常见系统发育软件使用

常见系统发育软件使用方法常见系统发育软件使用方法 Xie Lei BJFU 1 Paup MP 流程流程 Mac 准备 nex 文件 interleave 和 noninterleave 均可 存入新建文件夹 拖入 paup 或用 paup 打开 execute log file cstatus tstatus hsearch define outgroup roottrees savetrees describetrees contree save to file save pict bootstrap save tree file print bootstrap tree save pict stop log PC 版操作 可将附录批处理文件内容粘贴至 nex 文件后面 execute 即可 2 Paup ML 流程 流程 Mac 准备 nex 文件 interleave 和 noninterleave 均可 存入新建文件夹 拖入 paup 或用 paup 打开 execute 从 modeltest 软件中打开 paupblock 运算检测模型 生 成 score file 打开 modeltest 中的 bin 读取 score 数据 生成结果文档 存档并 打开此文档 AIC 将 begin paup 的运算模块贴至原 nex 数据文件后面 重新将 其拖入 paup 运行 选择 ML 运算模式 hsearch 打印树图 save pict bootstrap PC 版操作 可将附录 5 批处理文件内容粘贴至 nex 文件后面 execute 即可 3 Garli 运算运算 ML 流程 流程 准备 nex 文件 interleave 存入新建文件夹 拖入 paup 或用 paup 打开 execute 输出 noninterleave 文档 若直接是 noninterleave 上述过程省略 又 如果是 PC 机 paup 无菜单操作 可在 paup 命令行中输入附录 1 的命令回车 即可生成 noninterleave 数据 使用 noninterleave 文档 数据中类群名称不得有单引号 空格 所有方括号中 内容删除 新建文件夹存入 按照流程 2 进行 modeltest 在苹果机上打开 Garli 导入数据 把 model 定好 run 切记此处不要激 bootstrap 选项 将上次运算数据拷贝至一新建文件夹 导入苹果版 Garli 激活 bootstrap 选项 定好 model run 所有结果用 paup 软件打开 save pict 打开 bootstrap 树 做 50 majority rule contree save pict 注 注 Garli苹果和PC版都有 但是操作不同 数据格式 和算PAUP一样的nexus格式 但是这个格式有很多注意事项 一些 常见的小错误会造成软件无法运行 参见下列常见问题 1 一定要noninterleave的数据 否则软件无法运算 2 虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响 里面内容在算之前 全部删除为好 3 taxon名称中可以有下划线但是不得有空格 逗号句点等 否则无法运行 Mac版 GUI的菜单界面 只要有上述正确的nexus格式的数据文件即可运算 PC版 Nex format plus a command file 每次使用时拷贝一个软件的文件夹 将此文件夹重新命名 尽量清楚易查询 将正确的数据文件拷贝到此文件夹下 与garli运行程序在同一目录下 编辑 命令文档 名称是garli 进行参数设置 完成后双击garli运行程序图标即可 运算 4 Bayes 流程流程 Noninterleave 文件 贴运算程序到文件后面 见附录 将其拷贝至 MrBayes 文件夹下 打开运行程序 execute 文件名 扩展名 运算结束后用 paup 运行源 文件 从 t 文件中取树 burnin 做 50 majority rule contree save pict 5 r8s 流程流程 按照流程 2 进行 modeltest 按照流程 2 进行 ML 运算 运算结束 print tree 检 查这棵带枝长的树是否有分支长度为 0 的分支 如果有在 restore 和 delete taxa 中将这些类群去除 存储带枝长的树到 file nex 格式 将树的 taxa 名称更换为 实际类群名称 将树文件贴至运算模版 见附录 首先进行第一步 cross validate 得到 smooth 值 替换 smooth 值再算一遍即可 注 注 r8s 该软件与BEAST不同 是对已存在的树进行操作 校订分子钟 算法为PL法 先选择模型算出一个ML树 要带枝长 注意如果要用这个树算r8s要保证该 树各个分支清晰 有较高的分辨率 没有0枝长分枝和polytomy 在这个树的tre的nexus文件上面编辑各种命令 然后输入r8s进行运算 一定要固定 root ingroup 最好有一个以上的 constraints 运算两次 第一次为 cross validation 得出 smooth value 第二次再设置这个值算 出最终结果 6 BEAST 流程流程 Noninterleave 文档 BEAUTI 打开 定义节点 基本设置 化石点标定 生 成 xml 文档 BEAST 打开运算 运算完成 Tacer 打开 log 文件 TreeAnnotator 打开树文件 生成 out 文件 Figtree 打开 out 文件 7 DIVA 在数据文件中确定树形 标注分布区 然后运算 1 open DIVA 2 proc filename txt 3 optimize Batch optimize maxareas 8 weight 0 5 bound 200 hold 10000 8 Haplotype network 简明流程 简明流程 1 NETWORK 4 5 用 DNASP 软件打开 fas 或者 nex 文件 另存为 Roehl File Format 文件 rdf 格式 用 NETWORK 打开 进行编辑 更改名称 连续的 gap 合并 添 加删除序列等 后保存 选择 Median Joining 进行 calculate network 在新 出现的窗口中导入 rdf 文件 也可以在这一步直接导入 noninterleave 的 nex 文件 而省去以上步骤 但是不能重新编辑 设置参数后进行计算 生成 out 格式 的输出文件 选择 draw network 在新窗口中导入 out 文件 按照提示就可 以生成 network 图 保存 fdi 文件或可另存为 bmp 或者 pdf 文件 2 TCS 1 21 准备 noninterleave 的 nex 或者 phy 文件 导入 TCS 设置 Parsimony Limit 或 Fix connection Limit 并定义 gap 后点击 run 运行完成后就会自动生成 network 图 编辑后保存 GML 文件或可另存为 postscript 或者 PICT 文件 9 推荐使用 推荐使用 Mega 5 全能系统发育分析软件 从序列校对到系统发育分析 分子钟 性状 演化 居群分析全能做 Mesquite 2 7 也很全能 但是主要还是做性状演化分析 McClade 是其收费版 TNT 是原来的 Hennig86 做系统发育分析 PAST 十分强大的统计软件 居群分析 分类学的 morphometric 分析很好 S DIVA 川大开发的带统计功能的地理分析软件 建议访问 http evolution gs washington edu phylip software html 附录附录 1 最大简约法分析批处理文件最大简约法分析批处理文件 1 begin PAUP log file hsearch1 log set autoclose yes set maxtrees 100 increase auto hsearch start stepwise addseq random nreps 1000 savereps yes randomize addseq rstatus yes hold 1 swap tbr multrees yes nchuck 200 chuckscore 1 savetrees file hsearch1 all tre brlens yes filter best yes permdel yes savetrees file hsearch1 best tre gettrees file hsearch1 best tre contree all majrule yes treefile contree tre log stop end 2 begin PAUP log file hsearch1 log set autoclose yes set maxtrees 100 increase auto hsearch start stepwise addseq random nreps 1000 savereps yes randomize addseq rstatus yes hold 1 swap tbr multrees yes savetrees file hsearch1 all tre brlens yes filter best yes permdel yes savetrees file hsearch1 best tre gettrees file hsearch1 best tre contree all majrule yes treefile contree tre log stop end 2的策略较好 是hsearch中首选 而如果此程序运算时间太长则用上面一个程序 本实用方法只提供hsearch 而branch and bound和exhaustive方法省略 附录1 export format nexus interleaved no file temp txt 此为生成noninterleave文件命 令 附录附录 2 ILD 分析分析 endblock charpartition dna ITS 1 848 trnLF 849 3051 begin paup set criterion parsimony log file iscap hom hompart part dna nreps 100 addseq random hsearch swap tbr endblock 附录附录 3 Bayes 分析分析 1 单一模型 begin mrbayes lset nst 6 rates gamma mcmcp ngen 2000000 printfreq 1000 samplefreq 100 nchains 4 savebrlens yes filename P combined mcmc sumt filename P combined t burnin 2000 end Begin mrbayes 2 多模型 begin mrbayes charset its 1 622 charset trnlf 623 1696 charset matk 1697 3221 charset chs 3222 4406 charset psbm2trnd 4407 5506 charset psbm 5507 6279 charset gpd 6280 6972 charset LFY 6973 8426 partition Names 8 its trnlf matk chs psbm2trnd psbm gpd LFY end begin mrbayes The following lines set up a model in which all four genes have their unique GTR gamma propinv model set partition Names prset ratepr variable lset applyto 1 2 3 4 5 6 7 nst 6 lset applyto 8 nst 2 rates gamma unlink shape all pinvar all end begin mrbayes mcmcp ngen 100000 printfreq 1000 samplefreq 100 nchains 4 savebrlens yes filename solms8mys mcmc sumt filename solms8 t burnin 3000 end 3 带支长contree的运算batch begin mrbayes log start filename cp log mcmc filename cp ngen 2000000 samplefreq 100 sump burnin 5000 filename cp printtofile yes outputname cp sump sumt burnin 5000 filename cp contype allcompat log stop end 附录附录 4 bootstrap 分析分析 begin paup log file bootstrap log set maxtrees 100 increase auto set criterion parsimony set root outgroup outgroup 56 57 bootstrap nreps 1000 conlevel 50 treefile bootstrap tre keepall y