医学文献检索课件：PubMed

1、美国医学文献数据库 PubMed,了解 PubMed,检索方法,检索结果的解读与处理,主要内容,Part 1,Part 2,Part 3,同类推荐,Part 4,Part 1,了解PubMed,PubMed溯源,/pubmed NIH 美国国立卫生研究院 NLM 美国国立医学图书馆 NCBI 美国国立生物技术信息中心,PubMed(Medline)由美国国立医学图书馆（NLM）、国际MEDLARS成员（中国为第16个成员国）及合作的专业组织共同研制开发，是目前国际上公认的检索生物医学文献最具权威、利用率最高、影响最广的数据库，也是我国卫生部认

2、定的科技查新必须检索的国外医学数据库。,Part 1,了解PubMed,PubMed收录学科,主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献。 包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学，基础研究和临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。 2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。,Part 1,了解PubMed,PubMed收录范围,PubMed界面提供与综合分子生物学数据库的链接，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据，3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线，也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接等；

3、PubMed医学文献检索服务系统，其数据主要来源有：MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied by publisher等。 数据类型：期刊论文、综述、以及与其它数据库链接。,Part 1,了解PubMed,Medline,收录1946年至今出版的80多个国家39个语种的5600多种生物医学期刊的文摘及题录数据，总数达1944多万条。每条记录都进行主题词、特征词等规范化标引，记录末尾标有 PubMed-indexed for MEDLINE,Part 1,了解PubMed,In-process citations,临时存放尚未标引M

4、eSH主题词、文献类型的最新数据，待数据完成标引后再转入MEDLINE，记录末尾标有 PubMed-in Process,Part 1,了解PubMed,Publisher supplied citation,出版商提供的未被MEDLINE收录的非生物医学专业的文献，记录末尾标有 PubMed - as supplied by publisher,Part 1,了解PubMed,OLDMEDLINE,存放1965年以前出版的、未进行标引的数据，这些记录中没有MeSH字段和摘要字段，末尾标有 PubMed-OLDMEDLINE,Part 1,了解PubMed,NOTEDLINE,NIH资助的研究

5、人员的手稿、向PubMedCentral提交全文的生命科学期刊论文、及接受NLM评审的文献，这些记录均不被MEDLINE收录，末尾标注为 PubMed,Part 1,了解PubMed,注意,许多出版商通过电子期刊平台发布最新的文献信息，这些先于印刷版期刊发表的电子期刊文献加标 Epub ahead of print,Part 2,检索方法,主界面,常用检索途径,检索方法,Part 2,检索方法,主界面,检索区,PubMed 功能服务区,NCBI 功能服务区,数据库选择,检索输入框,Part 2,检索方法,常用检索途径,Part 2,检索方法,检索方法,基本检索 (search),期刊检索 (J

6、ournals Database),其他检索功能,高级检索(Advanced search),主题检索 (MeSH Database),Part 2,检索方法,检索方法,基本检索 (search)：主界面默认的检索方法 自动词语匹配 （Automatic Terms Mapping） 精确检索 截词检索 字段限定检索 著者检索 期刊检索 逻辑组配检索,Part 2,检索方法,基本检索-自动语言匹配,对输入的有实际意义的检索词、短语，系统会自动进行词语的匹配转换，并返回检索结果。 匹配原理 输入的检索词、短语依次在多个词表（MeSH转换表、刊名转换表、著者转换表、著者索引表、合作者转换表及合作者

7、索引表）中进行搜索、比对，并自动转换为相应的MeSH词、刊名或著者，再将短语、构成短语的单词分别在所有字段中检索，输出检索结果。,Part 2,检索方法,基本检索-自动词语匹配,检索词,MeSH转换表(主题词、副主题词),刊名转换表(全称、缩写、ISSN),著者转换表(著者全名),著者索引表(著者缩写),合作者转换表(合作者全名),合作者索引表(合作者缩写),转换为相应的MeSH词、刊名或著者，再将检索词在所有字段中检索，输出检索结果。,Part 2,检索方法,基本检索-精确检索,精确检索亦称强制检索。 在短语上加双引号“ ” ，避免自动词语匹配时将短语拆分造成的误检，系统会将该短语作为一个整

8、体在所有字段中进行检索。 精确检索时PubMed会关闭自动词语匹配功能。,Part 2,检索方法,精确检索与自动词语匹配,自动词语匹配的结果,实际执行的检索式,精确检索结果,实际执行的检索式,Part 2,检索方法,基本检索-截词检索,使用无限通配符“*”，可实现截词检索。 PubMed会关闭自动词语匹配功能，在所有字段中执行检索。 各检索词间为逻辑OR关系。,Part 2,检索方法,基本检索-字段限定检索,在检索词后输入检索字段标识可进行字段限定，以提高查准率。 输入格式为：检索词字段标识。如检索标题中含Diabetes（糖尿病）的论文，可输入Diabetes TI；要检索综述文献可输入Re

9、viewPT。 字段限定检索时，系统关闭自动词语匹配功能，只在限定的字段检索输入的检索词。,Part 2,检索方法,基本检索-著者检索,在检索框中输入著者姓名时，通过“自动词语匹配”，系统会自动执行著者检索。 使用著者字段进行限定检索可实现特殊的检索要求。如检索某著者作为第一作者或排名最后的作者发表的论文时，即可用字段限定检索来实现。,检索2002年前的论文时要求姓前名后，姓用全称，名用首字母缩写。 2002年以后的论文还可用姓和名的全称检索，且前后顺序不限。,输入Huang w1AU，可检索出Huang w作为第一作者发表的文献； 输入Huang wLASTAU，可检索出Huang w作为排

10、名最后的作者发表的文献。,Part 2,检索方法,基本检索-期刊检索,在检索框中输入刊名全称、标准的MEDLINE刊名缩写或期刊的ISSN时，通过“自动词语匹配”，系统会自动检索出该刊被PubMed收录的文献。 当刊名与MeSH词相同时，如Blood、Cell、Cancer等，采用刊名字段限定检索，可避免自动词语匹配造成的误检。如输入BloodTA，即可检索出期刊Blood被PubMed收录的所有文献。,Part 2,检索方法,基本检索-逻辑组配检索,基本检索界面支持布尔逻辑运算组配检索，运算符为AND、OR、NOT，大写。 同时输入多个检索词，系统默认检索词之间是逻辑AND关系。 当检索式中

11、存在多种逻辑关系时，先运算AND，再按从左到右的顺序运算，加括号可改变运算的优先顺序。如：输入逻辑检索式cancer and liver or lung or stomach和输入lung or stomach or liver and cancer的检索结果相同。,Part 2,检索方法,高级检索,检索构建器,检索历史,选择其他检索方式,Part 2,检索方法,高级检索-检索构造器,点击Edit可在文本框内编辑检索式,选择逻辑运算符 点击Search执行检索 点击Add to history，在下方的检索历史中显示结果数量,选择检索选项 输入检索词 通过索引表正确选词,检索构建步骤：,1,d

12、iabitis,3,4,5,6,Part 2,检索方法,高级检索-检索历史,可查看检索历史，还可对检索式进行逻辑组配检索。该界面可保存100条检索式，最多可保留8个小时。从左到右依次显示检索式序号、添加键、检索式、检索结果数量及检索时间。点击结果数量，可浏览检索结果。点击序号可对该检索式进行逻辑组配检索。,Part 2,检索方法,主题检索,输入检索词，点击search，查找该检索词对应的主题词,acupuncture,Part 2,检索方法,主题检索-主题词列表,主题词列表按相关度排序，根据注释信息确定主题词，点击主题词,主题词,主题词注释,主题词收录时间,Part 2,检索方法,主题检索-检

13、索界面,可组配的副主题词列表,限定为主要主题词,不进行扩展检索,款目词,历史标引,相关参见,树状结构,Part 2,检索方法,主题检索-检索界面,点击此键，将检索式添加到检索构建器,勾选要组配的副主题词,点击“search pubmed”执行主题词检索,Part 2,检索方法,主题检索-优点,采用主题词检索能保证较好的查全率 采用主题词检索能保证较好的查准率,主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范。 系统默认对主题词进行扩展检索（Explode），即同时检索该 主题词的下位主题词。,可与专指的副主题词组配，限定检索主题词某方面的文献。 可将主题词限定为主要主题词（MAJR），从而使检索结果更

14、准确。,Part 2,检索方法,主题检索-注意事项,单独采用主题词检索可能会造成漏检，实际检索时应结合其他检索方法。PubMed系统中只有MEDLINE数据库中的记录进行了主题词标引，所以主题词检索只对MEDLINE中的记录有效，而PubMed中其他来源的记录不支持主题词检索。 主题词检索时需注意主题词的收录时间。如上例中 “stroke”是2000年收录为主题词的，故检索结果均是2000年以后发表的文献，检索2000年之前的文献要结合其他主题词或结合基本检索。,Part 2,检索方法,期刊检索,可输入主题、刊名全称或缩写、ISSN,Part 2,检索方法,其他检索功能,单篇引文匹配器(Sin

15、gle Citation Matcher) 可通过输入已知的作者、期刊名称(全称或标准缩写)、出版年月日、卷、期、起始页码或篇名中的任意词准确查找到所需的单篇文献。 批量引文匹配器(Batch Citation Matcher) 按指定格式将需要查找的记录信息输入到下方的文本框中，检索结果可通过邮件发送或直接保存到文件中。 临床试验(Clinical Trials) 点击Clinical Trials进入Clinical T页面，可检索来自全球178个国家的12万个实验信息。 临床查询(Clinical Queries) 专为医生设计的检索服务，输入疾病名称后，可选择查询临床

16、研究分类（Clinical Study Categories）、系统评价（Systematic Reviews）和医学遗传学（Medical Genetics）三大类文献，仍可再细分。 特定专题查询(Topic-Special Queries) 整合了 PubMed提供的其他专题检索功能，包括对临床医生和健康服务人员查询、对不同学科子集及不同的期刊子集的查询。,Part 3,检索结果的解读与处理,检索结果显示 检索结果输出,显示格式 排序方式 筛选与提炼,Part 3,检索结果的解读与处理,选择显示格式、每页显示记录数和排序方式,更改设置后点击“Apply”,其他栏目信息,结果显示,Part

17、3,检索结果的解读与处理,显示格式,Summary 系统默认的显示格式 Summary（text） Summary格式的纯文本形式显示。 Abstract Summary格式所有信息，加上著者单位、摘要、出版类型、MeSH主题词、化学物质等信息。以Abstracts格式显示可获得更多的全文链接。 Abstract (text) Abstract格式的纯文本形式显示。 MEDLINE 显示记录中的全部字段信息，是显示字段最全的格式。 XML 显示XML格式的信息，方便在Web上进行转换和描述。 PMID List 显示每条记录的PMID号，是显示字段最少的显示格式。,Part 3,检索结果的解读

18、与处理,排序方式,最近新增（Recently Added）,第一著者（FirstAuthor）,排名最后的著者（LastAuthor）,刊名(Journal),篇名(Title),出版时间（Pub Date）,相关度(Relevance),Part 3,检索结果的解读与处理,筛选-过滤器,过滤检索结果,按摘要或全文过滤文献,按出版时间过滤文献,按研究对象物种过滤文献,按文献类型过滤,按原始文献语种过滤,Part 3,检索结果的解读与处理,筛选-过滤器,选择其他过滤器,选择其他过滤器,研究对象性别,研究主题,期刊类别,研究对象年龄,检索字段,Part 3,检索结果的解读与处理,筛选-过滤器,过滤发表在核心期刊上的可获取免费全文的综述文献,设置过滤器后，对以后的每一步检索都起作用,清除过滤器,Part 3,检