敲除小鼠发育到第三周时就表现出衰老症状，大约1个月左右死亡，比正常小鼠的寿命明显降低。 一、

2、背景WTKO SIRT6 基因敲除小鼠骨密度下降而出现脊椎SIRT6抗衰老机制一、背景当敲除SIRT6时，NF-kappa B 变得过度活跃，开启同衰老相关的基因，导致了早熟和衰老。SIRT6的功能缺陷使基因组中的DNA损伤修复减少和缺陷增多，从而抑制细胞的分裂，促进细胞的死亡，最终使个体出现衰老症状。SIRT6缺失导致了端粒的功能丧失，出现了末端融合及细胞早衰的现象。SIRT6抗衰老机制一、背景当敲除SIRT6时，NF-kap猪SIRT6基因结构图 （首次获得了猪SIRT6基因完整的基因组序列，该序列大小约为8671 bp, 包含8个外显子和7个内含子，所有的外显子和内含子的交界均遵循GT-

3、AG规则。） 一、背景猪SIRT6基因结构图 一、背景获得的剪切体SIRT6 V1（剪切了Exon7,斜线部分） 获得的剪切体SIRT6 V2（剪切了Exon2上95bp, 斜线部分） 一、背景获得的剪切体SIRT6 V1（剪切了Exon7,斜线部分） 细胞细胞核胞质和胞膜 SIRT6 V1K cellSIRT6 V2一、背景细胞细胞核胞质和胞膜 SIRT6 V1K cellSIRT6二、材料与方法蓝塘猪（59头） 大白猪（72头） 二、材料与方法蓝塘猪（59头） 大白猪（72头） 引物名称引物序列扩增区域产物长度(bp)退火温度()P1F:GGACATGAGGACAAGCTGCCR:AAAG

4、GGACATGCTCCAAAAGGExon2, Intron245461.0P2F:TCTGTCTCCCATTCTGTTTCTCR:CTCTGGAAGCATCAACTCACAExon3, Intron3Exon471055.3P3F:AGCACAGTTCCCTGCAAAAAR:CGTTACTACAGCAGAAGCAAGGExon5, Intron5Exon645763.0P4F:TGTGTTGGAGACCACCCTGR:GGGTCATGACCTCATCTACGTExon736457.8引物信息 二、材料与方法引物名称引物序列扩增区域产物长度(bp)退火温度()P1F三、结果SNPs筛查引物的P

5、CR扩增结果 PCR产物经1.5%的琼脂糖凝胶检测，均能获得与目标片段大小一致的特异性条带，其大小分别为454bp，710bp，457bp和364bp。PCR产物条带清晰且无杂带，稳定性和特异性好，表明产物可用于测序分析。 三、结果SNPs筛查引物的PCR扩增结果 PC2463 AG 4004 CT4339 AG 4367 GA猪SIRT6基因部分突变位点测序图 本研究共筛选了SIRT6基因约1985bp左右的序列，比对分析结果表明在蓝塘猪中发现8个SNP位点，其中5个位于内含子区，3个位于外显子区，分别是：2463 AG, 4004 CT, 4339 AC, 4367 GA, 4411 CT

6、, 7367 CT, 7469 CT, 8282 GT。 三、结果2463 AG 4004 CT4339 AG 4367所用引物突变位点突变碱基突变类型区域氨基酸变化P12463A-G转换Intron2P24004C-T转换Exon3Thr-94-ThrP24339A-C颠换Intron3P24367G-A转换Intron3P24411C-T转换Exon4Pro-129-LeuP37367C-T转换Exon5Thr-167-ThrP37469C-T转换Intron5P48282G-A转换Intron7 猪SIRT6基因SNP筛查结果 三、结果所用引物突变位点突变碱基突变类型区域氨基酸变化P12463A四 讨论外显子4的突变导致脯氨酸突变为亮氨酸，是2个品种共有的突变，该突变是否会导致其功能上的变化有待于进一步的证实。SIRT6内含子的5个突变是否影响该基因的表达及活性的发挥还有待于进一步的验证。 蓝塘猪8