




版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领
文档简介
1、Mapmaker作图软件使用演示,主要内容,概述 数据预处理 mapmaker 3.0 的使用 使用WinQTLCart2.5作图,概述,Mapmaker是一种用于构建遗传连锁图谱并利用连锁图谱进行复合性状基因定位的交互式计算机软件。 它可以处理BC1回交、F2 和 F3(自交)杂交及重组近交系中显性、隐性和共显性(如类 RFLP)标记的多点连锁分析(根据原始数据自动估算所有的重组片段) 。,数据处理,将已经准备好的数据输出到一个文本文件os.txt中,保存后将原来的“.txt”格式改成“.raw” 表头照着原始文件“mouse.raw”改写就可以了。其中185表示子代个数,35表示遗传位点个
2、数,symbols表示数量性状个数,没有可以用0表示。,RI 数据:用“A”表示亲本基因型a 的纯合子;“B”表示亲本基因型 b的纯合子;“-”表示缺失数据。,F2 回交数据:用“A”表示纯合子“;H”表示杂合子“;-”表示缺失数据。 F2 杂交数据:用“A”表示这个位点来自亲本 a 纯合子;用“B”表示这个位点来自亲本 b 纯合子;用“H”表示携带a、b两个等位基因的纯合子;用“C”表示等位基因a 的非纯合子;用“D”表示等位基因 b 的非纯合子;“ -”表示缺失数据。,mapmaker 3.0 的使用,首先把下载的mapmaker 3.0 复制到C盘根目录下,然后单击,完成安装。点击 运行
3、软件,出现下面的界面。,1、prepare date os 该命令是对原始数据进行预处理 os就是以raw后缀结尾的数据文件,prepare date 可以简写为 pd,2、error detection,3、cent kosa,4、sequence all 所有的位点都参与连锁分析可使用命令:seq all,5、group 该命令是对指定的位点通过两点分析来推测可能有的连锁群,6、make chromosome c1 c2 c3 c4 c5 c6,7、sequence group 1 开始演示第一个group操作,8、anchor c1,可以看出有2 9 11 12 14 16 17 22
4、这些位点在chromosome1上,9、sequence 2 9 11 12 14 16 对某连锁群内的位点需要确定相对位置之前需使用该命令 这个命令一次只能处理6个数据,所以不能把 17,22 输入到中,如果输入,将会造成程序退出!用纸记住后面几个数字,以免忘记!同时记住自己做到哪一步了,10、compare,该命令是对某个特定的序列计算最大似然值 ,并从大到小排出前 20 个(默认值)最优位点顺序图,11、sequence 11 14 16 12 2 9,12、try 17,某一连锁群内的各位点已确定最优顺序后进行作图前需使用该命令,13、sequence 17 11 14 16 12 2
5、 9,14、compare,15、seq 11 14 16 12 2 17 9,16、try 22,17、seq 22 11 14 16 12 2 17 9,18、compare,19、seq 22 16 14 11 12 2 17 9,20、map 该命令是对指定的某连锁群最优位点的顺序排列进行作图 ,计算两两标记间的图距 ,单位为厘摩(cM),21、framework c1,开始进行第二个group操作,1、sequence group 2,2、anchor c2,3、sequence 3 6 7 18,4、compare,5、sequence 7 6 18 3,6、map,7、framework c2,下面四个group也是按照同样的程序进行处理,seq group 3 anchor c3 sequence compare sequence map framework c3,由于第5组数据只有2个(19,28),所以不用seq,直接anchor后就可以map seq group5 anchor map framework c5,quit 最后的退出命令 yes 退出后会生成
温馨提示
- 1. 本站所有资源如无特殊说明,都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
- 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等,如果需要附件,请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
- 3. 本站RAR压缩包中若带图纸,网页内容里面会有图纸预览,若没有图纸预览就没有图纸。
- 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
- 5. 人人文库网仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑,并不能对任何下载内容负责。
- 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容,请与我们联系,我们立即纠正。
- 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。
最新文档
- 公司房屋安全管理办法
- 智慧场馆业务管理办法
- 自动化专业学生的就业前景与职业发展
- 退役磷酸铁锂正极衍生磷化铁活性材料在锂氧气电池中的应用探究
- 金融基础理论课程知识体系优化
- 碱溶处理对硅藻土保水渗透性能的作用机制探讨
- 餐饮业新店开业策划全攻略
- 功能文体学视角下的欧洲小说人物塑造深度解读
- 高校心理危机干预机制建设与实施研究
- 晋江市封控区管理办法
- 余料使用管理制度
- 农业面源防治课件
- 2025至2030中国氨基吡啶行业项目调研及市场前景预测评估报告
- 2025-2030中国商业展示道具市场应用前景及投资价值评估报告
- 2025年甘肃省武威市民勤县西渠镇人民政府选聘专业化管理村文书笔试参考题库及1套完整答案详解
- 防洪防汛安全知识试题及答案
- T/CCMA 0137-2022防撞缓冲车
- 江苏省2025年中职职教高考文化统考数学试题答案
- 浙江省公路工程监理用表-监理旁站记录2025
- 产科促宫缩药
- 2024年贵州省余庆县事业单位公开招聘医疗卫生岗笔试题带答案
评论
0/150
提交评论