第2讲 生物信息学序列分析国内外重要的文献数据库

第二讲国内外重要的文献数据库一、国内主要网络文献资源检索系统1、CNKI中国知网

Website:CNKI(ChinaNationalKnowledgeInfrastructure)中国知识基础设施工程，清华大学1996年创办，国内第一个全文、多功能的电子学术期刊。（1）分类途径（2）字段途径。篇名、关键词、机构、中文摘要、引文、基金、全文、中文刊名。（3）提供初级检索、二次检索、高级检索。（4）CAJ全文浏览器的安装。（5）聚类检索功能截止2010年10月，文献总量7242万篇。文献类型包括：学术期刊、博士学位论文、优秀硕士学位论文、工具书、重要会议论文、年鉴、专著、报纸、专利、标准、科技成果、知识元、哈佛商业评论数据库、古籍等；还可与德国Springer公司期刊库等外文资源统一检索。其中最为重要的是：中国期刊全文数据库（CJFD）

《中国期刊全文数据库（CJFD）》是目前世界上最大的连续动态更新的中国期刊全文数据库，积累全文文献800万篇，题录1500余万条，分九大专辑，126个专题文献数据库。知识来源：国内公开出版的6100种核心期刊与专业特色期刊的全文。覆盖范围：理工A（数理化天地生）、理工B（化学化工能源与材料）、理工C（工业技术）、农业、医药卫生、文史哲、经济政治与法律、教育与社会科学、电子技术与信息科学。收录年限：1994年至今，6100种全文期刊的数据完整性达到98%。更新频率：CNKI中心网站及数据库交换服务中心每日更新，各镜像站点通过互联网或卫星传送数据可实现每日更新，专辑光盘每月更新（文史哲专辑为双月更新），专题光盘年度更新。此外，还包括中国优秀博硕士学位论文全文数据库（CDMD）

《中国优秀博硕士学位论文全文数据库（CDMD）》是目前国内相关资源最完备、收录质量最高、连续动态更新的中国博硕士学位论文全文数据库，迄今已完成2000-2003年80000本论文的数据加工与入库。知识来源：每年收录全国300家博士培养单位的优秀博/硕士学位论文约28000篇

覆盖范围：理工A（数理化天地生）、理工B（化学化工能源与材料）、理工C（工业技术）、农业、医药卫生、文史哲、经济政治与法律、教育与社会科学、电子技术与信息科学。

收录年限：2000年至今。

更新频率：CNKI中心网站及数据库交换服务中心每日更新，各镜像站点通过互联网或卫星传送数据可实现每日更新，专辑光盘每季度更新。

中国重要报纸全文数据库（CCND）

《中国重要报纸全文数据库（CCND）》是目前国内少有的以重要报纸刊载的学术性、资料性文献为收录对象的连续动态更新的数据库，目前已累积文献210万篇。

知识来源：国内公开发行的400多种重要报纸，每年精选80万篇文献。

覆盖范围：文化、艺术、体育及各界人物、政治、军事与法律，经济、社会与教育、科学技术、恋爱婚姻家庭与健康。分六大专辑，36个专题数据库。

收录年限：2000年6月至今。

更新频率：网上数据每日更新，光盘每月更新。重要会议论文全文数据库

《中国重要会议论文集全文数据库》（CPCD）收录我国各级政府职能部门、高等院校、科研院所、学术机构等单位的论文集，年更新100000篇文章，内容覆盖理工、农业、医药卫生、文史哲、经济政治法律、教育与社会科学综合等各方面，现已经上网60000篇文章，9月份累计文献量可达100000篇。收录来源：我国各级政府职能部门、高等院校、科研院所、学术机构等单位的会议论文集收录量：1000本论文集近10万篇论文及相关资料，每年增加1500本论文集约10万篇论文及相关资料学科范围：理科（数理化天地生）、工程学科、农林、医药卫生、电子技术、信息科学文学、历史、哲学、经济、政治、法律、教育、社会科学收录年限：1998年至今更新频率：网上数据每日更新，光盘数据每季度更新。2、重庆维普或3、万方数据库

4、国家科技图书文献中心（NationalScienceandTechnologyLibrary）

Website:5、杭州市科技信息网二、PubMed数据库检索/PubmedPubMed数据库概述1）.由美国国立医学图书馆所属国家生物技术信息中心(NCBI)建立。2）.登录PubMed的网址：/PubMed3）.收录范围

MEDLINEOLDMEDLINEIn-processcitationsPublishersuppliedcitationsMEDLINE收录了全世界70多个国家和地区的4800余种生物医学期刊，起始时间1966年，目前文摘条目1200万篇，年报道量近40万条，英文刊物占90%、3/4有英文摘要，每周更新。内容涉及：医学、药学、牙医学、护理学、卫生保健、兽医学等专业。记录标注[PubMed-indexedforMEDLINE]OLDMEDLINE

forpre-1966citationsIn-processcitations

是临时性医学文献数据库，每天接收新数据，经MeSH词表标引后，每周向medline移加一次。记录标注[PubMed-inprocess]

PublisherSuppliedCitation出版商直接向PubMed递送的电子记录中不被Medline收录的部分。记录标注[PubMed-assuppliedbypublisher]4）PubMed的特点免费提供题录和文摘可与提供原文的网址链(部分免费获取）提供检索词自动转换匹配操作简便、快捷5）PubMed的基本检索功能词语检索及自动词语匹配作者姓名检索杂志名称检索截词检索短语检索逻辑运算符检索

词语检索及自动词语匹配词语检索：在检索框中键入一到多个检索词，按“GO”键，即显示检索结果。“clear”按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。

自动词语匹配：PubMed能自动利用它的“自动词语匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成规范的用词。如：输入vitaminccommoncold，系统会将自动转换成(“ascorbicacid”[MeSHTerms]ORvitaminc[TextWord])AND(“commoncold”[MeSHTerms]ORcommoncold[TextWord])进行检索。这种处理能使检索结果更精确和全面。MeSH——MedicalSubjectHeading作者姓名检索在检索框内按照姓+名缩写(不用标点)的格式键入作者姓名，如SmithJA，HuangJF，系统会自动在作者字段内进行检索。可以在姓名后加[AU]或[au]au—author杂志名检索在检索框中键入杂志全名molecularbiologyofthecell也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：molbiolcell，键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检索，如1059-1524

可以在杂志名称后加[ta]

ta—titleabbreviation截词检索截词符“*”代表多个字符，将*加在检索词后表示对所有以该词开头的词进行检索；如：bacter*，可以检出bacter,bacteria,bacterium,bacteriophage等词。

短语检索用“”把检索词括起来，强制PubMed进行词组检索。如“singlecell”。当用双引号括起词语时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。逻辑运算符检索在检索框中输入逻辑运算符，注意要大写!!执行顺序从左向右，可用括号来改变此顺序。如：lungcancerANDsmoke#1OR#2(#1OR#2)AND#36)PubMed辅助检索工具限定(Limits)预览/索引(preview/index)检索历史(history)粘贴板(Clipboard)细节(Details)Limits（限定检索）字段限制：著者、刊名、篇名等23个字段数据输入时间：默认检索可回溯到1966年，限制选择30天-10年7种文献类型限制7种语种12种子集

Previw/index（检索策略预览）浏览检索式改变检索式（可用检索式编号如：#1OR#2）浏览索引（index）

History检索式回顾编辑检索式。如:#3ANDchildClipboard作用：存放检索结果，以便集中打印存盘或定购Details显示检索词转换匹配运算详细过程用途：转换、确定规范词如：livercancerliverneoplasms修改检索策略3、其它检索功能1）JournalDatabase：期刊检索2）MeSHDatabase：主题词检索3）CitationMatcher：单篇/多篇引文匹配器

4）ClinicalQueries：临床咨询1）期刊数据库

（Journaldatabase）通过输入刊名、缩写名、ISSN等浏览期刊文献。2）MeshDatabase功能：确定规范检索词、副主题词、查看词义注释、树状结构。例如：检索有关SARS的药物治疗情况3）.引文匹配器（CitationMatcher）作用：输入题录信息，查找特定文献检索步骤：点击页面左边的“SingleCitationMatcher”，按界面提示分别填入所知信息，点击[Search]按钮，可得到相应的特定文献信息。4）.临床查询(ClinicalQueries)是专为临床医生设置的。可以检索某一临床主题领域的治疗、诊断、疾病和预后4个方面内容的文献，同时还可选择强调敏感度（查全）或是专指度（查准），也可以检索该主题词领域的系统性综述、Mata分析等类型文献。4、检索结果的处理显示保存打印1）显示检索结果(Display)PubMed可用10多种不同的格式显示检索结果，默认Summary格式。2）检索结果输出（sendto)TextFile

ClipboadE-mailSendtofile3）获取原文及相关资源联机获取原文（linkout）相关文献查找（relatedarticle)NCBI其他数据库资源（生物信息学等）Pub