微生物分类与鉴定

1、第9章据估计，微生物的分类、鉴定和地球上的物种约有150万种，其中微生物超过10万种，数量继续增长。根据生物分类的两个茄子基本原则：a)表型特征的相似性进行分类。牙齿表型分类只注重应用，不旨在反映生物进化或生物亲缘关系。B)根据生物界发育相关性水平分类。目标是探索各种生物之间的进化关系，建立反映生物界发育的分类系统。进化论诞生以来已被生物学家普遍接受的分类原则，生物系统学(systematics)，章节内容，第一节通用分类单位系统分类单位，物种概念，学名，亚种第二节微生物的生物系统分类论，第五节通用分类单位，分类是客观的我们必须认识、研究和利用各种微生物资源，并将它们分类。分类学根据三个茄子相

2、互依存和区别的组成部分：情感、分类、命名、命名：命名规定，给每个分类群赋予唯一的名称。情感(identification或determination):通过现有微生物分类系统、特征测量确定未知或新发现或未明确分类的微生物应属于分类群的过程。分类：说明各分类群的特点，以便根据特定原则对微生物进行分类，按照相似性或相关性级别排列系统，检查和确认未分类的微生物。一个、分类单位及其等级、“边界”(Kingdom) (Regnum)、“门”(Phylum) (Phylum)、“类”(classis)、“目的”(Carl Woese)理论)，常用细菌分类学术语：1)培养物(culture):一定时间内微生

3、物的细胞群或生长物。微生物的倾斜培养物，奶昔烧瓶培养物等。2)菌株(strain):任何从自然界分离出来的微生物的纯培养物都可以称为微生物的菌株。实验方法(例如，通过诱发突变获得的某一菌株的变异型也可以称为新菌株，可以与原菌株区别开来)。芽孢杆菌asi.398，芽孢杆菌BF 7658，蛋白酶生产，淀粉酶生产，3)型(form或type):常指亚种以下的细分。同种或亚种不同菌株之间的性状差异不能分为新亚种时，可以细分为不同类型。例如抗原特征的差异徐璐分为不同的血清素。对噬菌体分解反应的差异分为不同的食物平衡等4种(species)。物种，生物分类的基本分类单位，高等生物中的“生殖隔离”，被认为是

4、区别物种的标准、微生物的种类，菌株和种类的区别：菌株之间没有鉴别特征的区别，不同种类的菌株不需要分类学依据，不同种类的细菌之间有鉴别特征的区别，命名或鉴定必须有分类学依据。，2 .微生物的命名，双名法，由两个拉丁字母、希腊字母或拉丁语组成的其他字母组成，通常用斜体()表示，通常用拉丁语名词表示，首字母大写()后面用拉丁语形容词表示，如果分离的菌株仅被确认和确认，则全部用小写来表示细菌分类单位的区分、亚速和指定模式种类；以上分类单位指定模式中(type genus)；模型菌株应送到菌种保存机构，以便准备考试和索赔。第2节微生物的生物界地位，第1节，利用生物的阶级分类论，16SrRNA，分子进化树

5、的美国科学家Carl Woese，2，3力学说及其发展，第3，rRNA，系统发育树，1。rRNA的顺序和进化，微生物培养，2 .通过特性序列或序列段宜恩、r RNA完整序列资料分析和比较(特别是使用电脑)在不同人口级别发现的特定特性，然后出现在核苷酸序列或特定序列站点的单个基本打印输出。要素序列有助于快速识别特定微生物的分类归属或设置新的分类单位。3 .系统发育树(phylogenetic tree)的特点是通过比较生物大分子序列差异的数值构成的系统树称为分子系统树，将各种(类)生物之间的亲缘关系归纳为树茄子图形。16 S r RNA系统发育数，1)生命的第三种形态古生菌、动物界和植物界、原核

6、生物、真核生物(20世纪60年代)、古细菌(欧洲细菌)；Bacteria Archaea(古生物学)Eukarya(真核生物)，(1990，Carl Woese)，原核生物，Kingdom(边界)，域，C)为探讨生命起源和远视生命的发育过程提供了线索和理论依据。D)细菌分类仅通过形态和生理生化特性的限制，建立了新的分类理论。E)对微生物生物多样性和微生物生态学研究的新研究理论和研究方法进行了直接研究，特别是不经过培养的生态环境中的微生物。不能培养的微生物(uncultured microorganisms)，在环境中直接分离和复制rRNA，分析其序列及其在分子进化树中的位置等，正在发现的微生物

7、是还不能在人工条件下培养的微生物。不能培养的微生物和生物多样性，3) 3(系)域生物的主要特征，3系理论根据16SrRNA序列的比较提出，但其他特征的比较研究结果也在一定程度上支持3系生物的区分。随着越来越多的微生物的全基因组序列的测量，人们发现生物在进化中有非常广泛的基因转移现象，很多科学家认为，通过比较16SrRNA的序列，无法确定生物之间的亲缘关系。此外，还需要利用各种信息改善牙齿进化树。(约翰f肯尼迪，美国电视电视剧)卡尔沃斯的rRNA进化树是完美的吗？新的研究表明，我们体内的每个细胞都有大约40个细菌基因，这给从细菌到人类宿主的所谓“横向迁移”牙齿进化生物学带来了大问题。，2001年

8、五月18日美国科学周刊292卷5520号，人类基因组中细菌基因？第3节各主要微生物的分类系统概述，第2节，真菌(细菌)分类系统简介，第1节，原核微生物分类系统，第1节，原核微生物分类系统，(1)伯杰氏鉴定细菌学手册，1923年以后出现在第九板块(1994年)。第九板块伯杰氏细菌鉴定手册建立了35个军，将古细菌部改编为5个军，全书描述了约500个种。分为四个茄子类别：第一个细胞壁的革兰氏阴性真细菌第二个细胞壁的革兰氏阳性细菌第三个细胞壁的真细菌第四个古细菌，伯氏细菌鉴定手册，(2)第二版的伯氏系统细菌学手册牙齿板包含核糖体RNA测序引起的虚发分类系统研究。分为蜂鸣器系统细菌学手册2板块，古细菌和

9、真细菌2个系统，包括18门，27河，73目，186科，870多种和4900多种。，启：古菌(Archaeota)部分1:热变形菌、硫化叶菌、压制菌(Thermoprotei，Sulfolobi，Barophiles，21属36种)部分2:生产10属21种)第10部分：产菌黄(Chrysiongenes，1属)系：真细菌(Bacteria)第12部分：热杆菌(Thermomicrobia，1属2种)第13部分1371种)第24部分：真菌和衣原体(Planctomycetes和Chlamydia，20属130种)；边界：真细菌(Bacteria)第28部分：黄杆菌(Flavobacteria) 生

10、物分类的传统指标，1，形态特征，培养特征，运动性，特殊细胞结构，细胞形态和染色特征等微生物分类和识别的重要依据之一：a)观察和比较，特别是真核微生物和具有特殊形态结构的细菌；B)许多形态学特征依赖多基因的表达，具有相对稳定性。第二，生理生化特性、微生物酶和调节蛋白的性质和活性及其直接相关；代谢制品等，营养类型；与氧气的关系；对温度的适应性；对pH的适应性，对渗透压力的适应性；酶和蛋白质都是基因产物。对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较。测量生理生化特征比直接分析基因组容易得多。1，API细菌数值鉴定系统2，Enterotube系统3，Biolog全自动或人工细菌鉴定系统，微型，简单，快速或自动鉴定技术，1，API细菌数值鉴定系统，菌种，基本培养基(液体)，细菌显液法国生物学有大约1000种生化反应，可鉴定的细菌大于550种。目前，中国各级疾病预防控制机构在细菌学检查中应用了较多的牙齿技术，2、Enterotube系统、不同的培养基上徐璐划分不同的小槽，进行同时接种、培养后检查、检查、鉴定等。3，Biolog全自动或人工细菌鉴定系统，在96孔的细菌培养板上检测微生物对发酵性碳源利用的分类评价。自动化，快速，鉴定细菌有1140多种，酵母菌267种，