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文档简介
临床分子诊断与个体化治疗
临床分子诊断与个体化治疗
分子诊断狭义分子诊断:应用分子生物学方法检测患者体内遗传物质的结构或表达水平的变化而做出诊断的技术,称为分子诊断,包括肿瘤分子诊断、传染病分子诊断、产前诊断等。广义分子诊断:指应用分子生物学方法,对受检者体内各类生物分子(包括、、蛋白质等)进行定性和定量分析,确定其结构或表达水平,从而为个性化预防、治疗提供依据的一种诊断技术,包括肿瘤分子诊断、传染病分子诊断、产前诊断、单基因诊断、易感基因检测以及天赋基因检测等。分子诊断狭义分子诊断:应用分子生物学方法检测患者体内遗传物质国内回顾年技术在国内开始用于临床检测年代中期:假阴性假阳性?,引发思考年:卫生部科研课题年月日:临床实验室管理专家咨询会年月日:卫生部下发<关于暂停临床基因扩增()检验的通知(卫医发[]第号)>国内回顾年技术在国内开始用于临床检测国内回顾年月日:<基因扩增技术临床应用专家研讨会>,针对临床开展检验的问题,达成八点意见.年月日:(<第一期全国临床基因扩增实验技术人员培训班>在北京卫生部临床检验中心举办.年月日:卫生部下发<临床基国扩增检验实验室管理暂行办法>(卫医发[]号)国内回顾年月日:<基因扩增技术临床应用专家研讨会>,针对临床年:《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》(卫办医政发【】号)《医疗机构临床基因扩增检验室工作导则》(卫办医政发【】号)年:截止到年月,全国按照所制定的标准通过验收的临床基因扩增检验实验室共余家。采用所编写的培训教材和培训模式共举办了培训班多期,培训实验室技术人员多人。涉及全国个省、直辖市和自治区。截止到年月,全国按照所制定的标准通过验收的临床基因扩增检验实目前国内临床分子诊断现状绝大部分用于病原体核酸检测较少部分用于遗传病的产前诊断个体化用药的分子诊断正在兴起目前国内临床分子诊断现状绝大部分用于病原体核酸检测一些常见的认识误区临床实验室检验科基因(遗传携带、突变等)与病原体核酸检测完全不同临床检验在病理科、药剂科或肿瘤科做,不属于临床检验管理?必须达成一点共识:实验不管在哪做,都属于检验管理,必须有严格的质量控制。一些常见的认识误区临床实验室检验科问题与思考问题:应用实验室分区质量管理:分析前,分析中,分析后人员:(医生、实验室技术人员):均需“洗脑”[严格的培训]出现问题,即分析问题产生的原因,采取措施加以改进质理管理的习惯养成需要时间。问题与思考问题:几个策略比较家族病史研究与基因研究相比较说法不一,孰优孰劣?各有所长。肿瘤早期诊断带来的真正收益有没有我们所希望的那么大?几个策略比较家族病史研究与基因研究相比较
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国家自然科学基金委医学部主任、国家肝癌科学中心主任—王红阳院士,国家自然科学基金委医中国肿瘤治疗现状治愈率<,五年生存率。低于欧美国家、,低于日本和主要原因:)早期诊断低)缺乏规范化治疗)经济状况差华南肿瘤国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心钱朝南教授中国肿瘤治疗现状治愈率<,五年生存率。低于欧美国家、,低于较早期诊断(Ⅰ和Ⅱ)提高治愈率和五年生存率,分子诊断为肿瘤早期诊断提供技术支撑!较早期诊断(Ⅰ和Ⅱ)提高治愈率和五年生存率,个体差异与个体化医疗个体差异:基础个体化医疗()这个名词最早由提出,其意义是家庭医生独立行医的意思。现代意义的个体化医学概念于年由和在《》杂志上首次提出,其意义是根据病人的遗传学背景,结合生物信息学和高端成像技术进行诊断,从而合理选择药物进行治疗。个体差异与个体化医疗个体差异:基础个体化医学的发展趋势
“”个体化医学的发展趋势个体化医学个体化医学分析方法)基因组规模微阵列基因分型平台,确定和插入缺失和拷贝数变异区域())比较基因组杂交芯片()检测染色体拷贝数变化)转录水平的基因表达平台(检测表达水平))大型数据集分析软件分析方法)基因组规模微阵列基因分型平台,确定和插入缺失和拷贝常用的基因突变检测方法优缺点比较检测方法优点缺点直接测序法可以检测所有突变不灵敏,操作繁琐,易污染无特殊设备、价廉不能定量、不能确定特殊突变无特殊设备、简便、快捷、灵敏不能对突变精确定位焦磷酸测序法准确,可以检测质量的样本测序长度短、易污染可以检测所有突变复杂,操作繁琐灵敏度高,周期短需要特殊探针,每次只能检测一种突变常用的基因突变检测方法优缺点比较检测方法优点缺点直接测序法可批准的遗传检测试剂或设备试剂设备生产厂家批准时间检测样本类型及基因检测方法相关药物
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组织,雅培公司()批准的遗传检测试剂或设备试剂设备生产厂家批准时间检测样本类型基因突变和表达与肿瘤靶向治疗肿瘤治疗药物检测位点结果判断结直肠癌西妥腊单抗()帕尼单抗()号染色体基因号外显子的密码子和密码子、号外显子的号密码子,其中有个突变热点:、、、、、、占到基因突变的以上野生型治疗效果较好突变型治疗效果差非小细胞肺癌古非替尼人类染色体区,第位外显子的缺失、、、、、、第位外显子的插入等,以前两者居多,占所有突变的野生型治疗效果较差突变型治疗效果好乳腺癌核赛叮(,曲妥珠单抗)表达表达者效果较好特罗氨()突变基因突变和表达与肿瘤靶向治疗肿瘤治疗药物检测位基因多肽性与药物治疗基因药物伏立康唑、奥美拉唑、泮托拉唑、艾美拉唑、雷贝拉唑、地西洋、那非那韦塞来考替,华法林阿托西丁、文拉法辛、利哌利酮、塞托溴胺、他莫普芬、噻吗洛尔、氟西叮、奥氮平、西维美林、托特罗定、特比萘酚、曲马多、啊立哌唑、美托洛尔、卡维地洛、普罗帕酮、硫利达嗪、普罗替林,可待因卡培他滨、氟尿嘧啶乳膏外用液拉布立酶、氨苯矾、伯氨喹、氯喹利福平、异烟肼、吡嗪酰胺硫唑嘌呤、硫鸟嘌呤、巯基嘌呤华法林基因多肽性与药物治疗基因药物伏立康唑、奥美拉唑、基因多态性与丙型肝炎治疗
及预后基因多态性结果判断邻近基因,位于编码基因上游处,是目前已知的与感染者的持续病毒应答()相关,其中与相关联,和与非病毒应答()相关。基因型也与应用治疗引起的初相病毒载量的下降显著关联,但仅与型慢性患者的二相病毒载量下降有关。位于基因下游,与非病毒学应答相关,其中为保护性基因型,与为非保护性基因型。等位基因与乙肝病毒相关的肝细胞损伤密切相关,能提高基因型的非病毒学应答预测价值位于基因下游处,用于预测Ⅰ型应用治疗效果,其中为保护性基因型,和为非保护性基因,但对感染、型病毒患者无预测价值。基因型患者治疗前低密度脂蛋白胆固醇>、<,预期治愈率可能大于基因多态性与丙型肝炎治疗
及预后基因多态性结果判断邻近基因,个性化检测的局限性一些疾病是由一个或多个基因突变引起基因检测方法确实能对这些疾病的患病风险、确诊和治疗起指导作用大多数疾病发生、发展及预后可能涉及更多的基因以及这些基因和环境因素相互作用仅通过基因检测盒基因表达谱的检测有很大局限性个性化检测的局限性一些疾病是由一个或多个基因突变引起:分子检测有关的主要质控要求对于每一个检测系统,实验室由此又控制程序的责任——监控整个分析过程的准确性和精密度。(())控制程序必须是:检出即时误差——由检测系统故障、不利于环境和操作者能力导致(()())监控检测性能的准确性和精密度——检测系统能和环境的改变以及操作者的能力都可能会影响检测性能。实验室必须确定使用检测物质的数量、类型和频率,如果适用,由实验室验证或建立性能规范(())如果实验室引进了未经认可或批准的检测系统——包括自主研制的方法——在报告病人检测据结果前,必须建立检测系统的性能规范,如果适用,包括下面的性能特征:准确性,精密度,分析灵敏性,分析特异性,包括干扰物质。检测系统对检测结果的可报告区间,参考区间(正常值),和检测性能要求的其他性能特征。(()())包括提取过程中的检测系统包括两种质控物质,其中之一可以检出提取过程的错误。(()()())每一扩增过程,包括两种质控材料,如果反应的抑制是假阴性结果的重要来源一个质控材料能够检出该抑制作用。(()()()):分子检测有关的主要质控要求对于每一个检测系统,实验室由此又国际相关机构的计划美国病理家协会美国疾病预防控制中心(基因检测质量控制物计划)分子诊断的质量控制欧洲分子遗传实验质控网欧洲重要病毒性疾病诊断网西班牙室间质评计划欧盟质量控制一致行动(现在被称作分子诊断的质量控制)意大利肿瘤标志物质量保证网英国国家质量保证计划国际相关机构的计划美国病理家协会临床基因扩增实验室的质量控制(一)实验室各种常规工作的规章制度实验室技术人员的生物安全制度和保护措施防止实验室交叉污染的实验(每月一次)实验室的清洁和消毒制度(每周次)实验室的原始数据、报告单的归档和信息保密制度实验室专业人员的培训和考核制度实验室结果差错的记录和纠正措施计算机的系统维护和管理制度临床基因扩增实验室的质量控制(一)实验室各种常规工作的规章制临床基因扩增实验室的质量控制(二)样本接收和拒收标准:抗凝剂,采集时间量,病史。接收标本必须有专用的登记表,并核对样本登记表中的所有信息,人复核和签字。每批样本核酸提取的过程中加入质控标本以保证标本处理的过程中的正确性,同时建立用于不同技术平台的标准化的浓度范围。定量检测的操作过程包括个不同浓度的对照物,以及阴性和阳性对照。样本的保存和存储(℃和℃冰箱)临床基因扩增实验室的质量控制(二)样本接收和拒收标准:抗凝剂临床基因扩增实验室质量控制(三)室内质控标本的来源:包括参加国内和国际质控标本,细胞株和已知实验结果的样本。在每批实验中和每个技术平台上均加入了质控样本,从样本抽提,基因扩增,杂交和测序已知跟踪到整个实验结果,每次实验结果分析后有专门的质控报告。实验室的技术人员每一个月,在每一个技术平台上都有一次盲样样本的质控实验,并以此评价技术人员的实验技能。临床基因扩增实验室质量控制(三)室内质控标本的来源:包括参加分析的有效性准确性与参考方法比较设定值的方法精密度再现性重复性:利用分子检测方法和同一个仪器对单个样本进行重复性研究。再现性:再现性研究评估天与天、操作与操作间的精密度、如果使用多个仪器,要评估仪器与仪器之间的再现性;如果在多个实验室开展检测,也要评估不同实验室间的再现性。靠近临床和整个分析检测区间内的性能分析的线性、回收率和高剂量钩子效应检出限值和定量限值(在高和低的范围内)分析特异性(交叉反应,干扰)基质效应影响分析结果的分析前因素分析输出(读数区间或阴阳性)
分析的有效性准确性临床有效性和临床有用性临床有效性:检测特性(敏感性、特异性、预测值和拟然比)临床有用性:利用检测结果可以获得有效治疗或其他具体的临床获益筛选有症状个体的检测:基因突变帕金森症。用于诊断和监控的检测:由研制的实验室自制检测。该检测用于确认活动性丙肝病毒()感染、监控治疗反应和确认感染的消退。确定预后和指导治疗的检测:利用实时荧光定量检测乳腺癌肿瘤组织样本中个基因的表达水平。调整用药剂量的检测:指导华法林剂量的基因检测基因(编码细胞色素)和(编码维生素环氧化物还原酶复合物亚单位)的多态性。临床有效性和临床有用性临床有效性:检测特性(敏感性、特异性、病理说明:.包括“尸体病理学诊断”、“细胞病理学检查与诊断”、“组织病理学检查与诊断”、“分子病理学技术与诊断”、“特染和免疫组织化学染色与诊断”、“电子显微镜技术与诊断”和“其他”项目七个部分,共计项。检验说明:.包括“临床血液学检验”、“临床体液检验”、“临床化学检验”、“临床免疫学检验”、“临床微生物与寄生虫学检验”和“临床分子生物学检验”项目六个部分,共计项。.组织器官移植所需的各项检验(如检查等)列入“临床血液学检验”类的“血型、输血及人类组织相关性抗原检验”类中。.”实验室诊断”中的项目不含静脉采血,需单独收费,但微量采血管(指尖采血、耳垂采血)包含在各检验项目中,不得单独收费。病理说明:.包括“尸体病理学诊断”、“细胞病理学检查与诊断”(四)分子病理学技术与诊断组织部细胞原位杂交检查诊断石蜡包埋组织,新鲜冷冻组织,细胞涂片,组织切片机切片,进行二甲苯脱蜡,系列乙醇水化,微波炉、高压锅及蛋白酶处理,标记探针杂交反应,洗涤,酶或亲和物结合反应,显色,判读结果,含上述过程中所产生的废液、废物的处理。组织部细胞荧光原位杂交检查诊断荧光素标记探针杂交反应(一种探针)。组织部细胞多色荧光原位杂交检查诊断荧光素标记探针杂交反应(二种或以上探针).组织部细胞荧光原位杂交技术计量分析诊断荧光素标记探针杂交反应(二种或以上探针),图像定量分析。组织部细胞原位脱氧核糖核酸()多聚酶链式反应检查诊断原位反应,亲和物结合,显色,复染,观察,诊断。组织部细胞原位核糖核酸()多聚酶链式反应检查诊断原位逆转录反应,亲和物结合,显色,复染,观察,诊断。组织部细胞荧光定量脱氧核糖核酸()多聚酶链式反应检查诊断甲醛固定组织,石蜡包埋组织,新鲜或冷冻组织,离心收集细胞;组织粉萃机匀浆化,组织裂解,经反复离心及相应化学试剂去除蛋白,回收,于荧光仪进行荧光素反应,分析结果,诊断。组织部细胞荧光定量核糖核酸()多聚酶链式反应检查诊断回收,于于荧光仪进行荧光素逆转录反应,分析结果,诊断。肿瘤组织脱氧核糖核酸()测序反应产物琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳,产物纯化,测序反应,于测序仪分析,观察结果,诊断。甲醛固定组织,石蜡包埋组织,新鲜或冷冻组织,血液或体液的处理,提取,反应及最后的测序反应纯化。(四)分子病理学技术与诊断组织部细胞原位杂交检查诊断临床分子生物学及细胞遗传学检验核糖核酸扩增定量检测核糖核酸非扩增定性检测分枝杆菌菌种鉴定结核非结核分枝杆菌核酸检测巨细胞病毒脱氧核糖核酸扩增定性检测巨细胞病毒脱氧核糖核酸扩增定量检测多瘤病毒脱氧核糖核酸扩增定性检测多瘤病毒脱氧核糖核酸扩增定量检测病毒脱氧核糖核酸扩增定性检测病毒脱氧核糖核酸扩增定量检测细小病毒脱氧核糖核酸非扩增定性检测细小病毒脱氧核糖核酸非扩增定量检测腺病毒脱氧核糖核酸扩增定性检测腺病毒脱氧核糖核酸扩增定量检测淋球菌脱氧核糖核酸扩增检测沙眼衣原体脱氧核糖核酸扩增检测人乳头瘤病毒脱氧核糖核酸扩增检测人乳头瘤病毒脱氧核糖核酸非扩增定性检测人乳头瘤病毒基因分型检测流感病毒核糖核酸检测.感染性疾病分子生物学检验病原体脱氧核糖核酸扩增定性检测病原体脱氧核糖核酸扩增定量检测病原体脱氧核糖核酸非扩增定性检测病原体脱氧核糖核酸非扩增定性检测病原体核糖核酸扩增定性检测病原体核糖核酸扩增定量检测病原体核糖核酸非扩增定性检测病原体核糖核酸非扩增定性检测乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸扩增定性检测乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸扩增定量检测乙型肝炎病毒基因分型检测乙型肝炎病毒区变异检测乙型肝炎病毒基因变异检测丙型肝炎病毒核糖核酸扩增定性检测丙型肝炎病毒核糖核酸扩增定性检测丙型肝炎病毒基因分型检测丁型肝炎病毒核糖核酸扩增定性检测丁型肝炎病毒核糖核酸扩增定量检测戊型肝炎病毒核糖核酸扩增定量检测庚型肝炎病毒核糖核酸扩增检测核糖核酸扩增定性检测临床分子生物学及细胞遗传学检验核糖核酸扩增定量检测疾病相关分子生物学及细胞遗传检验染色体核型分析包括外周血染色体等;标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理,经培养、收获、制片、染色等步骤,分析染色体核型,审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。脆性染色体核型分析。姊妹染色体核型分析肝豆状核变性基因分析血友病基因分析。脆性综合基因分析染色体性别基因分析脱氧核糖核酸倍体分析血细胞荧光原位杂交分析包括、和、等染色体。未经处理的羊水细胞荧光原位杂交分析;染色体荧光原位杂交分析羊水细胞染色体分析绒毛组织染色体分析染色体分析白血病融合基因检测单基因遗传病基因突变检查可检测线粒体基因、地中海贫血基因、地中海贫血基因、丙酮酸尿症基因等。标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理(根据标本类型的不同进行相应的前处理),提取基因组,与质控品、阴阳性对照和内参同时扩增,分析扩增产物或杂交或测序等,进行基因分析,判断并审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。遗传性耳聋基因检测可检测基因、基因、基因、线粒体基因等。标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理(根据标本类型的不同进行相应的前处理),提取基因组,与质控品、阴阳性对照和内参同时扩增,分析扩增产物或杂交或测序等,进行基因分析,判断并审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。疾病相关分子生物学及细胞遗传检验染色体核型分析包括外周乙型肝炎耐药基因检测标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理(根据标本类型的不同进行相应的前处理),提取基因组,与质控品、阴阳性对照和内参同时扩增,分析扩增产物或杂交或测序等,进行基因分析,判断并审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。结核分支杆菌耐药基因检测标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理(根据标本类型的不同进行相应的前处理),提取基因组,与质控品、阴阳性对照和内参同时扩增,分析扩增产物或杂交或测序等,进行基因分析,判断并审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。万古霉素耐药基因检测标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理(根据标本类型的不同进行相应的前处理),提取基因组,与质控品、阴阳性对照和内参同时扩增,分析扩增产物或杂交或测序等,进行基因分析,判断并审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。耐甲氧西林葡萄球菌耐药基因检测标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理(根据标本类型的不同进行相应的前处理),提取基因组,与质控品、阴阳性对照和内参同时扩增,分析扩增产物或杂交或测序等,进行基因分析,判断并审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。用药指导的分子生物学检验化学药物用药指导的基因检测可检测、、、基因等。本采集、签收、处理(根据标本类型的不同进行相应的前处理),提取基因组,与质控品、阴阳性对照和内参同时扩增,分析扩增产物或杂交或测序等,进行基因分析,判断并审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。病原体用药指导的基因检测标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理(根据标本类型的不同进行相应的前处理),提取基因组,与质控品、阴阳性对照和内参同时扩增,分析扩增产物或杂交或测序等,进行基因分析,判断并审核结果。基因表达水平对肿瘤预后的判断标本类型:组织;芯片上作为判断标准的全部基因作为一次检测。基因表达水平对肿瘤药物敏感性的判断标本类型:组织;用芯片扫描仪进行检测。肿瘤细胞化疗药物敏感试验标本类型:血液、骨髓、分离淋巴细胞;制备肿瘤细胞悬液,调整细胞浓度,接种孔板,分别加抗癌药物,设置空白对照组,孵育、培养,离心,去上清液,加试剂震荡,用酶标仪测吸光度。联合药物敏感试验样本类型:分离菌株;制备菌悬液,加入包括不同浓度药物定量反应液,孵育,人工判读细菌生长结果。乙型肝炎耐药基因检测标本类型:各种标本;标本采集、签其他载脂蛋白基因分型标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理(根据标本类型的不同进行相应的前处理),提取基因组,与质控品、阴阳性对照和内参同时扩增,分析扩增产物或杂交或测序等,进行基因分析,判断并审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。其他技术平台技术测序技术基因芯片技术技术平台技术疾病诊断与个体化医疗常见肿瘤的分子诊断与个体化医疗(徐剑锋)染色体微缺失、微重复综合征的分子诊断(邬玲仟)肝豆核变性的分子诊断与个体化医疗(崔天盆)线粒体病的分子诊断与个体化医疗(郑红云)糖尿病的分子诊断与个体化医疗(包安裕)疾病诊断与个体化医疗常见肿瘤的分子诊断与个体化医疗(徐剑锋)疾病诊断与个体化医疗心血管疾病的分子诊断与个体化医疗(吕永楠)脑胶质瘤的分子诊断与个体化医疗(童永清)血液肿瘤的分子诊断与个体化医疗(吴薇)病毒性肝炎的分子诊断与个体化医疗(汪明)疾病诊断与个体化医疗心血管疾病的分子诊断与个体化医疗(吕永楠ThankyouforyourattentionThankyouforyourattention个人收集整理,仅供交流学习!个人收集整理,仅供交流学习!临床分子诊断与个体化治疗
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分子诊断狭义分子诊断:应用分子生物学方法检测患者体内遗传物质的结构或表达水平的变化而做出诊断的技术,称为分子诊断,包括肿瘤分子诊断、传染病分子诊断、产前诊断等。广义分子诊断:指应用分子生物学方法,对受检者体内各类生物分子(包括、、蛋白质等)进行定性和定量分析,确定其结构或表达水平,从而为个性化预防、治疗提供依据的一种诊断技术,包括肿瘤分子诊断、传染病分子诊断、产前诊断、单基因诊断、易感基因检测以及天赋基因检测等。分子诊断狭义分子诊断:应用分子生物学方法检测患者体内遗传物质国内回顾年技术在国内开始用于临床检测年代中期:假阴性假阳性?,引发思考年:卫生部科研课题年月日:临床实验室管理专家咨询会年月日:卫生部下发<关于暂停临床基因扩增()检验的通知(卫医发[]第号)>国内回顾年技术在国内开始用于临床检测国内回顾年月日:<基因扩增技术临床应用专家研讨会>,针对临床开展检验的问题,达成八点意见.年月日:(<第一期全国临床基因扩增实验技术人员培训班>在北京卫生部临床检验中心举办.年月日:卫生部下发<临床基国扩增检验实验室管理暂行办法>(卫医发[]号)国内回顾年月日:<基因扩增技术临床应用专家研讨会>,针对临床年:《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》(卫办医政发【】号)《医疗机构临床基因扩增检验室工作导则》(卫办医政发【】号)年:截止到年月,全国按照所制定的标准通过验收的临床基因扩增检验实验室共余家。采用所编写的培训教材和培训模式共举办了培训班多期,培训实验室技术人员多人。涉及全国个省、直辖市和自治区。截止到年月,全国按照所制定的标准通过验收的临床基因扩增检验实目前国内临床分子诊断现状绝大部分用于病原体核酸检测较少部分用于遗传病的产前诊断个体化用药的分子诊断正在兴起目前国内临床分子诊断现状绝大部分用于病原体核酸检测一些常见的认识误区临床实验室检验科基因(遗传携带、突变等)与病原体核酸检测完全不同临床检验在病理科、药剂科或肿瘤科做,不属于临床检验管理?必须达成一点共识:实验不管在哪做,都属于检验管理,必须有严格的质量控制。一些常见的认识误区临床实验室检验科问题与思考问题:应用实验室分区质量管理:分析前,分析中,分析后人员:(医生、实验室技术人员):均需“洗脑”[严格的培训]出现问题,即分析问题产生的原因,采取措施加以改进质理管理的习惯养成需要时间。问题与思考问题:几个策略比较家族病史研究与基因研究相比较说法不一,孰优孰劣?各有所长。肿瘤早期诊断带来的真正收益有没有我们所希望的那么大?几个策略比较家族病史研究与基因研究相比较
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国家自然科学基金委医学部主任、国家肝癌科学中心主任—王红阳院士,国家自然科学基金委医中国肿瘤治疗现状治愈率<,五年生存率。低于欧美国家、,低于日本和主要原因:)早期诊断低)缺乏规范化治疗)经济状况差华南肿瘤国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心钱朝南教授中国肿瘤治疗现状治愈率<,五年生存率。低于欧美国家、,低于较早期诊断(Ⅰ和Ⅱ)提高治愈率和五年生存率,分子诊断为肿瘤早期诊断提供技术支撑!较早期诊断(Ⅰ和Ⅱ)提高治愈率和五年生存率,个体差异与个体化医疗个体差异:基础个体化医疗()这个名词最早由提出,其意义是家庭医生独立行医的意思。现代意义的个体化医学概念于年由和在《》杂志上首次提出,其意义是根据病人的遗传学背景,结合生物信息学和高端成像技术进行诊断,从而合理选择药物进行治疗。个体差异与个体化医疗个体差异:基础个体化医学的发展趋势
“”个体化医学的发展趋势个体化医学个体化医学分析方法)基因组规模微阵列基因分型平台,确定和插入缺失和拷贝数变异区域())比较基因组杂交芯片()检测染色体拷贝数变化)转录水平的基因表达平台(检测表达水平))大型数据集分析软件分析方法)基因组规模微阵列基因分型平台,确定和插入缺失和拷贝常用的基因突变检测方法优缺点比较检测方法优点缺点直接测序法可以检测所有突变不灵敏,操作繁琐,易污染无特殊设备、价廉不能定量、不能确定特殊突变无特殊设备、简便、快捷、灵敏不能对突变精确定位焦磷酸测序法准确,可以检测质量的样本测序长度短、易污染可以检测所有突变复杂,操作繁琐灵敏度高,周期短需要特殊探针,每次只能检测一种突变常用的基因突变检测方法优缺点比较检测方法优点缺点直接测序法可批准的遗传检测试剂或设备试剂设备生产厂家批准时间检测样本类型及基因检测方法相关药物
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组织,雅培公司()批准的遗传检测试剂或设备试剂设备生产厂家批准时间检测样本类型基因突变和表达与肿瘤靶向治疗肿瘤治疗药物检测位点结果判断结直肠癌西妥腊单抗()帕尼单抗()号染色体基因号外显子的密码子和密码子、号外显子的号密码子,其中有个突变热点:、、、、、、占到基因突变的以上野生型治疗效果较好突变型治疗效果差非小细胞肺癌古非替尼人类染色体区,第位外显子的缺失、、、、、、第位外显子的插入等,以前两者居多,占所有突变的野生型治疗效果较差突变型治疗效果好乳腺癌核赛叮(,曲妥珠单抗)表达表达者效果较好特罗氨()突变基因突变和表达与肿瘤靶向治疗肿瘤治疗药物检测位基因多肽性与药物治疗基因药物伏立康唑、奥美拉唑、泮托拉唑、艾美拉唑、雷贝拉唑、地西洋、那非那韦塞来考替,华法林阿托西丁、文拉法辛、利哌利酮、塞托溴胺、他莫普芬、噻吗洛尔、氟西叮、奥氮平、西维美林、托特罗定、特比萘酚、曲马多、啊立哌唑、美托洛尔、卡维地洛、普罗帕酮、硫利达嗪、普罗替林,可待因卡培他滨、氟尿嘧啶乳膏外用液拉布立酶、氨苯矾、伯氨喹、氯喹利福平、异烟肼、吡嗪酰胺硫唑嘌呤、硫鸟嘌呤、巯基嘌呤华法林基因多肽性与药物治疗基因药物伏立康唑、奥美拉唑、基因多态性与丙型肝炎治疗
及预后基因多态性结果判断邻近基因,位于编码基因上游处,是目前已知的与感染者的持续病毒应答()相关,其中与相关联,和与非病毒应答()相关。基因型也与应用治疗引起的初相病毒载量的下降显著关联,但仅与型慢性患者的二相病毒载量下降有关。位于基因下游,与非病毒学应答相关,其中为保护性基因型,与为非保护性基因型。等位基因与乙肝病毒相关的肝细胞损伤密切相关,能提高基因型的非病毒学应答预测价值位于基因下游处,用于预测Ⅰ型应用治疗效果,其中为保护性基因型,和为非保护性基因,但对感染、型病毒患者无预测价值。基因型患者治疗前低密度脂蛋白胆固醇>、<,预期治愈率可能大于基因多态性与丙型肝炎治疗
及预后基因多态性结果判断邻近基因,个性化检测的局限性一些疾病是由一个或多个基因突变引起基因检测方法确实能对这些疾病的患病风险、确诊和治疗起指导作用大多数疾病发生、发展及预后可能涉及更多的基因以及这些基因和环境因素相互作用仅通过基因检测盒基因表达谱的检测有很大局限性个性化检测的局限性一些疾病是由一个或多个基因突变引起:分子检测有关的主要质控要求对于每一个检测系统,实验室由此又控制程序的责任——监控整个分析过程的准确性和精密度。(())控制程序必须是:检出即时误差——由检测系统故障、不利于环境和操作者能力导致(()())监控检测性能的准确性和精密度——检测系统能和环境的改变以及操作者的能力都可能会影响检测性能。实验室必须确定使用检测物质的数量、类型和频率,如果适用,由实验室验证或建立性能规范(())如果实验室引进了未经认可或批准的检测系统——包括自主研制的方法——在报告病人检测据结果前,必须建立检测系统的性能规范,如果适用,包括下面的性能特征:准确性,精密度,分析灵敏性,分析特异性,包括干扰物质。检测系统对检测结果的可报告区间,参考区间(正常值),和检测性能要求的其他性能特征。(()())包括提取过程中的检测系统包括两种质控物质,其中之一可以检出提取过程的错误。(()()())每一扩增过程,包括两种质控材料,如果反应的抑制是假阴性结果的重要来源一个质控材料能够检出该抑制作用。(()()()):分子检测有关的主要质控要求对于每一个检测系统,实验室由此又国际相关机构的计划美国病理家协会美国疾病预防控制中心(基因检测质量控制物计划)分子诊断的质量控制欧洲分子遗传实验质控网欧洲重要病毒性疾病诊断网西班牙室间质评计划欧盟质量控制一致行动(现在被称作分子诊断的质量控制)意大利肿瘤标志物质量保证网英国国家质量保证计划国际相关机构的计划美国病理家协会临床基因扩增实验室的质量控制(一)实验室各种常规工作的规章制度实验室技术人员的生物安全制度和保护措施防止实验室交叉污染的实验(每月一次)实验室的清洁和消毒制度(每周次)实验室的原始数据、报告单的归档和信息保密制度实验室专业人员的培训和考核制度实验室结果差错的记录和纠正措施计算机的系统维护和管理制度临床基因扩增实验室的质量控制(一)实验室各种常规工作的规章制临床基因扩增实验室的质量控制(二)样本接收和拒收标准:抗凝剂,采集时间量,病史。接收标本必须有专用的登记表,并核对样本登记表中的所有信息,人复核和签字。每批样本核酸提取的过程中加入质控标本以保证标本处理的过程中的正确性,同时建立用于不同技术平台的标准化的浓度范围。定量检测的操作过程包括个不同浓度的对照物,以及阴性和阳性对照。样本的保存和存储(℃和℃冰箱)临床基因扩增实验室的质量控制(二)样本接收和拒收标准:抗凝剂临床基因扩增实验室质量控制(三)室内质控标本的来源:包括参加国内和国际质控标本,细胞株和已知实验结果的样本。在每批实验中和每个技术平台上均加入了质控样本,从样本抽提,基因扩增,杂交和测序已知跟踪到整个实验结果,每次实验结果分析后有专门的质控报告。实验室的技术人员每一个月,在每一个技术平台上都有一次盲样样本的质控实验,并以此评价技术人员的实验技能。临床基因扩增实验室质量控制(三)室内质控标本的来源:包括参加分析的有效性准确性与参考方法比较设定值的方法精密度再现性重复性:利用分子检测方法和同一个仪器对单个样本进行重复性研究。再现性:再现性研究评估天与天、操作与操作间的精密度、如果使用多个仪器,要评估仪器与仪器之间的再现性;如果在多个实验室开展检测,也要评估不同实验室间的再现性。靠近临床和整个分析检测区间内的性能分析的线性、回收率和高剂量钩子效应检出限值和定量限值(在高和低的范围内)分析特异性(交叉反应,干扰)基质效应影响分析结果的分析前因素分析输出(读数区间或阴阳性)
分析的有效性准确性临床有效性和临床有用性临床有效性:检测特性(敏感性、特异性、预测值和拟然比)临床有用性:利用检测结果可以获得有效治疗或其他具体的临床获益筛选有症状个体的检测:基因突变帕金森症。用于诊断和监控的检测:由研制的实验室自制检测。该检测用于确认活动性丙肝病毒()感染、监控治疗反应和确认感染的消退。确定预后和指导治疗的检测:利用实时荧光定量检测乳腺癌肿瘤组织样本中个基因的表达水平。调整用药剂量的检测:指导华法林剂量的基因检测基因(编码细胞色素)和(编码维生素环氧化物还原酶复合物亚单位)的多态性。临床有效性和临床有用性临床有效性:检测特性(敏感性、特异性、病理说明:.包括“尸体病理学诊断”、“细胞病理学检查与诊断”、“组织病理学检查与诊断”、“分子病理学技术与诊断”、“特染和免疫组织化学染色与诊断”、“电子显微镜技术与诊断”和“其他”项目七个部分,共计项。检验说明:.包括“临床血液学检验”、“临床体液检验”、“临床化学检验”、“临床免疫学检验”、“临床微生物与寄生虫学检验”和“临床分子生物学检验”项目六个部分,共计项。.组织器官移植所需的各项检验(如检查等)列入“临床血液学检验”类的“血型、输血及人类组织相关性抗原检验”类中。.”实验室诊断”中的项目不含静脉采血,需单独收费,但微量采血管(指尖采血、耳垂采血)包含在各检验项目中,不得单独收费。病理说明:.包括“尸体病理学诊断”、“细胞病理学检查与诊断”(四)分子病理学技术与诊断组织部细胞原位杂交检查诊断石蜡包埋组织,新鲜冷冻组织,细胞涂片,组织切片机切片,进行二甲苯脱蜡,系列乙醇水化,微波炉、高压锅及蛋白酶处理,标记探针杂交反应,洗涤,酶或亲和物结合反应,显色,判读结果,含上述过程中所产生的废液、废物的处理。组织部细胞荧光原位杂交检查诊断荧光素标记探针杂交反应(一种探针)。组织部细胞多色荧光原位杂交检查诊断荧光素标记探针杂交反应(二种或以上探针).组织部细胞荧光原位杂交技术计量分析诊断荧光素标记探针杂交反应(二种或以上探针),图像定量分析。组织部细胞原位脱氧核糖核酸()多聚酶链式反应检查诊断原位反应,亲和物结合,显色,复染,观察,诊断。组织部细胞原位核糖核酸()多聚酶链式反应检查诊断原位逆转录反应,亲和物结合,显色,复染,观察,诊断。组织部细胞荧光定量脱氧核糖核酸()多聚酶链式反应检查诊断甲醛固定组织,石蜡包埋组织,新鲜或冷冻组织,离心收集细胞;组织粉萃机匀浆化,组织裂解,经反复离心及相应化学试剂去除蛋白,回收,于荧光仪进行荧光素反应,分析结果,诊断。组织部细胞荧光定量核糖核酸()多聚酶链式反应检查诊断回收,于于荧光仪进行荧光素逆转录反应,分析结果,诊断。肿瘤组织脱氧核糖核酸()测序反应产物琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳,产物纯化,测序反应,于测序仪分析,观察结果,诊断。甲醛固定组织,石蜡包埋组织,新鲜或冷冻组织,血液或体液的处理,提取,反应及最后的测序反应纯化。(四)分子病理学技术与诊断组织部细胞原位杂交检查诊断临床分子生物学及细胞遗传学检验核糖核酸扩增定量检测核糖核酸非扩增定性检测分枝杆菌菌种鉴定结核非结核分枝杆菌核酸检测巨细胞病毒脱氧核糖核酸扩增定性检测巨细胞病毒脱氧核糖核酸扩增定量检测多瘤病毒脱氧核糖核酸扩增定性检测多瘤病毒脱氧核糖核酸扩增定量检测病毒脱氧核糖核酸扩增定性检测病毒脱氧核糖核酸扩增定量检测细小病毒脱氧核糖核酸非扩增定性检测细小病毒脱氧核糖核酸非扩增定量检测腺病毒脱氧核糖核酸扩增定性检测腺病毒脱氧核糖核酸扩增定量检测淋球菌脱氧核糖核酸扩增检测沙眼衣原体脱氧核糖核酸扩增检测人乳头瘤病毒脱氧核糖核酸扩增检测人乳头瘤病毒脱氧核糖核酸非扩增定性检测人乳头瘤病毒基因分型检测流感病毒核糖核酸检测.感染性疾病分子生物学检验病原体脱氧核糖核酸扩增定性检测病原体脱氧核糖核酸扩增定量检测病原体脱氧核糖核酸非扩增定性检测病原体脱氧核糖核酸非扩增定性检测病原体核糖核酸扩增定性检测病原体核糖核酸扩增定量检测病原体核糖核酸非扩增定性检测病原体核糖核酸非扩增定性检测乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸扩增定性检测乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸扩增定量检测乙型肝炎病毒基因分型检测乙型肝炎病毒区变异检测乙型肝炎病毒基因变异检测丙型肝炎病毒核糖核酸扩增定性检测丙型肝炎病毒核糖核酸扩增定性检测丙型肝炎病毒基因分型检测丁型肝炎病毒核糖核酸扩增定性检测丁型肝炎病毒核糖核酸扩增定量检测戊型肝炎病毒核糖核酸扩增定量检测庚型肝炎病毒核糖核酸扩增检测核糖核酸扩增定性检测临床分子生物学及细胞遗传学检验核糖核酸扩增定量检测疾病相关分子生物学及细胞遗传检验染色体核型分析包括外周血染色体等;标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理,经培养、收获、制片、染色等步骤,分析染色体核型,审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。脆性染色体核型分析。姊妹染色体核型分析肝豆状核变性基因分析血友病基因分析。脆性综合基因分析染色体性别基因分析脱氧核糖核酸倍体分析血细胞荧光原位杂交分析包括、和、等染色体。未经处理的羊水细胞荧光原位杂交分析;染色体荧光原位杂交分析羊水细胞染色体分析绒毛组织染色体分析染色体分析白血病融合基因检测单基因遗传病基因突变检查可检测线粒体基因、地中海贫血基因、地中海贫血基因、丙酮酸尿症基因等。标本类型:各种标本;标本采集、签收、处理(根据标本类型的不同进行相应的前处理),提取基因组,与质控品、阴阳性对照和内参同时扩增,分析扩增产物或杂交或测序等,进行基因分析,判断并审核结果,录入实验室信息或人工登记,发放报告;按规定处理废弃物;接受临床相关咨询。遗传性耳聋基因检测可检测基因、基因、基因、线粒体基因等。标本类
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