第一包叶酸代谢障碍细胞系Hi-C三维空间构象检测技术参数

第一包：叶酸代谢障碍细胞系lli-C三维空间构象检测技术参数

技术参数

1、技术服务明细

序

号单价

项目名称技术参数数量总价（元）备注

阮）

叶酸代谢障碍细胞系H

构建高分辨文

1i-C三维空间构象文库17个

库

构建

叶酸代谢障碍细胞系H

每条lane

i-C三维空间构象文库

2850G4条lane

包lane测序（nova平

rawdata

台）

合

188000元

计

2、售后服务

a、免费数据质量指控；

b、免费原始数据寄送；

c、原始样品返回邮寄；

d、免费提供建库测序部分的材料方法

3、技术支持

中标人应及时免费提供项目课题设计、数据解读等技术服务

4、验收

交付内容:乙方需向甲方提供完整的项目结题报告。结题报告中应包含实验过程用到的

所有重要设备的制造厂商，型号以及所有重要试剂的供应商，纯度。其中深度全部达到验

收标准，即表明该项目达到合同中的要求。

验收方式：乙方将结题报告上传到生信云平台并将相应的账号密码通过邮件发送到合

同基木信息中确定的甲方项目联系人的电子邮箱，甲方在收到结题报告查阅通知邮件后于

生信云平台上查阅结题报告并签署项目确认单后下载结题报告，即视为客户验收。

商务参数

1、到货周期：根据客户下达项目实际进展下达订单后45个工作日全部技术服务内容

送到客户指定地点

2、质量保证：提供的技术服务不低于12个月的保证期。

3、免费进行疑难问题解答，对数据分析结果和相关软件产品进行使用指导，并通过技

术人员上门、往来电子邮件、电话等解答用户在使用中碰到的各种技术问题

4、咨询投诉响应时间：24小时内指派合格的技术人员进行回复；其他无法迅速解决

的问题应在一周内解决或提出明确解决方案。

5、做好售后服务工作和提供技术保障。设有专业的售后服务维修机构，有充足的零件储备

和能力相当的技术服务人员。提供有关产品专业的售后服务机构的信息，包括售后服务机

构名称、服务人员的数量和水平、联系人和联系方式等，

第二包：基因工程小鼠定制技术服务技术参数

预算单

序预算总

项目名称技术参数数量价

号价（元）

阮）

rtTA基因定将rtTA定点敲入到Cyp2gl基因起

1点敲入小鼠构始密码子后，使Cyp2gl基因启动1

建子调控rtTA表达。

TRE-TNF转基利用PiggyBac转座子系统构建

21

因小鼠构建TRE-TNF转基因小鼠

总额

商务参数

I、到货周期：根据客户下达项目实际进展下达订单后10个工作月将全部构建鉴定完

成的小鼠送到客户指定地点

2、质量保证：提供的基因小鼠不低于12个月的质量保证期。

3、免费进行疑难问题解答，对数据分析结果和相关软件产品进行使用指导，并通过技

术人员上门、往来电子邮件、电话等解答用户在使用中碰到的各种技术问题

4、咨询投诉响应时间：24小时内指派合格的技术人员进行回复；其他无法迅速解决

的问题应在一周内解决或提出明确解决方案。

5、做好售后服务工作和提供技术保障。设有专业的售后服务团队，有能力相当的技术

服务人员。

第三包：小鼠嗅球组织空间转录组和单细胞转录组测序技

术服务

一、技术服务明细：

项目数量和单价金额

1.空间转录组测序1个

2.空间转录组样品质检1个

3.单细胞转录组测序9个

4.单细胞转录组样品制备9个

合计

二、技术服务参数:

项目名称空间转录组测序

供应商应具有的硬件配置1：冷冻切片机

2：正置荧光扫描显微镜

3：烤片机

4：深孔PCR仪

5：恒温干燥箱

6：生物安全柜

7：核酸分析仪器

空间转录组项目的技术要1.技术要求：

求、测序分析要求。1）单细胞分辨率：能有效检测直径为l-20um的单个细胞分子信息

的空间定位和检测。

2）高通量：能完整地对面积约为0.8cm*0.8cm的冷冻切片进

行mRNA的原位捕获检测。

3）高兼容性：对人和鼠物种的多个组织类型具有普遍适用性。

2.项目经验：实睑团队具备1年以上空间转录组文库构建经验，

执行过人、鼠物种组织项目；分析团队具有单细胞转录组和空间

转录组联合分析能力，执行过人、鼠物种组织项目。

3.测序分析：

1）通过使用BarcodeMap工具将存储在FASTQ文件中的原始测序

reads进行数据处理，得到CleanReads。

2）将CleanReads与参考基因组进行比对，并使用Bam2Gcm工具

对比对结果进行基因注释和基因表达定量分析，得到基因表达矩

阵。表达矩阵经处理，勾画组织轮廓，并提取组织区域内的表达

数据，生成样本组织覆盖区域基因表达矩阵。

3）可视化展示基因表达热图，查看基因在组织上的空间位置和表

达情况。

4）使用Stereopy或者Seurat工具的聚类模块进行降维聚类，筛

选差异高表达基因；

5）基因注释分析：GO注释分析；KEGG注释分析；Reactome富集

分析；

6）通过SinglcR数据库进行细胞类型自动化注释；

7）通过CellphoneDB工具进行细胞网络互作分析；

8）拟时序分析及基因表达量动态变化

9）通过单细胞转录组数据注释时空组细胞类群

10）通过已知Marker基因校正细胞类群

1DGSEA富集分析，对特定的类群表达基因进行富集分析

12）各簇细胞组分分析，对比不同类群细胞组成比例的差异

13）基因表达量动态变化分柠

14）细胞周期分析

15）单细胞转录组和空间转录组联合分析：使用LIGER软件

进行多组学数据合并分析和数据可视化

项目名称单细胞转录组测序

供应商应具有的硬件配置1：水平离心机

2：荧光显微镜

3、倒置显微镜

3：PCR仪

4、生物安全柜

单细胞转录组测序项目详1.服务要求：

细技术要求、参数。为新鲜组织样本提供组织保存液，并在48h内完成组织解离、单

细胞捕获、建库实验。

2.技术要求：

1）对合格样本进行单细胞文库构建并完成测序，数据量不少于

100G/样本,细胞数在3000-8000个细胞/样本。

2）单细胞回收率30%以上，双胞率低于5虬捕获转录本数量

>20.000/cell,基因数>4,000/cell,二代测序数据的质量

Q30>80%o

3.项目经验：

实验团队具备1年以上单细胞转录组文库构建经验，执行过

人、鼠物种组织项目；分析团队具有单细胞转录组和空间转

录组联合分析能力，执行过人、鼠物种组织项目。

4.测序分析：

1）质控分析

2）数据标准化：使用normalization的方法消除测序不均匀给基

因表达丰度带来的影响。

3）高变基因选择和PCA降维：计算出在数据集中表现出细胞间高

差异特征的子集和确定用于进行聚类分析的PCA维度

4）细胞聚类：将细胞类别进行分组成簇

5）maker基因鉴定：每个cluster细胞中表达比例高，且表达量

高的基因

6）marker基因分析：对每个cluster的marker基因，利用利用

不同形式进行展示（山脊图，小提琴图，气泡图和点阵图等），并

对每个cluster中最显著的20个marker基因，进行kegg和G0

富集分析，进行表达量热图绘制

7）细胞类型注释：确定每簇细胞的类型

8）功能富集分析：每个cluster的差异基因的GO,KEGG功能富集

9）蛋白互作分析：对差异表达基因进行编码蛋白间的互作关系

10）细胞类型注释：确定每莪细胞的类型

11）多样本整合分析：整合多个样本的单细胞数据，默认使用使

用MNN+CCA提供的方法

12）多样本整合后细胞聚类：将细胞类别进行分组成簇

13）多样本整合后细胞类型注释：确定每簇细胞的类型

14）多样本整合后marker基因鉴定：每个cluster细胞中表达比

例高，且表达量高的基因

15）多样本整合后maiker基因分析：对每个cluster的uiarkei基

因，利用利用不同形式进行展示（山脊图，小提琴图，气泡图和

点阵图等），并对每个cluster中最显著的20个marker基因，进

行kegg和G0富集分析，进行表达量热图绘制。同时，进行样品

中各个细胞cluster分类比例堆积图和各个cluster中样本比例

堆积图展示

16）各簇细胞纽分分析：鉴定每个簇细胞类型组成

17）样本间同一个cluster差异基因分析：寻找同一个cluster里

面的组间差异基因

18）功能富集分析：每个细胞类型的差异基因的GO,KEGG功能富

集

19）TF编码能力预测：对差异表达基因进行TF编码能力鉴定

20）轨迹分析：构建细胞拟时序轨迹，基于分化状态进行差异基

因分析，基于拟时间变化进行差异基因分析，基于轨迹分支进行

差异基因分析

21）单细胞转录组和空间转录组联合分析：使用LIGER软件

进行多组学数据合并分析和数据可视化

商务参数

1、服务周期：乙方在收到甲方样本信息单后3个工作日内安排人员进行上门取样本，

在接到甲方通知后7个工作日内将分析结果递交给采购人。样本通过质检，采购人确认建

库要求并在合同签订后6c个工作日内乙方完成测序分析。

2、质量保证：提供的试剂耗材不低于12个月的质量保证期。

3、委派相应技术人员对该项目做售前、售后支持，并且项目结果交付6个月内相关咨

询服务免费进行。对数据分析结果和相关软件产品进行使用指导，并通过技术人员上门、

往来电子邮件、电话等解答用户在使用中碰到的各种技术问题

4、咨询投诉响应时间：24小时内指派合格的技术人员进行回复；其他无法迅速解决

的问题应在一周内解决或梃出明确解决方案。

5、指定大客户经理专人负责项目跟进及进度汇报（2