宏基因组结题报告

1 / 16 宏基因组结题报告 创新助手报告 主题分析报告 创新助手平台提供 北京万方软件股份有限公司 2016-06-27 报告目录 报告核心要素 . I 一、主题简介 . 1 二 、 主 题 相 关 科 研 产 出 总 体 分析 . 1 文 献 总 体 产 出 统计 . 1 学 术 关 注 趋 势 分2 / 16 析 . 2 三 、 主 题 相 关 科 技 论 文 产 出 分析 . 2 中 文 期 刊 论文 . 2 近 十 年 中 文 期 刊 论 文 分 布 列表 . 2 中 文 期 刊 论 文 增 长 趋势 . 3 发 文 较 多 期刊 . 4 发 文 较 多 的 机构 . 4 发 文 较 多 的 人物 .3 / 16 . 6 核 心 期 刊 分 布 数 量 对比 . 6 最 近 相 关 中 文 期 刊 论文 . 9 被引较多的相关期刊论文 . 17 学 位 论文 . 26 近 十 年 学 位 论 文 年 代 分 布 列表 . 26 学 位 论 文 增 长 趋势 . 26 硕 博 学 位 论 文 数 量 对比 . 27 4 / 16 发 文 较 多 的 机构 . 27 发 文 较 多 的 人物 . 29 最 近 相 关 学 位论文 . 31 中 文 会 议 论文 . 36 近 十 年 中 文 会 议 论 文 年 代 分 布 列表 . 36 中文会议 论 文 增 长 趋势 . 36 中 文 会 议 论 文 主 办 单 位 分布 . 37 发 文 较 多 的 机构 .5 / 16 . 37 发文较多的人物 . 40 最 近 相 关 中 文 会 议 论文 . 42 外 文 期 刊 论文 . 45 近 十 年 外 文 期 刊 论 文 年 代 分 布 列表 . 45 外 文 期 刊 论 文 增 长 趋势 . 46 最 近 相 关 外 文 期 刊 论文 . 46 外 文 会 议 论文 . 59 I 目录 6 / 16 0. 准备工作 . 2 1. 宏 基 因 组 比对 . 2 2. 宏 基 因 组 组装 . 3 组 装 软 件 ：SOAPdenovo . 3 组 装 软 件 ：Meta-Velvet . 5 3 基因预测 . 6 4 构建基因集 . 7 0. 准备工作 7 / 16 上机步骤如下： mkdir /Metagenome #新建工作目录 cd /Metagenome #进入工作目录 cp -R /RealBio_Train/Metagenome/01_clean_reads ./ #拷贝数据 1. 宏基因组比对 宏基因组的序列可以通过 SOAPaligner 比对软件，比对上目标基因组，从而进行物种注释或计算物种丰度。SOAPaligner 需要先对目标基因组进行建库，建库命令如下： 2bwt-builder SOAPaligner 用法： soap a -b -D -o -2 -m -x 上机内容为： 将拷贝得到的 reads 比对上微生物的基因组。 上机步骤如下： cd /Metagenome #先进入个人目录下的工作目录 mkdir 02_alignment #新建 02_alignment 目录 cd 02_alignment #进入比对目录 cp /RealBio_Train/Metagenome/02_aligner/ ./ 比对脚本 less #查看比对结果 8 / 16 less #查看比对结果 #拷贝 2. 宏基因组组装 基因组组装是指将测序仪产出的大量的 DNA 片段拼接成原始的待测物种的染色体序列，可以类比为拼图游戏。本手册指导你如何使用 SOAPdenovo 组装软件对鸟枪法测序数据进行组装。 组装软件： SOAPdenovo SOAPdenovo 的功能是对二代测序数据进行从头组装。使用 SOAPdenovo 前首先要清楚的是它的组装配置文件，该文件包含以下信息： 本次上机使用到的完整的配置文件内容如下： 配置文件完成后，即可开始进行组装。组装分四步骤操作。 四个步骤分别是： 输出比对信息。 SOAPdenovo 在这一步中会将 reads 打碎成 kmer，将一个个 kmer 比对回 contig 上机内容为： 将上一步得到的 clean reads进行 SOAPdenovo组装，得到 contig。 上机操作的步骤如下： cd /Metagenome #先进入个人目录下的工作目录 mkdir 03_assembly #新建 03_Assembly 目录 9 / 16 cd 03_assembly #进入组装目录 mkdir CFG cp /RealBio_Train/Metagenome/03_assembly/CFG/ CFG/ #拷贝 组装的 config 文件到当前目录 mkdir shell #新建脚本目录 cp /RealBio_Train/Metagenome/03_assembly/shell/test01_ shell/ #拷贝组装脚本到脚本目录 mkdir assemble #新建结果目录 mkdir assemble/test01 sh shell/test01_ #运行组装脚本 less assemble/test01/ #查看组装结果 assemble/test01/ #查看组装统计结果 模仿 CFG/，生成 test02 文件的 config 文件 CFG/，插入片段长度为 412；模仿 shell/test01_，生成关于 test02文件的组装脚本 shell/test02_， kmer 值设为 37 mkdir assemble/test02 sh shell/test02_ #运行组装脚本 less assemble/test02/ #查看组装结果 assemble/tets02/ #查看组装统计结果 组装软件： Meta-Velvet Meta-Velvet 是在原来基因组组装软件 Velvet 基础10 / 16 上改进的，适合宏基因组数据的组装软件 。 新课程背景下如何培养学生学习生物兴趣 结 题 报 告 摘要：兴趣是获取知识的内驱力，它影响着学生的学习行为和效果，培养学生学习兴趣，对调动学生的积极性和主动性，提高教学质量，都有着重要的意义。在生物学科教学中，教师应明确教学目的，改进教学方法，结合学科和学生心理的特点，注重联系生活实际，通过实验教学、课外实践等直观教学活动来培养学生学习兴趣。 一、课题研究的背景及提出 多年来，随着素质教育的逐步深入，教育教学质量有了较大提高。生物课虽然是义 务教育阶段的基础课，但受中考指挥棒的影响，初中生物教学被弱化。这种状况的延续，既不利于实施素质教育，创新教育，也不适应当前教育教学改革的发展趋势。要改变这种状态，涉及因素很多。对教师来说，如何发挥教师的主导作用，调动学生学习生物的兴趣是十分重要的。我们从结合校情和学情方面着想，确立了“新课程背景下如何培养学生学习生物兴趣”课题。 二、本课题的研究目的意义 本课题的实施期望通过教育教学理论的学习及相应的实践研究，旨在探讨兴趣培养的教学规律，寻找有效途径，增强学生学习生物学的兴趣，引导学 生乐学、好学，实现自11 / 16 主学习、创新学习，从而最终提高学生的生物学学习能力，为以后的自然科学的学习打下坚实基础。 三、课题的理论依据 1、有关概念分析 “学习兴趣”的涵义：“学习兴趣”是指人们在学习过程中力求认识某种事物，探究某种事物，获得某种事物的伴有良好情绪体验的个性倾向。教学中的注重培养兴趣的学习是建立在现代学习科学基础上的一种新的学习模式。它不是一般意义上的学法指导和学习指导，而是一种致力于优化学生的外在条件和内在素养，使学生在生物学习上掌握客观规律，发挥主观能动性，从 而为学生的自主学习能力持续发展打好基础，是学习化社会终身学习观念的体现。突出强调的是学生在学习中的主体地位和作用，强调学生的创新精神和实践能力。 2、理论依据 学习兴趣是学生学习的最主要动力，或者说几乎是唯一动力。人作为一种生物，所有的行为都是直接或者间接按照自己意志去行动的，而这一切都必须要有足够的动机 可能外界的压迫或者一时的发愤可以暂时充当这种动机，但是任何纯被动的行为是无法持续太久的。只有有了内在的动力 兴趣，学习的行为才能够高效地持久下去。伟大的物理学家爱因斯坦说：“兴 趣是最好的老师，它永远胜过责12 / 16 任感。”孔子说：“知之者不如好之者，好之者不如乐之者。”还有俄国文学家泰斗托尔斯泰说过：“成功的教学所需的不是强制，而是激发学生的兴趣”。兴趣对知识的学习起着关键作用。 四、本课题研究的具体内容和方法 课题研究的具体内容 本课题重点研究以下五个方面的内容： 1、教学过程中充分利用课程资源激发学习兴趣的研究。 如在教学活动中，注重补充相关的前沿知识；利用课后讨论题和小资料，在事例引用上，多联系生活实际等。 2、 创设问题情境，引导学生主动参与，调动学习兴趣的研究。如 导课问题的设置，引导学生主动参与实验过程的研究。 3、加强多媒体等直观教学，引发学习兴趣的研究。如 应用多媒体进行教学的研究。 4、开展课外实践活动，迁移学习兴趣，提高学习兴趣的研究。如成立生物兴趣小组，调查校园生物等课外实践活动。 5、加强教法探索和学习方法指导，维持学习兴趣的研究。如新的教育理念，经验的集体学习，集体备课，教学研讨等。 13 / 16 研究的方法 1、调查法 2、 比较法 3、课 外实践法 4、测试法 五、课题研究措施和过程 研究措施 该课题在 2016 年 4 月立项后，课题组成员都十分重视。 1、为了使课题研究能顺利进行，学校为我们建立了课题研究双轨管理模式。即 校长室 教科室 课题组全体成员 在校长室的宏观控制下，教科室的组织指导下，课题组具体实施课题研究，以“分阶段，分层次，有重点，规范化，见成效”为思路，开展工作。 2、理论知识学习和课题研讨相结合。 加强理论知识学习 “课题研究” 对于本组大多数年轻教师来说都是起步阶段，从来就没有接触过课题研究，什么是课题研究，有时甚至有畏难情绪，感到无从下手，高不可攀。因此，我们十分重视课题研究的理论知识的学习，并争取做到：学习与讨论相结合，理论与实践相结合，集体学习与个人自学相结合。 坚持课题研讨活动。 14 / 16 初期以理论，业务学习为主，研读书籍，报刊，并做好学习记录。中期以实验课题研讨活动为主，通过测试成绩变化，课堂气氛等变化情况进行评议，讨论，解决实验中遇到的困难，总结成功经验，继续更好研究。最后以理论学习，交流心得体会和撰写 论文为主，使课题组成员把实践成果上升到理论高度，并做好各项总结。 (二）调查研究与分析总结 为了客观地了解我校学生阅读的现状，较好地消除实施过程中的消极因素，促进学生培养良好的学习兴趣，我们进行了调查研究。本次问卷调查是关于初中生学习生物学的兴趣，共制作了 200 份，分别从七年级四个班中随机抽取了 50 名同学来完成，其中一、二班是实验班，三、四班是普通班。 调查结果及原因分析： 1、对生物学科的认识和态度不容乐观由表 1 调查数据显示， %的学生喜欢生物学，大部分学生不 喜欢生物学；由表 2 调查数据显示 %的学生选择了为“提高科学素养”而学习， %的学生选择为“高中学习生物打基础”而学习，说明学习目的比较明确，主要是为了“学”而学。 表 1 学生对生物学的喜爱程度 表 2 学生对学习生物学的认识 2、不同性别对学习生物学的兴趣存在差异从调查中15 / 16 发现男生 中有 78%都对生物学感兴趣，而女生中仅有 %对生物学感兴趣，说明性别能够影响学生对学习科目的兴趣和倾向性。 3、学生的生物学成绩普遍偏低通过问卷调查第五题发现， %的学生生物成 绩低于 60 分， %在 60-70 分之间，高于 80 分的仅占 %。大部分学生学习生物学主要是看课本内容是否丰富，老师的讲解是否有趣，若感兴趣则多听，从问卷调查第 21 题“在生物学习过程中，你对老师组织的教学活动，印象最深的是”中可以发现， %的学生的答案都与细胞那一节有关。原因在于一方面，那一节内容本身就很有趣，老师讲课时能够举出的例子很多；另一方面，实验多，学生喜欢上实验课。 4、学生的学习方法存在问题有 %的学生能够做到认真听讲、记笔记、课后复习完成作业，但是仍然有大部分学生不能很好地做到这三点，导致基础部 扎实。 5、对生物学内容的认识不够全面有 %的学生感觉内容很枯燥，是不得不学，原因是老师的教学方式很死板不适合提高学生学习的兴趣，而且喜欢考试，感觉不是素质教育而是应试教育，有抵触。对于这个问题， %的学生都希望老师能够把课堂气氛弄活跃