并行计算实验环境搭建指南.doc

并行计算实验环境搭建指南一、资源列表本系列实验所需软件和参考资料均可从课程网站下载：/orgs/hpclab/course/graduate2011/1. 集成开发环境 CodeBlock 10.05(含mingw版)2. PThread for Win32 2.8.03. Mpich.nt.1.2.34. Hadoop 0.20.25. SSH客户端二、CodeBlock安装配置配置编译器1. 位置：menu-settings-Complier and Debugger2. 在设置面板中Selected Compiler选项中选GNU GCC Compiler三、PThread配置1. 双击执行pthreads-w32-2-8-0-release.exe2. 解压到指定目录，假定为 $PTHREAD_INSTALL，3. 在CodeBlock中新建Console Application类型的工程4. 设置编译选项，menu-project-build options （参见图1）4.1 再次确认编译器为GNU GCC4.2 选中面板Search Directories4.3 在Complier的搜索路径中加上$PTHREAD_INSTALLPre_built.2include4.4 在Linker的搜索路径中加上$PTHREAD_INSTALLPre_built.2lib5. 设置链接选项，menu-project-build options5.1 选中面板Linker settings5.2 在链接库的路径中加上$PTHREAD_INSTALLPre_built.2 liblibpthreadGC2.a6. 编译示例程序7. 运行示例程序，在cmd窗口中直接执行编译后生成的exe文件(如果提示找不到链接库，可将pthreadGC2.dll拷贝到可执行文件的目录下)图1. PThread配置例四、OpenMP配置1. 在CodeBlock中新建Console Application类型的工程2. 设置编译参数，menu-project-build options，在Compiler Setting里的Other Options中粘贴-fopenmp（参见图2）3. 设置链接参数，在Link Setting里的Other Options中粘贴-lgomp lpthread（参见图3）4. 编译示例程序5. 运行示例程序如果提示找不到链接库，可将pthreadGC2.dll拷贝到可执行文件的目录下；并在CodeBlock的安装目录下的mingw文件夹中找到libgomp-1.dll，拷贝到可执行文件的目录下图2. OpenMP编译参数配置例图3. OpenMP链接参数配置例五、MPI安装配置1. 双击执行mpich.nt.1.2.3.exe，安装时要选择全部组件，否则只能在本机上运行，假定安装目录为$MPI_INSTALL。图4. MPICH.NT 安装2. 在CodeBlock中新建Console Application类型的工程3. 设置编译参数，menu-project-build options，选中Search Directories3.1 在Complier的搜索路径中加上$MPI_INSTALL SDK.gccinclude3.2 在Linker的搜索路径中加上$MPI_INSTALLSDK.gcclib4. 设置链接参数，menu-project-build options，在Link Setting里的Other Options中粘贴-lmpich -lws2_32（参数设置方法参考OpenMP的配置）5. 编译示例程序6. 运行程序6.1 Dos命令行方法：6.1.1 在我的电脑上点右键，属性-高级-环境变量，编辑系统变量Path，添加$MPI_INSTALLmpdbin。(用分号隔开)6.1.2 在命令行下切换到编译后的可执行文件所在目录6.1.3 执行：mpirun np proc_num exe_filenameproc_num ：进程数， exe_filename ：可执行程序名6.1.4 输入用户名和密码（注：MPI不允许空密码）6.2 可视化方法（参看图5-6）：6.2.1 开始-所有程序-MPICH-mpd-MPIRun6.2.2 选择可执行程序，设置进程数，执行6.2.3 输入用户名和密码 图5-6. MPI程序的可视化运行六、MPI多机运行的配置1. 确保各个机器上均正确安装了MPI2. 确认各个机器的计算机名，确保没有重名。（计算机重命名：我的电脑上点右键，属性-计算机名，点击“更改”，输入新的计算机名，需要重新启动。）3. 为各个机器统一用户名和密码4. 临时关闭Window防火墙5. 用MPIConfig.exe查找并确认各个计算节点，（参见图7）5.1 开始-所有程序-MPICH-Remote Shell-MPI Configuration Tool5.2 确认参加计算的机器都能被找到图7. MPI Configuration Tool运行界面6. 将可执行文件复制到各个机器上。(为方便配置，可复制到同一路径名下，假设均复制到d:mpihello_mpi.exe)7. 编辑MPI运行配置文件，文件格式如下（更多格式细节参看MPI文档）#设置可执行文件的缺省位置exe d:mpihe