生物信息学导论课件

1、生物信息学引论 钟 扬 (复旦大学 / 西藏大学) ,课程内容,1. 分子生物学数据库 2. BLAST 工具 3. EST拼接和电子克隆 4. 序列对位排列 5. 分子进化基础 6. 分子系统发育分析方法 7. 进化分析及其应用 8. 基因组分析 9. 工作流 (KDE) 及其应用 10. 基因表达数据处理,什么是生物信息学？,80年代末随着人类基因组计划启动而兴起的一门新兴交叉学科 生命科学中的信息科学 基因组相关信息的快速增长 (方法与技术需求) 新药开发等 (企业需求) 生物信息学 (Bioinformatics) 与计算生物学 (Computational Biology),Lusc

2、ombe, N. M. et al., 2001. What is bioinformatics? Methods of Information in Medicine 40: 346-358.,数据挖掘 (Data Mining),关联 Associating 分类 Classifying 建模与模拟 Modelling Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Rodentia; Sciurognathi; Muridae; Murinae; Mus. REFERENCE 1 (ba

3、ses 1 to 5538) AUTHORS Sharan,S.K., Wims,M. and Bradley,A. TITLE Murine Brca1: sequence and significance for human missense mutations JOURNAL Hum. Mol. Genet. 4 (12), 2275-2278 (1995) MEDLINE 96177660 PUBMED 8634698,SWISS-PROT格式,用于SWISS-PROT 数据库 包括注释信息 例:,ID BRC1_MOUSE STANDARD; PRT; 1812 AA. AC P48

4、754; Q60957; Q60983; DT 01-FEB-1996 (Rel. 33, Created) DT 01-NOV-1997 (Rel. 35, Last sequence update) DT 16-OCT-2001 (Rel. 40, Last annotation update) DE Breast cancer type 1 susceptibility protein homolog. GN BRCA1. OS Mus musculus (Mouse). OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Eut

5、eleostomi; OC Mammalia; Eutheria; Rodentia; Sciurognathi; Muridae; Murinae; Mus. OX NCBI_TaxID=10090; RN 1 RP SEQUENCE FROM N.A. RC STRAIN=C57BL/6; TISSUE=Embryo; RX MEDLINE=96177659; PubMed=8634697; RA Abel K.J., Xy J., Yin G.Y., Lyons R.H., Meisler M.H., Weber B.L.; RT Mouse Brca1: localization se

6、quence analysis and identification of RT evolutionarily conserved domains.; RL Hum. Mol. Genet. 4:2265-2273(1995). ,XML格式,eXtensible Markup Language 类似HTML 国际标准 半结构化 例:, MMU35641 5538 0 5 1 ROD 18-OCT-1996 25-OCT-1995 Mus musculus Brca1 mRNA, complete cds U35641 U35641.1,ASN.1格式,国际标准 半结构化格式 用于NCBI 数

7、据 例:,Seq-entry := set level 1 , class nuc-prot , descr title Mus musculus Brca1 mRNA, and translated products , source org taxname Mus musculus , db db taxon , tag id 10090 , orgname name binomial genus Mus , species musculus , ,ASN.1,FASTA,Graphical,GenPept,GenBank,MMDB,UniProt,EMBL,XML,BIND,数据格式间的

8、关系,格式转换,通常一种工具采用一种格式, 可用 (在线) 软件进行格式转换 ReadSeq /seq-util/Options/readseq.html SEQIO /gusfield/seqio.html,数据下载,查询并选择数据库数据 从网页直接下载数据 用脚本下载数据 Perl / BioPerl 用FTP批量下载数据 如 在一个项目中同时采用上述多种方法,ATTGACTA,TTGACA,CGTGA,ATTGACTA,TATAGCCG,ACGTGC,ACGTGC,ACGTGC,TTGACA,TTGACA,TTGACA,CGTGA,CGTGA,CGTGA,ATTGACTA,ATTGACTA,ATTGACTA,ATTGACTA,TATAGCCG,TATAGCCG,TATAGCCG,TATAGCCG,Database,TATAGCCG,TATAGCCG,TATAGCCG,TATAGCCG,AT,GA,C,ATT,GA,GA,ATT,ATT,C,C,GA,G