6课pubmed 陈 10章1节 ppt课件

1 6课PubMed生物医学数据库 内容见教材10章1节 P98 目的与要求 了解PubMed的特点 掌握使用该数据库进行课题检索的基本途径与方法 本课内容安排有实习 要求掌握本工具的检索途径与方法 教学重 难点 利用PubMed可检索哪些数据资源 自动词语匹配转换功能 主题词 副主题词检索 Limits Details的功能与特点 AdvancedSearch的布尔逻辑运算与检索史功能 Clinicalqueries 临床咨询 可用来查找哪些医学问题 2 教学内容 6 1Pubmed简介6 2通过PubMed可检索到的信息6 3PubMed检索界面的结构6 4PubMed的检索6 5检索结果显示及下载6 6MyNCBI 3 6 1PubMed简介 PUBMED是美国国立图书馆 NLM 所属国家生物技术信息中心 NCBI 建立的生物医学文献检索系统 1997年免费开放 是NCBI开发的Entrez检索系统重要组成部分 IMMEDLINEPubMed 手工检索 联机检索 光盘检索 网络检索 特点 信息资源丰富 质量高 更新及时 检索方式灵活多样 链接功能强大 使用免费等 4 6 2通过PubMed可检索信息 6 2 1Medline6 2 2PreMedline6 2 3出版商提供的书目信息6 2 4NCBI其它数据库的相关记录 5 6 2 1MEDLINE 美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库 收录1966年以来70多个国家近4800种生物医学期刊的书目信息和著者文摘 每周更新 包括三个重要索引 医学索引 牙科文献索引 和 国际护理索引 每条记录均带有 PubMed IndexedforMEDLINE 标志 6 6 2 2PreMedline 未正式给予MeSH词 出版类型等深度标引信息的一个前期临时库 可检索 PubMed计划 出版商在期刊出版之前或同时 将期刊论文题录提供给PubMed 每天NLM把最新记录加入到PreMedline库 工作人员一周内将这些记录标引 然后转入MEDLINE 同时从PreMedline中删去 带有 PubMed inProcess 标志 7 6 2 3出版商提供的书目信息 出版商提供的是整本期刊的信息 若有部分没有被MEDLINE收录 PubMed仍保存 在记录中做 PubMed assuppliedbypublisher 的标记 出版商提供的记录若有全文 PubMed则建立了与此期刊节点的链接 可免费或交一定的费用直接联机获取原文 8 图1 9 6 2 4从PubMed界面进入NCBI其他数据库 10 NCBI数据库 PubMed 在主页上提供与NCBI的7个数据库建立了超链接 Nucleotide DNA序列数据库 Protein 氨基酸 蛋白质 序列数据库 Genome 基因组序列数据库 提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务 这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的 Structure 分子结构模型数据库 这个数据库保存的是由X线晶体成像 NMR分光光度法建立的三维分子结构 Popset 种群 种系发生或突变序列数据库 是由相关种族 人类发展 突变研究得来的人类进化与人种差异的结果 Taxonomy 生物分类数据库OMIM 人类孟德尔遗传学联机数据库 Books 相关图书 可链接到相关参考书籍的文摘页 11 AllDatabase跨库检索 12 Pre Medline Medline NewData Collect PubMed Process 检索 出版商提供书目信息 PubMed可检信息示意图 NCBI其它数据库 13 PUBMED进入方式 www ncbi nlm nih gov 或用搜索引擎搜 PubMed 地址 14 6 3PubMed检索界面的结构 数据库选择 限制检索 检索词输入框 高级检索 使用说明 PubMed工具 含文献匹配器 临床查询 特定主题查询 更多资源 含主题词检索 期刊检索等 注册用户 15 6 4PubMed的检索 6 4 1基本检索6 4 2PubMed检索辅助工具Limits 限定功能 Preview Index 预览 索引 History 检索史 Clipboard 剪贴板或文件夹 Details 明细栏 6 4 3主题词 副主题词检索6 4 4其他检索 一框五键 16 6 4 1基本检索 系统默认检索界面 可在检索词输入框中输入任意有实义的词 如 单词或词组 含主题词 人名 刊名 截词形式 逻辑运算式 等等 输入完成后 点 Search 或回车可直接显示相关结果题录 17 词汇自动匹配转换MeSH词转换表期刊名称转换表短语转换表作者索引 单个词 间AND联接 一 词语检索 UMLS 一体化医学语言系统 以概念表达为基础 将40多种生物医学词典 词表和分类词表中的词汇指引向MeSH中的意义相同或相近的规范主题词 有主题词表的检索工具 最好的检索结果要在主题词检索基础上得来 基本检索输入 leukemia 后实际被转换成 leukaemia AllFields OR leukemia MeSHTerms OR leukemia AllFields 18 基本检索的词汇自动匹配转换 例 检索幽门螺旋杆菌 helicobacterpylori 致胃癌 gastriccancer 的文献 基本检索的优点 提高查全率 涵盖最新文献 19 强制短语检索 PubMed首先将键入的检索词 如 gastriccancer或diabetesmellitus 视为合理的短语在短语索引中进行查找 并自动把两个词分开以 逻辑与 组配检索 用 进行强制词组检索 系统的处理有歧义 增加了关系不大的文献 如 gastriccancer 分开后意义有变化 如 singlecell 注意 强制短语检索时 PubMed将不执行自动词语匹配功能 20 PubMed的基本检索 二 期刊检索在检索框中键入杂志全名molecularbiologyofthecell也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式 如 molboilcell 键入刊物的ISSN 国际标准出版物代码 进行检索 如1059 1524 Celltransplantation ta 21 PubMed的基本检索 三 作者检索在基本检索状态 框内按照 姓 名缩写 的格式 不用标点 键入作者姓名 如 Smithj 系统会自动查找 SmithJH SmithJW 等作者姓名形式的文献 如果想进行更精确的检索 可以用双引号将作者名引起来 再加 au 如 smithj au 22 PubMed的基本检索 四 截词检索截词符 截词功能可扩充检索词以检出更多的相关文献 如 bacter 可以检出bacter bacteria bacterium bacteriophage等词 23 提示信息 PubMed的截词检索 一次最多可以检索出600个词形变异词 若超过600个如tox 将显示警告信息 提醒增加词根长度 24 6 4 2PubMed检索辅助工具 一 Details 显示转换后的检索策略 下有结果数 可直接在检索框中修改检索策略 点击Search按键即重新执行检索 25 在检索结果页面右下可直接查看Details 或点击 Seemore 查看实际执行的检索策略全部信息及转换内容 26 自动匹配转换后的检索策略及翻译细节 例 检索幽门螺旋杆菌 helicobacterpylori 致胃癌 gastriccancer 的文献 基本检索的优点 提高查全率 涵盖最新文献 27 未修改前检索结果为5632篇 通过修改Details 从基本检索界面进行规范主题词的检索 28 6 4 2PubMed检索辅助工具 二 Limits 限定功能 对检索词的限定和修饰 能同时进行多种条件限制 限定检索结果的范围 可有效地控制文献的检出量 并提高查准率 早期形式 现在的进入位置 29 可对以下特征限定 出版物类型 物种 人OR动物 子集 13个子集可选 文本类型选择 语种 性别 年龄段 字段限定 30 例 查找有关儿童糖尿病的英文RCT文献 diabetesmellitusRandomizedControlledTrialEnglishchild 31 32 Limits限定后的检索策略 33 6 4 2PubMed检索辅助工具 三 Preview Index 预览 索引 Preview是对检索结果进行预览 显示检索结果的条数和检索式 用户可根据具体情况在检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式 适合于各类检索概念并未十分明确下的试探性查询 Index列出提交的检索词在某一选取字段中 按字顺排列的索引词表中的位置和数量 括弧内 可用滚动条来回进行查看列表 选中的词高亮显示 然后选择合适的逻辑运算符进行检索 34 选择逻辑算符 Index 按字顺排列的与输入词相关的索引词表 Preview 预览功能 目前作用不大 35 6 4 2PubMed检索辅助工具 四 History 检索史 执行后的检索策略和结果信息 保留在History中 序号 检索词 检索时间以及检索结果数量 可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索 如 2AND 6单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果 点击ClearHistory按钮可以清除History中的检索策略 最多存贮检索式数为100个 检索式的存贮时间为1小时 History功能现被整合为AdvancedSearch的一部分 36 PubMed的高级检索 运算的优先顺序 从上往下依次执行 37 五 Clipboard 剪贴板或文件夹 便于用户将检索选中记录的暂时保存 方便用户集中打印 下载或索取原文 剪贴板中可存的最多记录为500条 8小时内无作何操作 记录将自动消失 6 4 2PubMed检索辅助工具 38 Clipboard主要与检索结果有关 因此现在只在结果显示页面出现 使用方法 鼠标点 Clipboard 前小圆 即可将结果发送到剪贴板 选择输出可勾选记录左侧的复选框 39 6 4 3主题词 副主题词检索 MeSHDatabase 具有检索功能的MeSH词表 作用 帮助用户查找MeSH词并进行检索 每个主题词的定义和树状结构等信息 提供副主题词选择 主要主题词限定 扩展主题词等功能 40 41 点击Search后首先进入对应的主题词列表 在其中再次进行选择 42 主题词注释 副主题词选择 加权检索 主要主题词限定 扩展下位主题词 入口词列表 43 44 树状结构显示 45 46 正确的检索策略 优点 1 与课题要求相吻合 提高查准率 2 结果在精力与时间允许范围内 47 6 4 4其他检索服务 一 ClinicalQueries 临床咨询二 CitationMatcher 单篇 多篇 引文匹配器三 JournalBrowser 期刊浏览器 48 一 ClinicalQueries临床咨询 Clinicalqueries具备特殊的过滤器装置 帮助临床医生更快捷获取与临床关系密切的PubMed数据 如有关疾病的病因学 预后 诊断 预防以及治疗等方面的信息 以及获取系统综述 医学遗传方面文献 能滤除部分不相关或相关性差的文献 49 1 SearchbyClinicalStudyCategory 研究范畴1 病因2 诊断3 治疗4 预后5 临床预报指南 查准率与查全率要求1 查准 范围缩小 特性检索 2 查全 范围扩大 敏感查找 50 51 2 SystematicReviews 52 3 MedicalGeneticsSearches 全部诊断鉴别诊断临床记录管理遗传咨询分子遗传学遗传学试验 53 二 CitationMatcher单篇 多篇引文匹配器 单篇引文匹配器可通过已知的刊名 日期 卷 期 论文首页码 作者名等任一项信息查找论文的题录 经常用于核对参考文献的著录细节 多篇引文匹配器是给出版商用的 一般用户不使用 54 单篇引文匹配器 55 三 JournalDatabase 期刊浏览器 查找指定期刊的信息 可分别以某个主题 期刊的全名或刊名中某个词 刊名在MEDLINE的缩写或ISSN号来检索 56 6 5检索结果 RelatedArticle 聚类检索方法 Filteryourresults 结果过滤 Alsotry 相关文本词 Tilteswithyoursearchterms 标题中有检索词的文献 6 5 1结果辅助项 57 6 5 2结果显示设置 DisplaySettings P104 Format 显示格式 默认Summary格式 可选Abstract MEDLINE XML等 Itemperpage 每屏显示记录数量 Sortby 检索结果排序 58 6 5 3检索结果的输出 59 6 6MyNCBI 如果想持续收到你感兴趣内容的最新更新情况 可以使用 yNCBI来保存检索策略并设定 mail的自动更新投递 相当于 定题检索 60 61 62 思考题 1 Pu