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文档简介
判断目的基因的接入方向
目的基因正反接的判断需通过分子生物学实验验证,最常用且有效的方法依次为:测序确认(金标准)、限制性酶切图谱分析、PCR扩增分析;辅助方法包括功能检测(如报告基因表达)。1.测序确认(金标准)原理:通过Sanger测序直接读取重组质粒中插入片段的序列及方向,与设计的目的基因序列对比,明确是否存在反向插入。
例1、20世纪70年代Fredsanger发明了双脱氧终止法对DNA进行测序,其原理如图:在4支试管中分别加入4种脱氧核苷三磷酸(dNTP)和1种双脱氧核苷三磷酸(ddNTP);ddN'TP可以与dNTP竞争核苷酸链延长位点,并终止DNA片段的延伸,在4支试管中DNA链将会分别在A、G、C、T位置终止,并形成不同长度的DNA片段,这些片段可被电泳分开并显示出来。下列说法中错误的是()
A.这种测序方法需要引物和耐高温的DNA聚合酶B.电泳图谱中的箭头所指的DNA片段以鸟嘌呤结尾C.测得未知DNA的序列为5'-GATTCGAGCTGA-3'D.ddNTP与dNTP竞争的延长位点是核苷酸链的3'端答案C2.限制性酶切图谱分析
原理:利用插入片段两端的限制酶位点,通过双酶切或单酶切释放插入片段,结合电泳条带大小判断方向。应用:
双酶切法:选择目的基因两端的不同限制酶(如EcoRⅠ和HindⅢ),对重组质粒进行双酶切,若切下的插入片段大小与预期一致,则方向正确;
例2、从图1酶切结果分析,图2中的目的基因(长度为20kb)插入方向正确的重组质粒序号和作出该判断所用的限制酶是()A.①,EcoRI和HindⅢB.①,BamHIC.②,EcoRI和HindⅢD.②,EcoRI答案:A
单酶切法:若载体和目的基因均含同一酶切位点(如BamHⅠ),单酶切后可产生不同长度的线性化质粒(正向连接与反向连接的片段大小不同),通过电泳区分。
例3、当目的基因和质粒都用HindⅢ处理、连接后,目的基因可能正向插入载体,也可能反向插入载体,为判断目的基因的插入方向,可使用限制酶处理,并进行电泳检测(如图)。下列选项中能判断目的基因插入方向的限制酶是(
)注:EcoRⅠ、BamHⅠ和HindⅢ的识别序列、切割位点均不同,数字表示相邻两个限制酶切点之间的碱基对数(bp),质粒全长20000bp。A.HindⅢ B.EcoRI C.BamHI D.EcoRⅠ和HindⅢ答案B3.PCR扩增分析
原理:设计跨越插入位点的引物(一端与载体骨架互补,另一端与目的基因互补),通过PCR扩增产物的大小判断方向。应用:
引物设计:正向引物(F)结合载体多克隆位点上游,反向引物(R)结合目的基因3’端;若目的基因正向插入,PCR产物大小为“载体片段+目的基因长度”;若反向插入,则无法扩增出预期片段(或片段大小异常);注:多克隆位点:基因工程载体(如质粒、噬菌体载体等)上一段人工合成的、集中排列了多种不同限制内切酶单识别位点的DNA序列。
当目的基因和载体用同一种限制酶处理,连接后目的基因可能正向插入载体,也可能反向插入载体,为判断目的基因的插入方向,可设计引物进行PCR后再结合电泳检测。图示为甲、乙、丙3条引物在正确重组质粒中的相应位置,其中目的基因的长度为300bp(bp:碱基对数)。下列叙述错误的是(
)A.PCR扩增的原理与生物体内DNA复制的原理相同B.抗性基因作为标记基因,用于鉴别受体细胞中是否导入目的基因C.选取引物甲、丙,扩增出450bp长度片段时,可以说明目的基因正接D.选取引物甲、乙,扩增出400bp长度片段时,可以说明目的基因反接答案C4.功能检测(辅助方法)
原理:通过目的基因的表达产物(如蛋白质、报告基因)判断方向是否正确(反向插入通常无法正常表达)。应用:
若目的基因含报告基因(如GFP、荧光素酶),可通过荧光显微镜观察或化学发光检测,若正向插入则报告基因表达(有荧光/发光),反向插入则不表达;
若目的基因编码功能蛋白(如酶),可通过酶活性测定(如Westernblot检测蛋白表达),若正向插入则酶活性高,反向插入则无活性;
示例:重组质粒中含RFP基因,正向插入时发红色荧光,反向插入则无荧光,可快速筛选正确克隆。
CD163蛋白是PRRSV病毒感染家畜的受体。为实时监控CD163蛋白的表达和转运过程,将红色荧光蛋白RFP基因与CD163基因拼接在一起,使其表达成一条多肽。下图是基因表达载体的一部分,下列叙述错误的是()A.若该拼接基因在受
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