CN120158525A 一种与山羊体高性状相关的snp分子标记及其应用 （中国农业科学院北京畜牧兽医研究所）

(19)国家知识产权局所地址100193北京市海淀区圆明园西路2号祁俊于治晓李正甫韦应实(74)专利代理机构北京高沃律师事务所11569权利要求书2页说明书8页一种与山羊体高性状相关的SNP分子标记及其应用种与山羊体高性状相关的SNP分子标记及其应羊体高性状相关的显著SNP位点SNP01、SNP02、为GG,SNPO2的优势基因型为TT,SNP03的优势基因型为TT和TC,SNP04的优势基因型为AA,SNP05种提供科学依据，还可提高山羊遗传改良的效50*基因型A4GG基因型体基因型体基因型基因型TSNPO5.基因型21.一种与山羊体高性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记包括所述SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp,碱基为A/G,GG是3月龄山羊体高性状的优势基因型；所述SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp,碱基为T/C,TT是3月龄山羊体高性状的优势基因型；所述SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp,碱基为T/C,TT和TC是3月龄山羊体高性状的优势基因型；所述SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp,碱基为G/A,AA是12月龄山羊体高性状的优势基因型；所述SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp,碱基为T/C,CC是12月龄山羊体高性状的优势基因型。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP01的核苷酸序列如SEQID龄山羊体高性状的优势核苷酸序列；龄山羊体高性状的优势核苷酸序列；月龄山羊体高性状的优势核苷酸序列；月龄山羊体高性状的优势核苷酸序列。3.检测权利要求1或2所述的SNP分子标记的物质在鉴定山羊体高性状中的应用；所述山羊的年龄为3月龄和/或12月龄。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，当所述山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp的多态性为GG时，鉴定为体高大的山羊；当所述山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp的多态性为TT时，鉴定为体高大的山羊；当所述山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp的多态性为TT或TC时，鉴定为体高大的山羊；当所述山羊为12月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp的多态性为AA时，鉴定为体高大的山羊；当所述山羊为12月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp的多态性为CC时，鉴定为体高大的山羊。5.根据权利要求3或4所述的应用，其特征在于，所述山羊的品种包括龙陵黄山羊。6.一种鉴定山羊体高性状的方法，其特征在于，包检测待鉴定山羊染色体上的SNP分子标记；所述SNP分子标记为权利要求1或2所述的3当所述待鉴定山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp的多态性为GG时，鉴定为体高大的山羊；当所述待鉴定山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp的多态性为TT时，鉴定为体高大的山羊；当所述待鉴定山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp的多态性为TT或TC时，鉴定为体高大的山羊；当所述待鉴定山羊为12月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNPO4对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp的多态性为AA时，鉴定为体高大的山羊；当所述待鉴定山羊为12月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp的多态性为CC时，鉴定为体高大的山羊。7.检测权利要求1或2所述的SNP分子标记的物质在具有体高性状优势的山羊品种遗传育种中的应用，其特征在于，所述山羊的年龄为3月龄和/或12月龄。8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述山羊品种包括龙陵黄山羊。9.一种利用权利要求1或2所述的SNP分子标记进行山羊遗传选育的方法，其特征在于，包括以下步骤：检测所述SNP分子标记中SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp的多态性，利用该位点A→G突变进行体高性状的选择，选留携带纯合GG基因型的3月龄山羊个体，作为父本或者母本，来增大后代体检测所述所述SNP分子标记中SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp的多态性，利用该位点T→C突变进行体高性状的选择，选留携带纯合TT基因型的3月龄山羊个体，作为父本或者母本，来增大后代体检测SNP分子标记中SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp的多态性，利用该位点T→C突变进行体高性状的选择，选留携带纯合TT基因型和TC杂合型的3检测所述SNP分子标记中SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp的多态性，利用该位点G→A突变进行体高性状的选择，选留携带纯合AA基因型的12月龄山检测所述SNP分子标记中SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp的多态性，利用该位点T→C突变进行体高性状的选择，选留携带纯合CC基因型的12月龄山4一种与山羊体高性状相关的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种与山羊体高性状相关的SNP分子标记及其应用。背景技术[0002]龙陵黄山羊是在云南省保山市龙陵地区特殊自然环境下，经过长期的自然选择和人工选择而形成的地方优良品种，是云南省登记的地方良种山羊，具有肉质细嫩多汁且膻味小等特点，其板皮面积大，质地细实坚密，是典型的肉皮兼用型的地方优良山羊品种。[0003]在山羊的遗传育种领域，体高性状是衡量其生产性能的重要指标。传统的育种方法主要依赖于表型选择，但这种方法效率低下，且难以准确预测后代的表现型。随着分子生物学技术的发展，全基因组关联分析已成为鉴定与复杂性状相关分子标记的重要工具。在基因组层面挖掘影响龙陵黄山羊体高的分子标记是非常有必要的。发明内容[0004]本发明的目的在于提供了一种与山羊体高性状相关的SNP分子标记及其应用，快速筛选和鉴定3月龄和/或12月龄山羊体高性状，提高体高性状优势山羊的选育效率。[0005]为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：[0006]本发明提供了一种与山羊体高性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记包括[0007]所述SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp,碱基为A/G,GG是3月龄山羊体高性状的优势基因型；[0008]所述SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp,碱基为T/C,TT是3月龄山羊体高性状的优势基因型；[0009]所述SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp,碱基为T/C,TT和TC是3月龄山羊体高性状的优势基因型；[0010]所述SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp,碱基为G/A,AA是12月龄山羊体高性状的优势基因型；[0011]所述SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp,碱基为T/C,CC是12月龄山羊体高性状的优势基因型。IDNO:1是3月龄山羊体高性状的优势核苷酸序列；是3月龄山羊体高性状的优势核苷酸序列；是3月龄山羊体高性状的优势核苷酸序列；5是12月龄山羊体高性状的优势核苷酸序列；是12月龄山羊体高性状的优势核苷酸序列。[0017]本发明还提供了检测上述技术方案所述的SNP分子标记的物质在鉴定山羊体高性状中的应用；所述山羊的年龄为3月龄和/或12月龄。[0018]优选的，当所述山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp的多态性为GG时，鉴定为体高大的山羊；[0019]当所述山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp的多态性为TT时，鉴定为体高大的山羊；[0020]当所述山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp的多态性为TT或TC时，鉴定为体高大的山羊；[0021]当所述山羊为12月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp的多态性为AA时，鉴定为体高大的山羊；[0022]当所述山羊为12月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp的多态性为CC时，鉴定为体高大的山羊。[0024]本发明还提供了一种鉴定山羊体高性状的方法，包括如下步骤：[0025]检测待鉴定山羊染色体上的SNP分子标记；所述SNP分子标记为上述技术方案所述[0026]当所述待鉴定山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp的多态性为GG时，鉴定为体高大的山羊；[0027]当所述待鉴定山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNPO2对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp的多态性为TT时，鉴定为体高大的山羊；[0028]当所述待鉴定山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNPO3对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp的多态性为TT或TC时，鉴定为体高大的山羊；[0029]当所述待鉴定山羊为12月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp的多态性为AA时，鉴定为体高大的山羊；[0030]当所述待鉴定山羊为12月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp的多态性为CC时，鉴定为体高大的山羊。[0031]本发明还提供了检测上述技术方案所述的SNP分子标记的物质在具有体高性状优势的山羊品种遗传育种中的应用；所述山羊的年龄为3月龄和/或12月龄。[0033]本发明还提供了一种利用上述技术方案所述的SNP分子标记进行山羊遗传选育的[0034]检测所述SNP分子标记中SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp的多态性，利用该位点A→G突变进行体高性状的选择，选留携带纯合GG基因型[0035]检测所述所述SNP分子标记中SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp的多态性，利用该位点T→C突变进行体高性状的选择，选留携带纯合TT基因型6[0036]检测SNP分子标记中SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp的多态性，利用该位点T→C突变进行体高性状的选择，选留携带纯合TT基因型和TC杂合型的3月龄山羊个体，作为父本或者母本，来增大后代体高；[0037]检测所述SNP分子标记中SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp的多态性，利用该位点G→A突变进行体高性状的选择，选留携带纯合AA基因型[0038]检测所述SNP分子标记中SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp的多态性，利用该位点T→C突变进行体高性状的选择，选留携带纯合CC基因型的12月龄山羊个体，作为父本或者母本，来增[0039]有益效果：种；所述SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp,碱基为A/G,当基因型为GG时，3月龄山羊具有高体高性状；所述SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp,碱基为T/C,当基因型为TT时，3月龄山羊具有高体高性状；所述SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp,碱基为T/C,当基因型为TT或TC时，3月龄山羊具有高体高性状；所述SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp,碱基为G/A,当基因型为AA时，12月龄山羊具有高体高性状；所述SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp,碱基为T/C,当基因型为CC时，12月龄山羊具有高体高性状。本发明所述SNP分子标记与山羊体高性状相关，能将高体高山羊和低体高山羊区分开，其中，山羊为3月龄和/或12月龄，可以优化后代山羊的3月龄和/或12月龄体高性状。附图说明[0041]为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍。[0042]图1为3月龄山羊体高性状的曼哈顿图和正态QQ图；[0043]图2为12月龄山羊体高性状的曼哈顿图和正态QQ图；[0044]图3为SNP01～05的基因型对应山羊体高表型值的分布图；其中，ns表示没有显著性差异，*表示P<0.05,**表示P<0.01,***表示P<0.001,****表示P<0.0001。具体实施方式[0045]本发明提供了一种与山羊体高性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记包括[0046]所述SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp,碱基为A/G,GG是3月龄山羊体高性状的优势基因型；[0047]所述SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp,碱基为T/C,TT是3月龄山羊体高性状的优势基因型；[0048]所述SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp,碱基为T/C,7TT和TC是3月龄山羊体高性状的优势基因型；[0049]所述SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp,碱基为G/A,AA是12月龄山羊体高性状的优势基因型；[0050]所述SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp,碱基为T/C,CC是12月龄山羊体高性状的优势基因型。[0051]在本发明中，所述山羊参考基因组ARS1.2在NCBI中的登录号为GCA_001704本发明所述优势基因型是体高更高的基因型。[0052]作为一种实施方式，本发明所述SNP01的核苷酸序列如SEQIDNO:1或SEQIDNO:龄山羊体高性状的优势核苷酸序列。作为一种实施方式，本发明所述SNP03的核苷酸序列如SEQIDN0:5或SEQI序列。作为一种实施方式，本发明所述SNP龄山羊体高性状的优势核苷酸序列。[0053]本发明所述SNP分子标记中的五个SNP分子标记可以单独使用，也可以组合使用，通过综合分析各分子标记在待测样本中的基因型，能够更精确地筛选出具有优良体高性状遗传潜力的山羊个体，为山羊遗传育种提供丰富和准确的信息。[0054]本发明通过全基因组关联分析，筛选出与山羊体高性状显著相关的SNP位点，并获得上述技术方案所述的分子标记，可以更准确地育种提供了技术支持，而且提高了山羊遗传改良的效率，也为其他家畜的遗传育种提供了新的分子标记资源。[0055]基于上述优势，检测本发明所提供的SNP分子标记的物质在鉴定山羊体高性状和/或具有体高性状优势的山羊品种遗传育种中的应用同样属于本发明的保护范围。本发明所述山羊的年龄为3月龄和/或12月龄。作为一种实施方式，所述山羊的品种包括龙陵黄山羊。[0056]本发明提供了一种鉴定山羊体高性状的方法，包括如下步骤：检测待鉴定山羊染色体上的SNP分子标记；所述SNP分子标记为上述技术方案所述的SNP分子标记；当所述待鉴定山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp的多态性为GG时，鉴定为体高大的山羊；当所述待鉴定山羊为3月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp的多态性为TT时，鉴定为体高大的山羊；当所述待鉴定山羊为3月龄SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp的多态性为TT或TC时，鉴定为体高大的山羊；当所述待鉴定山羊为12月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp的多态性为AA时，鉴定为体高大的山羊；当所述待鉴定山羊为12月龄山羊，且所述SNP分子标记中SNPO5对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp的多态性为CC时，鉴定为体高大的山羊。本发明对所述检测待鉴定山羊染色体上的SNP分子标记的方法没有严格要求，采用本领域常规方式即可。8[0057]本发明还提供了一种利用上述技术方案所述的SNP分子标记进行山羊遗传选育的方法，包括以下步骤：检测所述SNP分子标记中SNP01对应于山羊参考基因组ARS1.2第16号染色体73923397bp的多态性，利用该位点A→G突变进行体高性状的选择，选留携带纯合GG基因型的3月龄山羊个体，作为父本或者母本，来增大后代体高；检测所述所述SNP分子标记中SNP02对应于山羊参考基因组ARS1.2第20号染色体19254993bp的多态性，利用该位点T→C突变进行体高性状的选择，选留携带纯合TT基因型的3月龄山羊个体，作为父本或者母本，来增大后代体高；检测SNP分子标记中SNP03对应于山羊参考基因组ARS1.2第23号染色体47879694bp的多态性，利用该位点T→C突变进行体高性状的选择，选留携带纯合TT基因型中SNP04对应于山羊参考基因组ARS1.2第2号染色体78373613bp的多态性，利用该位点G→A突变进行体高性状的选择，选留携带纯合AA基因型的12月龄山羊个体，作为父本或者母本，来增大后代体高；检测所述SNP分子标记中SNP05对应于山羊参考基因组ARS1.2第4号染色体32934213bp的多态性，利用该位点T→C突变进行体高性状的选择，选留携带纯合CC基因型的12月龄山羊个体，作为父本或者母本，来增大后代体高。本发明对所述检测待鉴定山羊染色体上的SNP分子标记的多态性的方法，没有严格要求，采用本领域常规方式即可。[0058]为了进一步说明本发明，下面结合附图和实施例对本发明提供的一种与山羊体高性状相关的SNP分子标记及其应用进行详细地描述，但不能将它们理解为对本发明保护范围的限定。[0059]实施例1山羊体高性状相关SNP位点的筛选[0061]收集300只龙陵黄山羊样本血样，并委托北京亿诺众达生物技术有限公司进行全基因组重测序，利用高通量测序技术，获得每个样本的基因组数据。同时严格按照NY/T1236-2023《种羊生产性能测定技术规范》对龙陵黄山羊进行胸深表型指标的测定。[0063]将测序得到的Fastq文件通过BWA(Version:0.7.18)软件与ARS1.2参考基因组进行比对，比对后使用samtools(Version:1.20)软件生成bam格式文件。接着通过GATK(Version:4.6.0.0)软件得到包含所有变异信息的VCF文件。最后通过Plink软件过滤VCF文件，剔除缺失率在20%以上和次要等位基因频率在0.05以内的位点，最终获得包含10726542个变异位点的SNP集合。[0064]3、全基因组关联分析和SNP位点组合的提取[0065]通过emmax软件分别对这300只山羊3月龄、12月龄时期的体高性状进行全基因组值(P值)小于或等于0.000001的SNP位点，结果如图1和图2所示。[0066]根据图1和图2可以看出，从3月龄山羊总SNP集合中提取P值小于或等于0.000001的SNP位点，形成与龙陵黄山羊3月龄体高性状相关的10个SNP位点(图1,表1);从12月龄山羊总SNP集合中提取P值小于或等于0.000001的SNP位点，形成与龙陵黄山羊12月龄体高性状相关的4个SNP位点(图2,表1)。[0067]表1与体高性状相关的显著SNP位点9月龄染色体突变前突变后34AG6GA6TC7TCTCCCAGACA2CC4GATA[0069]注：表1中的E为科学计数法中的符号，表示10的n次方，即表1中的7.27E-07为7.27×10⁻⁷,其他p-value值同理。[0071]对筛选出的显著SNP的基因型对应表型值进行统计分析，筛选出SNP01、SNP02、SNP03、SNPO4和SNP05存在优势基因型，具体位点信息如表2所示。包含上述突变位点的分子标记的核苷酸序列如表3所示。[0072]表2本发明筛选的SNP位点组合信息编号显著的SNP突变前突变后优势基因型AGTCTC2GA4TC×10⁻⁷,其他p-value值同理。[0075]表3本发明筛选的SNP分子标记的核苷酸序列突变前核苷酸序列突变后核苷酸序列CATGCATACACACACGCAGCCCACCTCCCGCATCTGAGAGGGTCTTGTTTGAGAAGCAAACTCAGAAAGACTAGGTGGAGAGAGAGTGGCACAGTGACCATGCATACACACACGCAGCCCACCTCCCGCATCTGAGAGGGTCTTGTTTAGGCATGAGTACTGGAGTGGGTGACCCATGTATCAAACCCACATCTCCTGCATTGGCAGGTGGGTTCTTTACTATAATTATATGAAAAATTTAAGGCATGAGTACTGGAGTGGGTTTGAGCCACAGGGAAGCCTACATAATAATTATATGAAAAATTTACAGGTCTCCACATGGCCTCTGTCCCCACTGCCAGTGGAACAGAAACCTCATTGCACATTCAGGCCTCCAGTTCTTTTAAAGAGAAGGGGTGCCCCTTTACA(SEQIDNO:5)CAGGTCTCCACATGGCCTCTGTCCCTTGCACATTCAGGCCTCCAGTTCTTCTAAAGAGAAGGGGTGCCCCTTTACAGCAGGGGAAAGCTGGACACCTCAG(SEQIDNO:6)AAACAAAACCTTGTGTGCATCAAGAAGCATGGGTCAGTGGTGACCTGTTGCAGGGCCAGGGGAATGAGTACAACAGTGTGCACATGGATCTTTTGAGGGA(SEQIDNO:7)AAACAAAACCTTGTGTGCATCAAGAAGCATGGGTCAGTGGTGACTTGCAGGGCCAGGGGAATGAGTACAACAGTGTGCACATGGATCTTTTGAGGTTTTTACTGTGTACATGGCATCACTAAATACTGTTAATTTTGCCATTATTCTGTAGATATTATGTCTGTGACATTTATGTTATTTCTTACTCTGGTACGTCTTTCATGTCATAGTAATGAGAATGTTTTTACTGTGTACATGGCATCACTAAATACTGTTAAT