细胞色素c氨基酸序列分析课件

AccessionDescriptionLinks lcl|1gi|7298325|gb|AAF53553.1| cytochrome c distal Drosophila melanogaster lcl|2gi|11128019|ref|NP_061820.1| cytochrome c Homo sapiens智人 lcl|3gi|255683507|ref|NP_001157486.1| cytochrome c Equus caballus野马 lcl|4gi|114051487|ref|NP_001039526.1| cytochrome c Bos taurus牛 lcl|5gi|118405198|ref|NP_001072946.1| cytochrome c Gallus gallus原鸡 lcl|6gi|194018698|ref|NP_001123442.1| cytochrome c Sus scrofa野猪 lcl|7gi|308081835|ref|NP_001183974.1| cytochrome c Canis lupus familiaris家犬 lcl|8gi|115392119|ref|NP_001065289.1| cytochrome c Pan troglodytes黑猩猩 lcl|9 gi|203699|gb|AAA21711.1| cytochrome c Rattus norvegicus褐家鼠 lcl|10gi|197099570|ref|NP_001124639.1| cytochrome c Pongo abelii苏门 达腊猩猩 lcl|11gi|219521870|ref|NP_001137145.1| cytochrome c Taeniopygia guttata 斑胸草雀 lcl|12gi|50344790|ref|NP_001002068.1| cytochrome c Danio rerio斑马鱼 选取物种 氨基酸序列对比，同时标尺中表示出保守区，一般突变区和易突变区 得出结论： 从11个序列对比中我们可以看出： 1.哺乳类，鸟类，鱼类可能有一个共同祖先（从细胞色素c序 列大体得出），因为其细胞色素c序列大体相同。 2.突变氨基酸通常不是芳香氨基酸，只有一种芳香氨基酸突 变为另一种芳香氨基酸，其他突变均没有芳香氨基酸参与。 推测，这可能与芳香氨基酸特有的苯环有关，（1）苯环结 构较大，空间位阻较大，对蛋白质结构的影响较大苯环 3.序列的突变区较短，夹在保守区中间，通常仅有1-2个氨基 酸 4.突变氨基酸有的有很大区别，有从亲水氨基是突变为疏水 氨基酸的，还有的突变会造成电荷变化等 5.通过细胞色素c的突变个数及相似程度，可以得出一个进化 树： 蛋白质中氨基酸突变的数目很小，对其 总体形态和功能也影响很小，那为什么 能形成稳定的突变，即稳定性差异呢？ 通过SMART软件（http:/smart.embl- heidelberg.de/）进行分析，可发现这些 微小的改变对其结构域和跨膜区有一定 影响。 下面举智人和斑马鱼作对比： 智人 斑马鱼 由图可得，智人和斑马鱼在其对应结构中的 连接方式有明显不同，而细胞色素c的氨基酸 序列的稳定性改变过程中，这正有可能是突 变的选择因素之一。 总结： 1.细胞色素c的保守区通常由结构和功能决定 （1）空间位阻较大的芳香氨基酸和空间位阻最小 的甘氨酸对结构影响最大，所以一般不会发生改 变（芳香氨基酸之间的除外） （2）对细胞色素c的功能起决定性作用的氨基酸 序列往往不发生改变，因为有氧呼吸生物体内的 细胞色素c都是起同样作用 2.细胞色素c的突变区往往和其结构