实验六蛋白质结构分析与预测.ppt

实验六 蛋白质结构分析与预测 杜娟dujuannx 基因与蛋白质组学数据分析 实验项目六 蛋白质结构分析与预测一 实验目的和要求 掌握蛋白质二级 三维结构预测服务器的使用和结果分析 掌握常用大分子空间结构显示软件的使用方法 2 3 实验内容1蛋白质二级结构预测 以人基质金属蛋白酶MMP14 Matrixmetalloproteinase 序列为例 介绍SOPMA的二级结构预测方法 人基质金属蛋白酶MMP14 Matrixmetalloproteinase MMP14 氨基酸序列的fasta形式可从NCBI的蛋白质数据库获得 gi 4826834 ref NP 004986 1 matrixmetalloproteinase14preproprotein Homosapiens 4 SOPMA二级结构预测方法 1 进入SOPMA主页 http npsa pbil ibcp fr cgi bin npsa automat pl page NPSA npsa sopma html 2 在 Pasteaproteinsequencebelow 下的空白处提交蛋白序列 原始序列 可以在参数中进行符合我们要求的设置 然后点击 SUBMIT 按钮进行分析 5 人民卫生出版社8年制及7年制临床医学等专业用 生物信息学 3 查看结果 主要含有alphahelix Hh 螺旋 Extendedstrand Ee 延伸链 Betaturn Tt 转角 Randomcoil Cc 无规卷曲 其中Hh有150个氨基酸 占25 77 Ee有110个氨基酸 占18 90 Tt有52个氨基酸 占8 93 Cc有270个氨基酸 占46 39 Hh Cc和Ee贯穿于整个氨基酸链 Tt主要分布在氨基酸链的第300个氨基酸之后 6 SOMPA预测结果 7 第一步 进入SWISS MODEL三级结构预测服务器主页 实验内容2以人MMP14序列为实例应用SWISS MODEL服务器自动模式 第二步 选择 StartModeling 粘入MMP14蛋白质序列 在这里可以填写E mail地址 将结果发送至电子邮箱 也可以在新的网页上直接展示 8 MSPAPRPPRCLLLPLLTLGTALASLGSAQSSSFSPEAWLQQYGYLPPGDLRTHTQRSPQSLSAAIAAMQKFYGLQVTGKADADTMKAMRRPRCGVPDKFGAEIKANVRRKRYAIQGLKWQHNEITFCIQNYTPKVGEYATYEAIRKAFRVWESATPLRFREVPYAYIREGHEKQADIMIFFAEGFHGDSTPFDGEGGFLAHAYFPGPNIGGDTHFDSAEPWTVRNEDLNGNDIFLVAVHELGHALGLEHSSDPSAIMAPFYQWMDTENFVLPDDDRRGIQQLYGGESGFPTK 粘贴protein txt中一条蛋白质序列 MMP 输入用户Email 选填 dujuannx 9 10 选择1slm作为模板 11 12 13 14 15 16 1 对于以下蛋白质序列 这是来自于什么物种的什么蛋白 用SOPMA方法预测这个蛋白的二级结构 将预测结果第一部分整理到实验报告里 第36位是什么氨基酸 处于什么二级结构 第186 192区间的氨基酸处于什么二级结构 2 用Swissmodel预测其三级结构 利用Pymol观察所得三级结构 写出所用的模版蛋白PDB代码 将二者双序列比对的结果整理到实验报告里 MGNTLLEALNVRVVGNGERVLVLAHGFGTDQSAWQRILPYFLPHFRIILYDLVCAGSVNPDYFDFRRYTTLDAFVDDLLNILDALGVDRCAYVGHSVSAMIGILASIRRPELFTKLVLIGASPRFLNDHDYHGGFEEGEIEKVFSAMEANYDAWVHGFAPLSVGADVPAAVREFSRTLFNMRPDITLFVSRTIFNSDLRGVLGLVKVPCCIIQTAKDVSVPTSVALYLKNHLGGRNTVEMLNVEGHLPHLSAPMLLAPVLRRALSR3 利用pymol观察并做出所得到三维结构的图 蛋白用cartoon显示 这个蛋白包含多少个螺旋和折叠 图片整理到实验报告中 将SOPMA的预测的结果和Swissmodel预测的结果进行对比 两者结论是否相同 作业 实验报告 到网络教学平台 基