大学课程生物化学核酸的结构与功能课件

核酸(nucleicacid)

以核苷酸为基本组成单位的生物大分子，携带和传递遗传信息。第二章核酸的结构与功能StructureandFunctionofNucleicAcid核酸(nucleicacid)以核苷酸为基本组成单位1868年FridrichMiescher

从脓细胞中提取核素。1944年

Avery等人证实DNA是遗传物质。1953年

Watson和Crick发现DNA的双螺旋结构。1968年Nirenberg发现遗传密码。1975年Temin和Baltimore发现逆转录酶。1981年Gilbert和Sanger建立DNA测序方法。1985年Mullis发明PCR技术。1990年美国启动人类基因组计划(HGP)。1994年中国人类基因组计划启动。2001年美英等国完成人类基因组计划。核酸研究的发展简史1868年FridrichMiescher从脓细胞中提核酸的分类及分布存在于细胞核和线粒体

分布于细胞核、细胞质、线粒体(deoxyribonucleicacid,DNA)(ribonucleicacid,RNA)脱氧核糖核酸

核糖核酸携带遗传信息，并通过复制传递给下一代。是DNA转录的产物，参与遗传信息的复制与表达。某些病毒RNA也可作为遗传信息的载体核酸的分类及分布存在于细胞核和线粒体分布于细胞核、细胞质第一节核酸的化学组成及其一级结构TheChemicalComponentandPrimaryStructureofNucleicAcid第一节核酸(DNA和RNA)核苷酸核苷和脱氧核苷磷酸戊糖碱基嘌呤嘧啶核糖脱氧核糖核酸组成核酸(DNA和RNA)核苷酸核苷和脱氧核苷磷酸戊糖碱基嘌呤嘧分子组成碱基(base)：嘌呤碱，嘧啶碱戊糖(ribose)：核糖，脱氧核糖磷酸(phosphate)一、核苷酸是构成核酸的基本组成单位分子组成碱基(base)：嘌呤碱，嘧啶碱戊糖(ribose)碱基(base)是含氮的杂环化合物。碱基嘌呤嘧啶腺嘌呤鸟嘌呤尿嘧啶胸腺嘧啶胞嘧啶存在于DNA和RNA中仅存在于RNA中仅存在于DNA中碱基碱基(base)是含氮的杂环化合物。碱基嘌呤嘧啶腺嘌呤鸟嘌呤嘌呤(purine，Pu)腺嘌呤(adenine,A)鸟嘌呤(guanine,G)嘌呤(purine，Pu)腺嘌呤(adenine,A嘧啶(pyrimidine，Py)胞嘧啶(cytosine,C)尿嘧啶(uracil,U)胸腺嘧啶(thymine,T)嘧啶(pyrimidine，Py)胞嘧啶(cytosine,碱基的互变异构体

碱基的互变异构体戊糖（构成RNA）1´2´3´4´5´核糖(ribose)（构成DNA）脱氧核糖(deoxyribose)戊糖（构成RNA）1´2´3´4´5´核糖(ribose)脱氧核苷嘌呤N-9

或嘧啶N-1与脱氧核糖C-1通过β-N-糖苷键相连形成脱氧核苷(deoxyribonucleoside)。脱氧核苷嘌呤N-9或嘧啶N-1与脱氧核糖C-1通过β-N

嘌呤N-9或嘧啶N-1与核糖C-1通过β-N-糖苷键相连形成核苷(ribonucleoside)。核苷NNNN9NH2OOHOHHHHCH2OHH1'2'糖苷键嘌呤N-9或嘧啶N-1与核糖C-1通过β-N-糖苷键相连核苷或脱氧核苷与磷酸通过酯键结合构成核苷酸(ribonucleotide)或脱氧核苷酸(deoxyribonucleotide)。核苷酸(ribonucleotide)NNNN9NH2OOHOHHHHCH2H1'2'OPO-HOO糖苷键酯键核苷或脱氧核苷与磷酸通过酯键结合构成核苷酸(ribonucl多磷酸核苷酸多磷酸核苷酸环化核苷酸：cAMP、cGMP，是细胞信号转导中的第二信使。cAMP核苷酸衍生物环化核苷酸：cAMP、cGMP，是细胞信号转导中的第二信使。二、DNA是脱氧核苷酸通过3’,5’-磷酸二酯键连接形成的大分子一个脱氧核苷酸3的羟基与另一个核苷酸5的α-磷酸基团缩合形成磷酸二酯键(phosphodiesterbond)。

多个脱氧核苷酸通过磷酸二酯键构成了具有方向性的线性分子，称为多聚脱氧核苷酸(polydeoxynucleotide)，即DNA链。二、DNA是脱氧核苷酸通过3’,5’-磷酸二酯键连接形成的大5´-末端3´-末端CGA磷酸二酯键磷酸二酯键5´-末端3´-末端CGA磷酸二酯键磷酸二酯键交替的磷酸基团和戊糖构成了DNA的骨架(backbone)。DNA链的方向是5

→

3交替的磷酸基团和戊糖构成了DNA的骨架(backbone)三、RNA也是具有3’,5’-磷酸二酯键的线性大分子RNA也是多个核苷酸分子通过酯化反应形成的线性大分子，并且具有方向性；RNA的戊糖是核糖；RNA的嘧啶是胞嘧啶和尿嘧啶。三、RNA也是具有3’,5’-磷酸二酯键的线性大分子RNA也定义核酸中核苷酸的排列顺序。由于核苷酸间的差异主要是碱基不同，所以也称为碱基序列。5′端3′端CGA四、核酸的一级结构是核苷酸的排列顺序定义5′端3′端CGA四、核酸的一级结构是核苷酸的排列顺序AGP5PTPGPCPTPOH3书写方法：5pApCpTpGpCpT-OH

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3AGP5PTPGPCPTP核酸分子的大小常用碱基(base或kilobase)数目来表示。小的核酸片段(<50bp)常被称为寡核苷酸(oligonucleotide)。自然界中的DNA和RNA的长度可以高达几十万个碱基。核酸分子的大小常用碱基(base或kilobase)数目来表DNA和RNA的区别核糖G、C、A、URNA脱氧核糖G、C、A、TDNA碱基核糖核酸DNA和RNA的区别核糖G、C、A、URNA脱氧核糖DNA的空间结构又分为二级结构(secondarystructure)和高级结构。DNA的空间结构(spatialstructure)构成DNA的所有原子在三维空间具有确定的相对位置关系。第二节DNA的空间结构与功能DimensionalStructureandFunctionofDNADNA的空间结构又分为二级结构(secondarystru一、DNA的二级结构是双螺旋结构一、DNA的二级结构是双螺旋结构不同生物种属的DNA的碱基组成不同同一个体的不同器官或组织的DNA碱基组成相同。[A]=[T]，[G]=[C]Chargaff规则（一）DNA双螺旋结构的研究背景获得了高质量的DNA分子的X射线衍射照片。提出了DNA分子双螺旋结构(doublehelix)模型。不同生物种属的DNA的碱基组成不同Chargaff规则（一AGCTA/TG/CG+C嘌呤/嘧啶大肠杆菌26.024.925.223.91.090.9950.11.04结核杆菌15.134.935.414.61.030.9970.31.00酵母31.718.317.432.60.971.0535.71.00牛29.021.221.228.71.011.0042.41.01猪29.820.720.729.11.021.0041.41.01人30.419.919.930.11.011.0039.81.01不同生物来源DNA碱基组分和相对比例AGCTA/TG/CG+C嘌呤/嘧啶大肠杆菌26.024.9定义核酸中核苷酸的排列顺序。由于核苷酸间的差异主要是碱基不同，所以也称为碱基序列。5′端3′端CGA四、核酸的一级结构是核苷酸的排列顺序定义5′端3′端CGA四、核酸的一级结构是核苷酸的排列顺序一、DNA的二级结构是双螺旋结构一、DNA的二级结构是双螺旋结构两条多聚核苷酸链在空间的走向呈反向平行(anti-parallel)。两条链围绕着同一个螺旋轴形成右手螺旋(right-handed)的结构。双螺旋结构的直径为2.37nm，螺距为3.54nm。脱氧核糖和磷酸基团组成的亲水性骨架位于双螺旋结构的外侧，疏水的碱基位于内侧。双螺旋结构的表面形成了一个大沟(majorgroove)和一个小沟(minorgroove)。（二）DNA双螺旋结构模型要点1、DNA是反向平行、右手螺旋的双链结构两条多聚核苷酸链在空间的走向呈反向平行(anti-paral大学课程生物化学核酸的结构与功能课件亲水性的骨架位于双链的外侧。疏水性的碱基位于双链的内侧。骨架与碱基亲水性的骨架位于双链的外侧。骨架与碱基2、DNA双链之间形成了互补碱基对碱基配对关系称为互补碱基对(complementarybasepair)。DNA的两条链则互为互补链(complementarystrand)。碱基对平面与螺旋轴垂直。2、DNA双链之间形成了互补碱基对碱基配对关系称为互补碱基对碱基互补配对:鸟嘌呤/胞嘧啶碱基互补配对:鸟嘌呤/胞嘧啶碱基互补配对:腺嘌呤/胸腺嘧啶碱基互补配对:腺嘌呤/胸腺嘧啶大沟与小沟大沟与小沟相邻两个碱基对会有重叠，产生了疏水性的碱基堆积力(basestackinginteraction)。碱基堆积力和互补碱基对的氢键共同维系着DNA结构的稳定。3、疏水作用力和氢键共同维系着DNA双螺旋结构的稳定。相邻两个碱基对会有重叠，产生了疏水性的碱基堆积力(base碱基堆积作用力碱基堆积作用力（三）DNA双螺旋结构的多样性（三）DNA双螺旋结构的多样性旋向螺距(nm)碱基数（每圈）螺旋直径（nm）骨架走行存在条件A型右手2.3112.5平滑体外脱水B型右手3.4102.3平滑DNA生理条件Z型左手4.5121.8锯齿型CG序列三种DNA构型的比较旋向螺距碱基数螺旋直径骨架存在条件A型右手2.3112.5平（四）DNA的多链螺旋结构在酸性的溶液中，胞嘧啶的N-3原子被质子化，可与鸟嘌呤的N-7原子形成氢键；同时，胞嘧啶的N-4的氢原子也可与鸟嘌呤的O-6形成氢键，这种氢键被称为Hoogsteen氢键。Hoogsteen氢键Hoogsteen氢键，不破坏Watson-Crick氢键，由此形成了C＋GC的三链结构(triplex)。（四）DNA的多链螺旋结构在酸性的溶液中，胞嘧啶的N-3原子三链结构三链结构鸟嘌呤之间通过Hoogsteen氢键形成特殊的四链结构(tetraplex)。四链结构鸟嘌呤之间通过Hoogsteen氢键形成特殊的四链结构(te真核生物DNA3-末端是富含GT的多次重复序列，因而自身形成了折叠的四链结构。真核生物DNA3-末端是富含GT的多次重复序列，因而自身形二、DNA的高级结构是超螺旋结构超螺旋结构(superhelix或supercoil)DNA双螺旋链再盘绕即形成超螺旋结构。正超螺旋(positivesupercoil)盘绕方向与DNA双螺旋方同相同。负超螺旋(negativesupercoil)盘绕方向与DNA双螺旋方向相反。

二、DNA的高级结构是超螺旋结构超螺旋结构(superhel（一）原核生物DNA的环状超螺旋结构原核生物DNA多为环状，以负超螺旋的形式存在，平均每200碱基就有一个超螺旋形成。（一）原核生物DNA的环状超螺旋结构原核生物DNA多为环状，DNA超螺旋结构的电镜图象DNA超螺旋结构的电镜图象（二）真核生物DNA的高度有序和高度致密的结构真核生物DNA以非常有序的形式存在于细胞核内。在细胞周期的大部分时间里，DNA以松散的染色质(chromatin)形式存在，在细胞分裂期，则形成高度致密的染色体(chromosome)。

（二）真核生物DNA的高度有序和高度致密的结构真核生物DNADNA染色质呈现出的串珠样结构。染色质的基本单位是核小体(nucleosome)。DNA染色质的电镜图像DNA染色质呈现出的串珠样结构。DNA染色质的电镜图像DNA：约200bp

组蛋白：H1H2A，H2BH3H4核小体的组成DNA：约200bp核小体的组成核小体串珠样的结构核小体串珠样的结构双链DNA的折叠和组装双链DNA的折叠和组装DNA经过多次折叠，被压缩了8000～10000倍，组装在直径只有为数微米的细胞核内。DNA经过多次折叠，被压缩了8000～10000倍，组装在直真核生物的染色体真核生物的染色体DNA的基本功能是以基因的形式荷载遗传信息，并作为基因复制和转录的模板。它是生命遗传的物质基础，也是个体生命活动的信息基础。基因从结构上定义，是指DNA分子中的特定区段，其中的核苷酸排列顺序决定了基因的功能。三、DNA是遗传信息的物质基础DNA的基本功能是以基因的形式荷载遗传信息，并作为基因复制和RNA与蛋白质共同负责基因的表达和表达过程的调控。RNA通常以单链的形式存在，但有复杂的局部二级结构或三级结构。RNA比DNA小的多。RNA的种类、大小和结构远比DNA表现出多样性。StructureandFunctionofRNA第三节RNA的结构与功能RNA与蛋白质共同负责基因的表达和表达过程的调控。StrucRNA的种类、分布和功能RNA的种类、分布和功能信使RNA(messengerRNA,mRNA)是合成蛋白质的模板。不均一核RNA(hnRNA)含有内含子(intron)和外显子(exon)。外显子是氨基酸的编码序列，而内含子是非编码序列。hnRNA经过剪切后成为成熟的mRNA。一、mRNA是蛋白质合成的模板信使RNA(messengerRNA,mRNA)是合成蛋hnRNA内含子(intron)mRNAmRNA成熟过程

外显子(exon)hnRNA内含子mRNAmRNA成熟过程外显子从AUG开始，每三个核苷酸为一组编码了一个氨基酸，称为三联体密码(codon)。成熟的mRNA由氨基酸编码区和非编码区构成。5-末端的帽子(cap)结构和3-末端的多聚A尾(poly-Atail)结构。成熟的真核生物mRNA从AUG开始，每三个核苷酸为一组编码了一个氨基酸，称为三联帽子结构:m7GpppNm（一）大部分真核细胞mRNA的5'末端都以7-甲基鸟嘌呤-三磷酸核苷为起始结构mRNA的帽结构可以与帽结合蛋白(capbindingprotein，CBP)结合。帽子结构:m7GpppNm（一）大部分真核细胞mRNA的5'加帽过程加帽过程真核生物的mRNA的3-末端转录后加上一段长短不一的聚腺苷酸。（二）在真核生物mRNA的3'末端有多聚腺苷酸结构真核生物的mRNA的3-末端转录后加上一段长短不一的聚腺加尾过程加尾过程mRNA核内向胞质的转位mRNA的稳定性维系翻译起始的调控帽子结构和多聚A尾的功能mRNA核内向胞质的转位帽子结构和多聚A尾的功能（三）mRNA依照自身的碱基顺序指导蛋白质氨基酸顺序的合成从mRNA分子5'末端起的第一个AUG开始，每3个核苷酸为一组称为密码子(codon)或三联体密码(tripletcode)。AUG被称为起始密码子；决定肽链终止的密码子则称为终止密码子。位于起始密码子和终止密码子之间的核苷酸序列称为开放阅读框(openreadingframe,ORF)，决定了多肽链的氨基酸序列。（三）mRNA依照自身的碱基顺序指导蛋白质氨基酸顺序的合成从（四）mRNA的成熟过程是hnRNA的剪接过程卵清蛋白mRNA的成熟（四）mRNA的成熟过程是hnRNA的剪接过程卵清蛋白mRN转运RNA(transferRNA,tRNA)在蛋白质合成过程中作为各种氨基酸的载体,将氨基酸转呈给mRNA。由74～95核苷酸组成；占细胞总RNA的15%；具有很好的稳定性。二、tRNA是蛋白质合成中的氨基酸载体转运RNA(transferRNA,tRNA)在蛋白质合（一）tRNA中含有多种稀有碱基（一）tRNA中含有多种稀有碱基tRNA具有局部的茎环(stem-loop)结构或发卡(hairpin)结构。（二）tRNA具有茎环结构tRNA的二级结构——三叶草形氨基酸臂DHU环反密码环TψC环附加叉tRNA具有局部的茎环(stem-loop)结构或发卡(hatRNA的倒L三级结构tRNA的倒L三级结构tRNA的3-末端都是以CCA结尾。3-末端的A与氨基酸共价连结，tRNA成为了氨基酸的载体。不同的tRNA可以结合不同的氨基酸。（三）tRNA的3-末端连接氨基酸tRNA的3-末端都是以CCA结尾。（三）tRNA的3-tRNA的反密码子环上有一个由三个核苷酸构成的反密码子(anticodon)。tRNA上的反密码子依照碱基互补的原则识别mRNA上的密码子。(四)tRNA的反密码子识别mRNA的密码子tRNA的反密码子环上有一个由三个核苷酸构成的反密码子(an核蛋白体RNA(ribosomalRNA，rRNA)是细胞内含量最多的RNA(>80％)。rRNA与核蛋白体蛋白结合组成核蛋白体(ribosome)，为蛋白质的合成提供场所。三、以rRNA为组分的核蛋白体是蛋白质合成的场所核蛋白体RNA(ribosomalRNA，rRNA)是细胞核蛋白体的组成原核生物（以大肠杆菌为例）真核生物（以小鼠肝为例）小亚基30S40SrRNA16S1542个核苷酸18S1874个核苷酸蛋白质21种占总重量的40%33种占总重量的50%大亚基50S60SrRNA23S5S2940个核苷酸120个核苷酸28S5.85S5S4718个核苷酸160个核苷酸120个核苷酸蛋白质31种占总重量的30%49种占总重量的35%核蛋白体的组成原核生物（以大肠杆菌为例）真核生物（以小鼠肝为大肠杆菌的核蛋白体大肠杆菌的核蛋白体18S

rRNA的二级结构18SrRNA的二级结构蛋白质合成时形成的复合体蛋白质合成时形成的复合体RNA组学是研究细胞内snmRNA的种类、结构和功能。同一生物体内不同种类的细胞、同一细胞在不同时空状态下snmRNAs表达谱的变化，以及与功能之间的关系。四、snmRNA参与了基因表达的调控细胞的不同部位存在的许多其他种类的小分子RNA，统称为非mRNA小RNA(smallnon-messengerRNAs,snmRNAs)。snmRNAsRNA组学是研究细胞内snmRNA的种类、结构和功能。同一生核内小RNA核仁小RNA胞质小RNA催化性小RNA小片段干涉RNA

参与hnRNA的加工剪接snmRNAs的种类snmRNAs的功能核内小RNA参与hnRNA的加工剪接snmRNAs的种类sn核酶某些小RNA分子具有催化特定RNA降解的活性，这种具有催化作用的小RNA亦被称为核酶(ribozyme)或催化性RNA(catalyticRNA)。核酶某些小RNA分子具有催化特定RNA降解的活性，这种具有催siRNA是生物宿主对外源侵入的基因表达的双链RNA进行切割所产生的特定长度和特定核酸序列的小片段RNA。siRNA可以与外源基因表达的mRNA相结合，并诱发这些mRNA的降解。基于此机理，人们发明了RNA干扰(RNAinterference，RNAi)技术。小片段干扰RNAsiRNA是生物宿主对外源侵入的基因表达的双链RNA进行切割原核生物基因表达的特异性五、核酸在真核细胞和原核细胞中表现了不同的时空特性原核生物基因表达的特异性五、核酸在真核细胞和原核细胞中表现了真核生物基因表达的特异性真核生物基因表达的特异性核酸的酸碱及溶解度性质核酸为多元酸，具有较强的酸性。核酸的高分子性质粘度：DNA>RNAdsDNA>ssDNA沉降行为:不同构象的核酸分子的沉降的速率有很大差异，这是超速离心法提取和纯化核酸的理论基础。第四节核酸的理化性质ThePhysicalandChemicalCharactersofNucleicAcid核酸的酸碱及溶解度性质第四节核酸的理化性质核酸在波长260nm

处有强烈的吸收，是由碱基的共轭双键所决定的。这一特性常用作核酸的定性和定量分析。一、核酸分子具有强烈的紫外吸收核酸在波长260nm处有强烈的吸收，是由碱基的共轭双键所碱基的紫外吸收光谱碱基的紫外吸收光谱DNA或RNA的定量A260=1.0相当于50μg/ml双链DNA(dsDNA)40μg/ml单链DNA(ssDNAorRNA)20μg/ml寡核苷酸确定样品中核酸的纯度

纯

DNA:A260/A280=1.8

纯

RNA:A260/A280=2.0紫外吸收的应用DNA或RNA的定量紫外吸收的应用二、DNA变性是双链解离为单链的过程在某些理化因素作用下，DNA双链解开成两条单链的过程。定义DNA变性的本质是双链间氢键的断裂。二、DNA变性是双链解离为单链的过程在某些理化因素作用下，D协同性的DNA解链高温或极端的pHDNA的变性协同性的DNA解链高温或极端的pHDNA的变性部分变性DNA的电镜图像部分变性DNA的电镜图像增色效应(hyperchromiceffect)：DNA变性时其溶液OD260增高的现象。DNA解链时的紫外吸收变化增色效应(hyperchromiceffect)：DNA变DNA的解链曲线连续加热DNA的过程中以温度相对于A260值作图，所得的曲线称为解链曲线。解链过程中，紫外吸光度的变化达到最大变化值的一半时所对应的温度。解链温度(meltingtemperature，Tm)DNA的解链曲线连续加热DNA的过程中以温度相对于A260值G+C含量越高，解链温度就越高。解链曲线的变化G+C含量越高，解链温度就越高。解链曲线的变化三、变性的核酸可以复性或形成杂交双链当变性条件缓慢地除去后，两条解离的互补链可重新配对，恢复原来的双螺旋结构，这一现象称为DNA复性(renaturation)

。减色效应：DNA复性时，其溶液OD260降低。热变性的DNA经缓慢冷却后即可复性，这一过程称为退火(annealing)

。三、变性的核酸可以复性或形成杂交双链当变性条件缓慢地除去后，不同种类的DNA单链分子或RNA分子放在同一溶液中，只要两种单链分子之间存在着一定程度的碱基配对关系，在适宜的条件可以在不同的分子间形成杂化双链(heteroduplex)。这种杂化双链可以在不同的DNA与DNA之间形成，也可以在DNA和RNA分子间或者RNA与RNA分子间形成。这种现象称为核酸分子杂交。核酸分子杂交(hybridization)

不同种类的DNA单链分子或RNA分子放在同一溶液中，只要两种核酸分子杂交核酸分子杂交研究DNA分子中某一种基因的位置。监定两种核酸分子间的序列相似性。检测某些专一序列在待检样品中存在与否。核酸分子杂交的应用研究DNA分子中某一种基因的位置。核酸分子杂交的应用依据底物不同分类DNA酶(deoxyribonuclease,DNase)：专一降解DNA。RNA酶(ribonuclease,RNase)：专一降解RNA。依据切割部位不同核酸内切酶：分为限制性核酸内切酶和非特异性限制性核酸内切酶。核酸外切酶：5´→3´或3´→5´核酸外切酶。核酸酶是指所有可以水解核酸的酶。第五节核酸酶(Nuclease)依据底物不同分类核酸酶是指所有可以水解核酸的酶。第五节核酸5’5’3’3’外切位点外切位点内切位点内切位点5’5’3’3’外切位点外切位点内切位点内切位点参与DNA的合成、修复以及RNA的剪接。清除多余的、结构和功能异常的核酸，以及侵入细胞的外源性核酸。降解食物中的核酸。体外重组DNA技术中的重要工具酶。核酸酶的功能参与DNA的合成、修复以及RNA的剪接。核酸酶的功能核酸(nucleicacid)

以核苷酸为基本组成单位的生物大分子，携带和传递遗传信息。第二章核酸的结构与功能StructureandFunctionofNucleicAcid核酸(nucleicacid)以核苷酸为基本组成单位1868年FridrichMiescher

从脓细胞中提取核素。1944年

Avery等人证实DNA是遗传物质。1953年

Watson和Crick发现DNA的双螺旋结构。1968年Nirenberg发现遗传密码。1975年Temin和Baltimore发现逆转录酶。1981年Gilbert和Sanger建立DNA测序方法。1985年Mullis发明PCR技术。1990年美国启动人类基因组计划(HGP)。1994年中国人类基因组计划启动。2001年美英等国完成人类基因组计划。核酸研究的发展简史1868年FridrichMiescher从脓细胞中提核酸的分类及分布存在于细胞核和线粒体

分布于细胞核、细胞质、线粒体(deoxyribonucleicacid,DNA)(ribonucleicacid,RNA)脱氧核糖核酸

核糖核酸携带遗传信息，并通过复制传递给下一代。是DNA转录的产物，参与遗传信息的复制与表达。某些病毒RNA也可作为遗传信息的载体核酸的分类及分布存在于细胞核和线粒体分布于细胞核、细胞质第一节核酸的化学组成及其一级结构TheChemicalComponentandPrimaryStructureofNucleicAcid第一节核酸(DNA和RNA)核苷酸核苷和脱氧核苷磷酸戊糖碱基嘌呤嘧啶核糖脱氧核糖核酸组成核酸(DNA和RNA)核苷酸核苷和脱氧核苷磷酸戊糖碱基嘌呤嘧分子组成碱基(base)：嘌呤碱，嘧啶碱戊糖(ribose)：核糖，脱氧核糖磷酸(phosphate)一、核苷酸是构成核酸的基本组成单位分子组成碱基(base)：嘌呤碱，嘧啶碱戊糖(ribose)碱基(base)是含氮的杂环化合物。碱基嘌呤嘧啶腺嘌呤鸟嘌呤尿嘧啶胸腺嘧啶胞嘧啶存在于DNA和RNA中仅存在于RNA中仅存在于DNA中碱基碱基(base)是含氮的杂环化合物。碱基嘌呤嘧啶腺嘌呤鸟嘌呤嘌呤(purine，Pu)腺嘌呤(adenine,A)鸟嘌呤(guanine,G)嘌呤(purine，Pu)腺嘌呤(adenine,A嘧啶(pyrimidine，Py)胞嘧啶(cytosine,C)尿嘧啶(uracil,U)胸腺嘧啶(thymine,T)嘧啶(pyrimidine，Py)胞嘧啶(cytosine,碱基的互变异构体

碱基的互变异构体戊糖（构成RNA）1´2´3´4´5´核糖(ribose)（构成DNA）脱氧核糖(deoxyribose)戊糖（构成RNA）1´2´3´4´5´核糖(ribose)脱氧核苷嘌呤N-9

或嘧啶N-1与脱氧核糖C-1通过β-N-糖苷键相连形成脱氧核苷(deoxyribonucleoside)。脱氧核苷嘌呤N-9或嘧啶N-1与脱氧核糖C-1通过β-N

嘌呤N-9或嘧啶N-1与核糖C-1通过β-N-糖苷键相连形成核苷(ribonucleoside)。核苷NNNN9NH2OOHOHHHHCH2OHH1'2'糖苷键嘌呤N-9或嘧啶N-1与核糖C-1通过β-N-糖苷键相连核苷或脱氧核苷与磷酸通过酯键结合构成核苷酸(ribonucleotide)或脱氧核苷酸(deoxyribonucleotide)。核苷酸(ribonucleotide)NNNN9NH2OOHOHHHHCH2H1'2'OPO-HOO糖苷键酯键核苷或脱氧核苷与磷酸通过酯键结合构成核苷酸(ribonucl多磷酸核苷酸多磷酸核苷酸环化核苷酸：cAMP、cGMP，是细胞信号转导中的第二信使。cAMP核苷酸衍生物环化核苷酸：cAMP、cGMP，是细胞信号转导中的第二信使。二、DNA是脱氧核苷酸通过3’,5’-磷酸二酯键连接形成的大分子一个脱氧核苷酸3的羟基与另一个核苷酸5的α-磷酸基团缩合形成磷酸二酯键(phosphodiesterbond)。

多个脱氧核苷酸通过磷酸二酯键构成了具有方向性的线性分子，称为多聚脱氧核苷酸(polydeoxynucleotide)，即DNA链。二、DNA是脱氧核苷酸通过3’,5’-磷酸二酯键连接形成的大5´-末端3´-末端CGA磷酸二酯键磷酸二酯键5´-末端3´-末端CGA磷酸二酯键磷酸二酯键交替的磷酸基团和戊糖构成了DNA的骨架(backbone)。DNA链的方向是5

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3交替的磷酸基团和戊糖构成了DNA的骨架(backbone)三、RNA也是具有3’,5’-磷酸二酯键的线性大分子RNA也是多个核苷酸分子通过酯化反应形成的线性大分子，并且具有方向性；RNA的戊糖是核糖；RNA的嘧啶是胞嘧啶和尿嘧啶。三、RNA也是具有3’,5’-磷酸二酯键的线性大分子RNA也定义核酸中核苷酸的排列顺序。由于核苷酸间的差异主要是碱基不同，所以也称为碱基序列。5′端3′端CGA四、核酸的一级结构是核苷酸的排列顺序定义5′端3′端CGA四、核酸的一级结构是核苷酸的排列顺序AGP5PTPGPCPTPOH3书写方法：5pApCpTpGpCpT-OH

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3AGP5PTPGPCPTP核酸分子的大小常用碱基(base或kilobase)数目来表示。小的核酸片段(<50bp)常被称为寡核苷酸(oligonucleotide)。自然界中的DNA和RNA的长度可以高达几十万个碱基。核酸分子的大小常用碱基(base或kilobase)数目来表DNA和RNA的区别核糖G、C、A、URNA脱氧核糖G、C、A、TDNA碱基核糖核酸DNA和RNA的区别核糖G、C、A、URNA脱氧核糖DNA的空间结构又分为二级结构(secondarystructure)和高级结构。DNA的空间结构(spatialstructure)构成DNA的所有原子在三维空间具有确定的相对位置关系。第二节DNA的空间结构与功能DimensionalStructureandFunctionofDNADNA的空间结构又分为二级结构(secondarystru一、DNA的二级结构是双螺旋结构一、DNA的二级结构是双螺旋结构不同生物种属的DNA的碱基组成不同同一个体的不同器官或组织的DNA碱基组成相同。[A]=[T]，[G]=[C]Chargaff规则（一）DNA双螺旋结构的研究背景获得了高质量的DNA分子的X射线衍射照片。提出了DNA分子双螺旋结构(doublehelix)模型。不同生物种属的DNA的碱基组成不同Chargaff规则（一AGCTA/TG/CG+C嘌呤/嘧啶大肠杆菌26.024.925.223.91.090.9950.11.04结核杆菌15.134.935.414.61.030.9970.31.00酵母31.718.317.432.60.971.0535.71.00牛29.021.221.228.71.011.0042.41.01猪29.820.720.729.11.021.0041.41.01人30.419.919.930.11.011.0039.81.01不同生物来源DNA碱基组分和相对比例AGCTA/TG/CG+C嘌呤/嘧啶大肠杆菌26.024.9定义核酸中核苷酸的排列顺序。由于核苷酸间的差异主要是碱基不同，所以也称为碱基序列。5′端3′端CGA四、核酸的一级结构是核苷酸的排列顺序定义5′端3′端CGA四、核酸的一级结构是核苷酸的排列顺序一、DNA的二级结构是双螺旋结构一、DNA的二级结构是双螺旋结构两条多聚核苷酸链在空间的走向呈反向平行(anti-parallel)。两条链围绕着同一个螺旋轴形成右手螺旋(right-handed)的结构。双螺旋结构的直径为2.37nm，螺距为3.54nm。脱氧核糖和磷酸基团组成的亲水性骨架位于双螺旋结构的外侧，疏水的碱基位于内侧。双螺旋结构的表面形成了一个大沟(majorgroove)和一个小沟(minorgroove)。（二）DNA双螺旋结构模型要点1、DNA是反向平行、右手螺旋的双链结构两条多聚核苷酸链在空间的走向呈反向平行(anti-paral大学课程生物化学核酸的结构与功能课件亲水性的骨架位于双链的外侧。疏水性的碱基位于双链的内侧。骨架与碱基亲水性的骨架位于双链的外侧。骨架与碱基2、DNA双链之间形成了互补碱基对碱基配对关系称为互补碱基对(complementarybasepair)。DNA的两条链则互为互补链(complementarystrand)。碱基对平面与螺旋轴垂直。2、DNA双链之间形成了互补碱基对碱基配对关系称为互补碱基对碱基互补配对:鸟嘌呤/胞嘧啶碱基互补配对:鸟嘌呤/胞嘧啶碱基互补配对:腺嘌呤/胸腺嘧啶碱基互补配对:腺嘌呤/胸腺嘧啶大沟与小沟大沟与小沟相邻两个碱基对会有重叠，产生了疏水性的碱基堆积力(basestackinginteraction)。碱基堆积力和互补碱基对的氢键共同维系着DNA结构的稳定。3、疏水作用力和氢键共同维系着DNA双螺旋结构的稳定。相邻两个碱基对会有重叠，产生了疏水性的碱基堆积力(base碱基堆积作用力碱基堆积作用力（三）DNA双螺旋结构的多样性（三）DNA双螺旋结构的多样性旋向螺距(nm)碱基数（每圈）螺旋直径（nm）骨架走行存在条件A型右手2.3112.5平滑体外脱水B型右手3.4102.3平滑DNA生理条件Z型左手4.5121.8锯齿型CG序列三种DNA构型的比较旋向螺距碱基数螺旋直径骨架存在条件A型右手2.3112.5平（四）DNA的多链螺旋结构在酸性的溶液中，胞嘧啶的N-3原子被质子化，可与鸟嘌呤的N-7原子形成氢键；同时，胞嘧啶的N-4的氢原子也可与鸟嘌呤的O-6形成氢键，这种氢键被称为Hoogsteen氢键。Hoogsteen氢键Hoogsteen氢键，不破坏Watson-Crick氢键，由此形成了C＋GC的三链结构(triplex)。（四）DNA的多链螺旋结构在酸性的溶液中，胞嘧啶的N-3原子三链结构三链结构鸟嘌呤之间通过Hoogsteen氢键形成特殊的四链结构(tetraplex)。四链结构鸟嘌呤之间通过Hoogsteen氢键形成特殊的四链结构(te真核生物DNA3-末端是富含GT的多次重复序列，因而自身形成了折叠的四链结构。真核生物DNA3-末端是富含GT的多次重复序列，因而自身形二、DNA的高级结构是超螺旋结构超螺旋结构(superhelix或supercoil)DNA双螺旋链再盘绕即形成超螺旋结构。正超螺旋(positivesupercoil)盘绕方向与DNA双螺旋方同相同。负超螺旋(negativesupercoil)盘绕方向与DNA双螺旋方向相反。

二、DNA的高级结构是超螺旋结构超螺旋结构(superhel（一）原核生物DNA的环状超螺旋结构原核生物DNA多为环状，以负超螺旋的形式存在，平均每200碱基就有一个超螺旋形成。（一）原核生物DNA的环状超螺旋结构原核生物DNA多为环状，DNA超螺旋结构的电镜图象DNA超螺旋结构的电镜图象（二）真核生物DNA的高度有序和高度致密的结构真核生物DNA以非常有序的形式存在于细胞核内。在细胞周期的大部分时间里，DNA以松散的染色质(chromatin)形式存在，在细胞分裂期，则形成高度致密的染色体(chromosome)。

（二）真核生物DNA的高度有序和高度致密的结构真核生物DNADNA染色质呈现出的串珠样结构。染色质的基本单位是核小体(nucleosome)。DNA染色质的电镜图像DNA染色质呈现出的串珠样结构。DNA染色质的电镜图像DNA：约200bp

组蛋白：H1H2A，H2BH3H4核小体的组成DNA：约200bp核小体的组成核小体串珠样的结构核小体串珠样的结构双链DNA的折叠和组装双链DNA的折叠和组装DNA经过多次折叠，被压缩了8000～10000倍，组装在直径只有为数微米的细胞核内。DNA经过多次折叠，被压缩了8000～10000倍，组装在直真核生物的染色体真核生物的染色体DNA的基本功能是以基因的形式荷载遗传信息，并作为基因复制和转录的模板。它是生命遗传的物质基础，也是个体生命活动的信息基础。基因从结构上定义，是指DNA分子中的特定区段，其中的核苷酸排列顺序决定了基因的功能。三、DNA是遗传信息的物质基础DNA的基本功能是以基因的形式荷载遗传信息，并作为基因复制和RNA与蛋白质共同负责基因的表达和表达过程的调控。RNA通常以单链的形式存在，但有复杂的局部二级结构或三级结构。RNA比DNA小的多。RNA的种类、大小和结构远比DNA表现出多样性。StructureandFunctionofRNA第三节RNA的结构与功能RNA与蛋白质共同负责基因的表达和表达过程的调控。StrucRNA的种类、分布和功能RNA的种类、分布和功能信使RNA(messengerRNA,mRNA)是合成蛋白质的模板。不均一核RNA(hnRNA)含有内含子(intron)和外显子(exon)。外显子是氨基酸的编码序列，而内含子是非编码序列。hnRNA经过剪切后成为成熟的mRNA。一、mRNA是蛋白质合成的模板信使RNA(messengerRNA,mRNA)是合成蛋hnRNA内含子(intron)mRNAmRNA成熟过程

外显子(exon)hnRNA内含子mRNAmRNA成熟过程外显子从AUG开始，每三个核苷酸为一组编码了一个氨基酸，称为三联体密码(codon)。成熟的mRNA由氨基酸编码区和非编码区构成。5-末端的帽子(cap)结构和3-末端的多聚A尾(poly-Atail)结构。成熟的真核生物mRNA从AUG开始，每三个核苷酸为一组编码了一个氨基酸，称为三联帽子结构:m7GpppNm（一）大部分真核细胞mRNA的5'末端都以7-甲基鸟嘌呤-三磷酸核苷为起始结构mRNA的帽结构可以与帽结合蛋白(capbindingprotein，CBP)结合。帽子结构:m7GpppNm（一）大部分真核细胞mRNA的5'加帽过程加帽过程真核生物的mRNA的3-末端转录后加上一段长短不一的聚腺苷酸。（二）在真核生物mRNA的3'末端有多聚腺苷酸结构真核生物的mRNA的3-末端转录后加上一段长短不一的聚腺加尾过程加尾过程mRNA核内向胞质的转位mRNA的稳定性维系翻译起始的调控帽子结构和多聚A尾的功能mRNA核内向胞质的转位帽子结构和多聚A尾的功能（三）mRNA依照自身的碱基顺序指导蛋白质氨基酸顺序的合成从mRNA分子5'末端起的第一个AUG开始，每3个核苷酸为一组称为密码子(codon)或三联体密码(tripletcode)。AUG被称为起始密码子；决定肽链终止的密码子则称为终止密码子。位于起始密码子和终止密码子之间的核苷酸序列称为开放阅读框(openreadingframe,ORF)，决定了多肽链的氨基酸序列。（三）mRNA依照自身的碱基顺序指导蛋白质氨基酸顺序的合成从（四）mRNA的成熟过程是hnRNA的剪接过程卵清蛋白mRNA的成熟（四）mRNA的成熟过程是hnRNA的剪接过程卵清蛋白mRN转运RNA(transferRNA,tRNA)在蛋白质合成过程中作为各种氨基酸的载体,将氨基酸转呈给mRNA。由74～95核苷酸组成；占细胞总RNA的15%；具有很好的稳定性。二、tRNA是蛋白质合成中的氨基酸载体转运RNA(transferRNA,tRNA)在蛋白质合（一）tRNA中含有多种稀有碱基（一）tRNA中含有多种稀有碱基tRNA具有局部的茎环(stem-loop)结构或发卡(hairpin)结构。（二）tRNA具有茎环结构tRNA的二级结构——三叶草形氨基酸臂DHU环反密码环TψC环附加叉tRNA具有局部的茎环(stem-loop)结构或发卡(hatRNA的倒L三级结构tRNA的倒L三级结构tRNA的3-末端都是以CCA结尾。3-末端的A与氨基酸共价连结，tRNA成为了氨基酸的载体。不同的tRNA可以结合不同的氨基酸。（三）tRNA的3-末端连接氨基酸tRNA的3-末端都是以CCA结尾。（三）tRNA的3-tRNA的反密码子环上有一个由三个核苷酸构成的反密码子(anticodon)。tRNA上的反密码子依照碱基互补的原则识别mRNA上的密码子。(四)tRNA的反密码子识别mRNA的密码子tRNA的反密码子环上有一个由三个核苷酸构成的反密码子(an核蛋白体RNA(ribosomalRNA，rRNA)是细胞内含量最多的RNA(>80％)。rRNA与核蛋白体蛋白结合组成核蛋白体(ribosome)，为蛋白质的合成提供场所。三、以rRNA为组分的核蛋白体是蛋白质合成的场所核蛋白体RNA(ribosomalRNA，rRNA)是细胞核蛋白体的组成原核生物（以大肠杆菌为例）真核生物（以小鼠肝为例）小亚基30S40SrRNA16S1542个核苷酸18S1874个核苷酸蛋白质21种占总重量的40%33种占总重量的50%大亚基50S60SrRNA23S5S2940个核苷酸120个核苷酸28S5.85S5S4718个核苷酸160个核苷酸120个核苷酸蛋白质31种占总重量的30%49种占总重量的35%核蛋白体的组成原核生物（以大肠杆菌为例）真核生物（以小鼠肝为大肠杆菌的核蛋白体大肠杆菌的核蛋白体18S

rRNA的二级结构18SrRNA的二级结构蛋白质合成时形成的复合体蛋白质合成时形成的复合体RNA组学是研究细胞内snmRNA的种类、结构和功能。同一生物体内不同种类的细胞、同一细胞在不同时空状态下snmRNAs表达谱的变化，以及与功能之间的关系。四、snmRNA参与了基因表达的调控细胞的不同部位存在的许多其他种类的小分子RNA，统称为非mRNA小RNA(smallnon-messengerRNAs,snmRNAs)。snmRNAsRNA组学是研究细胞内snmRNA的种类、结构和功能。同一生核内小RNA核仁小RNA胞质小RNA催化性小RNA小片段干涉RNA

参与hnRNA的加工剪接snmRNAs的种类snmRNAs的功能核内小RNA参与hnRNA的加工剪接snmRNAs的种类sn核酶某些小RNA分子具有催化特定RNA降解的活性，这种具有催化作用的小RNA亦被称为核酶(ribozyme)或催化性RNA(catalyticRNA)。核酶某些小RNA分子具有催化特定R