蛋白质二级结构预测.ppt

1、第3章 蛋白质序列分析,3.1 蛋白质一级结构分析 3.2 蛋白质结构特性分析 3.3 蛋白质功能特性分析 3.4 蛋白质二级结构预测 3.5 蛋白质三级结构预测,3.4 蛋白质二级结构预测,164,预测目的：看一看所提交的蛋白质序列在哪里会形成-螺旋和-折叠？ 现阶段：准确率不高。,3.4.1 SOPMA,网址：http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html,2) Click here.,1) Paste your sequence here.,Example 3-23,对下面的蛋白质序列做二级结构预测

2、分析 MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ,Result of SOPMA (1/2),Result of SOPMA (2/2),3.4.2 PredictProtein (1/6),166,网址：/,Click here,PredictProte

3、in (2/6), 88797059 88797059,Shengwu Jishu,Then click here,PredictProtein (3/6),Click here,PredictProtein (4/6), 88797059,Then click here,PredictProtein (5/6),Click here,PredictProtein (6/6),Study 1,Then click here.,Paste your sequence here.,Example 3-24,165,对下面的序列进行二级结构预测分析。 MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAK

4、KDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ,Wait . . . (about 5 minutes),Click here,To receive your email,将该网址复制后粘贴到网页浏览器中打开,预测结果目录,图3.87 对序列进行PROSITE搜索,蛋白激酶C磷酸化位点 S/T-R/K,酪蛋白激酶II磷酸化位点 S/T-D/E,酪氨酸激酶磷酸化位

5、点,十四烷酰化位点,图3.88 SEG搜索的低复杂度序列,是指编码这些氨基酸的DNA序列为低复杂度序列,图3.89 ProDom搜索结果,PSI-BLAST搜索结果,图3.90 以MSF格式显示比对 (1/2),图3.90 以MSF格式显示比对 (2/2),图3.91 PROF预测结果（普通）,AA: 氨基酸 OBS_sec: 二级结构的观测值 PROF_sec: 预测的二级结构 Rel_sec: 预测二级结构的可信度 SUB_sec: 预测的二级结构的集合 H: 螺旋 E: 折叠 L: 随机卷曲 O_3_acc: 相对亲水表面的观测值P_3_acc: 预测的相对亲水表面 (b = 0 9%, i = 9% 36%, e = 36% 100%) Rel_acc: 预测亲水表面的可信度 SUB_sec: 预测的亲水表面的集合,PROF预测结果（详细）,图3.92 球蛋白预测,Practice,把刚才课堂上讲的内容练习一遍。,Summary,SOPMA PredictProtein,SOPMA,网址：http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html,2) Click here.,1