生物化学-蛋白质结构

第二章 蛋白质化学生物化学之上海理工大学医疗器械与食品学院 肽是氨基酸的线性聚合物，也常称肽链； 蛋白质是由一条或多条多肽链以特殊方式结合而成的生物大分子。 蛋白质与多肽并无严格的界线，通常是将相对分子质量为 6000以上的多肽称为蛋白质。 蛋白质相对分子质量变化范围很大 , 人为规定从大约 6000到 1000000甚至更大。第二节 蛋白质的结构一、基本问题 -肽 一个氨基酸的氨基与另一个氨基酸的羧基之间失水形成的酰胺键称为肽键，所形成的化合物称为肽。 由两个氨基酸组成的肽称为二肽，由多个氨基酸组成的肽则称为多肽。组成多肽的氨基酸单元称为氨基酸残基。1.多肽 多肽链中氨基酸残基按一定的顺序排列，这种排列顺序称为 氨基酸序列 。 通常在多肽链一端含有一个游离 -氨基，称为氨基端或 N-端；在另一端含有一个游离 -羧基，称为羧基端或 C-端。氨基酸序列是从 N-端氨基酸残基开始，以 C-端氨基酸残基为终点的排列顺序。如五肽可表示为：Ser-Val-Tyr-Asp-Gln2、肽单位肽键与相邻的两个 碳原子所组成的基团，称为肽单位或肽平面（ peptide unit）肽平面 肽平面肽单位的特性（ 1）氮原子上的孤对电子与羰基具有明显的共轭作用。肽键中的 C-N键具有部分双键性质，不能自由旋转。（ 2）肽单位的六个原子同处于一个平面(3)肽平面内两个 C一般 处 于反式构型空间位阻效应，反式构型比顺式稳定蛋白质的一级结构是指由不同种类、数量的氨基酸，通过肽键而构成的排列顺序。一、蛋白质的一级结构 肽链的氨基酸顺序； 组成蛋白质的多肽链数目； 多肽链内或链间二硫键的数目和位置。 其中最重要的是多肽链的氨基酸顺序，它是蛋白质生物功能的基础。包括： 二级结构是指多肽链的主链骨架中若干肽单位，各自沿一定的轴盘旋或折迭，并以氢键为主要的次级键而形成有规则的构象，如 螺旋、 折迭和 转角等。 它只涉及肽链主链的构象及链内或链间形成的氢键。 不涉及侧链部分的构象。 主要有 -螺旋、 -折叠、 -转角。二、蛋白质的二级结构1. -螺旋：（螺旋：（ helix) 左手和右手螺旋 (1)多个肽键平面通过 碳原子旋转，紧密盘曲成螺旋状，有左、右手螺旋之分，常见右手螺旋； (2)主链呈螺旋上升，每 3.6个氨基酸残基上升一圈，相当于 0.54nm； (3)每一个氨基酸残基中的 NH和前面相隔三个残基的 C O之间形成氢键，氢键的取向几乎与中心轴平行； (4)氨基酸侧链 R在螺旋外侧，其形状、大小及电荷影响 螺旋的形成。-螺旋的特点2、 -折叠-折叠的特点1） 由两条或多条几乎完全伸展的肽链平行排列而成；主链呈锯齿状折叠，相邻肽键平面间 呈 110角。2） -碳原子总处于折叠的角上， R基团处于折叠棱角上并与其垂直， 在锯齿的上方或下方。3）稳定力： 氢键。4）方向： 平行或反平行。3、 -转角的结构特征转角的结构特征多肽链 180回折部分所形成的一种二级结构 主链骨架本身以大约 180回折 ; 回折部分通常由四个氨基酸残基构成 ; 构象依靠第一残基的 -CO基与第四残基的 -NH基之间形成氢键来维系。 4)无规卷曲无规卷曲 (random coil) 没有确定规律性的部分肽链构象，肽链中肽键平面不规则排列，属于松散的无规卷曲。 超二级结构： 在多肽链内顺序上相互邻近的二级结构常常在空间折叠中靠近，彼此相互作用，形成规则的二级结构聚集体。已知有 3种基本形式： 、 、 。三三 、超二级结构和结构域、超二级结构和结构域 结构域 :在多肽链上由二级结构元件或超二级结构形成的相对独立的紧密球状实体，是三级结构的局部折叠区。较小的球状蛋白质或亚基是单结构域，而较大的球状蛋白质或亚基是多结构域。 结构域之间常形成裂隙，比较松散，往往是蛋白质优先被水解的部位。酶的活性中心往往位于两个结构域的界面上。 结构域之间由 “铰链区 ”相连，使分子构象有一定的柔性，通过结构域之间的相对运动，使蛋白质分子实现一定的生物功能。 在蛋白质分子内，结构域可作为结构单位进行相对独立的运动，水解出来后仍能维持稳定的结构，甚至保留某些生物活性。四、蛋白质的三级结构四、蛋白质的三级结构蛋白质的三级结构 (Tertiary Structure)是指在一条多肽链中所有原子或基团在三维空间的整体排布。是一条多肽链的完整的三维结构。五、蛋白质的四级结构五、蛋白质的四级结构指由多条各自具有一、二、三级结构的肽链通过非共价键连接起来的结构形式；在此蛋白质分子中，最小的单位为亚基或亚单位 Subunit， 它一般由一条肽链构成，无生理活性。由多个亚基聚集而成的蛋白质才具有生理活性。维持亚基之间的化学键主要是疏水力。血红蛋白血红蛋白 (hemoglobin)的四级结构的四级结构维持蛋白质结构稳定的因素 一级结构：肽键，二硫键 二级结构：氢键 三级结构：主要有氢键、疏水键、离子键和范德华力等 四级结构：疏水键a盐键（离子键 ） b氢键 c疏水相互作用力d 范德华力 e二硫键第三节 蛋白质的性质一、蛋白质的分子大小蛋白质的相对分子质量很大，一般在 6000到数百万。蛋白质相对分子质量的主要测定方法： 沉降速度法凝胶过滤法SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳法二、蛋白质的两性离解和等电点 具两性离解性质； 在不同的 pH环境下，蛋白质的电学性质不同。pHpI:带负电荷，在电场中向阳极移动。 利用蛋白质的电泳现象，可以将蛋白质进行分离纯化。 电泳技术目前主要有自由界面电泳、凝胶电泳、等电聚焦电泳、毛细管电泳等三、蛋白质的胶体性质