化学绘图软件中文使用说明

ACD/ChemSketch

Version5.0forMicrosoftWindows

用户指南

该软件用于画化学结构式和图形图象

Win!!!

Seecontest

detailsinside.

本书版权归ACD公司所有。1994-2001

ACD/LABS是ACD公司商标

Microsoft是注册商标,Windows是微软公司商标

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用途。公司对使用该说明书而直接、间接、专门、附带的和因

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impliedwarrantiesofmerchantabilityandfitnessforaparticularpurpose。

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hereinorforanydirect,indirect,special,incidentalorconsequentialdamages

inconnectionwiththeuseofthismaterial.

目录

1.引言8

1.1什么是ACD/ChemSketch8

1.3ChemSketch5.0版本新增内容10

1.44.5版本中新增内容11

1.5关于本指南12

1.6有用的定义13

1.7演示版13

1.8免费版14

1.9更多信息15

1.9.2如何与我们联络：16

1.9.3网上升级软件一Newto5.0!16

2.ACD/ChemSketch基础17

2.1概要17

2.2启动ACD/ChemSketch17

2.5结构模式和绘图模式20

2.6退出24

3.画简单的结构：25

3.1简介25

3.2画原子.化学键和标签25

3.2」使用常用画图工具25

3.2.6使用连续画图工具28

3.2.7拖动鼠标画图29

3.2.8使用擎褰都(Clean)命令29

3.2.9使用立体键、配位键和非定义化学键工具30

3.2.2编辑原子标签30

3.2.H使用画链工具31

3.3翻转结构32

3.4选择、旋转和3D旋转33

3.5输出34

3.5.1将结构式存为MDLMolfile格式35

3.5.2打印35

3.5.3将结构式插入文件中36

3.6清理屏幕37

4.ACD/1-Lab基础38

4.1主要内容38

4.2概要38

4.3连接选项39

4.4非用户登陆(GuestAcess)41

4.5计算(PerformCalculations)41

4.6Ilab免费密码(DemoKevs)43

4.6.1如何获得免费密码(DemoKev)45

4.7注册(Registering)45

4.8激活I-Lab帐户47

4.9登陆(LoggingIn)48

5.画更复杂的结构49

5.1概要49

5.2使用基团表49

5.3使用环结构50

5.4删除原子和化学基团51

5.4.1依次删除原子：52

5.4.2一次删除所除原子：52

5.5替换原子52

5.6设定双键和叁键53

5.7标定电荷和定义阳离子与阴离了54

5.8改变原子性质55

6.超级结构.简化线性分子式和化学反应式57

6.1概要57

6.22D优化57

6.2.1创建环烷煌结构57

6.2.2面环形的氨基酸58

6.3简化线性分子式(SMILESNotations)-Newto5.0!60

6.3.1创建简化线性分性分(SMILES)60

6.3.2从简化线性分子式(SMILESNotations)创建结构式61

643D优化62

6.4.1创建双「2,2,21环己烷结构63

6.4.2创建三将军结构64

6.4.3创建-'个库班(Cubane)65

6.4.4创建一个十二面体结构67

6.5画反应式(DrawingaReactionScheme)70

7.高级画法：模型72

7.1主要内容72

7.2概要72

7.3画结构式的基团表73

7.3.1创建荧光胺的结构73

7.4快速模型工具75

7.5来自模型窗口的模型76

7.5.1创建个DNA分子图象76

7.6画复杂的生物化学结构79

7.6.1创建B-麦芽糖酶(B-MRtose)结构79

7.7定义用户模型81

7.7.1模型窗口组织者(TheTemplateWindowOrganizer)81

7.7.2文件82

7.7.3可提供的模型83

8.创建动画物体84

8.1概要84

8.2■反应能量图84

821画一条曲线84

8.2.2修改曲线86

8.2.3画X轴和Y轴86

8.3画不同类型的轨道88

8.3.1画p轨道88

8.3.2-id轨道89

8.3.3iwipi轨道90

8.4画真空蒸蒸装置91

8.4.1在图形上力【I注释(AnnotatingaDiagram)94

8.5网•个双链DNA螺旋结构97

8.6画脂肪和胶体101

8.6.1画脂肪101

8.7创建广告画103

8.8转换成AdobePDF文件-Newto5.0!105

9结构模式中的样式功能(Styles)106

9.1概要106

9.2改变化学结构的样式106

9.2.1应用杂志样式(ApplyingaJournalStyle)108

9.2.2为发为文章做准备109

9.3创建样式109

9.3.1用户定义样式:糖110

9.3.2用户定义样式：磷盐111

9.3.3用户定义样式：碱111

9.3.4用户定义样式：强调113

9.4应用现有的样式114

9.5设定缺省样式115

10.画图模式中的样式116

10.1概要116

10.2改变物体的样式116

10.3保存样式117

10.4应用现有的样式117

10.5设置缺省样式117

10.6样式的管理119

11.计算分子性质120

11.1概要：120

11.2计算宏观性质121

11.2.1菜单命令121

11.2.2在状态栏自动显示：121

11.3计算宏观性质的算法：122

11.3.1摩尔体积，MV123

11.3.2摩尔折射率123

11.3.3等张比容123

11.3.4密度123

11.3.5折射率124

11.3.6一面张力124

11.3.7介电常数。124

11.3.8极性124

11.3.9单一同位素质量.标称质量和平均质量124

11.4预测值与试验值的相关性125

11.4.1♦尔折射率的预测误差分布：125

11.4.2摩尔体积的预测误差分布：125

11.4.3等张比容的预测误差分布：126

11.4.4折射率的预测误差分布：126

11.4.5密度的预测误差分布：127

11.4.6表面张力的预测误差分布：127

1147介电常数的预测误差分布：129

12.、特殊函数键130

12.1概要130

12.2同分异构131

1221举例132

1222化学文献中的错误133

12.3ACD/化学名称附件（免费）一Newto5.0!136

1231免费的ACD/化学名称附件的局限性137

13-附件138

13.1什么是附件？138

13.2哪里可以得到它们？138

13.3附件138

14.结论143

1.引言

1.1什么是ACD/ChemSketch

ACD/ChemSketch是高级化学发展有限公司（ACD）设计的用

于化学画图用软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同

使用。该软件可用于画化学结构、反应和图形。也可用于设计

与化学相关的报告和演讲材料。

ACD/ChemSketch有如下主要功能：

•结构模式：用于画化学结构和计算它们的性质。

•画图模式：用于文本和图象处理

•分子性质模式：对以下性质进行估算：

*分子量

*百分组成

*摩尔折射率，

*摩尔体积

*等张比容

*折射率

*表面张力

*密度

*介电常数

*极性

*单一同位素质量，标称分子量和平均分子质量

ACD/ChemSketch可以作为画图软件包单独使用，也可作

为其他ACD软件的终端使用，如NMR预测软件。

1.2附加软件

通过ChemSketch界面，还有一些ACD附加的软件，可单击

ChemSketch界面相应的功能键启动。每次升级都将增加这些软

件的数量，它们也可看作独立的软件。请与我们联系，以了解

价格和供应情况。

•ChemBasic-一种特殊的汇编语言，用户可以使用这

个软件来根据自己的需要灵活地设定ACD软件的功能

（可以从http:〃www.acdlabs.com下载）。第13章

，，附件”中给出一些关于如何将ChemBasic与

ChemSketch结合使用的实例。

•ACD/1-Lab-一种可以从因特网进入的化学数据库和

化学性能预测软件。您可以从

http:〃www.acdlabs.com/ilab进Allabo从2000年

春天起，读者可以在Ilab申请两个星期的适用期.如果

您使用的是ChemSketch4.0或者更高版本，并有因特

网连接，可以自动进入Hab.详情请参考第4章.

•ACD/同分异构体-检查并生成有机结构的最常见的异

构体（商业版和免费版均有）。详情请参考12.2.

•ACD/字典-可以用来查询普通药品名称所对应的分子

结构.它们包含85,000个化学和生物中常见的系统和

非系统命名的化合物。全部覆盖200多个领域。包括超

过500种不同酶的名称和结构（只有商业版有）。详情请

参考12.3.

•的WACD/免费化学名称软件-给出有机物，生化结

构和无机物的IUPAC名称，这个功能是完全免费的ACD

ChemSketch附件.详情请参考12.4.

以下功能可以与ACDChemSketch配合使用，但是必须作

为附件单独购买：

•ACD/沸点与蒸汽压预测软件计算从0.001毫米汞柱

到10个大气压下任意压力下的沸点，一般情况下精确

至U+/T0度或更好，详细内容请参阅“ACD/沸点与蒸

汽压计算用户指南“，这是独立于ChemSketch的软件.

•ACD/西格码预测软件-显示不同原子团的Hammett类

型或相关参数，独立于ChemSketch的"ACD/Sigma用

户指南”中有详细记载.

•ACD化学结构式软件-可以给出相应化学有机物和

天然产品衍生物IUPAC名称的结构式，详情请参考独立

于ChemSketch的"ACD/名称到结构式用户指南”.

1.21.3ChemSketch5.0版本新增

内容

如果您是第一次使用该软件，我们建议您做一遍下面的练

习。如果您已经购买（或打算购买）该软件用于升级您现有的软

件，说明您已经对ACD/ChemSketch很熟悉了。本章我们只描

述最新的功能和如何快速掌握它们。

1.3.1ACD/Labs基本功能

•所有的ACD软件都适用于32-bit的计算机，操作系统为

Windows95/98/NT/ME/2000,只有ACD/Ilab的内部网络，

SGI和SunSolaris的产品例外.

•所有ACD软件都由ACD/Host控制，允许客户设定

装载，计时和自动重新装载参数.

•ACD各个版本的软件（除PhysChemBatch,LC

SimulatorandGCSimulator以外），都具有自动检测相

关ACD产品的缺省文件扩展名（例如，.sk2,.esp,lud）的

新功能，及至5.0版本，大多数ACD窗口都有File

Association命令键（在FILE菜单键下）.

•所有的ACD软件都在帮助菜单下有一个新的功能：Bug

Report/FeatureRequesto如果您的计算机有因特网，选择

这个功能将会直接连结到Bugreport（故障报告）和New

FeatureRequests（索要新功能）表格.

•5.0版本中很方便的一个新功能是选择文件对话框可以

根据需要设定大小（右下脚的对话框），另外，文件和文件

夹的管理也比较方便，比如：创建新文件，清除桌面上的

文件，展示文件细节等等，这些功能都可以在不关闭现行

的对话窗口的情况下进行.

•所有ACD软件都可以应用在线升级设备通过因特网升

级.详情请参阅本指南L9.3.

1.3.2ChemSketch-特殊功能

•现在您可以用PDF格式保存ChemSketch文件，进而可以

在AdobeAcrobatReader和相关软件下使用了.

•您还可以将结构式以ChemicalMarkupLanguage（CML）格

式输出.

•可以将SMILES线性结构（简化分子线性分子式）转

变成分子结构，反之亦然.（立体化学结构除外）

•不仅可以计算平均原子量，而且可以计算最常见的同位素

的原子量.

•扩展了作者在线指导，并依据您最喜欢的杂志上的最新消

息进行升级.

•新版本有两个新的模块，并且以前的模块也都进行了更

新.

•一个新的功能是分子结构式命名，只要点击工具栏中的相

应工具键即可.详情请参阅12.4.

•立体旋转功能（3DRotationalConvention）与ACD/3

DViewer相同.

1.34.5版本中新增内容

•现在可以直接在结构STRUCTURE模式中找到化学反应式中用

的加号可箭头目，这样一来，就不用再转换到画图模式去画这

些符号了.

•在选择(Options)菜单下的优先(Preferences)命令键下的反

应Reaction功能键可以用来选择多种不同的加号和反应键.

•现在在画图模式(DrawMode)下画的物体可以被移到结构模

式(StructureMode)下了，这使得ChemSketch可以用来准备复

杂的报告.这个功能可以通过选择

Options?Preferences?Structure?SelectGraphics实现.

•当您选择了Clean和Flip功能后，立体结构可以得到控制,

具体步骤是：在Options菜单中选择Preferences命令键，然

后点击Structure,然后点击对话框底部的Clean和Flip键前面

的方框，得到对号(?).

•在结构模式卜，可以打开ChemDraw.CDX(*.cdx)和

REACCS.RXN(*.rxn)文件。RNX也是新的可支持文件格式.

•在4.5版本中，新的附件ACD/NametoStructure可以与

ChemSketch一起使用，但是需要单独购买，详情请参阅1.2.

•您可以将ACD/Hab与ChemSketch结合使用来通过因特网使用

化学数据库进行预测.这可以通过

/ittp://www.acdlabs.com/ilab注册，及至2001年春天我们

推出了两周免费试用nab的新方法，您可以通过因特网直接进

入Hab,关于如何使用Ilab,请参阅第4章.

1.4关于本指南

充分使用ACD/ChemSketch,并不需要阅读本指南。该软

件如此简单易用。所以该软件并不提供详细的说明书。该指

南只是帮助您开始。本指南中的练习需要10-60分钟，这决

定于您是否使用“高级技巧做完这些练习后，您就可以快

速高效地使用ACD/ChemSketch,而不用借助任何帮助。

您也可以以动画形式看本指南，该动画形式是以

LotusCanr形式制作的，1998年秋天后可以由我们的网站下

载(这些动画也在我们的演示盘和安装盘上)。

注意：

•本用户指南以电子形式提供，可使用通常使用的MicrosoftWord?阅读。如果

您找不到您需要的目录标题，请使用搜索功能查找相关的字、词语。

•本教材中显示的屏幕较小，在使用时是全屏显示。点击最小化按钮(位于屏幕右

上角)，屏幕就变小；点击最大化按钮，返回全屏显示。

•屏幕显示的是软件的最新版本。我们尽最大努力保证它与您看到的一致，但也

许之间有微小的差别。

•本说明书要求您对微软公司的窗口和鼠标操作有一定的了解。

1.5有用的定义

在本教程中，下列名词用于描述各种操作：

•指向(Point)：移动鼠标到一个物体。

•点击或点击左键(clickorleft-click)：移动鼠标到

一个物体，并按下鼠标左键。

•点击右键(right-click)：移动鼠标到一个物体，并按

下鼠标右键。

•双击(double-click)：移动鼠标到一个物体，并迅速

按下左键两次。

・拖动(drag)：当你移动鼠标时，按下并保存鼠标左

键。

注意：

•在Windows中，默认的鼠标键是左键。您可以通过Windows中控制面板，

打开鼠标对话框，将默认鼠标设定为右键(同时您也可以改变鼠标的速度

和运动的性质)。

1.6演示版

当运行演示版时，您首先看到的是提示您这是ACD公司

的演示版。在运行软件时，您可以经常看到这个提示。

ACD/Labs公司的演示版对一些命令进行了限制，如保存

(Save)>复制(Copy)、剪切(Cut)>粘贴(Paste)>和打印

(Print)o如果您在演示版中使用这些受限制的命令，将出

现一个对话框提示您这些操作是禁止的。

如果您想知道受限制的命令在完全版中的功能，请与我

们联系。然而，在本教材中许多练习和实例被设计成您可以

在演示版中运行这些命令。

1.7免费版

从1999年4月开始，高级化学发展公司(ACD)在网站中的免费

材料中(freestuff)提供免费的ChemSketch.

重要启事：ACDChemSketch的免费软件应该单独安装，但是可以与其他的免费软件，

如：ACD/SpecViewer,ACD/CNMRViewer,ACD/HNMRViewer同时安装在一个文件夹

中，但是不能与商业软件(既非免费软件)安装在一个文件夹中.

注意：尽管我们不对ACD/ChemSketch免费版的用户提供技术支持，我们鼓励用户将

您的问题和要求发放到新闻组(Newsgroup)的网页上，具体网址将在下一节中提到.

F表是ChemSketch免费版与商业版比较表:

项目免费版商业版

ACD异构体软件(ACD/Tautomers)q

ACD化学命名软件(ACD/Nameqq

Freeware)

ACD立体结构软件(ACD/3DViewer)qq

ACD/ILab附件(ACD/I-Labadd-on)q（必须单独安装1）q

作者说明(InstructionsforAuthors)［（必须单独安装）q

AdobePDF输出(ExporttoAdobeq

PDF)

ACD字典软件(ACD/Dictionary)<

技术支持(TechnicalSupport)<

1.8更多信息

1.9.1网址

要想了解更新的产品和服务，请访问我公司网站：

http:〃www.acdlabs.com

我公司网站每天接收数万次的访问，因为我们提供了许

多有用的产品和信息。从1999年春天，我们提供免费的

ChemSketch3.5,免费的ISIS3D附件，免费的CHEMDRAW扩

展，和经济的“互动性界面实验室”讨论组，您可以不用购买软

件就可使用JavaApplets运行测试计算。还可下载许多以

Lotus公司CAM形式的影像资料，这些资料显示各种软件包的操

作。

如果您想随时了解ACD公司化学软件的最新进展，请给我

们网站中的邮件广播站发邮件。

http:〃/fbedback/mailing.html

1.我们意识到如果作为个文件安装,可能太大了，所以将其分成儿个小部分，方便用户.

新闻组(Newsgroup)的网址：

news:〃/acd.public.chemsketch

1.8.1如何与我们联络：

可通过访问网站、电话、传真和邮件与我们联系，但最常

用的方法是电子邮件。关于价格、销售、供货、和一般问题，

请发邮件：

info@acdlabs.com

技术和科学问题，请发邮件：

support@acdlabs.com

与我们联系时，请告诉我们软件拥有者的名字，版本

号，产品证书号(这些信息可在帮助/关于文件中找到)。如果

可能，请告诉我们供应商的名字。

1.8.21.9.3网上升级软件一Newto5.0!

所有ACD计算机软件5.0版本都可以在网上进行升级.您需要准

备好您的产品登记号，并且用您安装了ACD软件的计算机进行

升级。通常升级只是很小的改进，比如：将实际版本从5.00升至

5.01.详情请参阅您的产品说明文件中的森仙梯(Online

Updates)或者给ACD技术支持部发EMAIL询问.

2.ACD/ChemSketch基础

2.1概要

本章讲解如下内容：

•如何启动ACD/ChemSketch

•如何设定和改变文件可兼容的文件类型（File

Assosciation)

•如何设定缺省文件路径

•ChemSketch图象与画图(DrawandStructuremodes)

基础

•如何退出ChemSketch

2.2启动ACD/ChemSketch

安装完毕后，按以下步骤操作可启动程序。

I.打开Windows。

2.双击图标，启动

或任务栏中，由开始菜单双击图标。

或在ACD栏目中双击程序文件。

步

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Tel:(416)368-3435

Fax:(416)368-5596

http:/Mzww.acdlabs.comACD/ChemSketch

3.如果是免费版本，您将看到15秒ACD产品滚动图象,

请等待并点击取消键(Cancel)。

4.然后您将看到每日提示，阅读后将其关闭。

2.3设定可兼容的文件类型-Newto5.0

1.在您第一次使用此软件时，设定可兼容的文件类型(File

Associations)对话框将出现.

2.这些可兼容的形式包括CSChemDraw(*.CHM),REACCS

Rxnfiles(*.RXN),ISIS/Sketch(*.SKC),可能还有其他格式的

文件,这些文件都可以在ChemSketch中打开.具体做法是在

您想要添加的选项前的方框内点上对号，然后点击YES键即

可。

3.如果您不知道或者不确切地知道ChemSketch将打开的文

件的扩展名，不要选任何选项，然后点击NO键。

4?然后今日诀窍(TipoftheDay)窗口将跳出，您可以在阅读

结束后关闭。

2.3.1改变可兼容的文件类型

在您没有选择可兼容文件类型以前,ChemSketch将自动使用

缺省的文件类型，您可以随时改变缺省文件类型，只要在文件夹

(File)下选择相关ACD产品命令(FileAssociations)即可,如果

您已经选择了所有的可兼容文件类型,一条信息会提示您已经

选择了所有的文件类型-"allsupportedfiletypesarealready

associatedwiththecurrentapplication敷T谡庵智榭觥19,您

可以通过WindowsExplorer选择选项。

打开WindowsExplorer,选择您想选的选项：

1.按住SHIFT键,在要打开的文件上右击鼠标，在菜单中选择

OpenWith?

2.选择您要打开的文件相对应的文件类型，然后选择Always

usethisprogram(只要在前面的方框内打对号即可)？

3.点击0K,然后关闭WindowsExplorer.

24改变缺省路径

如果您使用的是单一用户（可以单独使用的版本），缺省路径可

能是没有任何问题的.

如果您使用的是网络版本,我们建议您改变您的缺省路径，将您

的文件保存在您自己的硬盘,而不是网络服务器。当做好了单

机路径后，再在每一个单机上进行以下操作：

1.打开ChemSketch的窗口后，从Options菜单中选择

Preferences命令键.

2.点击General,然后在缺省栏内键入每次您要输入,打开，保

存和输出文件的路径.

Directories三,

Private:|C:\MyDocuments…

Default:|E:\Tmp-...

|注意:在Private栏内，您可以设定记录每次ChemSketch操作的设置.

3.点击0K.

2.3结构模式和绘图模式

以下是结构模式的的对话框.请看图示中的功能键,所有的功能

键将在这里进行详细的介绍：

菜单栏(Menubar)格丁幌盗械拇驶21?每一个词汇都与在

ChemSketch中的结构模式中的命令相对应.

通用工具条(Generaltoolbar)-在菜单键的下面,包括那些在

结构和画图模式中都会用到的通用键,如:保存文件，打开文件,

取消/重做操作，拷贝和粘贴,扩大与缩小，以及插入不同的模

块。

ChemBasic功能键(ChemBasictoolbar)-在一般功能键的

下面，它们是可选功能,包括附件和其他ChemBasics的功能？

请参阅第13章.

结构模式功能栏(Structuretoolbar)林诙曰翱虻纳厦22,而且

只有结构模式有这些功能键,包括画化学结构和相关功能.

原子功能键(Atomstoolbar)楞亲蠹吟5.囊慌偶22,包括原

子名称和改变原子性能的键(电荷，电子层等).

参考功能键(Referencetoolbar)械洼翱诘挠冶鼠口杂苫

阵投嘀趾胁煌南殖杉扔玫淖杂苫22.此外，您还可以从此

处进入ACD字典.

工作区域(Workspace)楞窃谥屑洙那22,结构式将在这里显

示.

调色板(ColorPalette)柳挥佳翱诘撞22,用来将原子和化学键

等涂上颜色,(只要在相应的颜色上点击既可).

状态栏(Statusbar)-显示对当时状态有用的信息：打开的SK2文

件名，SK2文件的页码,化学结构的分子式，以及化学结构的一

些性质，而且您也可以从这里进入l-Lab.

画图模式

以下是画图模式的窗口.所有的能键将在这里进行详细的介

绍。

jSACD/ChemSkelch1MPSg^URK\HELPUChem$k\SHG\chem$kLqk2]

FileEditPagesTools^TOIec^^emplatesIMenubar}IpbACD/LabsHelp

|Structur；|Draw|旧|曲副副田马||口|f|generaltoolbarF]倒|七|星||

&WghemBasictoolbar]

Editingtoolbar同JQQ函0

国国平

Kun：

Drawing]

toolbarI-

Workspace]

ColorPalette|More...

StatusbarjModifiedPage13丹5佰本

标题栏(Titlebar)梅允敬巳研拿坪拖衷洼蚩奈募23.

缺省的文件名是NONAMEXX.SK2.

菜单栏(Menubar)格丁幌盗械拇驶23?每一个词汇都与在

ChemSketch中的画图模式中的命令相对应.

通用工具条(Generaltoolbar)称这说歹傅南旅23,包括那些在

结构和画图模式中都会用到的通用键,如:保存文件，打开文件,

取消/重做操作，拷贝和粘贴,扩大与缩小，以及插入不同的模

块。

ChemBasic功能键(ChemBasictoolbar)-在通用工具条的

下面，它们是可选功能,包括附件和其他ChemBasics的功能?

请参阅第13章.

编辑工具条(Editingtoolbar)-位于通用工具条的下面,只适

用于画图模式，包括编辑动画物体的功能键.

画图工具条(Drawingtoolbar)楞(16)1圭翱诘淖蠡24,包括画各

种物体和文字的功能键.

工作区域(Workspace)-在中间的区域，图画与文字将在这里

显示.

调色板(ColorPalette)柳挥佳翱诘撞24,用来将物体等涂上颜

色,(只要在相应的颜色上点击既可).

状态栏(Statusbar)-显示对当时状态有用的信息：打开的SK2

文件名和SK2文件的页码等.

2.4退出

按以下步骤退出：

•在屏幕右上脚点击U.

或者

•在ACD/Labs菜单中选择CloseAIL这将退出所有，ACD

软件.

或者

•从File菜单中选择Exit?这将只退出现有的软件.

在退出之前，计算机将提示您存盘.

3.画简单的结构:

3.1简介

本章介绍画结构的一些基本知识,这些功能只在结构模式适用.

您将掌握以下的功能：

•画原子,化学键(单键,双键,三键,共价键,等等),和标签.

•翻转分子结构式.

•选择,旋转和扩大与缩小结构图

•将结构式输出至文件夹,文件及打印机.

•清理屏幕.

ChemSketch的基本功能是画化学键和原子，您必须在结构

模式进行以下操作：

StructureDraw

3.2画原子,化学键和标签

3.33.2.1使用常用画图工具

当程序开始时，常用画图工具必是默认的。在这种模式

下，您可以很容易地画直^和分支结构，并用元素周期表中的

原子取代所画的原子。

1?在画图模式(DrawMode)下田，从原子工具条选择碳原

子可_

2?单击空白处，画出CH4。

3?单击Clt以增加一个C%集团，并以标准键长连接。再双

击同一个碳原子，画出"，弟。

H3c

4?单击SetBondVertically\^\将从上一i步得到的结构旋转至

H3co

5?单击结构工具栏中常用画图工具田。

6?单击最右边的碳原子，画出

CH3

7?重复以上步骤，画出一些结构1\

3.2.2双键和三键

1.在3.2.1节的第7步所画的结构式中的最后一个单键上再次单

击获得双键：

CH3

3.再次在三键上点击将重新得到单键.

3.2.3逐个去除原子

如果您加了过多的原子，可以逐一去除原子：

1.点击Delete键国.

2.在以上的分子结构上进行逐一去除原子的练习.

3.2.4恢复键(Undo)

另外一个重要的功能是如何恢复以前的界面设置：

1.单击Undo键囹，这会将ChemSketch的界面恢复到以前的设

置.

|注意：点击Undo键将会击活重做(Redo)键.

2.多次单击恢复(Undo)键,直到将其恢复至以下结构：

注意：Undo键可以连续点击50次.当您画比较复杂的结构或者物体时，我们建议您养

成及时保存文件的习惯.

3.2.5改变原子

1.单击原子工具条下的元素周期表(PeriodicTable)键回,打

开元素周期表(PeriodicTableofElements):

2.单击元素周期表中的氟(Fluorine)键F|,注意现在氟

(Fluorine)键出现在原子工具条中.

3.单击最左边的碳(Carbon),用氟原子替代碳原子：

CH3

注意：当您选择了元素周期表中的某个元素时,相应的元素键将自动加到原子

工具条中。去除工具条中的原子键可以通过双击任何一个原子键或者双击原

子工具条,然后选择YES。但是后者将删除缺省原子以外的所有原子键.

3.43.2.6使用连续画图工具

当连续画图工具(DrawcontinuousTool)国被激活

后，只有在原子工具条中被选定的原子才能用于画化学

键。点击工具条中的原子键，可使其成为被选中的原子。

这种连续画图工具模式在由一个选定原子“衍生”多个相同

原子时，非常方便。

1?在结构工具栏中，点击连续画图键田O或者单

击鼠标右键，选择画图模式。

2?在原子工具栏(Atoms)中选择F[7]原子。

3?点击最右边的碳原子，双击以“衍生”出F原子。在

同一碳原子上双击，以“衍生”第二个F原子

CH30

3.53.2.7拖动鼠标画图

在正常画图(DrawNormal)和连续画图(Draw

Continuous)两种模式下，您可以从一个原子拖动鼠标到另

一个原子，画出单键。如果您从一个空白处开始(或结束)拖

动，将在开始处(或结束处)生成一个新的原子。在下面结构

中，点击一端的碳原子，拖动鼠标到另一端的碳原子。

3.63.2.8使用“清洁，(Clean)命令

1?点击结构工具栏中“清洁”翅命令，将使结构中所有的

键长与角度平均化，得到如下结构：

注意:

•Clean命令不仅使键长和角度平均化，令结构看上去更

好看，更使该结构符合于化学意义。例如循环结构，

它将SP2轨道上的碳原子的键按120度分布，将SP轨道上

的碳原子的键按180度分布。当画平面和立体异构体

时，Clean命令保持以上特性将键长和角度平均化。

3.2.9使用立体键、配位键和非定义化学键工具

除了常见的化学键外,还有以下各种化学键：

•在立体结构中，远离您的键国

•在立体结构中，指向您的键回

•配位键N

•非定义的

单击化学键图标,在您所画的化学结构中，点击化学键

可以将化学键变为以上各种化学键.对于立体键或配位

键，重复点击将改变它们的方向。

3.73.2.10编辑原子标签

编辑原子标签工具函I允许您用简短的缩写代替最终端的

原子。

1?在原子工具栏中，点击原子标签工具园键，然后将

鼠标移动到结构中最右端的F原子上。

2?在打开的编辑标签(EditLabel)对话框中，键入

(CH2)3PH,再点击插入键(Insert),画出如下结

构。

二^＜。皿，

3?选择改变位置(ChangePosition)1^1,然后点击原子标签，调换

Ph和(CH2)的位置得到以下结构：

注意:如果在选中ChangePosition键后,用手指按住Shift,同时点击结构中的原子标签将达到与

3.同样的效果.

4?利用已激活的编辑原子标签工具(EditAtom

Label),点击已得到的缩写，将编辑标签对话框再次

打开，点击“展开”(Expand)键，得到如下结构：

3.83.2.11使用画链工具

使用画链网工具，通过点击和拖动鼠标，您可以很容易地

国出长、短键。

1?点击结构工具栏中画链工具键业将鼠标移动到键头

所指的原子上。

2?按下鼠标键，向左拖动。当鼠标离开结构时，自动生成

碳链。注意鼠标箭头旁的碳原子数(C#)随着碳原子的增

减而变化。--

、一笃

3?激活回链工具(DrawChains),在原子工具栏中选择

F1］原子，点击最左边的碳原子，衍生出F原子。点击

结构工具栏中清洁工具键翅，得到如下结构：

F

FF

3.9翻转结构

旋转和翻转整个结构可以通过点击一个键实现.请按照以下步

骤在咖啡因结构上进行练习：

先练习前三个，然后练习后两个:

选定右侧的设定垂直键，然后在结构式中

S点击化学键，再相应地旋转结构式,得到右

侧的结构式.

图］翻转键将化学结构围绕所点击的化学键翻

户0

/J

/Y。

H3c

ra选择整个分子（或者部分分子），左侧的键将r3\"N.

1~1整个分子或者选中的部分分子（或者如果

没有选中任何结构,所有的画出的结构）从

上翻转至下.

H3CO

雨选择整个分子（或者部分分子）？左侧的键

山将整个分子或者选中的部分分子（或者如

果没有选中任何结构,所有的画出的结构）

从左翻转至右.

CH3

重要注意事项：应用翻转功能可能会改变分子的立体结构.为此,应该从菜单中选择Options,

然后选择Preferences,在打开的对话框中选择Structure,在最底端，有以下选项：

KeepStereoConfigurationon:「CleangFlips

它可以保持真正的3D结构的分子结构.我们建议选择Flips,这样•来尽管位置改变了，分子结

构将和翻转以前的一样.

否则，分子将变成原来分子的对应异构体:

3.10选择、旋转和3D旋转

您可以选择以下两键来选择原子、化学键和图象:

•套索选择q(LassoSelector)

•矩形选择口(RectangleSelector)

一旦选择了图象，有三种移动方式：

•移动圆(Move)

•旋转/调整◎(Rotate/re-size)

•3D旋转叵(3DRotate)

或进行其他操作：

•删除国(Delete)

•3D优化闪(3DOptimization)

•2D优化©],或清理(2DOptimization,Clean)

3.11输出

输出的方式有存盘，打印或者插入其他文件中，如：MSWord,

Excel等.您还可以试试l-Lab(请参阅第四章.)

保存ChemSketch(SK2)文件：

将我们在前一节中所画的结构式存为ACD格式/文件名为

chapters.sk2.

1.从File菜单选择Save.

2.在对话框中输入文件名和路径,然后点击0K.

2SK2格式的细节请参阅http://www.acdlabs.eom/download/#misc.

3.11.1将结构式存为MDLMolfile格式

一种比较标准的文件格式是由MDL公司开发的MDLmolfile格

式。注意：只有结构式可以存盘，图象和文字不能以这种格式

存盘.

1.选择您要存盘的结构式.

2.从文件夹(File)菜单选择输出(Export)命令，在对话框下部的

文件类型选择栏中选择MDLMolfiles:

Saveastype:jMDLMolfiles(xmol)

EM。匚

ISIS/Sketch(xskc)长

REACCSRxnfiles(X.rxn)

CSChemDraw(x.chm)

CMLfile(xcml)

AdobeAcrobat(x.pdf)

WindowsMetafiles(x.wmf)

WindowsBitmaps(x.bmp;x.dib)

Paintbrush(X.pcx)

TIFFBitmap-f)

3.输入文件名和路径，点击OK.

注意:ACD/ChemSketch5.0版可以以下格式输出：

ISIS/Sketch(*.skc),

REACCSRxnfiles(*.rxn),

CSChemDrawCHM-file(*.chm),

CMLfile(*.cml)-New!,

AdobeAcrobat(*.pdf)-New!,

WindowsMetafiles(*.wmf),

WindowsBitmap(*.bmp,*dib),

Paintbrush(*.pcx),

TIFFBitmaps(*.tif),

GIFBitmaps(*.gif),

MDLMOL-File(*.mol).

3.11.2打印

1.打印之前,将选定纸张尺寸和边界等.

PageSetup

，0K|XCancel|?Help|

2.点击OK保存.

3.点击全页(FullPage)键回进行预缆.

4.进行适当的调整.

5.从文件夹(File)菜单选择打印(Print)或者点击@.点击OK

开始打印.

3.11.3将结构式插入文件中

有时侯您需要将结构式插入其他类型的文件中，例如：Word

document,Excelspreadsheet等.

1.选择所需的结构式.

2.若想从图画板拷贝结构式,单击拷贝键画.

或者

从编辑(Edit)菜单键选择拷贝Copy命令.

或者

在键盘上按CTRL+C键.

3.然后在您选定的文件中，点击粘贴(Paste)键.

重要说明：当把结构式粘贴至其他文件时，如：MicrosoftExcel,结构式可能会变成数字或者图

形(MDLmolfile格式)，为了得到结构式,可以点击特殊粘贴(PasteSpecial),在粘贴选择

((pasteoptions)中，选择ACDChemSketch2.0Object或者Picture键，前者将结构式作为

OLE物体插入，因此您可以将插入的结构式通过ChemSketch进行修改，