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文档简介
1、A field guide,genome resources sequence similarity,genome resources,locust link,gene database,uni gene,trace arcescheckgene FAQ for current information,entrez gene,locust link,A single query interface to sequences-refs eqs-gen bank a record with more data : human hfe,entrez SNP,hfe gene name and hum
2、ano rgn,52,血色沉着,Linking to SNP automatic clustering using megaraid blast each cluster represents a unique gene informed by genome hits information on tissue types and map location genome resources、locust link、Gene database、unigene、trace archive、map viewer、homologene、the new homologene ,No longer uni
3、 gene based protein similarities first guided by taxonomy tree includes ortho logs and Paralogs,ortho logs和Paralogs是同源序列的两种类型正交蛋白质(vertical homologies,又称Orthologs),是从不同物种进化而来的蛋白质,一般保存的功能与原始蛋白质相同。Parallelism是一种源自特定物种基因克隆的蛋白质,可能会进化出与原始相关的新功能。有关更多详细信息,请参考文献。、gene duplication、paralogs vsortho logs、early
4、 globin gene、a-chain gene b-chain gene、parallelogs、ortho logs、 maps uses as Query very sensitive protene search RPS blast searches a database of PS SMS tool for conserved domain searches,Widely used similarity translated blast、query、database、program、ucletide、Rotein、n、n、n、n、 Alignment details)、nucleo
5、tide words、gtactggacat tactggacatg actggacatggac ggacatggacggacggacgaggaccatggacccacatgggaccccatggacccct、。protenein words、gtq tqi ITV tve ved EDL dlf.make a lookup table of words,-f 11=blast default,Minimum requirements for a hit,nucle otide blast requires one exact match cagtagctgcatca | | | | | |
6、| | | raw score=19-9=10 cacgtagcagcttg-GTG TCA small dataset of alignment implicit model of evolution all calculated from PAM 1 PAM 250 widely used blo sum matrices(block substitution matrices)large dataset of highly conserved blocks each matrix derived separately from blocks with a defined percent identity cut off blo sum 62-default mm a 4r-1 5n-2 0 6d-2-2 1 6 c 0-3-3-3 9 q-1 0 0-3 5 e-1 0 2-4 2 5g 0-2 0-1-3-2-2 6h r n d c q e g h I l k m p s t w y v x,blo sum 62,position-specific score matrix,Daf-1,serine/throe onine proein kinases catas
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