网络药理筛选方法简介_第1页
网络药理筛选方法简介_第2页
网络药理筛选方法简介_第3页
网络药理筛选方法简介_第4页
网络药理筛选方法简介_第5页
已阅读5页，还剩16页未读， 继续免费阅读

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

什么是网络药理学？从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释疾病的发生发展过程；从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识药物与机体的相互作用并指导新药发现。在高通量组学数据分析、计算机模拟计算及网络数据库检索的基础上，进行生物网络的构建及分析，进而进行药物作用机制的研究及创新药物的发现

1第一页，共21页。网络药理学的研究思路思路一：根据公共数据库和公开发表的已有数据，建立特定药物作用机制网络预测模型，预测药物作用靶点/机制，从生物网络平衡的角度解析药物作用的药理学机制；思路二：利用各种组学技术以及高内涵/高通量技术，观察药物对模型(分子、细胞、组织或/和动物)的作用或模型对药物的作用，针对所产生的大量数据，采用生物信息学的手段分析和构建药物-靶点-疾病网络，建立预测模型，进而解析所研究药物的网络药理学机制。

2第二页，共21页。虚拟筛选步骤一、准备待筛选分子二、靶点筛选三、通路筛选四、网络药理图3第三页，共21页。一、准备待筛选分子Chembiooffice2008以上版本作图，文件格式须为sdf4第四页，共21页。二、靶点筛选点击此处上传分子结构，每次只能投入1个分子结构5第五页，共21页。JodID是下载结果的“密码”6第六页，共21页。下载结果7第七页，共21页。Fit为分子和靶点的匹配度，越高代表越匹配。靶点名称与人类相关的靶点代码8第八页，共21页。三、通路的筛选将前面工作中得到的与人类相关的靶点代码全部换成类似于P00517的形式，以投入博奥数据库得到与靶点相关的通路。以靶点PDPK1_HUMAN为例：此为蛋白编号靶点蛋白名称9第九页，共21页。将得到靶点编号投入到博奥数据库注册并登陆上传project建议自己申请！10第十页，共21页。选择与人类相关的11第十一页，共21页。靶点填于此处12第十二页，共21页。13第十三页，共21页。靶点-通路一般选择p值小于0.01的通路14第十四页，共21页。将选择的靶点在uniprot上查的蛋白名称15第十五页，共21页。四、网络药理图将化合物对应靶点，靶点对应通路于同一EXCELL中。注意：要做成两列即：化合物靶点靶点通路然后将表格导入Cytoscape软件（官方下载地址：），也可使用其他作图软件。16第十六页，共21页。点击对形状和背景进行更改节点连线背景17第十七页，共21页。为了方便对图进行编辑和更改，我们可以导入attributes。令通路等于2，化合物名称等于3。可在此处专一的对化合物、靶点。通路进行更改颜色18第十八页，共21页。也可以专一性的进行形状的更改19第十九页，共21页。网络药理学与实验相关的环节基于实验结果构建网络所需基本数据的获取对所建立的网络预测模型进行实验验证目前网络药理学研究在实验研究水平所涉及的相关技术除了组学(基因组、蛋白质组、代谢组和糖组等)技术外，主要包括3个方面:高通量/高内涵技术、双高通量基因表达检测技术和分子相

人人文库> 全部分类> 教育资料 > 课件下载

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论