哈佛大学课件：DNA技术_第1页
哈佛大学课件：DNA技术_第2页
哈佛大学课件：DNA技术_第3页
哈佛大学课件：DNA技术_第4页
哈佛大学课件：DNA技术_第5页
已阅读5页，还剩67页未读， 继续免费阅读

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

TechniquestomanipulateDNAPhenol/chloroformextractionEthanolprecipitationConcentrationdeterminationGelElectrophoresisDNAhybridizationSouthernBlottingMeltingtemperaturesPCR免疫学信息网TechniquestomanipulateDNAPh1BRCA3EcoRIEcoRINIHExample:IstheBRCA3geneinvolvedinSuppressingbreastcancer?BRCA1BRCA2BRCA3免疫学信息网BRCA3EcoRIEcoRINIHExample:Is2PaperTowelsSouthernBlotting1tissueSDSProtKPhenolChloroETOHpptSpin免疫学信息网PaperTowelsSouthernBlotting13The“HyperchromicShift”2免疫学信息网The“HyperchromicShift”2免疫学信息4PaperTowelsSouthernBlotting1tissueSDSProtKPhenolChloroETOHpptSpin免疫学信息网PaperTowelsSouthernBlotting15AgaroseGelElectrophoresis_+3免疫学信息网AgaroseGelElectrophoresis_+36SampleWell25ng1kbladder0.8%Agarose124681012kbAgaroseGelElectrophoresisSybergoldDetectionLimit:~0.2-0.5ngDNAEtBrDetectionLimit:~5-10ngDNA(Notinhandout)免疫学信息网SampleWell124681012kbAgarose7Log(MW)islinearlyrelatedtomobility4100bpLow%hasnoResolvingpoweratlowMW1kb10kbHigh%hasnoresolvingpowerathighMW免疫学信息网Log(MW)islinearlyrelatedt8SeparationRangeVs.%Agarose5LowGelingAgarose4-6 0.02-0.4免疫学信息网SeparationRangeVs.%Agarose9TEMED(N,N,N,N-tetramethylenediamine)7免疫学信息网TEMED7免疫学信息网http://www.immune10PolyAcrylamideGels8免疫学信息网PolyAcrylamideGels8免疫学信息网htt11DNAtopologyaffectsmobilityofDNA9免疫学信息网DNAtopologyaffectsmobility12PFGEcanresolvelargeDNAfragments10免疫学信息网PFGEcanresolvelargeDNAfra13PaperTowelsSouthernBlotting1tissueSDSProtKPhenolChloroETOHpptSpin免疫学信息网PaperTowelsSouthernBlotting114HelixFormation:NucleationandPropagation11免疫学信息网HelixFormation:Nucleationa15A-TA-TG-CHelixMelting12免疫学信息网A-TA-TG-CHelixMelting12免疫学信息网16Whatparametersaffectthe

Tm?

(Tmisdefinedasthetempat

whichhalfthemolecules

aresingle-stranded)免疫学信息网Whatparametersaffectthe

Tm?17TmdependsonDNAlength13%dsDNASigmoidalCurve:HighlyCooperativeMelting!免疫学信息网TmdependsonDNAlength13%ds18Effectof%GCContentonTm14免疫学信息网Effectof%GCContentonTm1419Effectof[Salt]onTm15免疫学信息网Effectof[Salt]onTm15免疫学信息网20Predictingmeltingtemperatures(seelecturenotes)免疫学信息网Predictingmeltingtemperature21KineticsofHybridization:

DoIhavetimeforasodaora

week-endinNewYorkCity?免疫学信息网KineticsofHybridization:

Do22CotCurves:Hybridizationvs.Complexity16免疫学信息网CotCurves:Hybridizationvs.23ABi-PhasicCotCurve175kbRepeats(20%total)100kbfragmentRepeatDNA=5kbLongestnon-repeatDNA=100kb-20kb=80kbDifferenceincomplexity=80/5=16免疫学信息网ABi-PhasicCotCurve175kbRe24PaperTowelsSouthernBlotting1tissueSDSProtKPhenolChloroETOHpptSpin免疫学信息网PaperTowelsSouthernBlotting125ResultsofSouthernBlotControlTissueCancerTissueBRCA3EcoRIEcoRINIH免疫学信息网ResultsofSouthernBlotContro26BRCA3EcoRIEcoRINIH免疫学信息网BRCA3EcoRIEcoRINIH免疫学信息网http:2794C(30s)40-60C(30s)72C(30-60s/kb)MeltAnnealExtendThePolymeraseChainReaction(PCR)1820-30X免疫学信息网94C40-60C72CMeltAnnealEx2894C(30s)40-60C(30s)72C(30-60s/kb)MeltAnnealExtendCycle#2NIH20-30X免疫学信息网94C40-60C72CMeltAnnealEx29ResultsofPCR#1ControlTissueCancerTissueBRCA3EcoRIEcoRINIHPrimerSet#1免疫学信息网ResultsofPCR#1ControlTissu30ResultsofPCR#5ControlTissueCancerTissueBRCA3EcoRIEcoRINIHPrimerSet#5免疫学信息网ResultsofPCR#5ControlTissue31PCRmutagenesisEcoRIHindIIIIsolateproducts,mixAmplifydigest,subclonesequence20PvuII免疫学信息网PCRmutagenesisEcoRIHindIIIIso32免疫学信息网免疫学信息网http://www.immuneweb.co33LinearAmplificationGeometricAmplification19免疫学信息网LinearGeometric19免疫学信息网http:34hsp70EcoRIEcoRINIHExample:Isheatshockfactorboundtopromotersbeforeheatshock?EcoRIHSEHSF免疫学信息网hsp70EcoRIEcoRINIHExample:Is35Optimalseparationoffragments>2kbrequireslowvoltage0.510V/cm6免疫学信息网Optimalseparationoffragment36TechniquestomanipulateDNAPhenol/chloroformextractionEthanolprecipitationConcentrationdeterminationGelElectrophoresisDNAhybridizationSouthernBlottingMeltingtemperaturesPCR免疫学信息网TechniquestomanipulateDNAPh37BRCA3EcoRIEcoRINIHExample:IstheBRCA3geneinvolvedinSuppressingbreastcancer?BRCA1BRCA2BRCA3免疫学信息网BRCA3EcoRIEcoRINIHExample:Is38PaperTowelsSouthernBlotting1tissueSDSProtKPhenolChloroETOHpptSpin免疫学信息网PaperTowelsSouthernBlotting139The“HyperchromicShift”2免疫学信息网The“HyperchromicShift”2免疫学信息40PaperTowelsSouthernBlotting1tissueSDSProtKPhenolChloroETOHpptSpin免疫学信息网PaperTowelsSouthernBlotting141AgaroseGelElectrophoresis_+3免疫学信息网AgaroseGelElectrophoresis_+342SampleWell25ng1kbladder0.8%Agarose124681012kbAgaroseGelElectrophoresisSybergoldDetectionLimit:~0.2-0.5ngDNAEtBrDetectionLimit:~5-10ngDNA(Notinhandout)免疫学信息网SampleWell124681012kbAgarose43Log(MW)islinearlyrelatedtomobility4100bpLow%hasnoResolvingpoweratlowMW1kb10kbHigh%hasnoresolvingpowerathighMW免疫学信息网Log(MW)islinearlyrelatedt44SeparationRangeVs.%Agarose5LowGelingAgarose4-6 0.02-0.4免疫学信息网SeparationRangeVs.%Agarose45TEMED(N,N,N,N-tetramethylenediamine)7免疫学信息网TEMED7免疫学信息网http://www.immune46PolyAcrylamideGels8免疫学信息网PolyAcrylamideGels8免疫学信息网htt47DNAtopologyaffectsmobilityofDNA9免疫学信息网DNAtopologyaffectsmobility48PFGEcanresolvelargeDNAfragments10免疫学信息网PFGEcanresolvelargeDNAfra49PaperTowelsSouthernBlotting1tissueSDSProtKPhenolChloroETOHpptSpin免疫学信息网PaperTowelsSouthernBlotting150HelixFormation:NucleationandPropagation11免疫学信息网HelixFormation:Nucleationa51A-TA-TG-CHelixMelting12免疫学信息网A-TA-TG-CHelixMelting12免疫学信息网52Whatparametersaffectthe

Tm?

(Tmisdefinedasthetempat

whichhalfthemolecules

aresingle-stranded)免疫学信息网Whatparametersaffectthe

Tm?53TmdependsonDNAlength13%dsDNASigmoidalCurve:HighlyCooperativeMelting!免疫学信息网TmdependsonDNAlength13%ds54Effectof%GCContentonTm14免疫学信息网Effectof%GCContentonTm1455Effectof[Salt]onTm15免疫学信息网Effectof[Salt]onTm15免疫学信息网56Predictingmeltingtemperatures(seelecturenotes)免疫学信息网Predictingmeltingtemperature57KineticsofHybridization:

DoIhavetimeforasodaora

week-endinNewYorkCity?免疫学信息网KineticsofHybridization:

Do58CotCurves:Hybridizationvs.Complexity16免疫学信息网CotCurves:Hybridizationvs.59ABi-PhasicCotCurve175kbRepeats(20%total)100kbfragmentRepeatDNA=5kbLongestnon-repeatDNA=100kb-20kb=80kbDifferenceincomplexity=80/5=16免疫学信息网ABi-PhasicCotCurve175kbRe60PaperTowelsSouthernBlotting1tissueSDSProtKPhenolChloroETOHpptSpin免疫学信息网PaperTowelsSouthernBlotting161ResultsofSouthernBlotControlTissueCancerTissueBRCA3EcoRIEcoRINIH免疫学信息网ResultsofSouthernBlotContro62BRCA3EcoRIEcoRINIH免疫学信息网BRCA3EcoRIEcoRINIH免疫学信息网http:6394C(30s)40-60C(30s)72C(30-60s/kb)MeltAnnealExtendThePolymeraseChainReaction(PCR)1820-30X免疫学信息网94C40-60C72CMeltAnnealEx6494C(30s)40-60C(30s)72C(30-60s/kb)MeltAnnealExtendCycle

人人文库> 全部分类> 教育资料 > 课件下载

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论