LOINC与SNOMEDCT简介.ppt

1、LOINC与SNOMED CT简介,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心 河北石家庄 2009年,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,讲义提纲,前言 LOINC 概述 IHTSDO 及其 SNOMED CT 概述 LOINC 与 SNOMED 的联合运用 致谢,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,前言,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,卫生信息标准之目标,互操作性 在组织机构之间交换和使用信息的能力 可比性 确定不同来源数据之间等价关系的能力 数据质量 关于完整性、准确性和精确性的衡量指标,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,互操作性

2、之层次,基础层次 使消息在计算机系统之间得以交换 字处理文档, 电子表格 功能层次 描述的是消息的标准语法（格式） 文档模板、表单、数据结构 消息标准 语义层次 需要在消息之中采用标准词表,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,可比性,当在不同的参与方之间共享之时，数据的含义协调一致 需要共同的术语集 公共术语集应当在幕后发挥作用 不仅仅是字词，还包括： 代码 对术语加以唯一的标识 分类 对相关的术语加以分组 词表 精确的专业化术语，旨在消除歧义,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,卫生数据的潜在用途受到数据质量因素的制约,数据质量问题 对于客户通讯与分析来说，有所不同

3、常常受到外力的制约 例如，诊断标准往往有别于报告标准 数据合并的单向作用 详细 概括 概括 详细,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,问题之所在,“在试图获知真相的过程中， 我为信息资料而到处求索，但却很少能够获得适合于任何比较用途的医院记录 。 假如能够获得这些记录，那将使我们能够解决许多其他的问题 它们将会向订购者表明他们的钱究竟是如何花掉的以及究竟这些钱实际上带来了多大的好处 ”,南丁格尔，弗洛伦斯- 关于某家医院的笔记, 1873年,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,为何要采用 LOINC和SNOMED CT？,“在实验室内部，也许可以用本地行话，同事们通常都

4、心知肚明；但是，对于和外部的沟通交流而言，这些行话就不是那么广为人知了。” Source: U. Forsum et al., Pure Appl. Chem 72:555-745, 2000 Properties and Units in the Clinical Laboratory Sciences Part VII. Properties and Units in Clinical Microbiology,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,检验项目比较,实验室 A 试验名称:莱姆病血清学检查 受检成分: B. burgdorferi Ab IgG 试验方法: ELISA

5、 检测精度: 定量 例如: 滴度 1:40,实验室 B 试验名称:莱姆病抗体 受检成分: B. burgdorferi Ab IgM 试验方法: 免疫印记 检测精度: 定性 例如: 阳性,LOINC 代码 = 5062-5,LOINC 代码 = 6321-4,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,映射的代价：N*(N-1)/2 vs N,节点映射（无共同标准） 21 33 46 510 615 721 828 936 1045 1155 1266 1378 1491 15105 16120 17136 18153 19171 20190,缺乏统一标准,采用统一标准,张林 白求恩国际和

6、平医院 核医学科/PET中心,巴别通天塔,英文：The Tower of Babel 又称为巴别塔、巴贝尔塔、巴比伦塔 据圣经创世记第11章记载，是当时人类联合起来兴建，希望能通往天堂的高塔。 为了阻止人类的计划，上帝让人类说不同的语言，使人类相互之间不能沟通，计划因此失败，人类自此各奔东西。,The Tower of Babel by Pieter Brueghel the Elder (1563).,/wiki/Tower_of_Babel /wiki/巴别塔,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET

7、中心,LOINC 概述,Logical Observation Identifiers Names and Codes 观测指标标识符逻辑命名与编码系统,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,什么是LOINC,LOINC是个首字母缩略语 Logical Observation Identifiers Names and Codes 观测指标标识符逻辑命名与编码系统 LOINC是一套通用的代码和名称，用于标识医学检验项目及其他的临床观测指标 LOINC旨在促进临床结果的交换与汇集，使其更好地服务于临床医疗护理、患者结局管理以及科学研究工作,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心

8、,LOINC的过去和现在,LOINC最初是由Regenstrief研究院的研究人员们所发起的（1994年） 如今，他们依然还在与LOINC委员会协作，继续担负着LOINC数据库及其支持文档和RELMA映射程序的开发、编制与维护工作,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,5193-8:Hepatitis B virus surface Ab:ACnc:Pt:Ser:Qn:EIA,5193-8,LOINC 代码,Hepatitis B virus surface Ab,ACnc,Pt,Ser,Qn,EIA,成分 Component,受检属性 Property Measured,时间特征

9、Timing,体系 System,标尺精度 Scale,方法 Method,LOINC 术语剖析,其中，包括六个主要的 LOINC 轴,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,并非 LOINC 名称组成部分的内容？,检测当中所使用的设备 关于标本的具体细节 优先级别（如急诊） 检测地点 完成检测的人员（检验者） 试验项目解释 并非结果名称之固有组成部分的任何信息 下列结构之中所携带的其他信息： OBX 区段 第3版 HL7 观察指标对象,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,所测量、评价或观测（观察）的物质或实体,成分/分析物,-钠 -葡萄糖 微生物：布鲁氏菌属 甲型流感病毒

10、抗原 巨细胞病毒抗体 脂类.总计,5193-8:Hepatitis B virus surface Ab:ACnc:Pt:Ser:Qn:EIA,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,成分/分析物结构,分析物的正式名称（如钙） 必须指明任何的“子分析物” 例如，冠状病毒抗原 可能具有某一子类 采用园点“.”隔开 例如， 钙.游离型 刺激 - 例如， 口服 100 mg 葡萄糖之后1小时 两个子部分之间采用“post”分隔 post 调整/校正 例如， 调整至 pH 7.4,分析物名称刺激调整,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,质量: 在报告观测指标结果时，计量单位的分子为

11、质量（毫克、克等等） 物质的量:在报告观测指标结果时，计量单位的分子为摩尔或毫当量 催化活性: 报告的是酶活性的那些观测指标结果 任意类（人工类）:在报告结果时，计量单位的分子为任意型单位（人工类单位） 数量: 计数,属性,5193-8:Hepatitis B virus surface Ab:ACnc:Pt:Ser:Qn:EIA,所测量、评价或观测（观察）的分析物的特性、品质、特征或属性,最为困难的 LOINC 轴,主要类别,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,MCnc 质量浓度（质量/单位体积） MCnt 质量含量（质量/单位质量） NCnc 数量浓度（数量/单位体积） TmS

12、tp 时间戳：时间 CCnc 催化浓度（活性） Prid 存在与否或身份标识 Imp 印象/解释 Find 发现（所见）：主观或客观观测结果 Type 类型：“是一种”,属性,5193-8:Hepatitis B virus surface Ab:ACnc:Pt:Ser:Qn:EIA,最为困难的 LOINC 轴,主要类别与子类型共同构成完整的属性,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,与 LOINC 属性有关的常见问题,分数 = 部分/整体 数量分数 (NFr): % 嗜酸性粒细胞 物质的量分数 (SFr): % 血红蛋白 A2 比率 = 源自同一体系的测量指标 质量浓度比率 - M

13、Crto 例如，同一尿标本之中的尿素氮与肌酐之比 物质的量比率 - SCrto 采用SI国际单位 mmol/L 表示的尿素氮与肌酐之比 相对比率 = 源自同一体系的测量指标 RelRto 中位数之倍数 RlTm 实际测量时间与正常对照时间之比,分数（比例） 与 比率（比值，比） a/a+b 与 a/b,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,Pt 时间点（point in time，时刻，随机） 12H 12小时收集物 24H 24小时收集物,时间特征*,*非时间点型的时间特征 通常与比率类属性相关联,用于完成当前观测或测量的时间间隔（时段 ）,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PE

14、T中心,体系/标本,当前观测所针对的体系（背景环境）或标本类型,超体系（超级体系）,第二个子部分 ()。在不包括超体系的情况下，缺省的超体系为“病人”。 超体系用于表示血液制品单位（BPU）、骨髓捐献者或胎儿。,血清 全血 尿液 动脉全血 肝脏 体液，未详细说明,胃液/胃内容物 食物或饲料 组织 XXX 将在当前消息的其他组成部分之中加以详细说明,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,标尺（精度）,Qn 定量型 连续数值（实数、整数、比率） 可选运算符（、） Ord 等级型 经过分级的一套可能取值（ 1+、2+、 3+ ） Nom 名义型 未经分级的一套可能取值 分类法（如细菌列表）

15、 Nar 叙述型 自由文本叙述（如就诊或访视记录）,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,标尺（特殊情况）,OrdQn 等级型或定量型 主要用于抗菌类观测结果，如报告成耐药、中介或敏感，或报告成抑菌圈直径毫米数的MIC 不鼓励使用 Multi 多样型：结构化文本“块” 例如，色谱输出 不鼓励使用 Doc 文档型：临床文档 Set 集合型：临床信息附件（标头）,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,观测方法,只有当影响解释时才需要方法信息 不同的正常值范围 试验的灵敏度不同 仅仅在总称层次上加以列出 凝集试验 免疫测定 采用靶向扩增的探针,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/

16、PET中心,将本地术语映射至 LOINC需要记住的事情,医嘱所下达的事情并不总是所检测的事情： 血培养 经过鉴定的一种或多种活体生物 VDRL（性病研究实验室） 苍白螺旋体抗体 尿液分析 许许多多不同的事情 问题（我在检测什么？）并非其答案 （如阳性） 我们所映射的是问题，而不是答案！ 我们必须晓得所检测的那种成分的具体细节（该试验实际上检测的究竟是什么？）,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,RELMA,Regenstrief LOINC Mapping Assistant Regenstrief LOINC 映射辅助程序,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,RELM

17、A 的功能,手工和自动映射的助手 像 LOINC 一样免费使用（参见许可协议） 配备有LOINC文件和索引 采用 Visual Basic 开发（无API） RELMA可转换本地文件之中的本地词汇 用户负责创建由本地术语/名称及其代码所构成的文件 为本地检验项目/组套代码指定 LOINC 术语,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,版权窗口(RELMA 4.0版),张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,主菜单/欢迎窗口,单击 File, 设置首选语言,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,选择语种形式,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,搜索结果：血常

18、规,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,术语详情,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,术语详情,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,LOINC International,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,LOINC International,目前，LOINC还同时备有来自于非英语国家的多个语种的数据库及相关支持文档，包括: 简体中文（中国大陆）、德语（德国、瑞士）、法语、爱沙尼亚语、法语（法国、瑞士）、朝鲜语（韩国）、葡萄牙语（巴西）、西班牙语（阿根廷、墨西哥、西班牙）； 其中，目前可采用RELMA加以搜索和映射的语种包括（中国大陆）、朝鲜

19、语（韩国）、西班牙语（阿根廷、西班牙）。 另外，我国的香港和台湾则已经在实际工作中采纳和使用了LOINC标准。,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,LOINC International,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,Regenstrief Institute和LOINC,有关Regenstrief研究院和LOINC的详情，可分别参见其网站 ,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,IHTSDO及其SNOMED CT概述,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,IHT

20、SDO概述,国际卫生术语标准制定组织International Health Terminology Standards Development Organisation,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,IHTSDO,国际卫生术语标准制定组织 英文全称：International Health Terminology Standards Development Organisation 非营利组织：总部设在丹麦 成员国为协同编制与发布术语产品提供资源 拥有和管理着 SNOMED CT 及其既往成果的版权,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/

21、PET中心,IHTSDO,IHTSDO致力于通过开发编制SNOMED CT和促进其使用，来支持安全有效的卫生信息交换。旨在开发和维护其术语集产品（术语学产品），并促进和授权全球范围内卫生系统、服务和产品当中对于其术语集产品的采纳和正确使用，并且承担着任何或所有符合成员利益，有利于实现该协会目标的附带活动。,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,IHTSDO,IHTSDO及其各成员国努力寻求的是通过促进开发编制和运用合乎实际需求的标准化临床术语集，尤其是SNOMED临床术语集（SNOMED Clinical Terms，SNOMED CT），以便为

22、安全、准确而又有效地交换临床信息及相关卫生信息提供支持，从而改善全人类的健康。,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,IHTSDO,其关注焦点则是: 成就语义上准确的，具有互操作性的健康档案的实施。 IHTSDO在全球范围内提供对于其协会成员（Association Members）和许可证持有者（Licensees）的支持，从而通过集中各种资源，实现共享利益。,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,IHTSDO 的组织结构,SNOMED CT：背景 历史 目的,会员大会,协调委员会,管理委员会,会

23、员论坛,内容委员会,若干工作组,技术委员会,若干工作组,研究与创新 委员会,研究团队,质量保证 委员会,若干工作组,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,IHTSDO 的企业模型：组织结构关系,SNOMED CT：背景 历史 目的,地方/国家级 的卫生实体: 组织/机构/团体,成员国可获得和使用国际版 国家之间开展合作 原则： 公平 公正 透明/公开,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,SNOMED Clinical Terms 概述,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,何谓 SNOMED CT ？,全称： Systema

24、tized Nomenclature of Medicine -Clinical Terms 医学术语系统命名法临床术语 SNOMED CT SCT 描述： 是临床术语学的一项重要成果 是一部临床术语集（ clinical terminology ） 目前公认是世界范围内最为全面的多语种医疗保健术语集 主要目的： 对卫生信息之中所用种种含义的编码表达,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,SNOMED CT,作为标准化术语集，SNOMED CT将为电子健康档案及其他应用（应用程序）的建立和发展奠定语义方面的基础。,SNOMED CT：背景 历史

25、目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,什么是临床术语集,术语集 (一般含义)： 结构化的一套术语 或者说，结构化的术语集合 临床术语集 SNOMED CT 是一部术语集 由卫生及医疗保健领域之中所使用的术语构成 术语配有概念代码，且每条代码可有多条术语 按照含义的逻辑表达方法而实现了结构化,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,采用有向无环图组织概念代码,在 DAG 之中，每个节点代表一条代码 每个箭头代表一条关系 不存在环路 一条代码可以拥有不止一个外向型箭头 如果只有一个，就会得到一棵树状结构 不过，在计算机科学当中： 树状结

26、构正好倒过来 更像是树根,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,SNOMED CT 的历史渊源,SNOMED CT乃是联袂的成果 英国的第三版临床术语（Clinical Terms Version 3，CTV3，又称为Read Codes） 美国的医学术语系统命名法参考术语集（Systematized Nomenclature of Medicine - Reference Terms，SNOMED RT） 真正的联袂 SCT 之中收录了 SNOMED RT 和 CTV3 的全部代码,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院

27、 核医学科/PET中心,SNOMED CT 的历史渊源,美国病理学家协会（College of American Pathologists，CAP） SNOMED 2 (1979) *全球病理学信息系统之中采用最为广泛的版本 SNOMED 3 International(1993) SNOMED RT Reference Terminology(2000) 英国国家卫生服务部（National Health Service，NHS） Read Codes 4-byte(1984) Read Codes 2 5-byte(1988) *目前仍是英国GP信息系统之中采用最为广泛的代码 Clinic

28、al Terms Version 3 CTV3(Read Codes) (1999),SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,SNOMED CT 的构成要素,构成要素（Components） 核心构成要素 概念代码 描述 (术语) 关系 其他构成要素 参考集 (RefSets)、参考集成员 交叉映射集、交叉映射、交叉映射靶向,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,概念代码,每种含义一条代码，每条代码一种含义 若干位的数字串，位数为618 (8或9位最常见) 22298006 指的是 “心肌梗塞” 39

29、9211009 指的是 “心肌梗塞既往史” 富有实际意义，但代码本身之中并未内置任何含义 概念 代码 实际事物 概念存在于人们的头脑之中 代码位于术语集之中 代码指称的是现实世界当中的实际事物,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,术语与描述,术语字符串是指由一串可读字符构成的序列 比如， “immunosuppression” “描述”是指附属于某一概念的术语 如下两条“描述”互不相同，但却具有相同的术语字符串： Immunosuppressionimmunosuppressive therapy (procedure) Description

30、 ID = 507152014 Immunosuppressionimmunosuppression(finding) Description ID = 63394015,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,关系,分为几种类型： 定义型：就相应概念而言，必然正确 Necessarily true 限定成分：可用来特化相应的概念 Specialization 历史型：为退役概念提供指向现行概念的指针 退役概念现行概念 附加型：用于配置非定义型信息,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,SNOMED

31、CT,目前，SNOMED CT采用了基于描述逻辑的形式化语言来定义和描述形形色色的医学概念；截至目前，其中收录了310,000多个唯一性概念（独特概念）及其之间的130多万条链接或关系； 这些概念及关系则可以确保，能够在整个卫生体系范围内对卫生信息加以协调一致、准确无误而又安全可靠的采集和保存。,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,大小规模,283,000 条现行概念代码 732,000 条现行术语(描述) 923,000 条现行的定义型关系 如果阅读每条描述花费 1 分钟，每周工作 40 小时 (2400 分钟/周), 那么，读完全部现行描述将会花费 305 周 (6 年) 时间

32、 规模乃是编制、使用和维护工作中的一个主要问题,SNOMED CT：背景 历史 目的,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,IHTSDO与SNOMED CT,有关IHTSDO与SNOMED CT的详情，可参见其网站： /,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,LOINC 与 SNOMED 的联合运用,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,究竟何处适合使用LOINC 和 SNOMED ？,LOINC 代表的是问题： 我的标本之中是否有任何的肉毒杆菌毒素呢？ (33708-9) 标本之中鉴定出了哪些生物？ (634-6) SNOMED 代表的是答案： 阴性：Negative (SCTID 260385009) 大肠埃希氏菌：E. coli O157:H7 (SCTID 103429008),别忘了：,张林 白求恩国际和平医院 核医学科/PET中心,究竟何处适合使用LOINC 和 SNOMED ？,在HL7消息之中，LOINC可能用在： OBR-4 （通用服务标识符）之中 OBX-3 （观察指标标识符）之中 SNOMED 则可能用在： OBX-5（需要名义型取值的地方）之中 HL7消息之中，几乎任何需